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粪便菌群与炎症性肠病的肠外表现有关
摘要简介：大部分炎症性肠病患者（IBD）经历了胃肠道外IBD相关的炎症状况，称为肠外表现（EIM），进一步降低了生活质量，在极端情况下，可能会危及生命。EIMS的发病机理仍然未知，尽管肠道菌群改变是IBD患者的众所周知的特征，但其与EIMS的关系仍然很少研究。这项研究旨在比较有没有EIM的IBD患者的肠道菌群。方法：该研究中总共包括131名IBD患者，其中86例具有EIMS（IBD-EIM）史，而45例没有（IBD-C）。粪便样品接受了16S rRNA测序。放大序列变体（ASV）映射到SILVA数据库。比较了IBD-EIM和IBD-C之间的多样性指数和距离矩阵。使用自定义多重模型统计分析方法鉴定了差异丰富的ASV，并使用稀疏相关性（SPARCC）（SPARCC）鉴定了共同相关细菌的模块，并且与患者EIM状态有关。结果：IBD患者和EIMS患者表现出疾病活性增加，体重指数，粪便钙骨蛋白钙蛋白酶水平升高以及循环单核细胞和中性粒细胞。微生物学上，IBD-EIM比IBD-C（Mann-Whitney's Test，p = .01）和独特的粪便微生物群组成（方差的置换多变量分析；加权Unifrac，r 2 = 0.018，p = .01）。共有26个ASV在IBD-EIM和IBD-C之间表现出不同的相对丰度，包括减少的Agathobacter和Blautia和IBD-Eim组中的Eggerthella lenta增加。SPARCC分析确定了27个细菌共同关联模块，其中3个与EIM（逻辑回归，p <.05）呈负相关，其中包括重要的健康相关细菌，例如Agathobacter和Agathobacter和Faecalibacterium。结论：EIMS IBD患者的粪便菌群与没有EIM的IBD患者不同，对于EIM发病机理可能很重要。
生命第一年的皮肤微生物组及其与特应性皮炎的关联
fi g u r e 2皮肤细菌群落在生命的第一年表现出强烈的时间变化。（a）随着年龄的增长，皮肤细菌门和物种相对丰度的演变的一般概述。门以不同的颜色表示，物种以不同的阴影表示。门显示，所有年龄段的最大相对丰度低于2％的物种被纳入“其他年龄段”。最深的分类分类分类包括在未解决的物种的标签中，而更深的未解决分类学水平则标记为“未知”。（b）在不同年龄观察到的不同皮肤细菌扩增子序列变体（ASV）的数量。（c）对皮肤细菌群落的非金属多维缩放（NMDS）分析，每个年龄段显示了95％的数据椭圆。（d）以香农多样性指数（SDI）为代表的年龄跨年龄的皮肤细菌多样性。（e）跨年龄段所选ASV的相对丰度，显示为稀有，标准化，缩放和对数转换的读数。框图仅在非零值上绘制。所有图都代表跨时间（n = 124）的完整纵向样本集。通过配对Wilcoxon检验评估的统计显着性与使用Benjamini和Hochberg方法进行多次比较的P值进行了评估。ns：p> .05（未显示），*：p≤.05，**：p≤.01，***：p≤.001，****：p≤.0001。
通过细菌培养和16S核糖体RNA基因测序评估的荷斯坦乳制品小母牛和母牛中怀孕子宫的微生物组
结果：从怀孕生殖道（污染控制）的外表面培养了87种独特的细菌，并从妊娠组织培养的12种细菌物种。10头牛中有6个（60％）在怀孕子宫内的至少一个位置表现出细菌生长。对于元学结果（16S rRNA基因测序），鉴定出低靶向微生物生物量。对检测到的扩增子序列变体（ASV）的分析表明，有：（1）属在外表面和怀孕子宫内都普遍存在； （2）在外表面上盛行但未检测到的属，或者在怀孕子宫内未被检测到非常低的患病率； （3）未检测到的属或在外表面患病率较低但在怀孕子宫内的患病率相对较高。
补充材料
补充材料。材料与方法文库制备和 Miseq (Illumina®) 测序使用文库制备指南 (LPG) ( https://support.illumina.com/downloads/16s_metagenomic_sequencing_library_preparation.html ) 中报告的 Illumina 接头序列和引物悬垂部分（正向和反向）扩增 16S rRNA 基因的 460 bp V3-V4 高变区。使用以下 PCR 反应扩增每个 DNA 样本：2.5 µl 5 ng/ µl DNA、5 µl 引物正向悬垂部分、5 µl 引物反向悬垂部分、12.5 µl 2x KAPA HiFi HotStart ReadyMix (KAPA Biosystems)。使用 LPG 中报告的循环程序。 PCR 产物在 2% 琼脂糖凝胶（GellyPhor LE，Euroclone SPA，意大利米兰）上电泳分离，并用 GelRed™ 核酸凝胶染料（Biotium，美国加利福尼亚州海沃德）染色。通过紫外光透射仪观察预期长度的 PCR 产物的存在。然后，用 NucleoMag 试剂盒纯化 DNA 扩增子以清理和选择 NGS 文库制备反应的大小（Macherey-Nagel），并按照制造商的说明使用 Illumina® DNA/RNA UD Indexes Tagmentation 试剂盒对每个样本进行索引。在验证和定量之前，对文库进行进一步纯化。在 Agilent 4150 TapeStation D1000 ScreenTape 检测仪（安捷伦科技公司）上对文库进行验证，以验证大小，而定量则使用 Qubit 4 荧光计（赛默飞世尔科技，美国）。根据 DNA 扩增子的大小，应用 Illumina LPG 中报告的公式，以 nM 为单位计算最终的 DNA 浓度。最后，将每个文库中的 5 µl 稀释 DNA 等分试样混合，以合并具有唯一索引的文库。在 Miseq 加载之前，根据 Illumina LPG 说明对合并的文库进行变性和稀释。使用 MiSeq Reagent Micro Kit v2（500 个循环）加载合并的文库，运行包括 20% PhiX 作为内部对照。生物信息学分析测序数据包含在包含带有原始读取的 FASTQ 文件的文件夹中（R1 文件包含每个样本的正向读取，R2 文件包含每个样本的反向读取），使用 FastQC（英国剑桥 Babraham Institute）进行质量检查。然后，使用 DADA2 R 包（Callahan 等人，2016 年）处理 R1 和 R2 文件以生成扩增子序列变体 (ASV)（图 1）。最终生成了 ASV 表，总结了每个样本的不同 ASV 的数量。
主要的环境驱动因素的丰度，多样性和社区结构在稻田中
最近发现的完整氨氧化剂（comammox硝基螺旋体）包含了进化枝A和B，该进化枝A和B建立了一个独立的一步硝化过程。但是，对于农业土壤中的环境驱动因素或栖息地分布知之甚少。先前对稻田中硝基核心的研究主要集中在小型样品上，并且缺乏对稻田中comammamox硝基螺旋体的多站点研究。在这项研究中，我们对36个稻田的调查进行了调查，旨在了解Comammox硝基核心社区结构，丰富性和多样性以及它们受环境因素的影响程度。comammox硝基螺旋藻被发现广泛分布在稻土中。comammox硝基螺旋向进化枝A的丰度大多低于进化枝B，而其多样性大多高于Bade B.相关分析表明，多个因素影响了Comammox硝基螺旋体的丰度，包括pH，土壤有机物，总碳，总氮，纬度，平均年温度和平均年降水量（P <0.05）。此外，comammox硝基螺旋藻群落和栖息地之间存在明显的关系，表明某些扩增子序列变体（ASV）在特定栖息地中具有独特的主导地位。的系统发育分析表明，comammox硝基螺旋藻的ASV是由稻田中已知序列聚集的，与其他栖息地中的已知序列有显着差异。这可能与稻田的独特栖息地有关。相比之下，comammox硝基螺旋向进化枝B没有显示出明显的栖息地依赖性。这些结果支持稻田中硝基核心的广泛分布和大量的丰富性，并提供了对农业生态系统中氮循环和营养管理的新见解。
NINA 数据报告
摘要 Jacobsen, RM、Davey, M.、Endrestøl, A.、Fossøy, F. 和 Åström, J. 2024. 早期发现新的陆地外来物种。 2023 年昆虫和蛛形纲动物 DNA 条形码结果。NINA 数据报告 1。挪威自然研究所。 https://hdl.handle.net/11250/3165181 自 2018 年起，挪威自然研究所每年对挪威东南部的 25 条路线进行监测，主要目的是检测挪威自然界中早期建立阶段的新外来物种。每个方格中都绘制了陆生维管植物和节肢动物（主要是昆虫，但也有一些蛛形纲动物、少量跳虫和其他节肢动物）。这里只报告了 2023 年节肢动物调查的结果。每个方格都用一个病虫害陷阱收集昆虫和蜘蛛，病虫害陷阱于 5 月设置，9 月拆除，清空 4 次。这样一来，一共得到了 100 个疾病陷阱样本。节肢动物是通过 DNA 条形码来识别的。通过裂解陷阱材料提取 DNA，然后在 PCR 中扩增线粒体基因 COI，然后在 Illumina NovaSeq 平台上进行测序。对得到的序列进行过滤、纠错和质量保证，并生成 ASV（扩增子序列变体）。 ASvene 使用程序 RDP-Classifier 进行分类，它是一个“贝叶斯概率估计器”。该程序使用 NINA 开发的经过训练的数据库，根据参考序列将 ASV 分类为物种。 ASV 和分类的质量有保证，并且对物种分类给出了置信度评估。仅报告物种置信度评估为高或中等的 ASV。然后将该物种名单与挪威外来物种名单、挪威物种名称数据库、GBIF 的全球出现数据和四个欧洲外来物种名单进行核对。然后将物种发现分为以下类别； (1) 挪威物种；出现在物种名称数据库中，但不在挪威外来物种名单中，(2)已知外来物种；出现在物种名称数据库和挪威外来物种名单中，（3）芬诺斯坎迪亚物种；在物种名称数据库中未出现，但已在芬诺斯坎底亚被发现；(4) 可能是新的外来物种；没有出现在物种名称数据库中，也没有在芬诺斯坎迪亚检测到，或者没有在芬诺斯坎迪亚或欧洲被登记为外来物种。在 2023 年野外采集的病虫害陷阱样本中，检测到了 18 种已知外来物种、70 种潜在的新外来物种和 160 种可能未登记的挪威物种（芬诺斯坎迪亚物种）。在已知的外来物种中，有两种生态风险非常高的物种（胡萝卜织布虫和七彩瓢虫），以及两种目前在挪威自然界中没有独立繁殖种群的门把手物种（叶甲虫Deraeocoris flavilinea和寄生蜂Dacnusa sibirica）。在70种潜在新外来物种中，两大优势物种组分别为蝇类（双翅目）38种和黄蜂（膜翅目）21种。对于使用 DNA 宏条形码检测到的潜在新外来物种，应通过在样本中找到检测到该物种的个体并通过形态学鉴定确认物种判定来进行验证。然后，应该对新的外来物种进行风险评估，然后才能评估是否需要采取控制或消灭措施的快速反应。 Rannveig M. Jacobsen (rannveig.Jacobsen@nina.no)、Anders Endrestøl、NINA Oslo、Sognsveien 68、0855 Oslo Marie Davey、Frode Fossøy、Jens Åström、NINA Trondheim、Høgskoleringen 9、7034 Trondheim
aji_new p01（s）
Kamphaeng Phet工厂由2家公司的生产基础组成，在1997年生产“ Aji-no-Moto®”产品，以及2003年“ Ajitide I+G”的Ribonucleotides产品，风味增强剂，该产品在2003年，该品牌在工业食品制造中广泛使用，例如Instant Noodles，sap，saleces，satacks of intimatial Food Manufacting我们的两种产品都是由木薯淀粉作为主要原材料生产的。此外，工厂通过使用稻壳生产蒸汽能量而不是燃料油来实施“生物质锅炉技术”。这有助于减少石油进口并减少二氧化碳或温室效应排放，这是全球变暖的原因。此外，它有助于为农业废物创造增值，并为当地农民产生更多的收入。此外，Ajinomoto展览中心也在这里为公众提供鲜味的信息，味精制作和ASV故事。
微生物组组成是兔子寿命的潜在预测因子
抽象的背景寿命和韧性是更可持续的牲畜生产的两个基本特征。这些特征密切相关，因为弹性动物往往具有更长的寿命。兔子寿命增加的有趣标准可能基于其肠道微生物组提供的信息。肠道微生物组对于调节健康并在免疫系统的发展中起着至关重要的作用。这项研究的目的是研究具有不同寿命的动物是否具有不同的微生物特征。我们从95的软粪便中测序了16S rRNA基因。首先，我们比较了两条具有不同寿命的母兔线。根据寿命标准建立的标准寿命母系线（A）和母系线（LP）：女性的小型女性为25个奇偶族，平均每平等的平均多产量为9或更多。第二，我们比较了来自LP的两组动物的肠道微生物群，其寿命不同：死亡/被两个或以下的均等（LLP）和超过15个平等（HLP）（HLP）的女性淘汰。在线A和LP之间观察到了α和β多样性的结果差异，而部分最小二平方判别分析（PLS-DA）显示了对动物的高预测准确性（> 91％），以划分为Ver-SUS LP（146 Amplicon序列变体（ASV））。PLS-DA还显示出很高的预测准确性（> 94％）将动物分类为LLP和HLP组（53 ASV）。有趣的是，PLS-DA中确定的一些最重要的分类单元与这两种比较（Akkermansia，Christensenellaceae R-7，未培养的Eubactereae等）共有，据报道与弹性和寿命有关。结论我们的结果表明，第一个平等肠道微生物组的轮廓在两个兔子母系线（A和LP）之间有所不同，并且在较小程度上，在具有不同寿命（LLP和HLP）的LP动物之间有所不同。几个属能够将动物与具有不同寿命不同的两条线和动物区分开，这表明肠道微生物组可以用作寿命的预测因素，也可以用作这些性状的选择标准。
与野生动物种群中年龄和衰老有关的纵向肠道微生物组动力学
fi g u r e 1根据（a）寄主时代（b）平均区域质量（c）季节和（d）成年塞舌尔莺的时间中的寄托量（b）平均地区质量（c）季节和（d）时间。PCA排序使用基于中心对数比率（CLR）转换的扩增子测序变体（ASV）丰度计算的Aitchison距离进行。每个点代表一个独特的肠道微生物组样品（n = 273个个体的462个样品）。大钻石代表组质心。为了清楚起见，样品被分为绘制的离散类别：（a）年龄：1-3岁，3-6岁或> 6岁； （b）领土质量：低（下四分之一<17,136），中（四分位数范围）或高（上四分位数> 36,602）； （c）季节：专业或小季度； （d）一天中的时间：早晨收集的样本（日出后<6:00 am a am am am a p（日出>日出> 6 h）。主成分1、2、3和4分别解释了肠道微生物组结构变化的10.9％，4.4％，2.3％和1.9％。
自动水下车辆的数字双辅助
自动驾驶汽车（AUV）是海洋学和军事目的的主要研究工具。这些车辆的建造资本更大，一旦部署在海洋中，它就失去了与陆地世界的所有连通性，并且很难预测AUV的工作状态和健康状况，这不仅会阻碍AUV的透明度，而且还会蚀至现实时代的数据提取能力。本文通过部署与AUV同步移动并在水下与AUV连接的自动型表面车辆（ASV）专门解决了此问题。因此，通过集成IOT Twin Maker Service（Amazon Web Services（AWS）提供的数字双技术服务）来可视化提取的健康和监视数据。此外，可以通过插入AWS提供的Edge Computing软件来实现本地处理数据并进行现场决策的能力。结果描述了AUV的数字双胞胎模型以及其实时健康状况。