PyRx-virtual 筛选工具用于与协议对接:(i)检查 SARS-CoV-2 Mpro 蛋白质结构(PDB 6Y2E)中缺失的原子、键和接触,去除水分子并使用以下参数进行能量最小化,力场:Amber ff14SB,最陡下降步长:100,最陡下降步长:0.02 Å,共轭梯度步长:10,共轭梯度步长:0.02 Å,使用 Chimera 版本 1.14 上的分子建模工具包 (MMTK) 包。(4)该最小化结构用作对接分析的受体。(ii)将最小化结构保存为 pdb 文件并导入 PyRx 软件。(iii)配体也以 pdb 格式导入。Autodock Tools 模块用于生成 pdbqt 输入文件。 (iv) 使用 Autodock Vina 算法对选定的配体进行对接。在 Autodock Vina 中,网格框设置为覆盖 Mpro 的活性位点,其尺寸为 Å:中心 (x, y, z) = (-16.46, -26.70, 1.58),尺寸 (x, y, z) = (23.34, 19.09, 10.98)。然后以 8 的详尽度运行对接模拟。使用 Autodock Vina 模块内置评分功能预测的最低结合亲和力分数 (kcal/mol) 评估对接结果。
通过使用MEGA6.0的系统发育树来构建序列的分类。通过使用诸如AutoDock的galaxysagittarius,SwisStargetPrdiction,SwisStargetPrdiction以及相关的分子对接模拟,分为蛋白质与特定代谢物/生物活性分子之间的相互作用和研究。蛋白质相互作用预测 - 通过使用Web服务器(HADDOCK,LZERD,ROSETTADOCK)的蛋白质。
抽象的黑绿色是一种色素沉着障碍,是由黑色素合成过多的面部或颈部周围的棕色斑块形式引起的。黄色素可能会影响所有种族群体,尤其是紫外线辐射高的地区。通常用于预防色素沉着的物质是曲酸,硫酸和汞,但如果连续使用,这些物质是致癌的。红色槟榔(Piper Crocatum)具有活性化合物,可作为抗氧化剂,例如类黄酮和苯酚。本研究旨在确定红槟榔叶的活性化合物对酪氨酸酶抑制的潜力。这项研究是在硅和体外方法中进行的。所使用的受体是酪氨酸酶,酪氨酸酶,具有PDB代码5M8O,Tropolone作为天然配体和Kojic Acid作为比较配体。总共将34种来自LC-MS的红槟榔叶和GC-MS分析的活性化合物用作测试配体。使用Autodock Vina和Autodock工具进行分子对接,并使用Ligplot +和Pymol进行了可视化。体外酪氨酸酶抑制使用酪氨酸酶活性测定试剂盒AB252899和曲酸作为阳性对照。儿茶素化合物具有最小的结合自由能(ΔG),即-6.7 kcal/mol,抑制作用的动力学为12.12M。体外测试结果,水分分数具有最大的酪氨酸酶抑制活性84.84%,而Kojic Acid的活性为82.47%。关键字:hiperpigmentation,elasm,分子对接,吹笛者鳄鱼酶,酪氨酸酶
一种称为阿尔茨海默氏病的退化性神经系统疾病导致脑细胞和脑收缩死亡。痴呆症的最常见原因是阿尔茨海默氏病,其特征是损害一个人独立功能能力的精神,行为和社会能力的稳定恶化。诸如阿尔茨海默氏病(AD)之类的神经退行性疾病以社会识别和学习社会线索的困难为特征。我们探讨了β1-甲状腺素能信号传导是否可以通过检查其对认知性能的影响来成为AD的潜在治疗靶标。此信号传导也可能有助于调节记忆障碍患者的血压变化。苦杏仁用于治疗阿尔茨海默氏病。使用软件研究了加利福尼亚杏仁的主要化学成分用于分子对接。使用代码5OG及其共结晶的配体ivastigmine(docking得分-6.0),辛多佩齐尔(对接得分-9.0)的胆碱酯酶抑制剂蛋白数据库(PDB)文件用于此目的。评估了植物化学物质与氨基酸的相互作用。靶蛋白 - 蛋白质同源性建模,蛋白质结构验证和能量最小化。使用文献中记录的植物化学物质进行了一种比较硅对接分析的比较,以与标准药物以及标准药物一起与阿尔茨海默氏病有关。使用Autodock Vina进行了初步的对接研究,并用Autodock 4.2.6和Swissdock验证了结果。对这些植物化学物质的吸收,分布,代谢,排泄和毒性(ADMET)特性进行了评估,并且仅包括通过ADMET过滤器的那些。
表皮生长因子受体EGFR抑制剂被广泛用作一线治疗,用于治疗具有EGFR突变的患者,用于治疗非小细胞肺癌(NSCLC)。然而,第二位突变(T790 m)的采集限制了疗效和开发性的抗性。因此,对这种变形的特定药物靶标的发现和开发是迫切需要的。在我们的研究中,我们使用ChemDiv多样性数据库进行基于受体的虚拟筛查以确保EGFR-TK抑制剂化学治疗剂。我们使用Autodock 4.0和Autodock Vina1.1.2和船只后调查确定了与EGFR-TK结合到EGFR-TK的ATP结合区域的四种化合物。配体显示与结合位点疏水区域的疏水相互作用,并与Met793进行氢键。配体还探索了配体 - 苯基环和lys745阳性氨基的π-系统之间的π阳离子相互作用。分子力学POISSON - BOLTZMANN表面积MM/PBSA人均能量分解分析显示,Val726,Leu792,Met793,Gly796,Cys797,Leu798和Thr844对结合能有最大的作用。对检索到的HIT化合物的生物学评估显示出对EGFR自动磷酸化的抑制活性,以及选择性凋亡诱导的对具有EGFR L858R/T790M双重突变的肺癌细胞的作用。我们的工作预期为新颖和特定的EGFR-TKIS,并确定了针对肺癌具有挑战潜力的新化合物。
在全球范围内,草药实践的复兴强调了朝着治疗神经退行性疾病的草药的转变,担心药物安全推动了这一趋势。在市场上提供各种合成药物,目的是治疗神经退行性疾病,但这些药物带有许多副作用,这会导致80%以上的人口转移到基于植物的药物上。这项研究研究了甘氨酸最大(L.)MERR的抑制潜力。NADPH氧化酶对NADPH氧化酶的成分(大豆)成分,该氧化酶在神经退行性疾病中使用分子对接和药代动力学研究起着关键作用。 目的是为靶向氧化应激的大豆化合物的治疗应用有助于知识。 用自动库克Vina/ div>的分子对接(大豆)成分,该氧化酶在神经退行性疾病中使用分子对接和药代动力学研究起着关键作用。目的是为靶向氧化应激的大豆化合物的治疗应用有助于知识。用自动库克Vina/ div>的分子对接
2 Halu Oleo大学食品科学技术系摘要肺癌是一种起源于气道或支气管上皮的主要恶性肿瘤。 癌症的发生的特征是细胞生长不正常,无限和损害正常组织细胞。 在抑制肺癌生长的受体之一是EGFR。 这项研究的目的是确定天然材料化合物作为肺癌药物的酸性抑制剂突变体T790M/C797 EGFR的活性。 这项研究是一项描述性研究计算的描述性研究,是使用配体软件的基于结构性的药物生态学建模方法,使用药物使用Autodock工具软件使用Autodock tocal进行了虚拟筛选和分子张力,该软件具有基于目标参数的根,基于目标参数的根,该词根的根部的根部的根的根的根的根,该根的根的根是根的根的根的根,根的根的根的根的根的根的根的根的根的根的根是>根的根的根的根的根的根的根 EGFR受体代码为5D41,而比较配体为57N。 研究的结果获得了药物模型的验证,即AUC值100%= 0.61,由2个水或h键供体的1个特征组成。 针对椰子数据库的基于药物的筛查可产生270,001个命中化合物。 分子拉伸的结果表明,化合物CNP0179931(3-(4-氯苯基)-n-- [((ochahydro-1H- Quinolizin-1-基)甲基)-1H-Pyrazole-5-5-辅助酰胺具有结合的能量值(ΔG) -1H-pyrazole-5-羧酰胺(2,91 nm,可以得出结论,与天然配体相比,CNP0179931化合物具有更好的结合亲和力值,而基于氢键,Van derawal和Hydropophic Bonds的相似性,可以看到相互作用分析。2 Halu Oleo大学食品科学技术系摘要肺癌是一种起源于气道或支气管上皮的主要恶性肿瘤。癌症的发生的特征是细胞生长不正常,无限和损害正常组织细胞。在抑制肺癌生长的受体之一是EGFR。这项研究的目的是确定天然材料化合物作为肺癌药物的酸性抑制剂突变体T790M/C797 EGFR的活性。这项研究是一项描述性研究计算的描述性研究,是使用配体软件的基于结构性的药物生态学建模方法,使用药物使用Autodock工具软件使用Autodock tocal进行了虚拟筛选和分子张力,该软件具有基于目标参数的根,基于目标参数的根,该词根的根部的根部的根的根的根的根,该根的根的根是根的根的根的根,根的根的根的根的根的根的根的根的根的根的根是EGFR受体代码为5D41,而比较配体为57N。研究的结果获得了药物模型的验证,即AUC值100%= 0.61,由2个水或h键供体的1个特征组成。针对椰子数据库的基于药物的筛查可产生270,001个命中化合物。分子拉伸的结果表明,化合物CNP0179931(3-(4-氯苯基)-n-- [((ochahydro-1H- Quinolizin-1-基)甲基)-1H-Pyrazole-5-5-辅助酰胺具有结合的能量值(ΔG) -1H-pyrazole-5-羧酰胺(2,91 nm,可以得出结论,与天然配体相比,CNP0179931化合物具有更好的结合亲和力值,而基于氢键,Van derawal和Hydropophic Bonds的相似性,可以看到相互作用分析。关键词:肺癌,EGFR,虚拟筛查,分子取
这项研究研究了通过硅方法中的铜铜铜菌作为卵巢癌治疗的候选生物活性化合物的潜力。专注于卵巢癌进展涉及的关键机制,我们评估了这些化合物充当凋亡激动剂和TNFα竞争性抑制剂的能力。采用一系列计算技术,我们评估了药物相似性,毒性,膜渗透性和生物活性。此外,我们使用与Pyrx 8.0集成的Autodock Vina进行了分子对接,并用CABS-FLEX 2.0进行了分子动力学模拟。我们的结果表明,脱氢核对TNFα表现出强大的结合亲和力,并参与了凋亡信号通路。值得注意的是,脱氢核酸二酮与TNFα活跃位点之间的显着相互作用强调了其作为抗ofarian癌症剂的潜力。这些发现为进一步发展脱氢核心作为卵巢癌治疗中有前途的治疗候选者提供了强大的基础。
摘要:本研究通过对六种常用抗癌药物的构象分析,确定了能量最低的分子结构,以作为对接模拟的初始数据。利用AutoDock Vina软件,研究了6种FDA批准的药物(培美曲塞、伊立替康、他莫昔芬、吉西他滨、拓扑替康和替莫唑胺)与DNA的相互作用机制。此外,对所研究的药物-DNA结构进行了MM/PB(GB)SA计算。计算出的相互作用的结合亲和力和结合自由能显示了结构的稳定性。研究发现,这些分子与DNA相互作用的活性位点是相同的,它们的各种相互作用,主要是氢键,对结构的稳定性起着重要作用。此外,还确定了所研究分子的药效团特征。本研究的目的是深入研究标题药物与DNA的结合性质。