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使用氨基酰基-TRNA合成酶/tRNA对的遗传代码扩展的实用方法
摘要：遗传密码扩展（GCE）可以使非典型氨基酸（NCAA）的位点选择性掺入蛋白质中。GCE已大大提高，可用于在细胞内部创建生物策略手柄，监测和控制蛋白质，研究翻译后修饰和工程新蛋白质功能。自建立我们的实验室以来，我们的研究集中在使用氨基酰基-TRNA合成酶/tRNA（AARS/tRNA）对中GCE在蛋白质和酶工程中的应用。该主题已经进行了广泛的审查，毫无疑问，GCE是工程蛋白质和酶的强大工具。因此，对于这个年轻的教师问题，我们想对我们使用的方法以及我们在实验室中考虑的挑战进行更技术性的了解。自启动实验室以来，我们已经成功地使用了针对各种GCE应用量身定制的十二个新颖的AARS/tRNA对。但是，我们承认该领域即使对于专家也会构成挑战。因此，在此，我们提供了NCAA合并中的方法论，并提供了一些实践评论，并将重点放在挑战，新兴解决方案和令人兴奋的发展上。
氨基酸改性石墨烯氧化石墨烯，用于同时捕获和电化学检测草甘膦
氨基酸改性石墨烯氧化石墨烯衍生物（GO-AA）作为活性材料，用于捕获和随之而来的有机污染物的电化学检测。草甘膦（gly）是许多水室中的双甲虫，被选为基准物种，以测试这些材料的电活性性质的有效性，从而可以直接证明捕获事件的证据。l-赖氨酸，L-精氨酸或L-蛋氨酸通过环氧环开口反应在GO表面移植，促进了氨基酸结合，并伴有GO的部分减少。合成过程导致电荷电阻从8.1kΩ下降到各种GO-AA的0.8 - 2.1kΩ，支持这些材料在电化学传感中的适用性。将所得的ly-赖氨酸，精氨酸和Go-Methionine剥削出来从水中吸附。Go-赖氨酸与Gly具有最强的相互作用，1小时后的去除效率为76％，比颗粒活性碳（工业基准的吸附剂）高约2倍。go-aas的效果优于原始的未修饰材料，当被用作捕获和在电化学检测Gly之后的主动材料时。Go-赖氨酸表现出最佳的敏感性，即使在浓度水平下降至2μg/L时也可以在水中识别Gly。mo lecular动力学模拟证实，该材料的增强性能可以归因于Lys部分和Gly之间的氢键和盐桥相互作用，该相互作用源自氢键和盐桥相互作用。
通过使用排序酶和D-氨基肽酶
摘要：蛋白质的定量和选择性标记广泛用于学术和工业劳动力中，以及使用转肽酶（例如排序酶）对蛋白质进行催化标记，已被证明是这种选择性修饰的流行策略。对这类酶的一个主要挑战是，大多数程序需要过量的标记试剂或激活的底物，而不是简单的商业化肽。我们报告了使用耦合酶策略的使用，该酶策略可以使用未激活的标记肽对蛋白质进行定量N-和C末端标记。与转肽酶结合使用氨基肽酶的使用可以使肽副产物的序列 - 特异性降解，从而将平衡转移到有利于产物形成，从而极大地提高了反应效率。随后对反应的优化允许使用肽标记与蛋白质和蛋白质和C末端标记的N末端标记，只有一小段过量。最大程度地减少定量标记所需的底物量具有改善工业过程并促进转肽作为蛋白质标记方法的使用。
Amindorostian- Amin Udunanian的个人页面
机器学习工程师|创始人2月。2021 - Present • ECA : [ONGOING] Building Enterprise Coding Assistant, a developer tooling that integrates seamlessly with existing workspace apps and leveraging Generative AI (LLMs) makes software development much more efficient Full-stack development of the application (Svelte, Tailwind, Python, Docker, Kubernetes, CI/CD, OIDC support, Event-driven architec- ture) • MN资产管理：[正在进行的]进行数据枢纽，以提供数据驱动的体系结构，使各种应用程序Spark，Kafka，Kubernetes，kubernetes，airfflow，aws•ABN AMRO银行：建立数据科学家将其模型带到生产Kafka，Azure Cloud Managed Services（Active Directory等）的平台），气流，kubernetes•deribit：帮助，加密世界中最大的衍生品交换之一，发现使用ML的恶意交易。使用Google BigQuery，ML引擎和DataFlow分析超过1000亿行的行•BITVAVO：为荷兰加密货币现场交换的BigData解决方案工作，以便为他们提供有关客户的见解。为他们的数据管道技术堆栈奠定基础：Kafka，BigQuery，Python，Kubernetes，CI/CD•Neurololytics：AI平台的MLOPS和建筑设计
氨基酸和癌症：疗法的潜力？
癌症是恶性细胞增殖和指导的一种疾病，在功能和形态上与健康细胞不同[1]。因此，肿瘤诱导了一种系统性炎症反应，导致神经内膜变化，蛋白水解增加和负氮平衡。此外，食欲不振和食物摄入量减少。因此，发展为癌症继发的病理是可诊断的，例如营养不良，肌肉减少症和卡氏症，通常是诊断性的[2]。鉴于这种情况，营养疗法是癌症患者护理的多学科方法的一部分。因此，继发于癌症的疾病的营养筛查和早期诊断是有益的，有助于为这些患者建立个性化和有效的培养。宏营养素的充分性，尤其是蛋白质，使患者对其处理的临床状态更有效[3,4
Chang等。 1尾层水分子的定量...
摘要：静电相互作用对涉及一个或多种带电氨基酸的肽自组装的动力学途径和热力学结果造成了严重贡献。在蛋白质折叠方面有充分的理解，即将酸性/碱性侧链链条置于疏水微环境中时可能会改变其PKA，但尚不清楚单体肽单元的聚集在多大程度上从散装解决方案中汇总的程度在多大程度上可以改变其充电状态，并且在PKA值中如何改变他们的总成量会影响他们的总体影响力极大地淘汰。在这里，我们设计和分析了具有不同长度的碳纤维链的肽两亲物的两个溶液系统，以确定组装上质子化的因子。我们的结果表明，具有均匀分布，充满电的氨基酸的超分子纳米纤维模型过于简单。我们证明，通过分子动力学模拟，并通过实验结果验证，肽的不对称，不同的质子化状态会导致自组装后不同的纳米结构。结果给出了对它们自组装和阐明含有带电氨基酸的分子组装系统所需的肽两亲物质中静电相互作用的估计。
心血管疾病和糖尿病之间共享途径涉及的分子过程
1药理学和药物学系，医科大学，Chodzki 4A，波兰卢布林20-093； pawel.grochecki@umlub.pl 2行为研究独立实验室，医科大学，Chodzki 4A，波兰20-093卢布林； agnieszka.michalak@umlub.pl 3射线照相系，医科大学，斯塔西卡16，20-081卢布林，波兰； anna.pankowska@umlub.pl（A.P.）; katarzyna.kochalska@umlub.pl（K.K.）4材料科学与陶瓷学院分析化学和生物化学系，AGH科学技术大学，A。Mickiewicza30，30-59，30-59，波兰克拉科夫； piotr.suder@agh.edu.pl（P.S.）; nerkluza@agh.edu.pl（J.N.-K.）5与计算机建模实验室，医科大学，Chodzki 4A，Chodzki 4A，20-093 Lublin，Poland，Chodzki 4A合成和化学技术系； dariusz.matosiuk@umlub.pl 6 Jaczewskiego 8B，波兰卢布林20-090； marta.marszalek-grabska@umlub.pl *通信：jolanta.kotlinska@umlub.pl;电话。： +48-81-4487255
对氨基酸水平和认知能力的影响
1 波兰卢布林医科大学药理学和药效学系，Chodzki 4A, 20-093，波兰；pawel.grochecki@umlub.pl 2 波兰卢布林医科大学行为研究独立实验室，Chodzki 4A, 20-093，波兰；agnieszka.michalak@umlub.pl 3 波兰卢布林医科大学放射学系，Staszica 16, 20-081，波兰；anna.pankowska@umlub.pl (AP)；katarzyna.kochalska@umlub.pl (KK) 4 波兰克拉科夫 A. Mickiewicza 30 材料科学与陶瓷学院分析化学与生物化学系，piotr.suder@agh.edu.pl (PS)； nerkluza@agh.edu.pl (JN-K.) 5 波兰卢布林医科大学药物合成与化学技术系（附计算机建模实验室），Chodzki 4A, 20-093，波兰；dariusz.matosiuk@umlub.pl 6 波兰卢布林医科大学实验与临床药理学系，Jaczewskiego 8B, 20-090，波兰；marta.marszalek-grabska@umlub.pl * 通讯地址：jolanta.kotlinska@umlub.pl；电话：+48-81-4487255
针对氨酰 tRNA 合成酶进行抗疟药物开发
疟原虫引起的感染给世界上最贫穷的社区带来了巨大的负担。我们迫切需要具有新作用机制的突破性药物。作为一种经历快速生长和分裂的生物体，疟原虫恶性疟原虫高度依赖蛋白质合成，而蛋白质合成又需要氨酰基-tRNA 合成酶 (aaRS) 为 tRNA 充电相应的氨基酸。蛋白质翻译是寄生虫生命周期所有阶段所必需的；因此，aaRS 抑制剂具有全生命周期抗疟活性的潜力。本综述重点介绍了使用表型筛选、靶标验证和结构引导药物设计来识别有效的疟原虫特异性 aaRS 抑制剂的努力。最近的研究表明，aaRS 是一类 AMP 模拟核苷磺酰胺的易感靶标，这些靶标通过一种新颖的反应劫持机制靶向酶。这一发现开辟了生成不同 aaRS 的定制抑制剂的可能性，从而提供了新的药物线索。
使用氨基酸 PET 自动检测和分割脑肿瘤以评估治疗反应
1 德国于利希 Forschungszentrum Juelich GmbH 神经科学与医学研究所；2 德国亚琛工业大学，亚琛，德国；3 德国亚琛应用技术大学医学工程与技术数学；4 德国科隆大学医学院和科隆大学医院立体定向和功能性神经外科系；5 德国科隆大学医学院和科隆大学医院神经病学系；6 德国亚琛 JARA-BRAIN-转化医学；7 德国亚琛工业大学医院神经病学系；8 德国亚琛工业大学医院核医学系；9 德国亚琛大学、波恩大学、科隆大学和杜塞尔多夫大学综合肿瘤学中心； 10 德国海德堡亥姆霍兹成像公司应用计算机视觉实验室；11 德国海德堡德国癌症研究中心医学图像计算部