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World File Search System293T
使用CRISPR
从前发表的那些（Lin等人）修改了所使用的原生质体再生方案（图1）（图1），2018年； Hsu等。，2019年）。我们方法的关键是一个事实，即细胞周期的阶段在很大程度上控制了途径的选择。nhej是G1，S和G2阶段中的主要DNA修复途径，而HDR仅在晚期和G2阶段发生（Hiom，2010； Puchta和Fauser，2014）。细胞周期同步已有效提高人类胚胎肾脏293T细胞的Ti效率（Li等，2014）。为了增加晚期和G2相细胞，将烟叶孵育在含有½的强度MS，0.4 M甘露醇，1 mg/L脑苯甲甲基乙酸（NAA）和0.3 mg/l动力蛋白（1N0.3K）之前的固体培养基（1N0.3K），请在原生物分离之前三天（图S1）。在N. Benthamiana中，为了简化过程，我们添加1 mg/l naa和
人脑RNA翻译的发展动力学
*相应的作者。erin_duffylacy@hms.harvard.edu，brian.kalish@sickkids.ca，michael_greenberg@hms.harvard.edu。作者贡献EED，BTK和MEG概念化了研究并设计了实验。EED和BTK进行了核糖体分析和RNA-Seq。EED，BTK和BF分析了核糖体分析和RNA-Seq。EED和JC分析了Harringtonine处理的Ribo-Seq数据集。GC准备了用于核糖体分析的人类胚胎干细胞衍生的神经元。ACC分析了在ORF翻译起始站点上TES的插入。IP，AA，JF-K和AMM进行了理化分析。vl，aodl，karger，wp和ns进行了系统地层分析。BTK准备了用于蛋白质组学的样品，BTK，BF和Khitun分析了蛋白质组学数据。EED，EGA和NP在293T细胞中进行了微蛋白验证实验。MS和BB进行了疾病遗传力分析。EEC和EJH提供了产前脑组织样品和组织加工的技术建议。 SG协助Ribo-Seq质量控制分析。 EED，BTK，BF，ECG和MEG起草了所有合着者的意见。EEC和EJH提供了产前脑组织样品和组织加工的技术建议。SG协助Ribo-Seq质量控制分析。EED，BTK，BF，ECG和MEG起草了所有合着者的意见。
补充材料
图S1。 GSK3β与PRR11相互作用，并影响PRR11降解。 （a）分析GSK3β肽通过质谱法与PRR11蛋白相互作用的能力。 （b）用FLAG-GSK3β和HA-PRR11质粒转染了293T细胞，HA-PRR11和FLAG-GSK3β的Western blot分析在用HA和FLAG抗体分析后进行。 （c）IP分析用针对GSK3β（TOP）和PRR11（底部）的抗体分析IP分析后，Caki-1细胞中PRR11和GSK3β的蛋白质印迹分析。 （d）IP分析后，ACHN细胞中GSK3β的Western印迹分析，抗体抗体对PRR11。 （E）GSK3β在RCC细胞中沉默或过表达，通过QRT-PCR分析验证了GSK3β和PRR11的转录水平（n = 3个生物学独立实验）。 （F-G）RCC细胞用FLAG-GSK3β或SIGSK3β转染，并通过Western Blot分析验证PRR11蛋白表达。 （h）在暴露于DMSO或CHIR-99021（10μM）处理的ACHN细胞后，在指定的持续时间内，对PRR11（TOP）进行了蛋白质印迹分析。 PRR11半衰期的定量（底部，n = 3个生物学独立实验）。 （i）转染后HA-PRR11的蛋白质印迹分析图S1。GSK3β与PRR11相互作用，并影响PRR11降解。（a）分析GSK3β肽通过质谱法与PRR11蛋白相互作用的能力。（b）用FLAG-GSK3β和HA-PRR11质粒转染了293T细胞，HA-PRR11和FLAG-GSK3β的Western blot分析在用HA和FLAG抗体分析后进行。（c）IP分析用针对GSK3β（TOP）和PRR11（底部）的抗体分析IP分析后，Caki-1细胞中PRR11和GSK3β的蛋白质印迹分析。（d）IP分析后，ACHN细胞中GSK3β的Western印迹分析，抗体抗体对PRR11。（E）GSK3β在RCC细胞中沉默或过表达，通过QRT-PCR分析验证了GSK3β和PRR11的转录水平（n = 3个生物学独立实验）。（F-G）RCC细胞用FLAG-GSK3β或SIGSK3β转染，并通过Western Blot分析验证PRR11蛋白表达。（h）在暴露于DMSO或CHIR-99021（10μM）处理的ACHN细胞后，在指定的持续时间内，对PRR11（TOP）进行了蛋白质印迹分析。PRR11半衰期的定量（底部，n = 3个生物学独立实验）。（i）转染后HA-PRR11的蛋白质印迹分析
碱基编辑作为脊髓性肌萎缩症的基因治疗方法
图 1. 开发腺嘌呤碱基编辑来纠正 SMN2 外显子 7 C6T。a、未受影响个体和脊髓性肌萎缩症 (SMA) 患者的 SMN1 和 SMN2 示意图。SMN1 中的突变会导致 SMA，因为 SMN 蛋白会消耗，而这可以通过编辑 SMN2 来恢复。b、与 SMN1 相比，SMN2 外显子 7 C 到 T (C6T) 多态性的示意图，其中有碱基编辑器 gRNA 靶位及其估计的编辑窗口。cd、当使用由腺嘌呤脱氨酶结构域 ABEmax 33,38、ABE8.20m 35 和 ABE8e 36 与野生型 SpCas9（面板 c）或 SpRY 37（面板 d）融合的 ABE 时，对 SMN2 C6T 靶向腺嘌呤和其他旁观者碱基进行 A-to-G 编辑，通过靶向测序进行评估。 e，使用 SpRY 或其他宽松 SpCas9 PAM 变体 43 对 SMN2 外显子 7 中的腺嘌呤进行 A 到 G 编辑，通过靶向测序进行评估。图 ce 中的数据来自 HEK 293T 细胞中的实验；n = 3 个独立生物学重复的平均值、sem 和单个数据点。
基因组编辑细胞的简化选择方法
在过去十年中，转录激活因子样效应核酸酶和基于 CRISPR 的基因组工程彻底改变了我们的生物学方法。由于其高效性和易用性，现在几乎每个实验室都能够开发定制的敲除和敲入动物或细胞模型。尽管如此，产生转基因细胞通常需要一个选择步骤，通常通过抗生素或荧光标记来实现。选择标记的选择基于可用的实验室资源，例如细胞类型，还应考虑时间和成本等参数。在这里，我们提出了一种称为磁激活基因组编辑细胞分选的新型快速策略，根据磁性分选 Cas9 阳性细胞中存在的表面抗原（即 tCD19）的能力来选择转基因细胞。通过使用磁激活基因组编辑细胞分选，我们成功生成并分离了基因改造的人类诱导多能干细胞、原代人类成纤维细胞、SH-SY5Y 神经母细胞样细胞、HaCaT 和 HEK 293T 细胞。我们的策略扩展了基因组编辑工具箱，提供了一种快速、廉价且易于使用的替代现有选择方法的方法。
分析CRISPR介导的DNA裂解后基于NHEJ的DNA修复
摘要：使用CRISPR-CAS9核酸酶进行基因组编辑是基于DNA双重断裂（DSB）的修复。在真核细胞中，DSB通过同源指导的修复（HDR），非同源末端连接（NHEJ）或微学介导的终端连接（MMEJ）途径重新加入。其中，人们认为NHEJ途径是主导的，并且发生在整个细胞周期中。已知基于NHEJ的DSB维修是错误的；但是，很少有研究深入研究内源基因。在这里，我们通过掺入外源性DNA寡核苷酸来量化基于NHEJ的DSB修复精度（称为NHEJ精度）。通过对DSB发生后的外源性DNA和内源性靶点之间的连接序列的分析，我们确定NHEJ准确性的平均值在HEK 293T细胞中的最大值约为75％。在深入的分析中，我们发现NHEJ的精度依赖于序列，并且DSB端的近端邻近基序（PAM）的值相对较低，低于PAM远端的DSB。此外，我们观察到插入突变比与NHEJ准确性程度之间存在负相关。我们的发现将扩大对CAS9介导的基因组编辑的理解。
基因组编辑细胞的简化选择方法
在过去十年中，转录激活因子样效应核酸酶和基于 CRISPR 的基因组工程彻底改变了我们的生物学方法。由于其高效性和易用性，现在几乎每个实验室都能够开发定制的敲除和敲入动物或细胞模型。尽管如此，产生转基因细胞通常需要一个选择步骤，通常通过抗生素或荧光标记来实现。选择标记的选择基于可用的实验室资源，例如细胞类型，还应考虑时间和成本等参数。在这里，我们提出了一种称为磁激活基因组编辑细胞分选的新型快速策略，根据磁性分选 Cas9 阳性细胞中存在的表面抗原（即 tCD19）的能力来选择转基因细胞。通过使用磁激活基因组编辑细胞分选，我们成功生成并分离了基因改造的人类诱导多能干细胞、原代人类成纤维细胞、SH-SY5Y 神经母细胞样细胞、HaCaT 和 HEK 293T 细胞。我们的策略扩展了基因组编辑工具箱，提供了一种快速、廉价且易于使用的替代现有选择方法的方法。
印鼠客蚤唾液腺中的 FS48 通过阻断电压门控 K + 通道对 NCI-H460 细胞产生体外抗癌作用
电压门控钾通道在多种癌细胞（包括肺癌细胞）的细胞过程中发挥作用。我们前期鉴定并报道了一种来自印鼠客蚤唾液蛋白FS48，在HEK 293T细胞中检测时，其对K v 1.1-1.3通道表现出抑制活性。但FS48是否对表达K v 通道的癌细胞有抑制作用尚不清楚。本研究旨在通过膜片钳、MTT、划痕愈合、transwell、明胶酶谱、qRT-PCR和WB检测方法揭示FS48对K v 通道和NCI-H460人肺癌细胞的影响。结果表明，FS48虽然不能抑制NCI-H460细胞的增殖，但能以剂量依赖性方式有效抑制K v 电流、迁移和侵袭。此外，发现K v 1.1和K v 1.3 mRNA和蛋白质的表达显著降低。最后，FS48降低了MMP-9的mRNA水平，同时增加了TIMP-1的mRNA水平。本研究首次揭示了吸血节肢动物唾液衍生蛋白可以通过K v 通道抑制肿瘤细胞的生理活动。此外，FS48可以作为针对表达K v 通道的肿瘤细胞的靶向化合物。
使用Cell -Profiler
是研究数字，维度，内容和分泌细胞器的定位的最常用和通用的方法之一是共聚焦显微镜分析。然而，可以在细胞中引起的分泌细胞器的数量，大小和形状中存在相当大的异质性。因此，需要分析大量细胞器以进行有效量化。正确评估这些参数需要一种自动，无偏的方法来处理和定量分析显微镜数据。在这里，我们描述了由Cell -Profiler软件运行的两个管道，称为OrganleleProfiler和OrganeLlecontentProfiler。这些管道线用于内皮菌落形成细胞（ECFC）的共聚焦图像，其中包含独特的分泌细胞器，称为Weibel-Palade体（WPB），以及ECFC和ECFC和人类胚胎肾脏293T（HEK293T）细胞的早期内体。结果表明，管道可以量化细胞计数，大小，细胞器计数，细胞器的大小，形状，与细胞和细胞的关系，以及在内皮和HEK293T细胞中与这些物体的距离。此外，使用管道来测量高尔基体破裂后WPB大小的减小，并在ECFC中触发CAMP介导的信号通路后量化WPB的核周聚类。此外，管道能够量化位于细胞器或细胞质中的二级信号，例如小的WPB GTPase RAB27A。使用斐济检查了细胞剖面测量值的有效性。确定，这些管道为多个细胞和细胞器类型的特性提供了强大的，高处理的定量工具。这些管道是免费的，可以在不同的细胞类型或细胞器上易于使用，并且易于编辑。
多价阳离子脂质体-DNA复合物介导的体外CRISPR/Cas9转染和基因编辑
摘要：成簇的规则间隔短回文重复序列 (CRISPR) 和 CRISPR 相关核酸酶 9 (Cas9) 基因编辑为癌症、心血管、神经和免疫疾病等遗传病因的疾病治疗提供了令人兴奋的新治疗可能性。然而，由于缺乏安全、多功能和有效的非病毒递送系统，其临床转化受到阻碍。本文我们报告了两种阳离子脂质体-DNA 系统（即脂质复合物）的制备和应用，用于 CRISPR/Cas9 基因递送。为此，使用了两种阳离子脂质（DOTAP，单价，和 MVL5，多价，+5 e 标称电荷），以及三种辅助脂质（DOPC、DOPE 和单油精 (GMO)）。我们证明，编码 Cas9 和单向导 RNA (sgRNA) 的质粒（由于其较大 (>9 kb) 通常难以转染）可以通过基于 MVL5 的脂质体成功转染到 HEK 293T 细胞中。相比之下，基于 DOTAP 的脂质体转染率非常低。基于 MVL5 的脂质体表现出逃离溶酶体的能力，这可能解释了其卓越的转染效率。在基因编辑方面，基于 MVL5 的脂质体实现了有希望的 GFP 敲除水平，在电荷比 (+/-) 为 10 时达到超过 35% 的敲除率。尽管敲除效率与 Lipofectamine 3000® 商业试剂相当，但基于 MVL5 的制剂中的非特异性基因敲除更为明显，这可能是因为这些制剂具有相当大的细胞毒性。总之，这些结果表明，多价脂质基脂质体复合物是有前途的 CRISPR/Cas9 质粒递送载体，通过进一步优化和功能化，其可能成为合适的体内递送系统。