“我学到的关于生物信息学的知识要比其他任何高等教育课程阅读遗传学论文时,这将大大提高我的理解。我不能足够强调这个研讨会的价值,需要继续为其他学生继续,我绝对会希望将来参加更多这样的研讨会。”
图3。ABHD12序列的系统发育分析。 (a)代表来自860个生物的ABHD12序列的系统发育树。 外部彩色圆圈分别代表序列所属的类和门。 (b,c)pie-thart分析,代表来自(b)不同门的系统发育树的数据,以及(c)门神经元内的各种类别。 PIE-CHART上的数字表示该类别中的ABHD12序列的数量。 PIE-CHART分析表明,门丘塔氏菌包含大多数ABHD12序列,在类Aves,Actinopterygii和哺乳动物中具有主要分布。ABHD12序列的系统发育分析。(a)代表来自860个生物的ABHD12序列的系统发育树。外部彩色圆圈分别代表序列所属的类和门。(b,c)pie-thart分析,代表来自(b)不同门的系统发育树的数据,以及(c)门神经元内的各种类别。PIE-CHART上的数字表示该类别中的ABHD12序列的数量。PIE-CHART分析表明,门丘塔氏菌包含大多数ABHD12序列,在类Aves,Actinopterygii和哺乳动物中具有主要分布。
抽象背景:L-天冬酰胺酶在治疗急性淋巴细胞白血病(ALL)方面用作抗癌药。此外,它在医学,食品和制药行业中广泛应用。方法:源自枯草芽孢杆菌的L-天冬酰胺酶的核苷酸和氨基酸序列最佳7613,kibdelosporangium sp。MJ126-NF4和kodakarensis kod1是从GenBank和NCBI数据库中获得的。使用Clustalw 1.83进行了浮雕水的成对序列比对。使用瑞士模型软件进行了研究的不同L-天冬酰胺酶分子的二级和三级蛋白质结构的预测。此外,使用Prosite软件分析了源自三种细菌的L-天冬酰胺酶的蛋白质结构域。使用蛋白质PI计算器(http:// isoelectric.ovh.org/)预测理论等电点(PI),分子量和氨基酸组成。结果:尽管三种细菌菌株中L-天冬酰胺酶的结构差异,但其功能特征没有差异,包括分子量,PI和功能域。结论:分析结构差异并找到功能相似性可用于设计具有较高稳定性和生物半衰期的药物。我们的分析表明,具有不同结构的蛋白质可能具有相似的功能特征,这证明了密码子使用假设。关键字:天冬酰胺酶,淋巴细胞白血病,生物信息学
UKM:Aör,教授博士Martin Schulze Schwienhorst(主管委员会主席),大学。博士医学 Alex W. Friedrich(首席执行官,医疗总监),博士rer。 pol。 Christoph Hoppenheit(代理人 首席执行官,商业总监),大学。博士医学 FrankUlrichMüller(Dean),Thomas van den Hooven(护理总监),大学。博士医学 ClaudiaRössig(代理人 医疗总监)UKM:Aör,教授博士Martin Schulze Schwienhorst(主管委员会主席),大学。博士医学Alex W. Friedrich(首席执行官,医疗总监),博士rer。 pol。 Christoph Hoppenheit(代理人 首席执行官,商业总监),大学。博士医学 FrankUlrichMüller(Dean),Thomas van den Hooven(护理总监),大学。博士医学 ClaudiaRössig(代理人 医疗总监)Alex W. Friedrich(首席执行官,医疗总监),博士rer。pol。Christoph Hoppenheit(代理人首席执行官,商业总监),大学。博士医学FrankUlrichMüller(Dean),Thomas van den Hooven(护理总监),大学。博士医学ClaudiaRössig(代理人医疗总监)
本课程旨在通过广泛的案例研究引入基本概念,原理和生物信息学的流行工具。学生将在最新技术发展的背景下学习全面的功能基因组学,进化生物学,系统生物学和癌症基因组学。将对学生进行培训,以获取各种技术和编程技能,以进行关键数据分析。它还旨在向学生传授有关如何在未来研究项目中进行交流和协作的重要技能。评估包括演讲,编程和报告写作。预计学生将通过大量文献阅读和练习来扩大他们的知识和技能。
c)您必须在9月1日之前,12月或前一年的12月1日之前提供,以要在三月份毕业,这是您要提交给大学的工作的四本副本,并伴随着一份声明这是您自己的工作,并且尚未提交给另一所大学以获得学位。,如果仅以您的名义出版了提交的工作的相当一部分,则必须提供令人满意的证据表明工作的哪一部分是您自己的。此外,您必须说明谁在发生的指导下构想了这项工作,谁执行,处理并以书面形式进行了处理。您还必须指出工作的哪一部分(如果有)或合着者已经提交给该大学或任何其他大学以获得学位。
宫颈癌(CCa)仍然是全球重大的公共卫生问题,早期诊断和治疗至关重要。此外,其发病机制背后的分子机制仍未完全阐明。F2RL1 与各种肿瘤密切相关。然而,它与 CCa 的关系尚不清楚。我们从 TCGA 数据库中访问了 309 名被诊断为 CCa 的患者的数据。Limma 包促进了差异表达分析以识别差异表达的 mRNA(DEmRNA)。通过 XIANTAO 数据库进行生存分析和 ROC 分析。通过 ImmPort 数据库分析将免疫相关基因与 F2RL1 相关基因一起识别。使用 GO、KEGG 和 GSEA 进行功能富集分析。我们收集了参与者的宫颈细胞和血清以检测 HPV 和 TCT,然后使用 qPCR 检查 F2RL1 mRNA 表达水平。我们还通过 WB 和 ELISA 技术验证了 F2RL1 蛋白的表达。我们的研究发现了一个有趣的现象:与正常组织相比,CCa 组织中 F2RL1 的表达水平明显升高,显示出不同病理类型之间存在有趣的差异。此外,高 F2RL1 表达与总生存期 (OS)、无进展间隔 (PFI)、无进展生存期 (PFS) 的降低有关。F2RL1 以 0.996 的 AUC 震撼了 ROC 分析。此外,F2RL1 表达水平对不同 N 阶段、病理组织类型、治疗状态和种族群体的 CCa 有显著影响,使我们能够开发出一个预测模型。此外,我们还确定了 43 个免疫相关基因。富集分析突出了它们与细胞运动和 T 细胞活化相关通路的关联。通过分析,我们发现 F2RL1 表达与大多数免疫细胞(特别是 TFH 和细胞毒性细胞)的浸润呈反比,这表明可能与 CCa 的免疫逃避有关。分子生物学实验也证实了F2RL1在宫颈脱落细胞和血清中的表达显著增加。本研究首次揭示了F2RL1在CCa中的预测和早期检测意义及其与免疫浸润的相关性。F2RL1与CCa的进展密切相关,可以作为CCa患者早期诊断和预后的生物标志物。
1。整合多摩学数据:生物信息学领域通常需要从广泛的来源(包括基因组学,转录组学,蛋白质组学和代谢组学等)等多种来源的数据集成。这些数据集的复杂性和异质性构成了重大挑战,因为它们通常包含各种类型的信息,必须协调以发现有意义的生物学见解。AI工具已成为强大的促进者,使研究人员能够通过识别常见模式,相关性和关系来无缝整合多词数据,而这些数据可能不会通过传统的分析方法立即显而易见。例如,能够处理高维且复杂的数据集的深度学习模型已成功地用于整合多媒体数据并以明显的准确性预测生物学结果。这些模型利用了学习数据层次表示的能力,从而发现了不同的OMICS层之间的潜在连接并提供对生物系统的更全面的理解(Jumper等,2021)。通过弥合不同数据类型之间的差距,AI驱动的方法正在彻底改变研究人员分析和解释多词的数据的方式,为更全面和有见地的发现铺平了道路。
索引词——生物信息学、实验验证、基因表达、蛋白质-蛋白质相互作用、CRISPR、下一代测序、人工智能、多组学、计算预测摘要——生物信息学预测和实验验证的结合在推动生物学研究中起着关键作用,从理解分子机制到制定治疗策略。生物信息学工具和方法为预测基因功能、蛋白质相互作用和调控网络提供了强有力的手段,但这些预测必须通过实验方法来验证,以确保其生物学相关性。本综述探讨了用于实验验证的各种方法和技术,包括基因表达分析、蛋白质-蛋白质相互作用验证和通路验证。我们还讨论了将计算预测转化为实验环境所面临的挑战,并强调了生物信息学与实验研究合作的重要性。最后,CRISPR 基因编辑、下一代测序和人工智能等新兴技术正在塑造生物信息学验证的未来,并推动更准确、更高效的生物学发现。
