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1 -ai抗菌材料_UCV_ANGEL SERRANO AROCA_THIERRY BOUWMANS
科学环境：抗菌耐药性（AMR）的兴起和对新抗菌策略的需求代表了现代医学中的紧迫挑战[1,2]。由于抗药性病原体的快速出现，传统的抗生素（例如抗生素）越来越无效[3]。在这种情况下，可以克服这些抗性机制的新型抗菌材料的发展至关重要[4,5]。人工智能（AI），尤其是深度学习（DL）方法，例如图形神经网络（GNNS），提供了一种创新的方法来加速这些材料的设计和优化[6-9]。gnns能够预测分子相互作用，从而可以快速鉴定具有增强抗菌特性的有希望的化合物和材料。这个博士学位论文项目旨在利用DL，特异性的转导/电感图神经网络方法，以设计和优化抗微生物材料，从而使过程更快，更有效，更有针对性，从而开发了生物医学应用下一代材料的开发，以抗击微生物感染。
引用Bouwman，P.，Heijden，I。van der，Gulden，H。van der，Bruijn，R。de，Braspenning，M。E.，Moghadasi，S.，…Jonkers，J。（2020）。功能性CATE
摘要◥目的：因为BRCA1是一种高风险的乳腺/卵巢癌敏感性基因，所以不确定的临床意义（VUS）的BRCA1序列变体使遗传咨询变得复杂。大多数VU是罕见的，可靠的基于临床和遗传数据的分类。然而，所有病原BRCA1变体都分析了有缺陷的同源重组DNA修复（HRR）。因此，BRCA1 VU可以根据其对该途径的功能影响进行分类。Experimental Design: Two hundred thirty-eight BRCA1 VUS — comprising most BRCA1 VUS known in the Netherlands and Belgium — were tested for their ability to complement Brca1- de fi - cient mouse embryonic stem cells in HRR, using cisplatin and olaparib sensitivity assays and a direct repeat GFP (DR-GFP) HRR assay.使用25个已知良性和25个已知
引用 Bouwman、LF、Maarel、Van Der、SM 和 Greef、JC de。 （2020 年）。针对 DUX4 治疗面肩肱型肌营养不良症的前景。
双同源框 4 (DUX4) 是一种转录因子，与人类胚胎四细胞阶段的合子基因组激活 (ZGA) 有关，在该阶段，它充当重复元件和分裂特异性基因的激活剂 [1,2]。人们认为 DUX4 在大多数躯体组织中受到表观遗传抑制，包括骨骼肌。面肩肱型肌营养不良症 (FSHD；MIM 158900) 是一种进行性神经肌肉疾病，其特征是面部、肩胛骨和肱骨肌肉不对称无力和萎缩 [3]，D4Z4 大卫星重复序列的表观遗传抑制丧失。这导致 DUX4 基因座的转录活性，该基因座在每个 D4Z4 重复单元内编码 [4,5]。 DUX4 激活未受影响的骨骼肌中通常不表达的基因，包括在 ZGA 期间激活的基因和免疫系统基因 [6,7]。成肌细胞中 DUX4 过表达会诱导不同的毒性级联反应，包括氧化应激增加、无义介导的衰变抑制和肌肉生成抑制。这些变化最终