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Arryed Crispr grna库
感谢您为您的实验选择Arrayed Crispr Grna库！Editco的人类和小鼠筛选库利用多指导SGRNA的策略性设计来消除您感兴趣的人类或小鼠蛋白质编码基因。SGRNA在靶向基因组基因座处共同引起片段缺失，因此破坏了基因功能并使其非常适合丧失功能筛选。Editco库的阵列格式，其中一个基因在多井板上的每个孔都被靶向，从而消除了对复杂数据反卷积的需求，并且与各种功能测定兼容。此快速启动指南提供了有关如何准备，使用，存储和量化SGRNA库的说明。
用于人类基因组的强大且多功能的阵列文库...
图 1. APPEAL 克隆。A、从载体 pYJA5 中去除氨苄青霉素抗性基因 (AmpR)。sgRNA1-4 和甲氧苄啶抗性基因 (TmpR) 与三个不同的 PCR 扩增子融合。所有元件均经过 Gibson 组装以形成 4sgRNA-pYJA5 质粒，并用甲氧苄啶筛选转化子。描绘了 4sgRNA-pYJA5 全质粒和 4sgRNA 盒的详细结构。LTR，长末端重复；Ψ，包装信号序列；PB，piggyBac 转座子元件；PuroR，嘌呤霉素抗性元件；hU6、mU6、hH1 和 h7SK 是普遍表达的 RNA 聚合酶 III 启动子；sg，sgRNA。 B、转化大肠杆菌并进行甲氧苄啶筛选后，代表性 pYJA5 限制性片段、3 片段 PCR 和 APPEAL 克隆产物的单菌落 PCR。Bbs I 消化 pYJA5 产生约 1 千碱基 (kb) 的 AmpR 元件条带和约 7.6 kb 的线性化载体条带（左）。使用相应的 sgRNA 引物进行 PCR 后，三个扩增子在琼脂糖凝胶上分别显示预期的 761、360 和 422 bp 大小（中）。使用转化细菌平板中 APPEAL 克隆产物 4sgRNA 盒两侧的引物进行单菌落 PCR 始终产生预期大小（2.2 kb，右）。 C ，8 个具有不同 4sgRNA 序列的独立 APPEAL 实验中正确、重组和突变 4sgRNA 质粒的百分比（每个实验测试 ≥22 个菌落）。D ，四个 APPEAL 实验中正确、重组和突变 4sgRNA 质粒的百分比。每个点代表一个由八个菌落组成的独立生物复制品（n=24；平均值 ± SEM）。E ，高通量格式的 APPEAL 克隆时间线（h：小时；d：天）。
单个微生物的阵列无标记培养和生长评估
图 S1. 皮升级孵化器阵列的制作方案。孵化器图案由 2D CAD 软件（DraftSight，法国 Dassault Systèmes SE）设计。孵化器的设计直径为 30 µm。首先将光刻胶（ZPN 1150-90，日本 Zeon 公司）以 2500 rpm 的转速旋涂在玻璃基板上 30 秒。然后，使用标准光刻工艺对光刻胶膜进行图案化。光刻胶膜的图案化残留物（高度约为 10 µm 的微柱）被用作孵化器阵列的模板。接下来，采用旋涂技术（旋转速度：4000 rpm）将氟惰性溶剂（CT-solv.180，AGC Inc.，日本）中的非晶态氟聚合物（Cytop CTX-809SP2，AGC Inc.，日本）沉积在模板上。之后，在涂有氟聚合物的基板上沉积 PDMS 薄膜。薄膜结构有助于抑制基板因内部应力而表现出的自弯曲现象。这意味着通过采用薄膜结构可以保持 PDMS 培养箱阵列和玻璃皿之间的界面粘附力。在这方面，我们采用旋涂沉积工艺来制备基于 PDMS 的培养箱阵列。将含有固化剂的 PDMS（Sylgard 184，陶氏化学公司，美国）的低聚物溶液旋涂在模板上并固化。 PDMS 膜的最终厚度约为 20 µm。然后，将完成的 PDMS 膜从模板上剥离。使用 LEXT OLS4100 激光扫描显微镜（日本奥林巴斯）确认 PDMS 膜的图案。
基于Dynein的贩运的基因组规模要求，由高质量阵列CRISPR屏幕
细胞质动力蛋白-1（动力蛋白）电动机在细胞组织中起着关键作用，通过将各种细胞成分转移到微管的负末端。然而，关于电动机的生物合成，组装和功能多样性如何精心策划的知之甚少。为了解决这个问题，我们使用动力蛋白连接的过氧化物酶体和早期内体作为读数进行了阵列CRISPR功能丧失屏幕。从靶向18,253个基因的指南RNA文库中，回收了195个经过验证的命中，并将其解析为影响多个动力蛋白货物的人，以及效果仅限于一部分货物的那些货物。由多重图像产生的高维表型指纹的聚类揭示了与许多细胞过程有关的共同功能基因，包括几个候选核心动力蛋白功能的新型调节剂。对这些蛋白之一的机械分析，即RNA结合蛋白SUGP1，提供了证据，证明它通过维持动力蛋白激活剂LIS1的功能表达来促进货物运输。我们的数据集代表了用于研究基于微管的运输的新假设的丰富来源，以及通过我们的高内容成像捕获的蜂窝组织的其他几个方面。
集成阵列波导光栅的单束量子级联激光阵列
摘要：量子级联激光器 (QCL) 因其灵活的设计和紧凑的体积而成为一种无处不在的中红外光源。制造具有高功率水平和良好光束质量的多波长 QCL 芯片对于许多应用而言都是非常可取的。在本研究中，我们通过在单个芯片上集成五个 QCL 增益部分阵列和阵列波导光栅 (AWG)，展示了 λ ∼ 4.9 µ m 单片波长光束组合 (WBC) 红外激光源。来自切割面的光反馈使激光能够产生，而集成的 AWG 将每个增益部分的发射光谱锁定到其相应的输入通道波长，并将它们的信号在空间上组合到单输出波导中。我们的芯片具有来自公共孔径的高峰值功率，每个输入通道超过 0.6 W，在脉冲模式下运行时，边模抑制比 (SMSR) 超过 27 dB。我们的主动/被动集成方法可实现从 QCL 脊到 AWG 的无缝过渡，无需再生长或衰减耦合方案，从而实现稳健的设计。这些结果为开发适用于高光谱成像等应用的高度紧凑中红外源铺平了道路。
使用 RNP 在永生化细胞系中进行阵列式 CRISPR 多向导文库核转染
功能测定通常使用阵列式 CRISPR 筛选进行，以关联每种基因扰动对细胞功能、形态或生理学方面的影响。优化所选测定至关重要，以确保其能够可靠地识别感兴趣的表型。这可以使用测定特异性阳性和阴性对照来完成（参见第 5 页的建议对照表）。此外，优化 CRISPR 编辑和测定之间的时间也很重要，以确保可以测量清晰的表型信号。测定特异性阳性对照可用于此目的。
人类诱导性多能干细胞在纳米纤维膜阵列单层上向同步神经网络自动分化
Boxin Huang、Yong He、Elrade Rofaani、Feng Liang、Xiaochen Huang 等人。人类诱导多能干细胞在纳米纤维膜阵列单层上向同步神经网络自动分化。Acta Biomaterialia，2022 年，150，第 168-180 页。�10.1016/j.actbio.2022.07.038�。�hal-03818522�
通过计算设计的聚合物纳米颗粒（PNP）递送质粒DNA
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年2月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.22.639634 doi：Biorxiv Preprint
正确引用：哈佛医学院 ICCB-Longwood 筛查核心设施 (RRID:SCR_009798)
描述：该设施是小分子和功能基因组学高通量筛选实验室。它以模块化工作站为基础，大多数测定都在 384 孔板中进行。ICCB-Longwood 有超过 500,000 种小分子可供筛选，化合物收集量不断增加。全人类和小鼠基因组 siRNA 文库、阵列 sgRNA 文库、lncRNA siRNA 文库以及 miRNA 模拟物和抑制剂文库也可供筛选。这些文库可以在基因组级别或重点子集上进行筛选。
基于基因组DNA分析的基于寡核苷酸阵列的CGH - 血液，细胞或组织的酶促标记
此快速参考指南旨在适用于经验丰富的用户，这些用户已经熟悉处理16件包幻灯片上的Angilent HT微阵列，以进行比较基因组杂交（CGH）。如果您是新用户，请参阅出版物G4132-90000，使用Agilent HT Microars-azymatic-emzymatic标记GDNA的高通量ACGH分析，该标记使用SERETAG HT KIT协议，这是该快速参考指南的全长版本。全长协议包括其他说明和详细信息，以及程序注释，套件内容的信息，所需的材料和设备以及故障排除提示。