图 1. 质粒 QC 工作流程说明。从过夜细菌培养物开始,可使用 KingFisher 系统纯化 DNA。为了精确测定数量,在进行后续步骤之前,通过限制性消化将纯化的 DNA 线性化。对于无液滴数字 PCR (dPCR) 定量,将线性化的 DNA 与 Applied Biosystems ™ TaqMan ™ 检测试剂混合,装入 Applied Biosystems ™ QuantStudio ™ Absolute Q ™ MAP16 板中,并在 QuantStudio Absolute Q 数字 PCR 系统上运行。为了验证质粒序列,使用 Applied Biosystems ™ BigDye ™ Terminator 循环测序试剂盒对线性化的 DNA 进行循环测序。然后在 CE 和分析之前使用 Applied Biosystems ™ BigDye XTerminator ™ 纯化试剂盒清理反应物。或者,使用 Applied Biosystems ™ BigDye ™ 直接循环测序试剂盒对 DNA 进行扩增和测序。在 CE 和分析之前,使用 BigDye XTerminator 纯化试剂盒清理这些反应。
Gel Purification 60,68 R Post PCR Clean-up 34,39 R Bead based Post PCR clean-up 43,08 R DNA sequencing reaction 105,21 R Sequencing Electrophoresis only 60,77 R Fragment Analysis run 67,65 R Use of Realtime instrument 103,69 R RT 0.1ml Fast Plate 158,97 R BigDye kit (800ul) 24 590,07 R Sequencing Buffer (800ul) 1 329,34 R Qubit assay Price on request PerkinElmer LabChip (gDNA) Price on request PerkinElmer LabChip (Fragment analysis ) Price on request TapeStation (RNA Screen tape) Price on request TapeStation (Fragment analysis - D1000) Price on request TapeStation (Fragment analysis - D5000) Price on request Covaris shearing Price on request
还使用特异性引物插入了 MglB (D236A) 中的突变。通过重叠 PCR 连接每个扩增片段,并通过热融合法亚克隆到线性化质粒中 [14]。所选载体为用于细菌表达的 pRSET B、用于哺乳动物表达的 pcDNA3 和用于植物表达的 pRI201_AN。将叶绿体定位信号、核酮糖二磷酸羧化酶小链 1A (RBCS1a) [15] 序列通过 Gly-Gly-Ser-Gly-Gly 接头融合在 LOTUS-Glc 和 LOTUS-Glc (D236A) 的 N 末端。为了共表达 miniSOG2 和 LOTUS-Glc,我们将 LOTUS-Glc 和 miniSOG2 与可自裂解的 P2A 肽连接起来 [16]。使用热休克法对大肠杆菌 (E. coli) 菌株 XL10-Gold 进行转化,并在 2 mL LB 培养基中用 0.1 mg/ml 氨苄青霉素在 37 ◦ C 下培养单个菌落过夜。通过碱性-SDS 裂解从收集的细菌沉淀中进行小规模 DNA 制备。使用 BigDye Terminator v1.1 循环测序试剂盒 (Thermo Fisher Scientific) 通过染料终止子循环测序确认质粒序列。LOTUS-Glc 及其变体的 DNA 序列显示在注释 S1 中。
