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跨空间和时间的重复组进化：揭示植物属 Erythrostemon Klotzsch（豆科）的重复动态
图 4 影响红胸木重复组组成的因素。(a) 红胸木物种中每个 TE 谱系丰度所选最佳模型的估计值。Y 轴为 TE 进化枝；重复名称的颜色基于其超家族或类别。X 轴为 WorldClim 变量：Bio2—平均日温差，Bio3 等温性 (Bio2/Bio7) ( × 100)，Bio5—最热月份最高温度，Bio6—最冷月份最低温度，Bio13—最湿月份降水量，Bio14—最干旱月份降水量，Bio19—最冷季度降水量和 Elev—海拔数据。(b) 获得的偏差分割分析的维恩图，用于评估 Erythrostemon 物种内所有 TE 丰度中的环境（绿色）变量和系统发育（灰色）的相对重要性。
临床蛋白质组学中的多模式学习：使用化学信息增强抗菌抗性预测模型
1经验推理系，麦克斯·普朗克智能系统研究所，马克斯 - 普朗克 - 环4，图宾根72076，德国2 Bio3-Giga-r医学基因组学，Lie'ge University of lie'ge de l'Hoˆpital University of de l'Hoˆpital 11，layge Gege 4000，Belgium 3 Eth Ai Center，Eth eTh Zu Zu'rich and Zu'rich and Zu'rich and Zu Zu's＆Zu Zu easssse 5研究小组统计遗传学，麦克斯·普朗克精神病学研究所，克雷佩林斯特拉斯特拉赛10，穆恩80804，德国5信号理论与通信系，卡洛斯·卡洛斯三世大学，莱根大学，莱根28911，西班牙6，西班牙6，6 6号，Zurich4058。 （SIB），Amphipoˆle，Quartier Unil-Sorge，Lausanne 1015，瑞士8机器学习与系统生物学系，Max Planck生物化学研究所，Martinsried，Martinsried 82152，德国 *相应的作者。生物系统科学与工程部，瑞士巴塞尔4058号Eth Zurich。电子邮件：borgwardt@biochem.mpg.de（K.B. ） ）;电子邮件：oliver@biochem.mpg.de（C.O.） †同等贡献。 副编辑：Pier Luigi Martelli电子邮件：borgwardt@biochem.mpg.de（K.B.）;电子邮件：oliver@biochem.mpg.de（C.O.）†同等贡献。副编辑：Pier Luigi Martelli
USP mRNA 疫苗章节
几十年来，人们一直在探索利用信使核糖核酸 (mRNA) 技术来研发流感、寨卡病毒、狂犬病和巨细胞病毒等传染病的疫苗。COVID-19 疫情加速了该技术作为疫苗平台的研究和开发，导致 mRNA 疫苗成为美国首个获得紧急使用授权并随后获批用于 SARS-CoV-2 的疫苗。用于预防 COVID-19 的 mRNA 疫苗已被证明是该技术的成功应用，然而，对于检测这些疫苗质量属性的指导仍然有限。一套标准的分析方法将为世界各地的疫苗开发商、制造商、监管机构和国家控制实验室提供支持，通过提供工具来帮助加速使用该平台开发安全有效的疫苗，并防止出现劣质和伪造的疫苗产品。根据各利益相关方确定的这一需求，USP 和我们的 BIO3 专家委员会制定了 mRNA 疫苗的通用章节草案，作为制定 mRNA 疫苗测试程序章节的第一步。本章节包括分析程序和最佳实践，以支持对 mRNA 疫苗的共同质量属性进行评估。本章节草案还以一般章节<1235>《人用疫苗——一般考虑因素》和<1239>《人用疫苗——病毒疫苗》中描述的最佳实践为基础。章节草案中的方法改编自公开来源，尚未经过 USP 的核实或确认。USP 和我们的 BIO3 专家委员会将提前发布章节草案以征求公众意见。通过提前发布，USP 希望征求利益相关者对参考文件中描述的方法的反馈，并鼓励提交与章节草案中提出的方法相关的任何替代方法和任何其他支持文件，包括验证文件。引言天然存在的 mRNA 是在真核细胞中通过 RNA 聚合酶转录细胞核中的 DNA 来产生的。 mRNA 分子从细胞核运输到细胞质，在那里它们作为模板，由核糖体翻译产生特定的蛋白质。通过这种方式，储存在细胞核中的信息被用来产生特定的蛋白质。这种 mRNA 不能产生除其编码的蛋白质以外的任何蛋白质。注射后，mRNA 的估计半衰期约为 8-10 小时，之后它会迅速降解并被体内的天然 RNase 分解。mRNA 不需要进入细胞核即可发挥作用。通常，可以通过在宿主（例如大肠杆菌）中扩增起始 DNA 质粒来制备 mRNA 疫苗药物物质。质粒在用于大规模生产 mRNA 中间体之前，需要进行酶线性化和纯化。在无细胞系统中，通过体外转录从线性化质粒 DNA 模板中产生 mRNA。根据具体的制造工艺，构建体用核苷优化以形成序列，转录的 mRNA 在 7-甲基鸟苷的 5' 端酶促加帽和/或在 3' 端用 poly (A) 酶促加尾。然后纯化 mRNA 药物物质并配制成药物产品。mRNA 疫苗药物产品可以是嵌入脂质纳米颗粒 (LNP) 中的 mRNA 制剂。LNP 保护 mRNA 免于降解并帮助 mRNA 通过内吞作用进入细胞。一旦进入内体，mRNA 疫苗分子就会逃离内体进入细胞质（取决于可电离脂质和 mRNA 核苷酸的摩尔比）并提供模板以产生多个病毒蛋白拷贝。病毒蛋白作为抗原刺激免疫反应，这是疫苗接种的预期结果。目前已开发出两种主要形式的 mRNA 疫苗：非复制型 mRNA 疫苗（常规）和自扩增型 mRNA (SAM) 疫苗，如下图 1 所示。常规非复制型 mRNA 疫苗构建体通常由 5′ 7-甲基鸟苷帽结构、5′ 非翻译区 (UTR)、编码蛋白质的开放阅读框 (ORF)、3′ UTR 和 3′ poly(A) 尾组成。SAM mRNA 疫苗源自 alpha 病毒基因组，其中 mRNA 分子编码可指导细胞内 mRNA 扩增的其他复制酶成分。在这两种形式的 mRNA 疫苗中，UTR 区域对于最大化蛋白质表达、mRNA 分子的 5′ 加帽、阻断核酸外切酶介导的降解和提高翻译效率都很重要。UTR、5' 帽和 poly(A) 尾也有助于稳定非复制型 mRNA 疫苗（常规）和自扩增型 mRNA (SAM) 疫苗，如下图 1 所示。常规非复制型 mRNA 疫苗构建体通常由 5′ 7-甲基鸟苷帽结构、5′ 非翻译区 (UTR)、编码蛋白质的开放阅读框 (ORF)、3′ UTR 和 3′ poly(A) 尾组成。SAM mRNA 疫苗源自 alpha 病毒基因组，其中 mRNA 分子编码可指导细胞内 mRNA 扩增的其他复制酶成分。在这两种形式的 mRNA 疫苗中，UTR 区域对于最大化蛋白质表达、mRNA 分子的 5′ 加帽、阻断核酸外切酶介导的降解和提高翻译效率都很重要。UTR、5' 帽和 poly(A) 尾也有助于稳定非复制型 mRNA 疫苗（常规）和自扩增型 mRNA (SAM) 疫苗，如下图 1 所示。常规非复制型 mRNA 疫苗构建体通常由 5′ 7-甲基鸟苷帽结构、5′ 非翻译区 (UTR)、编码蛋白质的开放阅读框 (ORF)、3′ UTR 和 3′ poly(A) 尾组成。SAM mRNA 疫苗源自 alpha 病毒基因组，其中 mRNA 分子编码可指导细胞内 mRNA 扩增的其他复制酶成分。在这两种形式的 mRNA 疫苗中，UTR 区域对于最大化蛋白质表达、mRNA 分子的 5′ 加帽、阻断核酸外切酶介导的降解和提高翻译效率都很重要。UTR、5' 帽和 poly(A) 尾也有助于稳定