XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemAmplicon
微型小马种马的精液微生物组
上下文。对种马精液的微生物组成知之甚少。目标。描述在健康微型小马种马中检测到的微生物群。方法。精液标本是在一个时间点使用密苏里人的人工阴道收集的。在这些标本上进行了16S rRNA基因的基因组DNA测序 PACBIO（PACBIO（PACICICIENCES），随后进行了下一代微生物组生物信息组平台qiime2用于处理快速Q纤维并分析amplicon数据。 数据分为属，家庭，阶级，顺序和门。 关键结果。 Firmicutes和杀菌植物占主导地位（76％），其次是proteeobacteria（15％）。 杀菌剂，梭菌和心杆菌占据了微生物等级的占主导地位（86％）。 类主要由细菌，梭状芽胞杆菌和γ-杆菌（87％）组成，而家族主要由卟啉单核，family_xi和心杆菌科（62％）组成。 在属的水平上，有80％的丰度由七个属，即卟啉单胞菌，suttonella，peptoniphilus，peptoniphilus，oftidiosipila，ezakiella，petrimonas和一个不知名的分类单元组成。 结论。 发现表明特定的微生物群可能是健康微型小马种马的特征，并且观察到一些个体间的变化。 含义。 本研究可以告知涉及肥沃和不育受试者的较大的马研究，并可以探索精液微生物组与男性生育能力的关系。PACBIO（PACBIO（PACICICIENCES），随后进行了下一代微生物组生物信息组平台qiime2用于处理快速Q纤维并分析amplicon数据。数据分为属，家庭，阶级，顺序和门。关键结果。Firmicutes和杀菌植物占主导地位（76％），其次是proteeobacteria（15％）。杀菌剂，梭菌和心杆菌占据了微生物等级的占主导地位（86％）。类主要由细菌，梭状芽胞杆菌和γ-杆菌（87％）组成，而家族主要由卟啉单核，family_xi和心杆菌科（62％）组成。在属的水平上，有80％的丰度由七个属，即卟啉单胞菌，suttonella，peptoniphilus，peptoniphilus，oftidiosipila，ezakiella，petrimonas和一个不知名的分类单元组成。结论。发现表明特定的微生物群可能是健康微型小马种马的特征，并且观察到一些个体间的变化。含义。本研究可以告知涉及肥沃和不育受试者的较大的马研究，并可以探索精液微生物组与男性生育能力的关系。
IDT Alt-R Sp HiFi Cas9 核酸酶 V3 (CRS-10083-FL 03/19)
图 1. Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3 促进近野生型靶向编辑效力并显著减少脱靶位点编辑。RNP 复合物由 Alt-R Sp Cas9 Nuclease V3 或 Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3 与靶向 EMX1 基因的 Alt-R crRNA:tracrRNA 复合物结合形成。RNP 复合物 (4 µM) 通过 Nucleofection™ 方法 (Lonza) 递送到 HEK-293 细胞中。通过下一代测序 (rhAmpSeq 扩增子测序，IDT) 测量了靶位点和 9 个已知脱靶位点处的插入/缺失形成 (在 y 轴上以对数标度表示)。
种子微生物组和生物信息学（M/f/d） 意大利的MSCA机会| EURAXESS “非洲倡议II” -Ueraxess-欧盟 BEPA和BATT4EU合作伙伴关系简介
微生物学，生物信息学，计算生物学或相关领域的博士学位。具有高通量测序数据分析（例如元基因组学，扩增子测序）及其在种子或植物微生物中的应用。强大的编程技能（例如Python，R）和对生物信息学工具（例如Qiime2，dada2，Silva）的熟悉。出版记录，显示了微生物组科学或相关领域的高质量研究，尤其是植物或种子微生物组。微生物技术的知识，包括种子相关微生物的培养和表征。愿意为研究建议和项目报告做出贡献。英语中出色的沟通技巧；对德语的了解是一个优势。能够独立工作并作为协作团队的一部分。
与非... 相比 对主要编辑的特殊性的无偏见... 靶向衰老的治疗药物的进步 编辑创新的能源存储的高级高级材料：综合，表征和应用 使用基于群体的元疗法诊断心律不齐的诊断：比较分析 使用ECOC-SVM 的LSTM网络从静止状态EEG信号中分类非重生脑损伤
Prime编辑器（PES）可以在真核基因组中进行针对性的精确编辑，包括产生替代，插入和缺失。但是，尚未探索他们的全基因组规范。在这里，我们开发了基于Nickase的Digenome-Seq（Ndigenome-Seq），这是一种体外测定，它使用全基因组测序来识别由CRISPR诱导的单链断裂（群集经常间隔短的短质体重复序列）-CAS9（CAS9）（CAS9）（CRISPR与蛋白9）Nickase。我们使用ndigenome-seq筛选了潜在的基因组宽靶点位点Cas9 H840A Nickase（一种PE成分），该位点针对9个人类基因组部位。Then, using targeted amplicon sequencing of off- target candidates identified by nDigenome-seq, we showed that only five off-target sites showed de- tectable PE-induced modifications in cells, at fre- quencies ranging from 0.1 to 1.9%, suggesting that PEs provide a highly specific method of precise genome editing.我们还发现，通过工程化的Cas9变体（尤其是ESPCAS9和Sniper Cas9）将突变分解为PE，可以进一步改善人类细胞中的PE特异性。
种子微生物组和生物信息学（M/f/d） 博士学位的科学家（100％）专注于人工... dofdoc土壤微生物组和动物群（m/f/d）（100％） 生物信息学（M/f/d）中的DostDoc
微生物学，生物信息学，计算生物学或相关领域的博士学位。具有高通量测序数据分析（例如元基因组学，扩增子测序）及其在种子或植物微生物中的应用。强大的编程技能（例如Python，R）和对生物信息学工具（例如Qiime2，dada2，Silva）的熟悉。出版记录，显示了微生物组科学或相关领域的高质量研究，尤其是植物或种子微生物组。微生物技术的知识，包括种子相关微生物的培养和表征。愿意为研究建议和项目报告做出贡献。英语中出色的沟通技巧；对德语的了解是一个优势。能够独立工作并作为协作团队的一部分。
生物中细菌的分类学分析...
水果废物据报道是食物废物生产的主要贡献者之一。它们对环境有影响，因此需要对其进行处理。为了减少负面影响，必须在释放到环境之前对水果废物进行处理。同时，据报道了有关其功能特性和作为生物酶的营养性的水果废物。这项初步研究旨在提供有关在厌氧发酵中用不同浓度的益生菌处理的橙色水果废物中生物酶的元基因组细菌的信息。生物酶是一种由15 g红糖的混合物制成的发酵溶液：5 kg橙色水果废物：和12升水。发酵过程进行了1个月，然后将生物酶样品进行1升进行元基因组分析。使用Nanobore测序的Amplicon全长测序对细菌16S rRNA基因的下一代测序（NGS）方法进行了元基因组分析。在这项研究中，假单胞菌（Proteobacteria），类Betaproteobacteria，Burkholderiales和commomonadaceae的阶层是生物酶的主要细菌群，这些细菌是由橙色水果废物产生的。在下一项研究中对细菌物种的鉴定对于了解细菌物种在橙色水果废物中生物酶产物的生化代谢中的作用很重要。
20240806 CRISPR RNP 案例研究布局
与 CRISPR QC 合作为科学家提供了优化基因编辑策略的强大优势。我们的协作方法与我们的尖端平台相结合，可以全面评估 CRISPR 工作流程中的每个步骤。CRISPR 分析平台使科学家能够定量评估 gRNA 和 Cas 核酸酶复合物的结合和稳定性，确定 RNP 复合物与靶标（扩增子）DNA 之间的结合效率，测试靶标和非靶标 DNA 样本中的 RNP CRISPR 复合物裂解频率，并分析成功多重编辑的关键动力学排名。通过利用这些工具，我们可以帮助科学家快速获得可操作的见解，以优化他们的 CRISPR 策略。
服务指南PACBIO REVIO 16S
所有样本中都包含分析，并且提供了RAW HIFI读取数据，以供客户更喜欢进行自己的分析。PACBIO HIFI全长16S数据使用QIIME2和DADA2进行质量过滤，并“将”“变形”到高质量扩增子单个变体（ASV）。ASV分类采用两种方法：针对基因组分类学数据库（GTDB R207）的共识一致性分类（使用VSEARZERCH）高一致性，以及使用三个数据库的基于贝叶斯的基于机器学习的分类（DADA2），使用三个数据库：GTDB R207，SILVA R207，SILVA RRNA DATABASE（v138）由核糖体数据库项目（RDP）补充，以更好地分类低充足的ASV。
气候变化诱导波罗的海沿海地表水微生物压力和光合作用基因表达
世界上的海洋受到气候变化的挑战，这些变暖与通常人口稠密的沿海地区特别容易受到这些影响的影响。许多关于海洋环境的气候变化的研究都使用大型的短期温度操纵，忽略了诸如长期适应和季节性周期之类的因素。在这项研究中，自1970年代以来，波罗的海“加热”海湾受核反应堆的影响（与附近未受影响的“控制”海湾有关）来研究温度升高如何影响地表水微生物群落和活动。16S rRNA基因扩增子基于微生物的多样性和种群结构在地表水微生物群落中的α多样性没有差异，而β多样性在海湾之间显示出不同的差异。放大测序变体的托架之间的相对丰度在统计学上的值分别在统计学上更高的值，例如，在加热和控制海湾中，iLumatobacteraceae和Burkholderiaceae分别显示出较高的值。RNA转录衍生的活动遵循Alpha和Beta多样性的类似模式，对Shannon的H多样性没有影响，但海湾之间的Beta多样性有显着差异。RNA数据进一步显示，在加热湾中分配了更高的转录本计数，其中包括热休克蛋白基因DNAKJ，co-Chaperonin gros和核苷酸交换因子热休克蛋白GRPE。RNA数据还显示，与对照（例如ATPAEFB）湾相比，加热的氧化磷酸化转录物升高（例如ATPHG）。此外，与光合作用有关的基因在控制湾中通常具有较高的转录本，例如光系统I（PSAAC）和II基因（PSBABCEH）。在加热湾中增加的压力基因反应可能会对海洋碳循环和生态系统服务产生额外的级联作用。