1 量子工程技术实验室,布里斯托大学 HH Wills 物理实验室和电气电子工程系,Merchant Venturers 大楼,Woodland Road,布里斯托 BS8 1UB,英国 2 光子学与量子科学研究所,赫瑞瓦特大学,英国 3 ICFO-Institut de Ciencies Fotoniques,巴塞罗那科学技术学院,08860 Castelldefels(巴塞罗那),西班牙 4 光子学和量子光学研究中心,先进材料和传感设备卓越中心,Rud − er Boˇskovi´c 研究所,萨格勒布,克罗地亚 5 维也纳量子光学与量子信息研究所(IQOQI)和维也纳量子科学与技术中心(VCQ),奥地利维也纳 6 国防科技大学高级跨学科研究学院,长沙,410073,中华人民共和国 7 斯洛伐克科学院物理研究所量子信息研究中心科学院,D ' ubravsk'a Cesta 9,84511 Bratislava,斯洛伐克 ∗ 通信和材料请求应发送至 Siddarth Koduru Joshi。 ∗∗ 任何通信应发送给作者。 8 现在位于:Universit ' e Cˆote d'Azur,CNRS,尼斯物理研究所(INPHYNI),UMR 7010,Parc Valrose,06108 Nice Cedex 2,法国 电子邮件:SK.Joshi@Bristol.ac.uk
1超声心动图实验室,圣巴塞洛缪医院,巴特斯健康NHS,伦敦EC1A 7BE,英国2,2超声心动图实验室,伦敦大学伦敦大学伦敦大学NW1 2BU,英国2BU,3 BU 3 BU 3运动员健康与绩效研究中心,Aspetar Orthopedic和Aspetar Orthopedic and Sports Hospital,Doha 23833,Doha 23833英国L3 3AF 5运动与健康研究所(ISEH),伦敦大学学院,伦敦大学1T 7HA,英国6布里斯托尔医学院,布里斯托尔大学,布里斯托尔大学,布里斯托尔BS8 1ud,英国7号,国家健康研究所(NIHR)心血管生物医学研究中心国家卫生研究所(NIHR) Aspetar Orthopaedic and Sports Medicine Hospital, Doha 23833, Qatar 9 Wythenshawe Hospital, Manchester University NHS Foundation Trust (MFT), Manchester M23 9LT, UK 10 Colchester Hospital National Health Service Trust, Colchester CO4 5JL, UK 11 Health Sciences Department, Manchester Metropolitan University, Manchester M15 6BH, UK * Correspondence: d.l.oxborough@ljmu.ac.uk
1医院Del Mar Research Institute(IMIM),流行病学与公共卫生计划,Aiguader博士,88,08003西班牙巴塞罗那; 2英国伦敦大学伦敦大学伦敦大学学院终身健康与老化部门MRC; 3人口健康科学,布里斯托尔医学院,布里斯托尔大学,布里斯托尔BS 8 200亿英国; 4挪威奥斯陆公共卫生学院生育与健康中心,挪威0463; 5 Blanquerna卫生科学学院,拉蒙·劳尔大学,西班牙巴塞罗那08025; 6生物医学研究财团 - 肥胖与营养的病理生理学(Ciberobn),萨鲁德·卡洛斯三世研究所,蒙福特·德·莱莫斯3-5,08029西班牙马德里; 7巴塞罗那全球健康研究所(Isglobal),Aiguader博士88,08003,西班牙巴塞罗那; 8生物医学研究联盟 - 西班牙马德里的Salud Carlos III研究院(Cibercv); 9μEdical研究委员会环境与健康中心,公共卫生学院,伦敦帝国学院,伦敦W2 1pg,英国; 10雅典学院生物医学研究基金会系统生物学中心,希腊雅典115号; 11英国伦敦帝国理工学院公共卫生学院流行病学和生物统计学系12,维多利亚大学医学院 - 加泰罗尼亚大学中心大学,CTRA。de Roda,70,08500 VIC,西班牙;和13 Universitat Pompeu Fabra(UPF),Aiguader博士88,08003,巴塞罗那,西班牙
a 廷德尔气候变化研究中心,曼彻斯特大学工程学院,牛津路,曼彻斯特,M13 9PL,英国 b 伦敦大学学院能源研究所,14 Upper Woburn Place,伦敦,WC1H 0NN,英国 c 曼彻斯特大学计算机科学系,牛津路,曼彻斯特,M13 9PL,英国 d imec-COSIC,鲁汶天主教大学,Kasteelpark Arenberg 10,bus 2452,Leuven-Heverlee,B-3001,比利时 e 国际能源研究中心,廷德尔国家研究所,科克,爱尔兰 f 帕多瓦大学工业工程系,Via Giovanni Gradengio 6/a,帕多瓦(PD),35131,意大利 g 布里斯托大学计算机科学系,布里斯托,BS8 1TH,英国 h 智能系统组,工程与物理科学学院,赫瑞瓦特大学,爱丁堡,EH14 4AS,英国 i格拉斯哥大学詹姆斯瓦特工程学院,格拉斯哥,英国 j CWI,国家数学和计算机科学研究所,阿姆斯特丹,1098XG,荷兰 k 算法组,EEMCS,代尔夫特理工大学(TU Delft),2628 XE 代尔夫特,荷兰 l imec-SMIT,布鲁塞尔自由大学,Pleinlaan 9,布鲁塞尔,1050,比利时 m NOVA 信息管理学院(NOVA IMS),里斯本新大学,Campolide,里斯本,1070-312,葡萄牙 n 爱丁堡大学工程学院,爱丁堡,EH9 3DW,英国 o 创新与技术管理学院,卢塞恩应用科学与艺术大学,霍尔夫,6048,瑞士 p EIA 大学,Vda。埃尔佩纳斯科,恩维加多,安蒂奥基亚,哥伦比亚 q 科罗拉多大学丹佛分校,丹佛,美国
标题 真核核糖体中药物结合残基的天然变异 作者 Lewis I. Chan 1,& 、Chinenye L. Ekemezie 1,& 、Karla Helena-Bueno 1 、Charlotte R. Brown 1 、Tom A. Williams 2,* Sergey V. Melnikov 1,* 附属机构 1 纽卡斯尔大学生物科学研究所,英国泰恩河畔纽卡斯尔,NE2 4HH 2 布里斯托尔大学生物科学学院,英国布里斯托尔,BS8 1TQ & 贡献相同 通讯 * 通讯地址:tom.a.williams@bristol.ac.uk 和 sergey.melnikov@newcastle.ac.uk 摘要 针对真核核糖体的药物作为研究工具和针对癌症、真菌和其他致病性的潜在疗法正变得越来越重要真核生物。然而,由于缺乏比较研究,我们目前不知道有多少真核生物拥有与人类相同的核糖体药物结合位点,以及有多少与人类有显著差异。目前,这种知识上的差距因真核生物基因组中存在假基因而加剧,由于我们无法区分真正的突变、假基因和测序伪影,使得这些比较分析具有挑战性。在本研究中,我们通过使用一种利用物种间进化关系的新方法解决了这个问题。使用这种方法,我们确定了 8,563 种代表性真核生物中 58 种核糖体药物结合残基的序列变体,追溯了这些变异的进化历史,从 20 亿年前真核生物的出现到它们随后分化成不同的谱系。出乎意料的是,我们发现酵母和人类(通常用作研究核糖体/药物相互作用的模型真核生物)与大多数其他真核生物不同,因为 rRNA 替换主要发生在动物和真菌中,但在大多数其他真核生物中不存在。此外,我们证明了以前在常见病原体利什曼原虫和疟原虫中发现的结构变异,这些变异被视为少数真核生物物种所特有的,但实际上为大量真核生物所共有。值得注意的是,一些真核生物谱系的核糖体药物结合位点与人类的差异比人类与细菌的差异更大。总体而言,我们的研究提供了真核生物核糖体药物结合位点进化的最完整概述(在单个物种、单个残基和单个药物的水平上),确定了与人类相比具有结构不同的核糖体药物结合位点的真核生物谱系。这些发现为利用核糖体靶向药物作为研究工具和开发针对真核寄生虫的谱系特异性抑制剂开辟了新的途径。
1 APC-巴黎大学,CNSP3,CEA/LRFU,OBServatoire de Paris,10,Rue Alice Domon,75205 Paris Paris 13,法国2,Antannarivo University,BP 5 No,Cra 3 Este No 47a -15,Bogot AZ US,Zographu GR 157 84,希腊8大西洋大学,Carrera 30 Nmero 8-49哥伦比亚 - 哥伦比亚基督教徒9,巴塞尔大学,克林斯特拉斯郡82,CH-4056 Baselland 10 12伯恩,瑞士大学11 12 5,美国13美国布里斯托尔大学,纽约州,美国纽约州11973,美国15个布加勒斯特大学,物理学院,罗马尼亚布加勒斯特,16 CEA/SACLAY,IRFU IRFU INSURCHE SURCHE LOS LOIS LOIS LOIS LOIS LOIS LOIS LOIS LOIS LOIS LOIS招聘Ecnol̴ogicas,AV。合格,40,E-28040,马德里,西班牙19 Annecy-Le-Vieux粒子物理实验室,74941 Annecy-Le-Vieux,法国20,加利福尼亚大学伯克利分校,加利福尼亚州伯克利大学,美国加利福尼亚州21加利福尼亚大学戴维斯大学,加利福尼亚州戴维斯大学,加利福尼亚22 ,美国24加州大学河滨大学,加利福尼亚大学大街900号,加利福尼亚大学92521 25加利福尼亚大学,美国加利福尼亚大学,加利福尼亚大学27,美国27,美国剑桥大学,JJ Thomson Avenue,Cambridge CB3 CB3 0HE,英国28 Brazilian Brazilian Physical Research,Rio de Janeiro and Intrams and Intrip,RJ 222222290,RIO BRAZIL INTICENT和布拉格查尔斯大学的物理学,v holeˇsoviˇck ́ACH 747/2,180 00 Prague 8-Libeˇn,捷克共和国31芝加哥大学,芝加哥,芝加哥,伊利诺伊州60637,美国
