计算RNA设计任务通常被提出为反问题,其中设计序列是基于采用单个所需的二级结构而不考虑3D几何和构象多样性的。我们介绍了Grnade,这是在3D RNA骨干上运行的G型RNA de标志管道,以设计明确解释结构和动力学的序列。在引擎盖下,Grnade是一个多状态图神经网络,它在一个或多个3D主干结构上生成候选RNA序列,在该结构中,碱的身份未知。在单态固定骨架上,来自Das等人鉴定的PDB的14个RNA结构的重新设计基准。[2010],与罗塞塔(Rosetta)相比,Grnade获得了更高的天然序列恢复率(平均为56%)(平均45%),与Rosetta报道的小时相比,要花一秒钟的时间才能产生设计。我们进一步证明了Grnade在用于结构柔性RNA的多状态设计的新基准上的实用性,以及对最近的RNA聚合酶核酶结构的回顾性分析中突变适应性景观的零摄像排名。
使用通用模型的分子动力学(MD)模拟,我们研究了瓶刷聚合物(BBP)中的热传播。当线性(骨干)聚合物用不同的长度n s的侧链和移植密度ρG嫁接时,架构被称为BBP,它控制了骨干的弯曲。研究BBP中的κ-行为特别令人感兴趣,这是由于两种竞争力学:通过N S和ρG增加了主链效应,增加了热传输系数κ,而侧链的存在为热泄漏提供了其他途径。我们展示了这两个效果之间的微妙竞争如何控制κ。这些结果表明,从弱移植(ρg<1)到高度嫁接(ρg≥1)方案,κ非单向变化,而不是独立于n s。还讨论了BBP熔体中侧链质量的影响和热流。关键字:导热率,准1D材料,瓶装 - 刷子聚合物,分子染色模拟,散射。
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尽管DNA骨架的负电荷,但酸性残基(ASP/GLU)通常参与基础读数,对胞嘧啶的偏爱很偏爱。实际上,在已解决的DNA/蛋白质结构中,几乎完全通过ASP/GLU通过直接的氢键识别胞嘧啶,而与此同时,腺嘌呤,无论其氨基群如何,都没有显示出ASP/GLU的倾向。在这里,我们分析了ASP/GLU使用所选转录因子的经典和缩写模拟对序列特异性DNA结合的贡献,并发现它受骨链磷酸盐的排斥与有吸引力的相互作用与胞质相互作用之间的细分平衡。特别是,ASP/Glu降低了非循环位点的属性,因此充当了防止脱靶结合的负选择器。在含胞嘧啶的位点,有利的贡献不仅依赖于单个H键的形成,而且通常需要由多个细胞穿刺产生的阳性势能,而靶位点中观察到的过量的胞嘧啶在靶位点中始终如一。最后,我们表明,ASP/GLU对胞嘧啶而不是腺嘌呤的偏好是腺嘌呤咪唑环的排斥以及嘌呤 - 嘌呤二核苷酸采用BII构象的趋势。
药物靶向是一种将药物特异性地递送至作用部位,同时尽量减少药物在非靶组织的分布的技术。这可以通过利用靶组织的独特属性来实现,例如其血管通透性、受体表达或 pH 值。通过将靶向部分(例如抗体、肽或小分子)整合到聚合物主链或药物缀合物中,可以将聚合物前药设计为靶向特定组织或细胞。
图3。NEDNA™制造过程。NEDNA™制造过程依赖于不同的酶促和纯化步骤:PHI29聚合酶对前体模板的滚动圆扩增(RCA),通过限制性酶处理前体主链处理,通过teln ProteLomerase和Exonual unucual dna的限制性闭合,并通过exonuluclease semaval闭合。该过程包括色谱和切向流过滤(TFF),以消除酶和DNA残差。
它指的是鱼的污染,导致颜色、质地、味道、气味、外观等发生不良变化。鱼的腐败也被称为“腐烂”。鱼腐败可能是由于酶降解、细菌降解、化学分解和机械损伤引起的。我们可以通过观察颜色变化、鱼腥味、皮肤和鳞片的粘性、肉的硬度、脊骨的变色等来表征腐烂的鱼。