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发现第一个Malt1变构脚手架抑制剂
•脚手架抑制剂与蛋白酶抑制剂有所不同：•对NF K B-依赖性肿瘤生长的有效和广泛抑制作用•HST-1021与BTKI或BCL2I结合使用的强大增强的抗肿瘤作用•无TREG DEG DEGETION DEGETION DEGETION
基于结构的发现针对人多巴胺转运蛋白的新型变构抑制剂
摘要：人多巴胺转运蛋白（HDAT）调节细胞外多巴胺（DA）的再摄取，是中枢神经系统（CNS）疾病的必不可少的治疗靶标。数十年来已经确定了HDAT的变构调制。然而，运输基础的分子机制仍然难以捉摸，这阻碍了变构调节剂对HDAT的合理设计。在这里，进行了一种基于系统的结构方法，以探索内向开放（IO）构象中HDAT上的变构位点，并筛选具有变构亲和力的化合物。首先，基于最近报道的人类5-羟色胺转运蛋白（HSERT）和高斯加速分子动力学（GAMD）仿真的模型构建了HDAT结构的模型。然后，处理了HDAT上潜在的可药物变构位点，处理了七个Enamine化学库的虚拟筛查（〜440,000种化合物），导致10化合物用于体外测定法，并发现了Z1078601926，并发现了Z1078601926，发现了hdate hdat（IC 500.527）。 Nomifensine被引入为正构体配体。最后，使用额外的GAMD模拟和延迟自由能分析探索了Z1078601926和Nomifensine对HDAT的变构抑制的协同作用。■简介多巴胺转运蛋白（DAT）是属于较大的神经发射器钠钠共孢子（NSSS）的溶质载体6（SLC6）家族的成员。6这项工作中发现的命中化合物不仅为铅优化提供了一个良好的起点，而且还证明了该方法基于结构的发现的可用性，可以发现其他治疗靶标的新型变构调节剂。1 DAT功能通过将突触裂缝的多巴胺（DA）回收为突触前神经元，从而降低了多巴胺能系统的活性。2 DAT的失调被认为与抑郁症，注意力缺陷多动障碍（ADHD）和帕金森氏病（PD）等精神疾病有关。3，4此外，可卡因和甲基苯丙胺的药物滥用，这是一个广泛关注的公共卫生问题，也是由DAT功能障碍引起的。5因此，DAT被视为中枢神经系统（CNS）疾病的基本治疗靶点。
基于活动的CRIS扫描发现DNA甲基化维护机械的变构
抽象变构可以动态控制蛋白质功能。一个范式的例子是DNA甲基化维持的紧密策划过程。尽管变构站点具有根本的重要性，但它们的识别仍然是高度挑战。在这里，我们对基于基于活动的抑制剂Decitabine的基本维护甲基化机制进行了CRISPR扫描，以发现调节DNMT1的变构机制。与非共价DNMT1抑制相反，基于活性的选择暗示了DNMT1功能中催化结构域以外的许多区域。通过计算分析，我们从活跃位点的DNMT1远端中识别出涵盖多层自身抑制性界面和未表征的BAH2结构域的突变的远端突变点。我们将这些突变表征为功能获得，表现出增加的DNMT1活性。将我们的分析推送到UHRF1中，我们辨别了多个域中的功能收益突变，包括跨自抑制性TTD – PBR界面的关键残基。共同研究了基于活动的CRISPR扫描以提名候选变构站点的实用性，更广泛地介绍了新的分析工具，从而进一步完善了CRISPR扫描框架。
基于吡啶基哌嗪的rnd型多药外排泵的变构抑制剂
ef伏特转运蛋白在革兰氏阴性细菌中具有抗性。在这里，我们通过抑制其主要的RND转运蛋白Acrab-tolc来确定和化学优化基于吡idyl吡啶基吡嗪的共体，从而增强大肠杆菌的抗生素活性。抗性大肠杆菌突变体和结构生物学分析的表征表明，该化合物结合了Acrb l frotomer的跨膜结构域上的独特位点，由质子继电器涉及的关键催化残基衬里。分子动力学模拟表明，抑制剂通过AICRB L原始物中仅存在的通道从细胞质量中获取这种结合袋。因此，我们的工作揭示了一类变构EF液泵抑制剂，这些抑制剂可能通过防止RND泵的功能催化循环来起作用。
ATP 竞争性抑制剂通过变构活化和自身磷酸化反常地激活 GCN2
ATP 竞争性抑制剂通过变构活化和自身磷酸化对 GCN2 进行矛盾激活 Graham Neill 1、Vanesa Vinciauskaite 1、Marilyn Paul 2、Rebecca Gilley 3、Simon J. Cook 3、Glenn R. Masson 1* 1 邓迪大学医学院细胞与系统医学部，英国邓迪 2 邓迪大学生物化学部 Wellcome 抗感染研究中心药物发现部，英国邓迪 DD1 5EH 3 巴布拉汉研究所信号传导项目，巴布拉汉研究园区，英国剑桥 CB22 3AT *通讯作者：gmasson001@dundee.ac.uk 摘要 最近发现，一般控制非去抑制 2 (GCN2) 可以被一系列小分子 ATP 竞争性抑制剂激活，包括临床相关化合物（如 Ponatinib）和专门设计为 GCN2 抑制剂的化合物（如 GCN2iB）。此外，我们最近表明，临床批准的小分子 RAF 抑制剂可以在细胞中激活 GCN2。GCN2 是一种药物靶点，特别是在间皮瘤等癌症中，需要更好地了解这种矛盾的激活才能开发出真正抑制该酶的药物。使用生化测定和结构质谱法，我们提出了一个模型，说明这些化合物如何通过促进 HisRS 结构域中的活性构象同时竞争性抑制激酶结构域来激活 GCN2。这种构象促进 GCN2 的激活磷酸化，可能通过磷酸化未与化合物结合的其他活化 GCN2 分子来实现。总之，该模型表明，抑制 GCN2 的努力将受益于探索变构途径，而不是靶向激酶结构域的 ATP 结合口袋。
通过破坏跨膜相互作用来变构抑制表皮生长因子受体
。CC-BY 4.0 国际许可，根据未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2023 年 5 月 8 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.10.31.514582 doi：bioRxiv 预印本
Zika病毒NS2B-NS3蛋白酶靶向蛋白酶的变构抑制剂
摘要：Flaviviridae家族的成员Zika病毒（Zikv）被认为是主要的健康威胁，导致新生儿的多个小头畸形和成人Guillain-Barré综合征。在这项研究中，我们针对了ZIKV NS2B-NS3蛋白酶的“超级开放”构象的瞬时，深层和疏水的口袋，以克服活性位点袋的局限性。在针对新型变构现场对大约700万种化合物进行虚拟对接筛选后，我们选择了前六名候选物，并在酶法测定中对其进行了评估。六名候选者抑制了低微摩尔浓度下的ZIKV NS2B-NS3蛋白酶蛋白酶蛋白水解活性。这六种化合物针对ZIKV中所选的蛋白酶袋，是独特的候选药物，并开放了新的机会，可以治疗几种毒病毒感染。
可离子网络介导SH2信号蛋白中的pH依赖性变构
对于具有生理相关的预测PK A值的可离子残基，并且数据在3D结构或2D残基相互作用网络中可视化。（b）以卡通和表面格式显示的SHP2的晶体结构（PDB ID：2SHP）。蛋白质酪氨酸磷酸酶（PTP）结构域以灰色为灰色的SH2域颜色为黄色。（c）灰色和SH2结构域的SHP2（PDB ID：2SHP）的结构（PDB ID：2SHP）在黄色的灰色和SH2结构域中的结构。通过在球体中显示的可离子网络预测管道中通过的残基。带有预测PK A位移（青色）簇的残基，具有可离子相互作用的人（洋红色）跨磷酸酶-SH2域相互作用界面的残基。（d）在47 SHP2结构（平均值±SD）上使用硅离子化网络预测管道鉴定出的青色残基的预测PK A S的表。（e）残基的残基相互作用网络具有预测的PK A Shifts（Cyan）及其可电离相互作用器（Magenta）。边缘的长度反映了库仑相互作用的强度，在PTP-SH2相互作用界面处，较强的库仑相互作用具有更短的边缘长度（F）SHP2结构的变焦。来自A和B的网络残基显示在棒子中。残基有预测的PK a在青色和洋红色中的电离相互作用者的变化。
HIV-1整合酶的新有效变构抑制剂的生物学和结构分析
抽象的HIV-1积分酶ledgf变构抑制剂（INLAI）与宿主因子LedGF/p75在病毒蛋白上共享结合位点。这些小分子充当分子胶，促进蛋白质中HIV-1的高氧化，以严重扰动病毒颗粒的成熟。在此，我们基于苯支架上描述了一系列新系列的Inlais，该苯支架在单位数字纳米摩尔范围内显示抗病毒活性。类似于该类别的其他化合物，Inlais主要抑制HIV-1复制的晚期。一系列高分辨率晶体揭示了这些小分子如何与HIV-1的催化核心和C末端结构域相连。在我们的铅Inlai Com-pound BDM-2和16个临床抗逆转录病毒的面板之间没有观察到拮抗作用。此外，我们表明，对链转移抑制剂和其他类别的抗逆转录病毒药物的HIV-1变体保留了高抗病毒活性。BDM-2的病毒学作用和最近完成的单次升剂I期试验（临床检查.gov识别：NCT03634085）保留进一步的临床研究，以便与其他抗逆转录病毒药物进行结合使用。此外，我们的结果表明，该新兴药物类别的改善途径。