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整合 DNA 条形码和形态学分析可改善海洋浮游动物生物多样性评估
95 ℃ 30 秒、40 ℃ 30 秒、72 ℃ 30 秒，25 个循环，最后 72 ℃ 延伸 5 分钟。第一轮 PCR 产物用 AMPure XP 磁珠（Beckman-Coulter，印第安纳波利斯，印第安纳州，美国）纯化。在第二轮 PCR 中，取 2 µL 纯化的第一轮产物与 NexteraXT Indexed Primers 一起用于最终文库构建。循环条件包括初始变性步骤 95 ℃ 3 分钟，然后 10 个循环 95
RNA测序中基因表达模式的比较分析
使用Ampure XP珠和Magflo ngs珠的方法在整个Illumina Truseq RNA库制备工作流程（图1）中处理RNA样品（图1），然后在Illumina Novaseq（2 x 100 bp）上进行测序。随后，使用FASTQC工具进行了测序质量评估。使用火山图（图4）可视化差异基因表达分析，该图描绘了显着性与倍数变化值，从而可以鉴定2个条件之间基因表达的统计学意义变化。此外，代表前30个上调基因和下调基因的热图通过不同的基于珠子的纯化方法对整体表达模式提供了见解（图5）。通过Microsynth进行了实验程序和随后的生物信息学分析。
应用程序样本 - 质量控制-DKFZ-TAPESTATION- ...
碎裂后，将DNA末端修饰以进行下游目标富集，包括最终修复，A尾和适配器连接。修改步骤后，使用Ampure XP珠纯化扩增的DNA样品。用4200贴抽系统和D1000筛选分析确定纯化DNA的尺寸和浓度（图5）。根据30μl的可用体积计算总DNA量。根据Agilent低输入SURESELECT XT人类所有外显子V5方案¹，库应具有225至275 bp的峰值大小。只有两个样品略低于建议的225 bp。以下部分中的杂交协议需要每个扩增的DNA库的750 ng。两个DNA样品略低于建议的总DNA量（图5）。三个样本没有根据大小或定量来满足QC标准，而是通过工作流程处理的，因为自动库的准备不允许排除单个样本。
1。范围
此SOP描述了通过高通量多重PCR捕获围绕单核苷酸多态性（SNP）的区域的实验室程序，用于Illumina Miseq测序。这称为测序（GB）称为基因分型。它涵盖了内部验证的重新平衡底漆面板的使用，这有助于在所有目标基因座上放大。在PCR本身内实现了库收益率的实质性归一化，从而消除了对DNA输入或库后量化和自定义合并的预先归一化的任何要求。Amplicons included in the two-step PCR protocol described within this SOP are designed to capture a narrow size range (190-250bp inclusive of priming sites) to complement the sequencing length of the MiSeq v2 300 kit (Illumina, San Diego, CA), whilst enabling efficient Ampure XP beads size selection away from contaminating smaller off-target amplification products.根据GBS测试和重新平衡SOP重新平衡引物（请参阅GBS02_TESTING_AND_BALICCANCY）。这最大化了多路复用中所有扩增子的覆盖范围的均匀性。有关此过程的更多信息，请参见附录1。