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图 1. 最佳条件基于细胞存活率和靶向敲除率。根据上述方案,每次电穿孔用含有靶向人 CD19 的 crRNA 的 RNP(从针对不同 B 细胞系中细胞内和细胞外标志物的 30 多种 crRNA 筛选中选择)转染 100 万个 Ramos 细胞。(A)电穿孔后的第二天,用 2.5 μg/mL 碘化丙啶(BioLegend,产品目录号 421301)对部分细胞染色,并通过流式细胞术进行分析。(B)电穿孔五天后,用 2.5 μg/mL Alexa Fluor ® 647 抗人 CD19(BioLegend,产品目录号 302220,克隆 HIB19)加碘化丙啶对部分细胞染色,并通过流式细胞术进行分析。对照 = 未经电穿孔的细胞:RNP 混合物。数据由德国弗莱堡大学的 Marco Cavallari 博士提供。
电穿孔后 72 小时,可使用 BioLegend APC 抗人 TCR α / β 抗体通过流式细胞术评估用靶向 Edit-R sgRNA RNP 的 TRAC 或 TRBC 编辑的原代 CD4 + T 细胞的 TCR α / β 敲除情况。除了通过流式细胞术读取表型外,在基于 RNP 的编辑后 48-72 小时内,可以通过 T7EI/TIDE 测量插入/缺失形成。使用表 1 中列出的每个经过验证的 sgRNA 的引物,遵循 Dharmacon™ Edit-R™ 合成 gRNA 阳性对照试剂盒方案中的直接细胞裂解和 PCR 条件。要测量 T7EI 内切酶的插入/缺失形成,请完成上面列出的方案并使用分析软件。要通过分解 (TIDE) 分析跟踪插入/缺失来测量插入/缺失形成,请将得到的 PCR 扩增子发送至 Sanger 测序并使用网络工具,例如 http://shinyapps.datacurators.nl/tide/ 。以下方案描述了用于通过流式细胞术评估原代 CD4 + T 细胞中 TCR α / β 表型敲除的染色条件。1. 通过离心(300-5 分钟)沉淀用 PPIB、NTC2、TRAC 或 TRBC 靶向 RNP 电穿孔的 CD4 + T 细胞