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恢复期血清和疫苗接种血清对 SARS-CoV-2 祖先变体、β、δ 和 omicron 变体临床分离株的免疫原性
康复和接种血清的免疫原性针对临床造成的临床隔离，祖先SARS-COV-2，Beta，三角洲和Omicron变体2 3 Arinjay Banerjee 1,2,3，*，Jocelyne lew 1，liw 1，andrea kroeker 1，andrea kroeker 1，andrea kroeker 1，kaushal baid 1，kaush baid 1，patrick aftich ahah nirm nirm nirm nirm Ryan McDonald 8，Amanda Lang 8.9，5 Volker Gerdts 1.2，Sharon E. Straus 10.11，Lois Gilbert 12，Angel Xinliu li 12，Mohammad 6 Mozafarihasjin 12，Sharon Walmsley 13，Anne-Claude 13，Anne-Claude 12,14，Jeffrey L. Wrana 12，14，Tony 7，tony 7，盖尔7,12,15;加拿大萨斯喀彻温省萨斯卡通 S7N 11 5E3 12 2 萨斯喀彻温大学兽医微生物学系；萨斯喀彻温省萨斯卡通 S7N 5B4,13 加拿大 14 3 滑铁卢大学生物系；加拿大安大略省滑铁卢 N2L 3G1 15 4 共享医院实验室；加拿大安大略省多伦多 M4N 3M5 16 5 Sunnybrook 研究所；加拿大安大略省多伦多 M4N 3M5 17 6 达尔豪斯大学计算机科学学院；加拿大新斯科舍省哈利法克斯 B3H 4R2 18 7 多伦多大学实验室医学和病理生物学系；加拿大安大略省多伦多 19 M5S 1A8 20 8 萨斯喀彻温省卫生局 Roy Romanow 省实验室；里贾纳，SK，S4S 0A4，21 加拿大 22 9 萨斯喀彻温大学医学院；加拿大萨斯喀彻温省萨斯卡通 S7N 5E5 23 10 多伦多大学医学系；加拿大安大略省多伦多 M5S 3H2 24 11 Unity Health；加拿大安大略省多伦多 M5B 1W8 25 12 西奈医疗系统；加拿大安大略省多伦多 M5G 1X5 26 13 大学健康网络；加拿大安大略省多伦多 M5G 2C4 27 14 多伦多大学分子遗传学系；加拿大安大略省多伦多 M5S 1A8 28 15 多伦多大学达拉拉纳公共卫生学院；加拿大安大略省多伦多 M5S 1A1 29 30 *通信地址：arinjay.banerjee@usask.ca (AB) 和 darryl.falzarano@usask.ca (DF)
外源 DNA 序列的“同类相食”：适应性免疫的祖先形式，需要识别危险
适应性免疫是一种复杂的免疫反应形式，能够保留大量靶抗原（表位）作为非自身抗原的分子记忆。当它再次遇到具有已知表位的免疫球蛋白或 T 细胞受体抗原结合位点时，它能够重新激活自身，而这些表位之前曾激活过宿主免疫系统。长期以来，人们一直认为适应性免疫是一种高度进化的非自身识别形式，在物种形成过程中出现得相当晚，是对一种更普遍的反应（称为先天免疫）的补充。先天免疫提供了一种相对非特异性的防御（尽管由能够特异性识别病毒或细菌化合物的传感器介导），并且不保留对危险的记忆。但是，这种最近获得适应性免疫的概念受到了挑战，因为原核生物中已经存在另一种形式的特定识别机制，这种机制可能能够特异性地自动防御外部危险。这种识别机制可以被认为是一种原始形式的特定（适应性）非自身识别。它基于这样一个事实：许多古细菌和细菌使用一种基因组编辑系统，该系统赋予原核生物适当的病毒 DNA 序列的能力，使它们能够通过一种与适应性免疫非常相似的机制来防止宿主受到损害。这被模糊地称为“外来 DNA 的内源化”或“病毒 DNA 捕食”，或者更形象地说是“DNA 同类相食”。多年来，证据不断积累，突显了外来 DNA 的内源化在与适应性免疫相关的基本过程中的关键作用，并导致了适应性免疫在物种形成后期出现的教条的改变。
结核分枝杆菌复合物的估算的祖先参考基因组更好地捕获了基于参考的ALI
收到2023年8月31日； 2023年12月7日接受；于2024年1月4日出版了作者分支：1麦吉尔大学医学系，蒙特利尔，魁北克H4A 3J1，加拿大； 2个细菌共生体进化，加拿大魁北克H7V 1B7，Inrs-Centre-Centre Armand-FrappierSantéBiotechnologie； 3宾夕法尼亚州立大学宾夕法尼亚州立大学动物科学系16802-3500； 4 McGill International TB Center，McGill University，蒙特利尔，魁北克H4A 3S5，加拿大。*信件：路加·哈里森（Luke B.基于参考的对齐；参考基因组。缩写：AIC，Akaike的信息标准； ATCC，美国类型文化收藏；床，浏览器可扩展数据； GATK，基因组分析工具包； Hal，分层对齐； IGV，综合基因组观众； MRCA，最终的共同祖先； MTBC，结核分枝杆菌复合物； NCBI，国家生物技术信息中心； NGS，下一代测序； PGAP，原核基因组注释管道； PHAST，具有空间/时间模型的系统发育分析； Rd，差异区域； RVD，[H37] RV-DETEATION; SNP，单核苷酸多态性； SRA，序列阅读档案； TBD1，结核分枝杆菌 - 特异性缺失1。数据语句：文章或通过补充数据文件中提供了所有支持数据，代码和协议。本文的在线版本可以使用五个补充表和三个补充数据。001165©2024作者
疫苗助推器，疫苗类型和杂种免疫对对SARS-COV-2祖先应变的体液和细胞免疫力的影响，以及OMICRON变体Sublineae ba.2和BA.5合并症的老年人：横断面研究
Carol YU感染中心，li ka shing医学院微生物学系的Carol YU感染中心，香港大学，香港大学，香港大学皇后医院，皇后玛丽医院，波克斯科医学部，李卡·孔医学院，香港特殊行政部门，波克斯科医学部，李卡·孔·科医学系，李卡·施孔大学。香港大学医学院，香港大学特殊行政区，d li ka shing shing医学院临床医学院香港大学，深圳大学，中国G中心病毒学中心，疫苗学和治疗学中心，香港科学与技术园，香港特殊行政区，H感染疾病部，医学院，医学院，医学院李卡·夏德医学院临床医学院医学院香港大学香港大学香港特殊行政区
日本狼与现代狗的关系最为密切，其祖先基因组已被整个东欧亚大陆的狗广泛遗传
。CC-BY-ND 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权所有者于 2021 年 10 月 11 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2021.10.10.463851 doi：bioRxiv 预印本
高分辨率HLA基因分型在包含体肌炎中的肌炎提炼8.1祖先单倍型与DRB103：01：01，并突出了DRβ1链中精氨酸74的致病作用
目标：包容体肌炎（IBM）是老年人的进行性炎症性肌肉疾病，一些患者产生抗胞质5' - 核苷酸酶1A（NT5C1A，又名CN1A）抗体。人类白细胞抗原（HLA）是发展IBM的最高遗传危险因素。在这项研究中，我们旨在进一步定义HLA等位基因对IBM的贡献和抗CN1A抗体的产生。方法：我们使用Illumina下一代测序进行了113名高加索IBM患者的西澳大利亚人队列和112个种族匹配的对照。使用Genentech/Midas生物信息学包装进行等位基因频率分析和氨基酸对齐。等位基因频率。使用GGSTATSPLOT软件包进行了发作分析时的年龄。所有分析均在RSTUDIO版本1.4.1717中进行。结果：我们的发现验证了HLA-DRB1*03：01：01与IBM的独立关联，并将风险归因于DRβ1蛋白中位置74中的精氨酸残基。相反，DRB4*01：01：01和DQA1*01：02：01具有保护作用；不具备这些等位基因的DRB1*03：01：01的载体增加了IBM在普通高加索人群中发展的14倍。此外，上述基因型的患者平均比没有患者的患者早五年更早出现症状。我们没有发现与抗CN1A抗体产生的HLA关联。结论：高分辨率HLA测序更精确地表征了与IBM相关的等位基因，并定义了与早期疾病发作相关的单倍型。通过对免疫遗传学数据的高级生物统计分析来识别关键氨基酸残基，提供了机械洞察力和未来的方向，以发现IBM AetioPADENESECHESED。
生物功能
AcrucialfeatureofBioFunctionalisitsabilitytoobtainancestralinformationforKEGGpathwaysandgene ontologies, using the techniques described above. This makes it easier to understand the hierarchy of theseontologiesandhoweachsampleinadatasetisclassifiedwithinthem,offeringusersawaytostudy theDataTatDirenttaxonomiclevelsdirectlyFromTherawData.Additionally，theApplpless theApplys createInteractivenEtworks，代表组和群体之间的集团内部设备之间的群体之间的能力，并介绍了始终的系统。
三宝颜半岛区域发展报告 2020 年
4Ps Pantawid Pamilyang Pilipino Program ACPRP Accelerated Coconut Planting and Replanting Program ADSDPP Ancestral Domain Sustainable Development Protection Plan AFP Armed Forces of the Philippines AFF Agriculture, Forestry and Fishing AICS Assistance to Individuals in Crisis Situation AKAP Abot Kamay ang Pagtulong ALA Agrarian legal assistance ALI Agrarian law implementation APCFT Annual per capita food threshold ARB Agrarian reform beneficiary ASF African Swine Fever BASELCO Basilan Electric Cooperative BDCP Barangay drug clearing program BDP Barangay Development Program BFAR Bureau of Fisheries and Aquatic Resources BIMP-EAGA Brunei Darussalam-Indonesia-Malaysia-Philippines East ASEAN Growth Area BIR Bureau of Internal Revenue BJMP Bureau of Jail Management and Penology BLGF Bureau of Local Government and Finance BMBE Barangay Micro Business Enterprise BP2 Balik Probinsya, Bagong Pag-asa BoC Bureau of Customs BPLS Business Permits and Licensing System BPP Board of Pardons and Parole BSP Bangko Sentral ng Pilipinas CAAP Civil Aviation Authority of the Philippines CADT Certificate of Ancestral Domain Title CDA Cooperative Development Authority CAMP COVID-19 adjustment measures program CDR Crude death rate CHED高等教育委员会CIDSS社会服务的全面和综合交付
无性异源多倍体根结线虫的分阶段染色体规模基因组组装揭示了复杂的亚基因组结构
我们展示了异源多倍体根结线虫Meloidogyne javanica的染色体级基因组组装。我们发现M . javanica基因组主要是异源多倍体，包含两个亚基因组A和B，最有可能起源于两个祖先亲本物种的杂交。使用全长非嵌合转录本、与参考数据库的比较和从头算预测技术对组装进行了注释，并使用祖先k聚体谱分析对亚基因组进行了分阶段。亚基因组B似乎显示染色体重叠群的分裂，虽然亚基因组之间存在大量同源性，但我们还确定了缺乏同源性的区域，这些区域可能在杂交之前或之后在祖先基因组中发生了分化。这种带注释和分阶段的基因组组装为了解这些全球重要植物病原体的起源和遗传学提供了重要资源。
Axiom Pangenomix和Axiom Pangenomix加上阵列
图1。比较次要等位基因频率（MAF）和祖先种群的覆盖范围和准确性。Axiom Pangenomix和Axiom Pangenomix Plus阵列使用插图来提供我们所有主要祖先种群的人类基因分型阵列中的最高准确性和覆盖率。PMDA：Applied Biosystems™Axiom™精密药物多样性阵列； UK BioBank：Applied Biosystems™UK Biobank Axiom™阵列。