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World File Search SystemBGC
海洋建模和观测研讨会
EREEFS信息系统整合了流体动力，波浪，沉积物，流域和生物地球化学（BGC）模型，以探索大屏障礁（GBR）内海洋循环和海洋生态系统动力学。向GBR海洋环境的土地投入是一个关键过程，可驱动海洋循环，水质和整体礁石健康。集水区模型具有集成的围场模型，该模型将营养素，沉积物和淡水添加到GBR沿海水域中。，我们通过将其与包括8,000多个现场样本观测值的原位观察结果进行了比较，评估了在11年（2011-2022）中进行的Ereefs Marine Biogeepical模型的最新后广播版本。通过与观察数据（MMP，AIMS，JCU，IMOS，GIDARJIL）进行比较，我们评估了EREEFS模型复制GBR中关键水质参数的能力。我们展示了模型模拟的优势和局限性，并在何处提供了对模型和观察性改进的见解。分析强调设计操作，建模和观察性研究的重要性和好处，以更好地了解海洋生态系统。我们证明了模型验证在指导信任中的使用，以建模为当前和未来的管理策略（例如战略管理框架（SMF））和GBR水质报告卡。
paras：非核糖体肽合成酶的底物特异性的高准确机器学习
非核糖体肽是化学和功能多样的天然产物，具有重要的医学和农业应用。细菌和真菌基因组包含数千种非知名功能的非核糖体肽生物合成基因簇（BGC），为肽发现提供了有希望的资源。可以通过预测非透射体肽合成酶（NRPSS）中腺苷酸（a）结构域的底物（a）结构域来推断这种肽的核心结构特征。但是，现有的域预测方法依赖于有限的数据集，并且经常与选择大型基材或较少研究的域中的域斗争。在这里，我们系统地策划和计算分析了3,254个域，并介绍了两个新的高准确性特异性预测指标，Paras和Parasect。通过应用PARAS鉴定出具有异常高的L- tryptophan特异性的一种新型域，并且在相应的NRP上进行完整的蛋白质质谱法表明它可以指导链霉菌物种中与色氨酸肽相关的代谢产物的产生。在一起，这些技术将加速新型NRPS及其代谢产物的表征。Paras和Parasect可在https://paras.bioinformatics.nl上找到。
机器学习揭示了生产宿主链霉菌Albidoflavus
链霉菌Albidoflavus是一种流行且遗传上的平台菌株，用于通过异源生物合成基因簇（BGC）的表达进行自然产物发现和生产。然而，其转录调节网络（TRN）及其对继发代谢的影响尚不清楚。在这里，我们通过将独立的组件分析应用于来自内部和公共资源的218个高质量RNA-SEQ转录组的纲要，通过将独立的组件分析应用于88个独特的增长条件，来表征其TRN。我们获得了78个独立调制的基因集（imodulons），这些基因（imodulons）在定量地描述了跨不同条件的TRN及其活性状态。Through analyses of condition-dependent TRN activity states, we (i) describe how the TRN adapts to different growth conditions, (ii) conduct a cross-species iModulon comparison, uncovering shared features and unique characteristics of the TRN across lineages, (iii) detail the transcriptional activation of several endogenous BGCs, including surugamide, minimycin and paulomycin, and (iv) infer potential functions of 40% albidoflavus基因组中未表征的基因。我们的发现提供了对Albidoflavus的TRN的全面和定量的理解，为进一步的探索和实验验证提供了知识库。
非洲疫苗：ACT MEP
冷却顾问（4T乐队）支持菲律宾的可持续和节能冷却解决方案。顾问将重点介绍RAC（制冷和空调）领域的可持续技术和政策，有助于减少温室气体的排放，并确保遵守国际标准和能源效率目标。项目参与的背景和领域GIZ的技术焦点领域之一是可再生能源和能源效率，包括冷却部门的项目。RAC部门是菲律宾能源需求和排放的重要贡献，这一角色是实现该国能源转型目标不可或缺的一部分。giz支持菲律宾的主要利益相关者和实施机构，以确保能源过渡工作的一致。作为顾问的主要角色，您将担任菲律宾项目协调员，其关键责任是与负责经理合作管理日常计划活动。您将提供可持续冷却技术和能源效率的技术专业知识，与本地和国际利益相关者紧密合作，以推动采用环保RAC解决方案。该角色涉及政策支持，能力建设，认证流程以及该行业试点项目的便利。您将在BGC的能源部REMB举办工作站，并直接向项目负责人报告。主要职能/职责：在顾问的角色中，技术咨询和数据驱动的实施是最前沿的：
转化相关的重组（TAR）克隆及其在基因功能上的应用；基因组结构和进化；生物技术和生物医学
转化相关的重组（TAR）克隆代表了一种独特的工具，可以选择性，高效地从复杂的基因组（例如动物和植物）和简单基因组（例如细菌和病毒）中恢复给定数百KB的给定染色体片段。该技术利用了酵母菌酿酒酵母中高水平的同源重组。在这篇综述中，我们总结了先前针对复杂基因组开发的开拓性焦油克隆技术的多个应用，用于功能，进化和结构研究，并扩展了经过修改的焦油版本以分离生物合成基因簇（BGC），从微生物中分离出生物合成的属性，这些属性是新型的构造和工业构造的综合构造，并为工具制造了工具以及工具工程，并构成了工程工程的工程，以实现工程的工程，以实现工程的工程，以实现工程的工程构造，以实现工程构造的工具。疫苗。焦油克隆被改编为用于基础研究的合成微生物基因组组装的可靠方法。在这篇综述中，我们还讨论了焦油克隆与HAC（人造染色体）的结合如何以及基于CRISPR的技术可能有助于未来。
CUTR和肌动蛋白在分泌应力反应中的作用的证据M145
收到2023年5月19日； 2023年6月20日接受；于2023年7月7日出版了作者分支：1分子微生物学系，约翰·英恩斯中心，诺里奇，诺里奇研究园，NR4 7UH，英国； 2部门生物化学和代谢，蛋白质组学设施，约翰·英恩斯中心，诺里奇，诺里奇研究园，NR4 7UH，英国。*信函：巴里·威尔金森（Barrie Wilkinson），巴里（Barrie）。 Matthew I. Hutchings，Matt。Hutchings@jic。Ac。UKUK关键词：链霉菌；抗生素； actinorhodin;分泌压力；两个组件系统；蛋白质分泌；蛋白质组学。缩写：BGC，生物合成基因簇； DH2O，去离子水； DNA，Difco营养琼脂； DNAD，Difco营养琼脂，补充了D-葡萄糖； NEB，新英格兰Biolabs； QRT-PCR，定量逆转录聚合酶链反应； RR，响应调节器； Sccutrs，S。CoelicolorCutrs； SEC，综合分泌途径； Sgrna，合成指南RNA； SK，传感器组氨酸激酶； Svcutrs，委内瑞拉·卡特斯； TCS，两个组件系统； TMT，串联质量标记； VKOR，维生素K环氧还原酶。芯片SEQ数据登录号= GSE225370（GEO）。TMT蛋白质组学登录号= PXD040579（Pride）。†这些作者对这项工作也同样贡献了本文的在线版本提供补充表。001358©2023作者
阿尔茨海默病患者的脑脊液清除率降低，脑淀粉样蛋白增加
摘要背景：在散发性阿尔茨海默病 (AD) 中，大脑淀粉样蛋白-β (Aβ) 沉积被认为是 Aβ 清除受损的结果，但这种关系在活体人类中尚未得到很好的证实。脑脊液清除是脑淋巴清除 (BGC) 的主要特征，已证明在 AD 小鼠模型中脑脊液清除异常。MRI 相位对比和鞘内注射对比剂研究报告称 AD 中的脑脊液流量减少。使用 PET 和 tau 示踪剂 18 F-THK5117，我们之前报告称 PET 示踪剂的心室脑脊液清除率在 AD 中降低并且与脑 Aβ 水平升高有关。方法：在本研究中，我们使用两种 PET 示踪剂，18 F-THK5351 和 11 C-PiB 来估算从 9 名正常对照和 15 名 AD 患者的早期动态 PET 帧计算出的脑脊液清除率。结果：我们观察到脑室脑脊液清除率测量值与 AD 的降低（r = 0.66，p < 0.01）相关（r = 0.66，p < 0.01）。我们还复制了脑室脑脊液清除率（18 F-THK5351）与脑 Aβ 负荷之间的显著关系（r = − 0.64，n = 24，p < 0.01）。通过增加样本量，我们扩展了观察范围，发现脑脊液清除率降低与皮质厚度和认知能力下降有关。结论：总体而言，研究结果支持以下假设：脑脊液清除失败是 AD 的一个特征，与 Aβ 沉积和 AD 病理有关。需要进行纵向研究以确定脑脊液清除失败是否是进行性淀粉样变性或其后果的预测因素。
欧洲投资银行的投资项目经济评估
3G：第三代（移动通信技术） AIC：平均增量成本 B/C：效益成本（比率） B&E 生物多样性和生态系统 BGC：行为广义成本 CAPEX：资本支出 CAPM：资本资产定价模型 CBA：成本效益分析 CEA：成本效益分析 CO2：二氧化碳 CO2e：二氧化碳当量 DG REGIO：区域和城市政策总司 DH：区域供热 DSL：数字用户线 EIB：欧洲投资银行，或“银行” ENPV：经济净现值 EPO：欧洲专利局 ERDF：欧洲区域发展基金 ERIAM：经济道路基础设施评估模型 ERP：企业资源规划 ERR：经济回报率 ETS：排放交易体系 EU：欧盟 FNPV：财务净现值 FRR：财务回报率 FTTLA：光纤到最后一个放大器 FTTH：光纤到户 GC：广义成本 GHG：温室气体 GDP：国内生产总值 HV：重型车辆 IATA：国际航空运输协会 ICT：信息和通信技术 IER：能源经济与合理能源使用研究所 IM：基础设施经理 IRR：内部收益率 JASPERS：支持欧洲地区项目的联合援助 kV：千伏 kWh：千瓦时 LC：平准成本 l/c/d：升/人/天 LCU：当地货币单位 LCOE：平准能源成本 LCOH：平准热能成本 LRMC：长期边际成本
在南极海冰中建模冰冻和生物地球化学过程
南部海洋冰范围最近发生的严重波动要求迫切需要更好地了解海冰内发生的季节性物理和生物地球化学（BGC）过程。海冰受到温度，风模式和海洋盐度等多种环境因素的影响。海冰微观结构是高度复杂的，由固体冰基质和液体间质盐水夹杂物组成。微生物群落发现盐水夹杂物营养丰富的栖息地，可在冬季恶劣的冬季生长和生存。微生物群落的生长或光合速率取决于各种环境因素，例如温度，阳光，盐水盐度和养分的可用性。虽然卫星观测和大规模建模为大规模（> 1 km）的这些过程提供了更好的了解，但仍然存在差距，这在小规模过程（如冰冻及其耦合到生物地球化学）等小型过程的确切时间描述中仍然存在差距。在本文中，在宏观（≈1m）上开发了多孔介质（ETPM）的数学框架（ETPM）对热力学一致的冻结过程的建模。在1D微观（≈0.1mm）模型上解析了孔和树突状模式的形成，并将孔面积升级到宏观尺度上，以调节冰的生长速率。藻类生长是使用N-P单一营养素和浮游植物（N-P）生长模型的模型。当前的工作与参考文献更进一步。[1]，通过微观质量分数和盐水之间的微观质量交换改进，通过部分微分方程对散装盐度演变的描述，以及用于初级生产和营养动力学的普通微分方程。
放线菌研究进展：2019 年 ActinoBase 综述
收到日期：2020 年 2 月 21 日；接受日期：2020 年 5 月 28 日；发布日期：2020 年 6 月 19 日 作者隶属关系：1 英国东英吉利大学生物科学学院，诺里奇研究园区，诺里奇，诺福克 NR4 7TJ，英国；2 英国斯特拉斯克莱德大学斯特拉斯克莱德药学和生物医学科学研究所，格拉斯哥大教堂街 161 号，G4 0RE，英国；3 英国兰开夏郡 Edge Hill 大学生物系，L39 4QP；4 英国诺里奇约翰英纳斯中心分子微生物学系，NR4 7UH。 *通讯作者：Thomas C. McLean，T.mclean@uea.ac.uk 关键词：ActinoBase；放线菌；抗生素；发展；方法学；微生物生态学；调节；特殊代谢物；链霉菌；共生。缩写：antiSMASH，抗生素和次级代谢物分析壳；ARTS，抗生素耐药性靶向搜索者；BCI，巴罗科罗拉多岛；BGC，生物合成基因簇；c-di-GMP，3'，5'-环二鸟苷酸；ChIP-seq，染色质免疫沉淀测序；DSB，双链断裂；EHEC，肠出血性大肠杆菌；EPEC，肠致病性大肠杆菌；GMC，共同进化的地理马赛克理论；GNPS，全球天然产物社会分子网络；GPA，糖肽抗生素；GPA，糖肽抗生素；HMM，隐马尔可夫模型；ISBA，放线菌生物学国际研讨会；LEE，肠细胞消除位点；MAG，宏基因组组装基因组；NRPS，非核糖体肽合成酶； PKS，聚酮合酶；RiPP，核糖体合成和翻译后修饰肽；SNP，单核苷酸多态性；TCS，双组分系统；T3SS，III 型分泌系统；WGS，全基因组测序。† 这些作者对本作品的贡献相同 000944 © 2020 作者