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活性 DNA 去甲基化位于杆状病毒的上游...
多能视网膜祖细胞的视网膜细胞命运决定受染色质结构和基因表达的动态变化控制。DNA 胞嘧啶甲基化 (5mC) 受到积极调控，以正确控制基因表达和染色质结构。许多基因在视网膜发育过程中表现出活性 DNA 去甲基化；这个过程需要将 5mC 氧化为 5-羟甲基胞嘧啶 (5hmC)，并由十-十一易位甲基胞嘧啶双加氧酶 (TET) 酶控制。使用一系列等位基因条件性 TET 酶突变体，我们确定 DNA 去甲基化是 NRL 和 NR2E3 表达上游所必需的，以建立视杆细胞命运。使用组织学、行为学、转录组学和碱基对分辨率 DNA 甲基化分析，我们确定抑制活性 DNA 去甲基化会导致整体变化
人类脑皮质的遗传异常神经元的围产期减少
抽象的长读测序技术（例如牛津纳米孔（ONT））可直接检测DNA碱基修饰。虽然已经开发了几种工具和模型来鉴定纳米孔数据中的DNA甲基化，但它们通常仅限于5-甲基胞嘧啶（5MC）和较老的流循环（FC）化学。新模型的性能和准确性，包括由ONT开发的模型，尤其是对于他们的新FC化学（R10.4.1）和采样率（5KHz）而言。在这里，使用多种细菌和人类数据集，我们系统地评估了5MC（CPG和非CPG环境），6-甲基二氨酸和4-甲基环霉素的现有甲基化模型的性能。我们还展示了其他参数的效果，例如测序深度，读取质量，基本模式，更重要的是，相邻DNA修饰的存在。因此，我们的工作为利用纳米孔测序研究DNA修饰的研究人员提供了重要信息，并在当前一代甲基化检测模型中突出显示了空隙。
双重见解。一个简单的测定。
检测DNA甲基化的常见方法使用硫酸盐或酶将未甲基化的C转换为在测序数据中读取为T。这导致核苷酸多样性低的文库很难对齐。亚硫酸盐治疗损害DNA的恶劣条件，在基因组数据中留下了很大的差距。Illumina 5基本化学直接以简单的单步直接将5MC转换为t，该步骤非启示DNA并保留了库复杂性。
TET蛋白抑制剂
十个时期的易位甲基二氧酶（TET Pro Teins）属于铁（II）和α-酮戊二酸依赖性二氧酶。他们（TET1，TET2和TET3）催化DNA（5-甲基胞菌素）中的连续氧合反应[1,2]。TET蛋白逐渐将5-甲基胞嘧啶转化为5-羟基甲基胞嘧啶，5-甲基环胞嘧啶，最后是5-羧基糖苷。然而，一些高影响力的研究表明，TET蛋白也可能参与RNA中5-甲基乳房的氧化[3-5]。TET蛋白在DNA脱甲基化中的作用如图1。DNA胞嘧啶改性（5-甲基胞嘧啶，5-羟基甲苯丁胺，5-甲基环胞嘧啶和5-羧基糖苷）在控制染色体功能的控制中起关键作用（例如，X-Chromome insct ins x-Chrome insctry and in Inmome insctive and x-chrome insive and in Inmome insctiv and in Inmome inscry and in Inmome inscry and insctiv and in Inmome inscry and insctiv and in Inmome。[6 - 8]。5-甲基胞霉素（5MC；称为第五碱）显着参与基因表达和转座的抑制和5-甲基胞霉素（5MC；称为第五碱）显着参与基因表达和转座的抑制和
利用变压器模型的解释性来改善DNA 5-甲基环肽识别（学生摘要）
引入DNA甲基化发生时，将甲基（CH3）添加到DNA序列中时。添加的甲基的位置决定了甲基化的类型。在特殊性中，胞嘧啶（5MC）的第五位置的DNA修饰在基因调节中起着至关重要的作用，并且参与了其他重要的生物学过程（Breiling and Lyko 2015）在细菌和真核生物中都发生。目前对基于变压器的语言模型有很大的兴趣。诸如Bert之类的模型（Devlin等人2018）及其变体在几种自然语言处理任务上表现良好。除了适应特定领域（例如医学领域）外，基于变压器的语言模型也被转移到生物学序列（例如DNA序列）（Ji等人2021）和蛋白质术（Teufel等人2022）。在木兰 - 甲基（Zeng，Gautam和Huson 2023）中，我们介绍了几种针对域特异性的微型语言模型，用于对短DNA序列的甲基化状态进行分类。在这里，我们的目的是将这种模型用作编码器，以分类哺乳动物的5MC DNA甲基化状态。以前的研究（Abnar和Zuidema 2020）表明，变压器的自我发注意机制可用于解释模型并量化特征性节奏，而我们在Mulan-Methyl上的工作表明，注意力评分可以提高合理的特征重要性。因此，在这里，我们提出了一项研究，该研究使用由编码器产生的注意权重作为
新英格兰Biolabs分析证书
通过构建由基因组DNA和DNA对照组成的Nebnext®EM-SEQ库（CPG甲基化的PUC19和未甲基化的Lambda），通过构建Nebnext®EM-SEQ库进行了功能测试，并与前面的批次进行了测试。NEBNEXT®EM-SEQ KIT的最小值和最大DNA输入要求用于制作在同一Illumina®流动池上测序的库。库评估基于指标，包括库产量，库大小，GC偏置，插入大小以及在基因组DNA和内部对照中检测到的CpG，CHG，CHH环境的5MC/5HMC百分比。
RNA中的5-甲环环肽的定量测序方法
已经确定了100多种自然发生的RNA修饰，其中一些在基因表达调节中起了各种作用。[1-3]作为真核mRNA中最丰富的内部修饰，n 6-甲基拉丹代氨酸（M 6 A）受动态调节，并参与了mRNA代谢的许多方面，例如替代拼接，[4]核输出，[5]稳定性，[5]稳定性，[6] [6]转换[7,8]和dean。[9]近年来，关于其他mRNA修饰的整个转录组测序的研究也已经出现。报告的排序方法可以分组为：（1）基于抗体的M 6 A 4，M 1 A，[10-13] AC 4 C 14,15，M 5 C 16和HM 5 C 17。这些方法依赖于基于抗体的富集，但既不能达到碱基精度也无法揭示绝对修饰的部分。（2）逆转录（RT）基于停止的方法，例如基于CMC的假喹啉测序[18]和基于低DNTP的2'-O-O-ME测序。[19]尽管这些方法可以以基础分辨率检测修饰位点，但它们通常具有很高的假阳性速率，因为RT停止签名可能是非特定于特定特定的。[20]（3）基于RT突变的AP促进，例如映射M 6 A，[21-24] M 7 G [25-27]和M 1 A [28]的方法，这些方法在修改的位点产生突变特征以实现单个基础分辨率，以低背景。（4）基于RT缺失的方法，例如BS诱导的定量假氨酸测序。[29,30] RNA修饰中的另一个考虑是每个位点的修饰化学计量法。修饰分数是与修饰动力学及其调节功能直接相关的生物学参数。5-甲基胞嘧啶（5MC），5-羟基甲基环胞嘧啶（5HMC）和5-甲基辛糖苷（5FC）是DNA中重要的中间体的DNA修饰，是活性DNA 5MC
低输入/FFPE 样本的选项
福尔马林固定石蜡包埋组织 (FFPE) 中的基因组 DNA 是基因组研究的常见来源，但由于固定损伤、碎片化和提取 DNA 的产量低，文库制备和测序具有挑战性。面对需要评估全基因组体细胞变异调用、正常边缘变异调用和甲基化状态的研究设计，输入的 FFPE DNA 数量和质量变得有限。用于生成全基因组测序和甲基化数据的既定方法（长读测序或标准短读 + 甲基化测序或阵列）需要高输入 DNA 数量和质量。生物模态 evoC 文库制备方法提供了一种替代化学方法，可实现标准全基因组测序，对 DNA 的输入要求低（<80ng），同时提供 5mC（和 5hmC 选项）调用。
铁状态的特征，氧化反应和DNA甲基化特征，响应于职业氧化铁纳米颗粒暴露
摘要虽然氧化铁纳米颗粒（IONP）的发展和应用可能会带来暴露风险和不利的健康结果，但由于职业暴露而引起的生物学变化仍未探索。这项横断面研究招募了23名工厂的工人，该工厂生产IONP和23个年龄和性别匹配的对照，而没有金属丰富的职业危害暴露。使用相应的酶 - 连接的免疫吸收测定法和甲基化特异性聚合酶链反应（PCR）分别测量了在工作场所的暴露指标，并测量外周血中的铁状态，氧化标记和基因组DNA的甲基化谱。在制造/处理IONP的工作过程中，工作地点处的空气颗粒的质量浓度，数量计数和表面积浓度显着增加。Overall, com- pared to controls, workers exhibited increased 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) levels without changes in 5-methylcytosine (5mC), hepcidin methylation, iron, soluble transferrin receptor (sTfR), ferritin, hepcidin, 8-hydroxydeoxyguanosine, and glutathione.使用部分相关分析（r¼0.521，p <0.001），发现了5HMC和IONP确定的一年之间的正相关，并确保年龄，性别和可替宁调整。在对INOP暴露和5HMC水平分层后，对年龄，性别和可替宁的调整的单变量一般线性模型发现，对照组中低和高5HMC水平的受试者中5MC和STFR的估计平均水平为11％和14.4％和14.4％（P 0.01），以及80.9 nm和80.9 nm和70.3 nm（p <0.05）（p <0.05）。5HMC水平较低的工人和对照中的STFR的估计平均水平为88.3 nm和68.7 nm（p 0.01）。多元线性回归分析表明，STFR和5HMC（标准化的¼0.420，p¼0.014）和女性性别（标准化的女性性别（标准化的¼0.672，p <0.001））对于低5hmc水平的受试者。这些发现表明，增加了5HMC可以差异化来监测具有稳定的铁稳态的表观遗传学特征，这些稳定的IONP暴露的个体可能会早期经历但特定的STFR降低，尤其是对于女性，尤其是与5HMC较低水平的增量相关的女性。
用RVSV二价疫苗进行口服免疫，包括ADCC在内的保护性免疫反应，包括SARS-COV-2和流感A病毒
Highly accurate long-read single-molecule sequencing has revolutionized the comprehensive assembly of phased genetic architectures (Wenger et al.2019; Vollger等。2020; Nurk等。2022）。In addition, long-read single-molecule sequencing has permitted the direct identification of modified DNA bases such as m6A and 5-methylcytosine (5mC) (Marks et al.2012;克拉克等。2012; Murray等。2012; Loman等。2015; [CSL样式错误：没有印刷表格的参考。]）启用单分子染色质纤维测序（Stergachis等人2020; Lee等。2020; Abdulhay等。2020; Shipony等。2020）。Specifically, single-molecule chromatin fiber sequencing leverages non-specific methyltransferases to selectively stencil chromatin protein occupancy patterns directly onto their underlying DNA molecules in the form of modified bases.修饰碱基。For example, during single-molecule, real-time (SMRT) sequencing, the identity of each base is determined based on the fluorophore-labeled