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World File Search System功能分析
解释基于机器学习的预测模型和功能性元基因组方法，以鉴定HBCD降解中的关键基因
十六起核细胞环烷（HBCD）构成了严重的环境风险，并且由于微生物相互作用和代谢途径的复杂性，鉴定降解的Mi-Crobes及其酶促机制是具有挑战性的。本研究旨在通过两种方法来鉴定与HBCD生物降解有关的关键基因：元基因组的功能注释和基于机器学习的预测模型的解释。我们的功能分析表明，在丘奇土壤（CCS）元基因组中具有丰富的代谢潜力，尤其是在碳水化合物代谢中。在测试的机器学习算法中，随机森林模型的表现优于其他模型，尤其是在数据集中训练的培训，反映了诸如Dehalococcoides McCartyi和pseudomonas铜绿疾病等物种的降解模式。这些模型突出了EC 1.8.3.2（硫醇氧化酶）和EC 4.1.1.43（苯基丙酮酸脱羧酶）为降解的抑制剂，而EC 2.7.1.83（假氨酸激酶）与增强的降解链接。这种双方法学方法不仅加深
迈向遗传模型生物：加州风信子（毛茛目）稳定遗传转化的有效方法
摘要 加州罂粟 (Eschscholzia californica) 是毛茛目的一员，是所有其他真双子叶植物的姊妹目，因此在系统发育上具有很高的信息量。毛茛目以其多样的花形态和许多药学相关生物碱的生物合成而闻名。加州罂粟被广泛用作研究花发育控制基因保存的模型系统。然而，在毛茛目中，稳定的遗传操作选择很少，因此很难建立遗传模型系统。在这里，我们介绍了一种通过农杆菌介导的转化、体细胞胚诱导和再生加州罂粟进行高效、稳定的遗传转化的方法。此外，我们还提供了一种快速分离和转化原生质体的方法。这使得可以在单细胞和全植物环境中研究基因功能，从而能够通过基因组编辑技术进行基因功能分析和生物碱生物合成途径的修改，为遗传模型生物E. californica提供重要资源。
育种进展与前景概述...
水稻（Oryza sativa L.）是世界范围内广泛种植的重要粮食作物之一。水稻在全球粮食安全中发挥的巨大作用促使研究人员开发具有改良农艺性状的新水稻品种，例如耐受生物和非生物胁迫。 CRISPR/Cas9基因编辑系统由于其高效、易用、高精度，为改善多种作物的农艺性状提供了一种很有前景的策略。本文讨论了CRISPR/Cas9在改良更适应不利环境条件的水稻品种中的应用。利用CRISPR/Cas9系统对水稻抗病（白叶枯病和稻瘟病）、抗除草剂和抗逆（盐、旱、寒）等一系列功能基因和调控基因进行了功能分析。还分析了该技术在水稻上应用的一些局限性和优点。该研究结果概述了基因编辑工具，从而指导其在越南应对气候变化的作物品种研究中的应用。
mageckflute.pdf
描述CRISPR（群集定期间隔短的腔液重复序列）与核酸酶Cas9（CRISPR/CAS9）屏幕相结合，代表了一种有前途的技术，可以系统地评估基因功能。CRISPR/CAS9屏幕的数据分析是一个关键过程，其中包括识别屏幕击中并在下游分析中探索这些命中的生物学功能。我们以前已经开发了两种算法Mageck和Mageck-Vispr，以分析CRISPR/CAS9屏幕数据在各种情况下。这两种算法允许用户执行质量控制，读取计数生成和归一化，并计算β分数以评估基因选择性能。在下游分析中，需要生物功能分析才能理解具有不同筛选目的的这些鉴定基因的生物学功能。 在这里，我们开发了用于支持下游分析的Mageckflute。 mageckflute列出了几种策略，以消除SGRNA级读数计数和基因级β分数中的潜在偏差。 包装的下游分析包括识别基本，非必需的和靶相关的基因，以及对这些基因的生物学功能类别分析，途径富集分析和蛋白质复合物富集分析。 该软件包还以多种方式可视化基因，以使用户探索筛选数据。 共同使MageCkflute可以准确鉴定必需，非必需基因及其相关的生物学功能。 此小插图解释了包装的使用并演示了典型的工作流程。在下游分析中，需要生物功能分析才能理解具有不同筛选目的的这些鉴定基因的生物学功能。在这里，我们开发了用于支持下游分析的Mageckflute。mageckflute列出了几种策略，以消除SGRNA级读数计数和基因级β分数中的潜在偏差。包装的下游分析包括识别基本，非必需的和靶相关的基因，以及对这些基因的生物学功能类别分析，途径富集分析和蛋白质复合物富集分析。该软件包还以多种方式可视化基因，以使用户探索筛选数据。共同使MageCkflute可以准确鉴定必需，非必需基因及其相关的生物学功能。此小插图解释了包装的使用并演示了典型的工作流程。
一种自然主义的神经影像学数据库，用于使用生态刺激
神经影像学通过还原主义刺激来提高我们对人类心理学的理解，这些刺激通常与大脑自然遇到的信息不像信息。，它主要通过分析“静止状态”数据的分析来提高我们对大脑网络组织的理解，而网络功能无法确定标记。我们公开使用“自然主义神经影像学数据库”（NNDB V1.0），以便在更完整的生态条件下对大脑进行更完整的了解，在此期间可以标记网络。86名参与者接受了行为测试，并观看了10部全长电影之一，同时获得了功能性磁共振成像。结果显示的数据显示为高质量，具有良好的信号噪声比，几乎没有异常值和低运动。数据驱动的功能分析提供了进一步的数据质量证据。他们还展示了准确的时间表/电影对齐方式以及如何使用电影注释来标记网络。NNDB可用于用标准的神经影像学方法来回答以前未解决的问题，从而提高了我们对大脑在现实世界中的工作方式的了解。
GSH_年度报告_2024.pdf
此外，这一年还发生了多项人事变动。今年年初，Dr. Melanie Tichet 开始在我们这里担任小组组长。在 LOEWE 中心 FCI 的资助下，她将在未来几年内研究抑制细胞群在肿瘤微环境中的作用和调节，特别关注所谓的肿瘤相关巨噬细胞，以调节黑色素瘤、胰腺癌和脑瘤等实体肿瘤的免疫反应。夏天的时候，Dr.迈克泰勒 (Mike Tyler) 博士的慷慨支持。 Rolf M. Schwiete 基金会将致力于我们研究所尚未考虑的“计算生物学”领域，并将解决单细胞水平上各种数据模式的整合问题。他将利用不同肿瘤阶段的相应数据集来确定肿瘤形成的一般原则以及肿瘤微环境随时间的重要性。我们与歌德大学的良好合作也得到了进一步加强。 Sina Oppermann 教授于春季接受了里德贝格校区第 14 系药理学和临床药学研究所的职位，将获得实验室空间，专注于功能分析
通过激活信号协会器的双引擎电动机模块扩展DNA螺纹1综合器
激活信号协整1络合物（ASCC）亚基3（ASCC3）支持各种基因组维持和基因表达过程，并包含对这些功能至关重要的串联SKI2样NTPase/Helicase Cassettes。先前，ASCC3解旋酶活性和调节的分子机制尚未解决。我们提出了低温电子显微镜，DNA-蛋白交联/质谱法以及ASCC ASCC3-TRIP4亚模块的体外和细胞功能分析。与相关的剪接SNRNP200 RNA解旋酶不同，ASCC3可以通过两个解旋酶盒子螺纹底物。Trip4通过锌纤维结构域停靠在ASCC3上，并通过将ASC-1同源性域定位在ASCC3的C末端解旋酶旁边，从而刺激解旋酶，这可能支持底物参与并协助DNA退出。trip4与DNA/RNA Dealkylase，AlkBH3相互互动ASCC3，指导ASCC3用于特定过程。我们的发现定义ASCC3-TRIP4作为ASCC的可调电动机模块，该模块包含两个合作的NTPase/Helicase单位，该单位功能扩展了Trip4。
将随机森林算法与k-nearest进行比较...
和技术科学，Saveetha University，Chennai，印度泰米尔纳德邦，Pincode：602105。摘要目的：本文的主要目的是使用新型的K-Neareb-Nearper机器学习算法提高中风预测的准确性，与随机森林算法相比。材料和方法：本文中使用的两个组是新型的K-Neartible算法和随机森林算法。数据集由5000多个患者医学和个人记录记录组成。这里进行了预测功能分析，进行了80％，CI值为95％，两组n = 10迭代的样本量。结果：新型的K-Neart邻居算法95.70％在预测使用的中风预测数据集时，而随机森林为94.80％。存在两组之间统计上无关的差异（p = 0.204； p> 0.05）。因此，随机森林比最近的邻居更好。结论：与随机森林相比，新颖的K-最近的K-最近的邻居算法更好，既是精度和准确性关键词：机器学习，新颖的K-北端邻居，随机森林，中风预测，分类，决策树。简介
Cockayne综合征患者IPSC衍生的脑类型
已经对CSB的所有这些特征进行了研究，主要采用了各种CS，中国仓鼠卵巢和小鼠模型衍生的原代细胞的患者的皮肤纤维细胞。单型细胞系通常非常适合初始基因功能分析和结构 - 功能关系研究，但无法完全说明多功能蛋白（例如具有多系统表现的CSB）的影响。在1997年，描述了CS的第一个小鼠模型[17]，从而可以研究受影响组织和整个生物体研究的原代细胞。从那时起，已经建立了所有CS相关基因，CSB，CSA，XPB，XPD和XPG的小鼠模型[18-22]。CS小鼠模型（XPG除外）通常发挥轻度的CS表型，其体重，紫外线敏感性，轻度神经退行性变化以及皮肤肿瘤发生的令人惊讶的增加，在CS的人类患者中找不到症结。对于严重CS的建模，CSA-或CSB-有效的小鼠可以与缺少TC-NER机械基因的小鼠交叉，例如XPA或XPC [19,23]。
卷心菜（Brassica oleracea var. capitata L.）的优化……
基因组编辑技术，例如成簇的规律间隔短回文重复序列/CRISPR 相关系统 (CRISPR/Cas9)，无疑正在成为改良粮食作物和应对农业挑战不可或缺的工具。在本研究中，评估了影响转化效率的关键因素，例如 PEG4000 浓度、孵育时间和质粒量，以实现将 CRISPR/Cas9 载体有效递送到卷心菜原生质体中。使用扩增子测序，我们证实了 PEG4000 浓度和孵育时间对诱导的目标突变有显著影响。通过优化转化方案，以 40 µg 质粒和 50% PEG4000 孵育 15 分钟，实现了 26.4% 的编辑效率。虽然这些因素强烈影响突变率，但转化原生质体的活力仍然很高。我们的发现将有助于成功编辑卷心菜和其他芸苔属植物的基因组，也有助于依赖原生质体瞬时转化方法的基因功能分析和亚细胞定位等研究领域。