注意:样品的核酸浓度通过其在260 nm处的紫外吸光度计算,其中1(1 cm路径长度)等于50μlDNA/mL。对RNA,蛋白质,盐,乙醇或其他非核酸污染物的污染有助于在260 nm处的总吸收,因此导致对真实DNA浓度的高估。使用紫外光谱法测量时,A260/A280的比率在1.80–1.90和A260/A230> 1.8之间表示纯DNA。A260/A280和A260/230比2.0以上的比率表示RNA污染。相反,A260/A280比1.8低于1.8表示蛋白质污染。另外,低A260 / A230比表示存在腐殖酸以及蛋白质,糖,乙醇,盐和其他污染物,这些污染物可能会抑制后续的酶促反应。
注意:样品的核酸浓度是通过其在 260 nm 处的紫外吸光度计算得出的,其中吸光度 1(1 cm 光程长度)相当于 50 μL DNA/mL。RNA、蛋白质、盐、乙醇或其他非核酸污染物的污染会导致 260 nm 处的总吸光度增加,因此会导致对真实 DNA 浓度的估计过高。使用紫外光谱测量时,A260/A280 比率在 1.80–1.90 之间且 A260/A230 >1.8 表示纯 DNA。A260/A280 和 A260/230 比率高于 2.0 表示 RNA 污染。相反,A260/A280 比率低于 1.8 表示蛋白质污染。此外,较低的 A260 / A230 比率表明存在腐殖酸以及蛋白质、糖、乙醇、盐和其他污染物,这些污染物可能会抑制后续的酶促反应。
注意:样品的核酸浓度是根据260 nm的紫外吸光度计算的,其中1(1 cm路径长度)等于50μlDNA/mL。对RNA,蛋白质,盐,乙醇和腐殖酸或其他非核酸污染物的污染促成260 nm处的总吸收,因此导致实际DNA浓度高估。使用紫外光谱法测量时,A260/A280的比率在1.80–1.90和A260/A230> 1.8之间表示纯DNA。A260/A280和260/230比率高于2.0的比例表示RNA污染。相反,A260/A280比1.8低于1.8表示蛋白质污染。此外,低的A260 / A230比表明腐殖酸可能存在,还可能存在蛋白质,糖,乙醇,盐和其他可能抑制后续酶促反应的污染物。
将柱子转移到新的 DNA 和/或 RNA 洗脱管(已提供)中。向膜柱中心添加 100 μL 无 RNAse 的水,等待 1 分钟,然后以最大速度离心 1 分钟。RNA/DNA 样本现在可以用于下游应用了。注意:用 100 μL 无 RNAse 的水洗脱将最大程度地提高核酸的产量。为了获得更浓缩的样品,至少可以使用 50 μL 无 RNAse 的水。注意:样品的核酸浓度是通过其在 260 nm 下的紫外吸光度计算的,其中吸光度 1(1 cm 光程长度)相当于 50 μL DNA/mL。RNA、蛋白质、盐、乙醇、腐殖酸或其他非核酸污染物的污染会导致 260 nm 下的总吸收,因此导致对真实 DNA 浓度的估计过高。使用紫外光谱法测量时,A260/A280 比率在 1.80–1.90 之间且 A260/A230 >1.8 表示纯 DNA。A260/A280 和 A260/230 比率高于 2.0 表示 RNA 污染。相反,A260/A280 比率低于 1.8 表示蛋白质污染。此外,较低的 A260/A230 比率表示存在腐殖酸以及蛋白质、糖类、乙醇、盐和其他可能抑制后续酶促反应的污染物。
1尼日利亚纽约州尼日利亚大学尼日利亚大学植物科学与生物技术系。2 Inqaba Biotec West Africa Ltd.,尼日利亚伊巴丹Moniya的IITA巴士站对面。通讯作者:isuosuo chinyere chioma。由于成本,速度和安全性,可以使用几种商用套件代替常规提取方法。因此,使用Zymo Research Mini植物/种子DNA提取试剂盒来确定86种非洲treculia Africana品种的DNA提取物的产量和纯度。Nanodrop Thermo Scientific™Nanodrop™一种微型紫外线分光光度计用于确定提取的DNA的质量和数量。使用内部转录的间隔1和2(其1和2)通过聚合酶链反应扩增提取的DNA。在1%琼脂糖凝胶电泳上运行扩增子。记录了A260/280和A260/230的浓度(NG/µL)和样品的A260/230。配件之间的浓度和纯度值各不相同。A260/280的纯度分别在1.5到2.18之间,分别从B22和B43获得,而A260/230的比例分别为0.93至39.56,分别从CANSKIONS C46 - AB6获得。在A260/280比率和A260/230比率下得出的值主要在1.8 - 2.0的可接受范围内,这表明ZR试剂盒可以消除污染物。因此,可以方便地进行下游应用,例如PCR和测序。在琼脂糖凝胶图像上揭示了使用Zymo Research Mini Prep作为DNA提取试剂盒的适用性和效率。Zymo Research DNA提取试剂盒适合于从treculia物种的种子中提取DNA。
图 1. DNA 质量。使用 SPINeasy DNA Pro 土壤试剂盒和/或竞争对手试剂盒 (Q pro) 处理具有不同生物量/污染物含量(每种 250 毫克)的土壤样品。中等生物量组包括在 -20°C 下储存 12-24 个月的样品,这可能会对分离的 DNA 的产量和完整性产生负面影响。当样品在检测范围内时,使用分光光度计重复四次评估 DNA 产量和纯度(A260/A280 和 A260/A230 比率)。图中的每个点代表一次提取。水平条表示中值。使用 DNA 凝胶评估 DNA 完整性。对于低生物量样品,加载了相似比例的 DNA 洗脱液,以比较 SPINeasy DNA Pro 土壤试剂盒和竞争对手试剂盒的性能。
图1。DNA质量。使用Spineasy DNA Pro试剂盒处理土壤和/或竞争者试剂盒(Q Pro),对具有各种生物量/污染物含量的土壤样品(每种250 mg)进行处理。培养基生物量组包括存储在-20°C的样品12-24个月,这可能会对分离的DNA的产量和完整性产生负面影响。当样品在检测范围内时,使用分光光度计评估了使用分光光度计评估DNA产量和纯度(A260/A280和A260/A230比率)。该图的每个点代表一个单个提取。水平条表示中值。使用DNA凝胶评估DNA完整性。对于低生物量样品,将类似比例的DNA洗脱素加载,以比较Spineasy DNA Pro套件用于土壤和竞争者试剂盒的性能。
Thermo Scientific Genejet基因组DNA纯化试剂盒通过从200 µL血液中分离基因组DNA和5 mg的哺乳动物组织,遵循所述方案来获得资格。纯化的基因组DNA的A260/280比为≥1.7。在琼脂糖凝胶电泳和溴化乙锭染色后,看到一个超过30 kb的单个带。通过限制酶对单拷贝基因和消化的PCR扩增来评估基因组DNA的功能质量。
金枪鱼是属于Scombridae家族的物种。灰玉米棒,利胡玉米棒,科莫·科布斯和克雷·科布斯有几种类型的金枪鱼。在形态上,金枪鱼物种彼此相似。这可能会在确定金枪鱼物种的产生时在田间记录时会导致错误。这项研究的目的是使用COI基因(细胞色素C氧化酶亚基I)确定kedonganan鱼市场的金枪鱼物种。从巴厘岛Badung的Kedonganan鱼市场购买了两种汤哥鱼。DNA提取是使用CHELEX从鱼鳍中进行的,然后进行COI基因的扩增。然后将PCR产物进行电泳并分散。使用NCBI(国家生物技术信息中心)中包含的基本局部比对搜索工具(BLAST),将DNA续集与数据库匹配。提取产生浓度为5.91 ng/ l的DNA,样品1的A260/ A280 = 1.3比例,而对于样品2 DNA的浓度为6.27 ng/L,A260/ A280的比例为6.27 ng/L。最终的PCR产品约为700bp。COI基因序列的结果均为两种鱼类的682 bp基因产生。BLAST分析与Komo(Euthynnus affinis)和Lisong(Auxis Rochei)Cob产生了99.84-100%的身份百分比。
使用Monarch RNA清洁套件(NEB#T2040)或竞争对手试剂盒(根据制造商的建议)清理了Engen®SgrNA合成试剂盒(NEB#E3322)的六种不同的SGRNA合成反应(NEB#E3322)(NEB#E3322),并在50μL的50μLNutece-Free Free Water中进行了体重。SGRNA产量是根据由Trinean Dropsense™16进行测量的结果A260计算的。君主RNA清理套件产生的SGRNA产生与其他市售RNA清理套件一致的。清理后,通过LC-MS测量残留核苷酸(NTP),并报告为面积为NTPS百分比(RATP+RCTP+RGTP+RUTP)/SGRNA百分比。NEB Monarch RNA清理套件始终优于其他市售的RNA清洁套件,从而从SGRNA合成反应中去除残留的NTP。
