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针对DNA / RNA和Amplicon样品的样品制备和运输的指南< / div>
• Double-stranded high molecular weight DNA with an OD 260/280 ≥ 1.8-2,0 and an OD 260/230 ≥ 1,8-2,2 • Preferably dissolved in RNAse-, DNAse- and protease-free Tris-HCl buffer (pH 8.0 – 8.5) • “Ready to load” genomic libraries, ready to load PCR products or PCR products without sequencing adapters must be column purified从低分子量的杂质（例如底漆和核苷酸）和反应缓冲液中，应在琼脂糖凝胶上以单条带的形式出现。请注意，除了特定频段之外，“涂片”将干扰以下准备步骤。在咨询时，欧罗芬基因组学可以执行额外的珠子纯化步骤（以额外的费用），以便在进行进一步处理之前优化样品质量。•该溶液不得包含任何杂质，例如生物学大分子（例如蛋白质，多糖，脂质），螯合剂（例如EDTA），硫代金属阳离子（例如，MG2+），脱位剂（例如，变性）（例如Triton-X100）。
Unveiling microbial communities with EasyAmplicon
“ imeta”是由Imeta Science Society于2022年推出的Wiley合作伙伴期刊，第一个影响因素（如果）在2024年23.8，在微生物学中排名为2/161。它旨在发表具有广泛和多样化的观众的创新和高质量论文。其范围类似于自然生物技术，自然方法，自然微生物学，自然食品等。其独特的功能包括视频摘要，双语出版物和社交媒体传播，有超过60万名关注者。它已经发表了220多篇论文，并被引用了5600次以上，并由SCIE / WOS，PubMed，Google Scholar和Scopus索引。“ imetaomics”是2024年发射的“ imeta”的姊妹杂志，其目标是> 10，其范围与自然通信相似，微生物组，ISME J，核酸研究，生物信息信息的简介等。欢迎所有贡献！
PCR 实验室中的 DNA 扩增子污染
• 对整个实验室进行消毒，包括移液器的内部和外部（对移液器进行消毒时应特别小心，例如确保所有清洁步骤后都进行多次蒸馏水冲洗步骤，以确保消除抑制剂残留物）、实验室设备和仪器，并按照其清洁程序进行擦拭测试。重复此操作，直到实验室所有区域均为阴性。
服务指南全质粒和Amplicon Express ...
整个质粒和Amplicon Express的测序配置为150bp配对的末端。因此，索引ED扩增子的长度应在150-250bp之间（这是靶向扩增子的长度减去NEX TERA标签）。在同一测序运行中具有不同大小的放大器，例如两个极端：150bp和250bp，可能会产生不同数量的测序读数。这是由于较小尺寸群集的扩增子在流动池上更有效地簇，从而导致其在测序池中较高的表示（从而产生更多数据）。AGRF将采用汇总偏移量来解释大小的差异，并最大程度地减少测序读数的可变性。短PCR扩增子不应包含任何内部修饰，荧光团或深色淬火器。服务仅在珀斯可用。4.0样本提交要求
改进了基于16S rRNA基因扩增子的微生物组研究的DNA提取和扩增策略。
摘要：下一代测序技术通过启用微生物组的社区级序列分析来推动人类微生物组研究的快速发展。尽管所有微生物组测序方法都取决于从样品中恢复DNA作为第一个关键步骤，但裂解方法可能是微生物组谱偏差的主要决定因素。基于温和的酶的DNA制备方法可保留DNA质量，但可以通过未能打开难以溶的细菌来偏向结果。诸如珠子跳动之类的机械方法也会偏向DNA恢复，因为打破较硬的细胞壁所需的机械能可以剪切更容易裂解的微生物的DNA，并且剪切可能会根据跳动的时间和强度而变化，从而影响重复性。我们引入了一种非机械，非酶，新型的新型快速微生物DNA提取程序，适用于16S基因基因基因的微生物组分析应用，以消除珠子的跳动。同时应用碱性，热量和洗涤剂（“快速”方案）在毫克量样品中提供了一致的在困难且易于裂解的细菌等于或更好的群体中，与现有方案相等或更好，从而产生足够的高素质DNA，用于全长长度16S RRNA基因PCR。使用包含困难和易于裂解细菌的模拟细菌群落评估了新型的“快速”方法。人类粪便样品测试将新型快速方法与标准的人类微生物组项目（HMP）方案进行了比较，该方案为肺癌患者和对照组的样品进行了比较。使用PACBIO平台上的V1V3和V4区域的V1V3和V4区域的16S rRNA基因测序分析了从两种方法中恢复的DNA。我们的发现表明，“快速”方案始终产生较高水平的公司物种，这些物种更准确地反映了细菌群落结构的特征，这通过模拟社区评估证实。新型的“快速” DNA裂解协议减少了珠子跳动和酶裂解方法常见的种群偏见，提供了改善微生物社区分析的机会，并结合了将样品输入减少到10毫克或更低的情况，并且可以启用快速传递和同时传递标准板格式中96个样品的裂解。与广泛使用的商业方法相比，这会导致样品处理时间的降低20倍，总体优势降低了2倍。我们得出结论，新型的“快速” DNA提取方案为16S rRNA基因扩增子测序的粪便提供了可靠的替代方法。
amplicon宏基因组学
Amplicon宏基因组学是基于微生物RRNA基因的NGS测序。由于ngs读取长度受到限制，因此只能放大和测序rRNA基因的一部分。对于原核生物，该分析靶向16S rRNA基因的高变量区域（V1-9），而对于真菌，内部转录的间隔区域（ITS）用于分类分析（见图1）。理想的底漆系统应该足够通用，以涵盖广泛的分类群体，而随之而来的扩增子必须提供足够的分类信息来进行可靠的分类学分类。根据我们的经验和16S/ITS分析管道的验证，我们建议表1中显示的引物系统。我们的服务不仅限于显示的标记基因和底漆系统，还限于其他系统发育标记基因（例如，细胞色素C氧化酶I）和底漆系统可以使用。试点研究对于为您的特定研究问题找到最佳的底漆系统非常有帮助。
使用...
摘要：现代生物学，尤其是合成生物学，在很大程度上依赖于DNA元素的结构，通常是以质粒的形式进行的。质粒用于多种应用，包括用于随后纯化的蛋白质的表达，用于生产有价值化合物的异源途径的表达以及对生物学功能和机制的研究。对于所有应用，构建质粒后的关键步骤是其序列验证。传统的序列确定方法是Sanger测序，每反应限制约为1000 bp。在这里，我们提出了一种高度可扩展的内部方法，用于使用长阅读纳米孔测序快速验证放大的DNA序列。我们开发了两步扩展和转座酶策略，为双条形码测序提供了最大的灵活性。我们还提供了一个自动分析管道，以快速可靠地分析测序结果，并为每个样本提供易于解释的结果。用户友好的duba.Flow开始到虚拟管道广泛适用。此外，我们表明，使用duba.Flow的构造验证可以通过条形码菌落PCR扩增子测序进行，从而加速了研究。关键字：合成生物学，长阅读测序，DNA构造验证，菌落PCR，实验室自动化，双条形码扩增子测序■简介
线性扩增子测序分析报告/结果
下面的直方图显示了测序数据的读取长度分布。直方图在 y 轴上显示测序碱基数 (bp)，在 x 轴上显示读取长度。直方图中的每个条形代表读取长度的范围，条形的高度表示该范围内的碱基总数 (bp)。这会产生按每个箱体的核苷酸数加权的图，因为较长的读取在直方图中具有更大的权重。读取长度直方图可用于评估测序数据的质量，因为读取长度的分布可以指示测序过程中是否存在污染物或偏差。它们还可用于确定正在测序的扩增子的大小。
开发了纳米孔测序策略，用于检测突变，在金黄色葡萄球菌菌株中赋予万古霉素中间耐药性
摘要金黄色葡萄球菌是菌血症和其他医院感染的主要原因。细胞壁活性抗生素万古霉素通常用于治疗耐甲氧西林（MRSA）和敏感（MSSA）感染。万古霉素中间的金黄色葡萄球菌（Visa）变体可以通过从头突变产生。在这里，我们进行了试点实验，以开发一种基于PCR/长阅读测序的合并的方法，用于检测先前已知的签证突变。引物旨在生成10个含量涵盖与签证表型相关的16个基因。我们对牛津纳米孔衔接子的读数长期读取，我们对据和and go骨流通量进行了测序。然后，我们通过映射读取读取的父母共识或已知参考序列，并比较称为变体与实验室选择中已知签证突变的数据库进行了比较。池中的每个扩增子被测序为高（。1,000）覆盖范围，并且在扩增子长度和覆盖范围之间未发现任何关系。我们还能够检测到因果突变（步行646c。g）在源自USA300菌株的签证突变体中（来自父母菌株N384的N384-3）。将突变体（N384-3）和父母（N384）DNA从0到1个突变体以不同的比例（N384）DNA表明平均次要等位基因频率（6.5％）的突变检测阈值在95％侧置（两个标准的差异高于平均突变频率高于平均值的频率））。该研究奠定了直接的金黄色葡萄球菌抗生素抗生素基因型基因型推断，并使用临床样品的快速纳米孔测序。