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新的单倍型解析火鸡基因组，用于火鸡遗传学和基因组学研究
结果：通过采用三重分箱方法，我们能够利用长读技术和全基因组染色质相互作用数据 (Hi-C) 组装出高质量的染色体水平 F1 组装体和 2 个亲本单倍型组装体。从总共 40 条染色体 (2n = 80) 中，我们在单个支架中捕获了 35 条染色体，与旧的组装体相比，基因组完整性和连续性得到了很大的改善。这 3 个组装体的质量高于之前的草图质量组装体，与鸡组装体 (GRCg7) 相当，最大的重叠群 N50 (26.6 Mb) 和可比的 BUSCO 基因集完整性得分 (96-97%) 也显示出了这一点。比较分析证实了之前发现的 Z 染色体上约 19 Mbp 的大倒位，而其他鸡形目动物中没有发现这种倒位。已发现亲本单倍型之间的结构变异，这为育种提供了潜在的新目标基因。
伪cospora ulei的高质量基因组组装对天然橡胶树的主要威胁
伪cospora ulei是南美叶枯萎病（SALB）的因果，这是影响hevea brasiliensis橡胶树的主要疾病，这是亚马逊的本地物种。橡胶树是南美国家的主要农作物，SALB疾病控制策略将受益于真菌病原体的基因组资源的可用性。在这里，我们组装并注释了P. ulei基因组。使用第二代和第三代测序技术进行shot弹枪测序。我们介绍了第一个P. ulei高质量的基因组组件，是Mycosphaerellaceae中最大的，具有93.8 MBP，包括215个脚手架，N50的2.8 MBP和BUSCO基因完整性为97.5％。我们在P. Ulei基因组中鉴定了12,745个蛋白质编码基因模型，其中756个基因编码了分泌的蛋白质和113个编码效应子候选物的基因。大多数基因组（80％）由吉普赛超家族的逆转录子主导的重复元素组成。ulei在Mycosphaerellaceae中具有最大的基因组大小，TE含量最高。总而言之，我们为对ULEI和相关物种的广泛研究建立了基本资源。
tick和tick传播疾病
墨西哥湾海岸tick虫，Amblyomma Maculatum，居住在美国东南部与墨西哥，墨西哥湾和其他中美洲国家接壤的美国。最近，其美国范围已向亚利桑那州和东北部延伸至纽约州和康涅狄格州。这是立克帕克里（Rickettsia Parkeri）和赫帕托津（Hepatozoon Americanum）的矢量。该壁虱物种已成为研究tick/人力体相互作用的模型。为了提高我们对大曲霉的基本生物学的了解，我们在这里报告了该tick的基因组草案，并对其蛋白质组进行了广泛的功能分类。单个雄性tick的DNA用作基因组来源，10倍基因组学方案确定了28,460个脚手架，其脚手架具有相等或大于10 kb，总计1.98 GB。N50脚手架的大小为19,849 kb。Braker管道用于在组装的A. maculatum基因组上找到蛋白质编码基因边界，发现237,921 CD。在修剪和分类可转座元件，细菌污染物和截短的基因后，将一组25,702个注释并分类为核心基因产物。BUSCO分析显示83.4％的完整Buscos。提供了超链接的电子表格，可以浏览单个基因产品及其匹配到几个数据库。
Linum usitatissimum convar. 基因组。 crepitans 扩展了 Linum 部分的观点
对整个植物基因组进行测序为应用和基础研究提供了坚实的基础。农作物的基因组序列特别受到关注，因为它们揭示了有益植物性状的调控信息。亚麻是一种有价值的作物，用于榨油和纤维。其代表的基因组序列是改良植物栽培形式的丰富遗传信息来源。在我们的工作中，我们在牛津纳米孔技术 (ONT) 和 Illumina 平台上对第一个具有裂蒴的亚麻基因组进行了测序——Linum usitatissimum convar. s repitans (Boenn.) Dumort。我们获得了 23 Gb 的原始 ONT 数据和 89 M 的 150 + 150 双端 Illumina 读数，并测试了用于基因组组装和完善的不同工具。按照 Canu — Racon ×2 — medaka — POLCA 方案组装的基因组具有最佳的连续性和完整性：组装长度 — 412.6 Mb、N50 — 5.2 Mb、L50 — 28、完整 BUSCO — 94.6%（64.0% 重复，eudicots_odb10）。获得的 L. usitatissimum convar. crepitans 高质量基因组组装为亚麻科的进化、驯化和基因组调控研究提供了机会。
基因组组装和人膜线虫的注释Mermis nigrescens
线虫的遗传研究已由秀丽隐杆线虫作为模型物种主导。缺乏基因组资源使遗传研究扩展到其他线虫群体。在这里，我们报告了Mermithid线虫Mermis Nigrescens的基因组组装草案。Mermithidae是昆虫寄生的线虫，带有宿主，包括各种陆地节肢动物。我们使用纳米长读数和10倍铬链路读取了nigrescens M. nigrescens的整个基因组。组件的尺寸为524 MB，由867个脚手架组成。N50值为2.42 MB，一半的组装中的一半在30个最长的脚手架中。来自真核生物数据库（Eukaryota_odb10）的组装BUSCO分数表明基因组为86.7％，而5.1％的基因组为5.1％。基因组具有高水平的杂合性（6.6％），重复含量为83.98％。mRNA-seq从不同尺寸的NEMA TOD（≤2cm，3.5–7 cm和> 7 cm的身体长度）中读取，代表不同的发育阶段，并用于基因组注释。使用AB的初始和基于证据的基因模型预测，注释了12,313个蛋白质编码基因和24,186个mRNA。这些基因组资源将有助于研究人员调查生物学和宿主 - 寄生虫的各个方面。
棕色野兔（Lepus Europaeus）的高质量基因组组装与染色体水平脚手架
我们在这里提出了棕色野兔（Lepus europaeus pallas）的高质量基因组组装，该组件基于来自芬兰东部利珀里（Liperi）的雄性标本的纤维细胞细胞系。这个棕色的野兔基因组代表了芬兰对欧洲参考基因组试验e ort e ort的第一个贡献，以生成欧洲生物多样性的参考基因组。使用HI-C染色体结构捕获方法，使用25倍PACBIO HIFI测序数据组装了基因组，并使用了SCA的旧基因组。在手动策划后，组装的基因组长度为2,930,972,003 bp，N50 sca egs为125.8 MB。93.16％的组装可以分配给25个识别的染色体（23个常染色体加X和Y），与已发布的核型匹配。染色体根据大小编号。基因组基于BUSCO分数（MAM-malia_odb10数据库）具有高度的完整性，完成：96.1％[单副本：93.1％，重复：3.0％]，片段为0.8％，缺少2.9％。对细胞系的线粒体基因组进行测序并分别组装。最终注释的基因组具有30,833个基因，其中21,467个多肽代码。棕色野兔基因组特别有趣，因为该物种很容易与北部欧亚大陆物种接触区的山野兔（Lepus timidus L.）杂交，从而产生肥沃的春季，并导致这两个物种之间的基因流。除了为人群研究提供有用的比较外，基因组还可以深入了解一般的毛刺和lagomorpha之间的染色体演化。基因组的染色体组装还表明，细胞系在培养过程中尚未获得核型变化。
人类丝状寄生虫的基因组Mansonella ...
少数寄生虫Mansonella Ozzardi和Mansonella Perstans，Mansonellelisois的病因，感染了全球数亿人，但仍然是人类官方病原体中最受研究所研究的人之一。M. Ozzardi在拉丁美洲国家和加勒比海群岛高度普遍，而M. Perstans主要在撒哈拉以南非洲以及南美的一些地区发现。除了其地理分布的差异外，这两个寄生虫还通过不同的昆虫载体传播，并且在其对常用的驱虫药物的反应上表现出差异。缺乏基因组信息阻碍了对Mansonella寄生虫的生物学和进化的研究，并了解物种之间临床差异的分子基础。在当前的研究中，报道了喀麦隆的两个独立临床分离株的高质量基因组和两个来自巴西的ozzardi分离株，另一个是委内瑞拉的。基因组的大小约为76 MB，每个基因编码约10,000个基因，并且基于BUSCO评分约为90％，与其他完整的基因组相似。这些序列代表了Mansonella寄生虫的第一个基因组，并实现了对Mansonella和其他细胞寄生虫之间相似性和差异的比较基因组分析。水平DNA转移（HDT）从线粒体（NUMTS）以及从内共生菌群沃尔巴氏菌（NUWT）转移到宿主核基因组的转移并进行了分析。序列比较抗合性药物的已知靶标二乙基钙化靶标（DEC），伊维沙素和梅本唑的序列发育分析表明，除GON-2基因编码的DEC靶标外，所有已知的靶基因均存在于GON-2基因中，而GON-2基因编码了GON-2基因，该基因在基因组中均来自M. ozzardi Inlecties。 这些新的参考基因组序列将为生物学，共生，进化和药物发现的进一步研究提供宝贵的资源。序列发育分析表明，除GON-2基因编码的DEC靶标外，所有已知的靶基因均存在于GON-2基因中，而GON-2基因编码了GON-2基因，该基因在基因组中均来自M. ozzardi Inlecties。这些新的参考基因组序列将为生物学，共生，进化和药物发现的进一步研究提供宝贵的资源。
来自Ash Yellows Group
“ Cantidatus Phytoplasma Fraxini”的Ashy1菌株起源于伊萨卡（美国纽约，美国纽约），并于白灰（Fraxinus Americana），并被转移到Catharanthus Roseus（5）。使用Dneasy血液和组织试剂盒（Qiagen，Hilden，Germany）制备了由感染的玫瑰花芽芽孢杆菌和叶子材料制备的测序模板。使用SMRTBELL PREP KIT 3.0（美国加利福尼亚州PACBIO）的SMRTBELL PREP KIT 3.0（美国）而没有其他DNA片段化制备了用于单分子实时（SMRT）的高保真库。在Max Planck Genome-Centre（德国科隆）的续集IIE设备（PACBIO）上对片段文库进行了测序，其结合KIT 2.0（PACBIO）和续集II测序套件2.0（PACBIO）。通过使用BLAST+ v2.2.2.9，MetAgenome Analyze（Megan）和一个数据核定的数据，通过BLAST+ v2.2.2.9，MetAgenome Analyze（Megan）v.6.18.2（6.18.2（6.18.2）（6）（6）（6.6.18.2（6）的候选，分类构造分类为“ candidatus phyto plasma”属，其中11,518个读取（5834中的N 50）被分配给“念珠菌Phyto等离子体”属。 GenBank的Tus Phytoplasma”和Catharanthus Roseus（登记：2024年1月）。 使用PACBIO-HIFI选项和估计的基因组大小为600 kb，将其余的读数与CANU v2.2（7）组装在一起。 实现了一个连续的圆形序列，具有67.17倍的覆盖率。 通过爆炸分析确认了> 10 kb的序列重叠。 随后，使用Artemis V18.2.0（8）手动删除序列重叠。 在Rast V2.0（9）中进行了完整染色体的注释，然后在Artemis v18.2.0（8）中进行手动策划，DNAA将DNAA设置为染色体的第一个基因。 未发现质粒。通过BLAST+ v2.2.2.9，MetAgenome Analyze（Megan）v.6.18.2（6.18.2（6.18.2）（6）（6）（6.6.18.2（6）的候选，分类构造分类为“ candidatus phyto plasma”属，其中11,518个读取（5834中的N 50）被分配给“念珠菌Phyto等离子体”属。 GenBank的Tus Phytoplasma”和Catharanthus Roseus（登记：2024年1月）。使用PACBIO-HIFI选项和估计的基因组大小为600 kb，将其余的读数与CANU v2.2（7）组装在一起。实现了一个连续的圆形序列，具有67.17倍的覆盖率。通过爆炸分析确认了> 10 kb的序列重叠。随后，使用Artemis V18.2.0（8）手动删除序列重叠。在Rast V2.0（9）中进行了完整染色体的注释，然后在Artemis v18.2.0（8）中进行手动策划，DNAA将DNAA设置为染色体的第一个基因。未发现质粒。使用BUSCO的151个单拷贝直系同源物（94％）的比较支持了注释的完整性（10）。在染色体组装中未考虑的读数对额外的分类套筒进行了进一步的分类，并筛选了ASHY1的肉体外DNA。默认参数用于所有软件，除非另有说明。
信息技术在马来西亚公共事业中的作用...
DOI：https://doi.org/10.55057/ijaref.2024.6.3.18 _______________________________________________________________________________________ 摘要：本研究旨在探讨信息技术 (IT) 在加强马来西亚公共部门问责制方面的重要作用。随着电子政务和其他数字化举措的出台，IT 整合显著提高了马来西亚的服务交付、运营效率和透明度。马来西亚政府致力于按照国际趋势和可持续发展目标实现公共服务现代化，并以《2021-2025 年公共部门 ICT 战略计划》为指导。研究表明，采用 IT 可以提高生产力、改善沟通并承担更多责任。然而，它也提请人们关注一些重要问题，包括数字鸿沟、网络安全漏洞、员工不愿接受变革、IT 基础设施不足以及采购程序复杂。本文强调有效沟通和有针对性培训的必要性，并提倡简化。关键词：问责制、信息技术、数字化 ___________________________________________________________________________ 1. 简介 多年来，信息技术 (IT) 已经彻底改变了包括公共部门在内的全球所有领域。使用信息技术对于实现马来西亚部门的更大问责制变得非常重要。信息技术的重要性在于它将提高效率、透明度和问责制。根据 Busco 等人 (2013) 的研究，信息技术可以通过提供更准确和及时的信息来提高问责制。随着科技的进步，马来西亚公共部门经历了巨大的改革，目标是改善向公务员、企业和公民提供的服务和绩效质量 (Mensah, 2020)。在这种情况下，存在一个电子政务 (e-government)。此外，根据马来西亚行政现代化和管理规划部的战略 IT 计划，马来西亚政府已经实施了一项经济转型计划，以通过零面对面服务交付和无纸化政府等举措支持高质量的经济实施。公共部门是指由政府提供商品和服务的经济和行政职能。它包括所有执行政府责任或由政府资助的活动的机构或任何使用公共资金支付的机构（Kaur & Bahri，2014 年）。
大规模生产芽孢杆菌的大规模生产。在公司的制造安装中，agrosalgeiro
在自然界中越来越多的抗生素抗性菌株选择，寻找替代性抗菌策略的搜索变得越来越重要。肠球菌CUS粪cv167是本公告中突出的菌株，已经证明了对各种病原体的体外活性，包括金黄色葡萄球菌，表皮球菌，apisterpococcus agalactiae，链球菌，链球菌Uberis uberis uberis，coliica coli coli coli coli coli，使用斑点测定法（1）的抑制活性结果如图1。该细菌是从2022年2月在巴西米纳斯Gerais的Coronel Xavier Chaves的牛奶罐中存储在散装牛奶箱中的原始牛奶样品中分离出来的。用于细菌分离，将1 ml等分试样的牛奶样品串联在磷酸盐缓冲溶液（pH 6.2; Merck，德国）中串联稀释（10°至10°），并将100 µL铺在M17琼脂（美国Sigma-Aldrich，USA）上。在35°C下孵育48小时后，将分离的细菌菌落条纹划分到新鲜的M17琼脂上以进行纯化。分离株指定的CV167被识别为无氧化氢酶活性的革兰氏阳性球菌。然后使用苯酚 - 氯仿法提取细菌的DNA（2）。使用Nanodrop 1000 UV/VIS（Thermo Scientific，Massachusetts，EUA）评估了DNA数量和质量，并使用Illumina DNA Prep套件制备了测序文库。使用Illumina NextSeq 2000平台上的300 bp配对末端测序对DNA进行了测序，从而产生了1,169倍的序列深度。修剪过程导致仅删除1.37％的读数。确认fastQC 0.12.1（3）最初用于评估测序数据的质量，该质量总共产生了11,863,824读。这些读取使用三型0.39（4）进行修剪，并具有以下参数：尾随：10;领导：10;滑动窗口：4:20;最小长度为50 bp。使用黑桃3.15.4（5）进行简短读数的从头组装，将覆盖范围参数设置为“自动”，而K-Mers则将21、33、55、77、99和127。较短的重叠群从最终组装中排除了500 bp。使用Quast 5.2.0（6）评估组装质量。总共产生了61个重叠群，合并长度为2,736,418 bp，鸟嘌呤 - 环氨酸（GC）含量为37.93％，N50的N50为156,530。基因组完整性，揭示了杆菌类的完整性99.3％。