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ToxIR:用于高精度毒素转录组分析的准确 RNA-seq 管道,已在 odontobuthus doriae 毒腺中得到验证

ToxIR: an accurate RNA-seq pipeline for high-precision toxin transcriptome profiling, validated in odontobuthus doriae venom glands

ToxIR:用于高精度毒素转录组分析的准确 RNA-seq 管道,已在 odontobuthus doriae 毒腺中得到验证。由于组装错误、亚型多样性和注释偏差,复杂组织的转录组分析仍然具有挑战性,需要优化计算管道。蝎毒是生物活性肽的宝库,具有巨大的生物医学潜力,但其复杂性使转录组分析变得复杂。我们推出了 ToxIR(毒素识别和识别),这是一种针对精确毒素转录组分析而优化的 RNA-seq 管道,并在 Odontobuthus doriae 毒腺中得到验证。 ToxIR 结合了深度测序、基于 rnaSPAdes 的从头组装和定制注释策略,甚至可以检测低丰度毒素并高精度解析同种型。它结合了严格

来自超保守元件 (UCE) 的 Bothriocyrtum californicum (O. Pickard-Cambridge, 1874)(Araneae,Halonoprotidae)线粒体基因组

The mitochondrial genome of Bothriocyrtum californicum (O. Pickard-Cambridge, 1874) (Araneae, Halonoproctidae) from ultraconserved elements (UCEs)

来自超保守元件(UCEs)的Bothriocyrtum californicum (O. Pickard-Cambridge, 1874)(Araneae,Halonoprotidae)线粒体基因组摘要Bothriocyrtum californicum (O. Pickard-Cambridge, 1874) 的线粒体基因组首次被完全测序和注释。这种活板门蜘蛛发现于美国加利福尼亚州。我们使用 SPAdes 组装重叠群,并从所得重叠群中提取有丝分裂基因组。使用 MITOS2 并通过与蜘蛛目的其他物种进行比较来注释线粒体基因组。线粒体基因组有 14,081 个碱基对,包括 22 个转移 RNA

Erigone atra Blackwall, 1833(Araneae,Linyphiidae)的完整线粒体基因组

The complete mitochondrial genome of Erigone atra Blackwall, 1833 (Araneae, Linyphiidae)

Erigone atra Blackwall, 1833 (Araneae, Linyphiidae)完整线粒体基因组摘要Erigone atra Blackwell, Citation1833 的线粒体基因组首次被完整测序和注释。该物种主要发现于北温带大陆地区,在加拉帕戈斯群岛也有报道,该群岛可能是外来物种。对于在捷克共和国收集的两个样本,使用 Qiagen DNEasy 血液和组织试剂盒提取 DNA,然后在 Illumina NovaSeq 6000 上进行 250 bp 双端测序测序。在 SPAdes 中组装重叠群,并从所得重叠群中提取粗略的丝裂基因组草稿,将其用作使用 GetOrgan

来自超保守元件 (UCE) 的 Palmimanus capensis Simon, 1893(Araneae,Palpimanidae)线粒体基因组

The mitochondrial genome of Palpimanus capensis Simon, 1893 (Araneae, Palpimanidae) from ultraconserved elements (UCEs)

来自超保守元件 (UCE) 的 Palmimanus capensis Simon, 1893(Araneae,Palpimanidae)线粒体基因组摘要已从超保守元件 (UCE) 中对 Palmimanus capensis Simon, 1893 的线粒体基因组进行了测序和注释。该物种是南非特有的物种,是自由生活的地面居民。重叠群在 SPAdes 中组装,从所得重叠群中提取了粗略的有丝分裂基因组草稿,该草稿被用作 NOVOPlasty 从头组装的种子,以获得最终的环化基因组。使用 MITOS2 并通过将其与蜘蛛目的其他物种进行比较来注释线粒体基因组。线粒体基因组为 14,268 bp,包括