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未靶向的粪便代谢组学，用于发现生物标志物和炎症性肠病的治疗靶点
摘要肠道微生物组已被认为是炎症性肠病（IBD）发病机理中的关键成分，而肠道细菌产生的广泛代谢产物是人类微生物组与宿主免疫或宿主免疫相互作用的重要机制。高通量代谢组分析和新颖的计算方法现在可以全面评估包括粪便样品在内的不同生物材料中的数千种代谢产物。与IBD有关的几组代谢产物，包括短链脂肪酸，色氨酸代谢产物和胆汁酸。在最近的进步文章中，我们描述了代谢组学研究对IBD领域的贡献，重点是粪便代谢组学。我们讨论了这些代谢物对IBD预后和治疗干预措施的重要性的最新发现，并提供了对代谢组学研究的未来方向的见解。
回结肠靶向 JAK 抑制剂：一种更安全、更有效的炎症性肠病治疗方法
1 Intract Pharma Ltd.，伦敦生物科学创新中心，2 Royal College Street，伦敦 NW1 0NH，英国 2 Merck & Co.，Inc.，126 East Lincoln Avenue，PO Box 2000，Rahway，新泽西州 07065，美国 3 UCL 伦敦大学学院药学院，29-39 Brunswick Square，伦敦 WC1N 1AX，英国 4 Karuna Therapeutics，Inc.，99 High St Floor 26，波士顿，马萨诸塞州 02110，美国 5 Treeline Biosciences，500 Arsenal Street，Suite 201，沃特敦，马萨诸塞州 02472，美国 6 90TEN，Battersea Studios，80 Silverthorne Road，伦敦 SW8 3HE，英国 7 中山大学药学院（深圳），广州 510275，中国 8 Kallyope，430 East 29 街，10 楼，纽约，NY 10016，美国 * 通讯地址：laxminarayan.hegde@merck.com (LGH)；hongshi_yu@merck.com (HY) † 这些作者对这项工作的贡献相同。
抗肿瘤坏死因子治疗的纵向单细胞图中炎症性肠病
免疫介导的炎症性疾病（IMID）中的精确药物需要对治疗反应有细胞的理解。我们描述了克罗恩氏病（CD）和溃疡性结肠炎（UC）的治疗曲线（抗肿瘤坏死因子（抗TNF）治疗）。我们产生了约100万个单细胞转录组，分为109个细胞状态，来自216个肠道活检（41名受试者），揭示了疾病特异性的差异。系统生物学空间分析确定了CD和干扰素（IFN）反应特征中的肉芽肿特征，该特征位于T细胞聚集体和CD和UC中的上皮损伤。上皮和髓样室的预处理差异与两种疾病的缓解结果有关。纵向比较表明非排放中的疾病进展：CD中的髓样和T细胞扰动，UC中的多细胞IFN信号增加。IFN信号传导在类风湿关节炎（RA）滑膜中也观察到了淋巴样病变。我们的治疗图集是多种炎症性疾病中最常见的生物治疗，抗TNF的扰动最大的细胞普查。
工程生物胶水用于自主检测和按需炎症性肠病的按需治疗
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是制作
炎症性肠病中生物制剂的治疗药物监测：未满足的需求和未来观点
利益冲突：K.P。收到了三菱Tanabe Pharma的讲座费。N.V.C. 获得了R-Biopharm，Takeda和UCB的研究赠款和个人费用；以及Alimentiv，Inc。（以前是Robarts Clinical Trials，Inc。）的个人费用，Celltrion和Prometheus。 A.S.C：收到了Abbvie，Janssen，Takeda，Bacainn，Arena Pharmaceuticals，Grifols，Prometheus，Samsung，Bristol Myers Squibb和Pfizer和Pfizer以及Inform诊断的研究支持。 s.v. 获得了Abbvie，J＆J，Pfizer和Takeda的赠款；并已收到Abbvie，Arena Pharmaceuticals，Avaxia，Boehringer Ingelheim，Celgene，Celgene，Falk Pharma博士，Falk Pharma，Ferring，Galapagos，Galapagos，Gelentech-Roche，Gilead，Gilead，Hospira，Hospira，Hospira，Hospira，Janssen，Janssen，Janssen，Mundipharma，Msdipharma，Progigest，Promise，Promise，Promise，Promise，promister，promigen，promigen，promigen，promigen，promigen，promigen，基因组，郡，武田，Theravance和Tilots Pharma ag。 N.A. 从辉瑞（Pfizer）获得了赠款，并从辉瑞（Pfizer）和武田（Takeda）获得了詹森（Janssen）的演讲费。 T.K. 报告了Alfresa Pharma，Covidien，Eli Lilly，Ferring Pharmaceuticals，Janssen，Kyorin Pharmaceutical，Mochida Pharmaceutical，Nippon kyaku，pfizer，Takeda Pharmaceutical，Themo Scientific，Abbvie GK，Abbvie GK，Astrace of Pronmach，Nippare，Nippare，EA，EA KYA，EA KYA，EA KYAAK，NIPPON，EA KYAAK，NIPPON PHARMATICAN，NIPPON PHARMATICATIC三菱Tanabe Pharma，Zeria，Gilead Sciences，Janssen，Jimro，Abbvie GK，EA Pharma，Otsuka Holdings，Zeria，Kyorin Pharmaceutical，Mochida Pharmaceutical，Thermo Fisher，Thermo Fisher Scientific，Alfresa Pharma，Nippon Kyaku。 p.m.i. M.F. P.G.K. N.K. 已从Janssen获得发言人费用。 W.A. A.J.Y.N.V.C.获得了R-Biopharm，Takeda和UCB的研究赠款和个人费用；以及Alimentiv，Inc。（以前是Robarts Clinical Trials，Inc。）的个人费用，Celltrion和Prometheus。A.S.C：收到了Abbvie，Janssen，Takeda，Bacainn，Arena Pharmaceuticals，Grifols，Prometheus，Samsung，Bristol Myers Squibb和Pfizer和Pfizer以及Inform诊断的研究支持。s.v.获得了Abbvie，J＆J，Pfizer和Takeda的赠款；并已收到Abbvie，Arena Pharmaceuticals，Avaxia，Boehringer Ingelheim，Celgene，Celgene，Falk Pharma博士，Falk Pharma，Ferring，Galapagos，Galapagos，Gelentech-Roche，Gilead，Gilead，Hospira，Hospira，Hospira，Hospira，Janssen，Janssen，Janssen，Mundipharma，Msdipharma，Progigest，Promise，Promise，Promise，Promise，promister，promigen，promigen，promigen，promigen，promigen，promigen，基因组，郡，武田，Theravance和Tilots Pharma ag。N.A.从辉瑞（Pfizer）获得了赠款，并从辉瑞（Pfizer）和武田（Takeda）获得了詹森（Janssen）的演讲费。T.K. 报告了Alfresa Pharma，Covidien，Eli Lilly，Ferring Pharmaceuticals，Janssen，Kyorin Pharmaceutical，Mochida Pharmaceutical，Nippon kyaku，pfizer，Takeda Pharmaceutical，Themo Scientific，Abbvie GK，Abbvie GK，Astrace of Pronmach，Nippare，Nippare，EA，EA KYA，EA KYA，EA KYAAK，NIPPON，EA KYAAK，NIPPON PHARMATICAN，NIPPON PHARMATICATIC三菱Tanabe Pharma，Zeria，Gilead Sciences，Janssen，Jimro，Abbvie GK，EA Pharma，Otsuka Holdings，Zeria，Kyorin Pharmaceutical，Mochida Pharmaceutical，Thermo Fisher，Thermo Fisher Scientific，Alfresa Pharma，Nippon Kyaku。 p.m.i. M.F. P.G.K. N.K. 已从Janssen获得发言人费用。 W.A. A.J.Y.T.K.报告了Alfresa Pharma，Covidien，Eli Lilly，Ferring Pharmaceuticals，Janssen，Kyorin Pharmaceutical，Mochida Pharmaceutical，Nippon kyaku，pfizer，Takeda Pharmaceutical，Themo Scientific，Abbvie GK，Abbvie GK，Astrace of Pronmach，Nippare，Nippare，EA，EA KYA，EA KYA，EA KYAAK，NIPPON，EA KYAAK，NIPPON PHARMATICAN，NIPPON PHARMATICATIC三菱Tanabe Pharma，Zeria，Gilead Sciences，Janssen，Jimro，Abbvie GK，EA Pharma，Otsuka Holdings，Zeria，Kyorin Pharmaceutical，Mochida Pharmaceutical，Thermo Fisher，Thermo Fisher Scientific，Alfresa Pharma，Nippon Kyaku。p.m.i. M.F. P.G.K. N.K. 已从Janssen获得发言人费用。 W.A. A.J.Y.p.m.i.M.F. P.G.K. N.K. 已从Janssen获得发言人费用。 W.A. A.J.Y.M.F.P.G.K. N.K. 已从Janssen获得发言人费用。 W.A. A.J.Y.P.G.K.N.K. 已从Janssen获得发言人费用。 W.A. A.J.Y.N.K.已从Janssen获得发言人费用。W.A.A.J.Y.A.J.Y.W. J. S. reports: research grants from Abbvie, Abivax, Arena Pharmaceuticals, Boehringer Ingelheim, Celgene, Genentech, Gilead Sciences, Glaxo Smith Kline, Janssen, Lilly, Pfizer, Prometheus Biosciences, Seres Therapeutics, Shire, Takeda, Theravance Biopharma; consulting fees from Abbvie, Abivax, Admirx, Alfasigma, Alimentiv (previously Robarts Clinical Trials, owned by Alimentiv Health Trust), Alivio Therapeutics, Allakos, Amgen, Applied Molecular Transport, Arena Pharmaceuticals, Bausch Health (Salix), Beigene, Bellatrix Pharmaceuticals, Boehringer Ingelheim, Boston药物，Bristol Meyers Squibb，Celgene，细胞训练，细胞，Cosmo Pharmaceuticals，Escalier Biosciences，Equillium，Equillium，Forbion，Genentech/Roche，Gilead Sciences，Glenmark Sciences，Glenmark Pharmaceuticals，Gossamer Bio，Gossamer Bio，Gossamer Bio，Immunic（Immunic Pharmace） Kyverna Therapeutics, Landos Biopharma, Lilly, Oppilan Pharma, Otsuka, Pandion Therapeutics, Pfizer, Progenity, Prometheus Biosciences, Prometheus Laboratories, Protagonists Therapeutics, Provention Bio, Reistone Biopharma, Seres Therapeutics, Shanghai Pharma Biotherapeutics, Shire, Shoreline Biosciences, Sublimity治疗剂，苏格达，武术，Theravance Biopharma，Thetis Pharmaceuticals，Tillotts Pharma，UCB，Vendata Biosciences，Ventyx Biosciences，Vimalan Biosciences，Vimalan Biosciences，Vivelix Pharmaceuticals，Vivreon Biosciences，Vivreon Biosciences，Zealand Pharma;以及来自Allakos，Beigene，Gossamer Bio，Oppilan Pharma，Prometheus Biosciences，Prometheus Laboratories Gropenity，Shoreline Biosciences，Ventyx Biosciences，Vimalan Biosciences，Vimalan Biosciences，Vivreon Biosciences的股票或股票期权。从Abvie，Janssen，Pfizer，Takeda，Ferring，Novartis，Novartis和Takeda和Pfizer的科学赠款中获得了咨询和演讲费。配偶：Iveric Bio-顾问，股票期权；后代 - 股票； Oppilan Pharma-顾问，股票期权； Prometheus Biosciences-员工，股票，股票期权；普罗米修斯实验室 - 股票，股票期权，顾问； Ventyx Biosciences - 股票，股票期权； Vimalan Biosciences - 股票，股票期权。报告了Abbvie，BMS，Celgene，Falk Pharma，Ferring，Gilead，MSD，Janssen，Janssen，Janssen，Pfizer，Takeda，Takeda，Theotts，Sapphire Medical，Sandoz，Shire，Warner Chilcott，Warner Chilcott，MSD，Pfizer，Takeeda和AbbBBBBBBBBBBBBBBB，GILA，GILE，GILE，GILE，GILA，GILE，GILE，sanire，sandoz，sandoz，sandoz，sandoz，sandoz，sandoz，sandoz医学， Janssen，Lilly，MSD，Pfizer，Pharmacosmos，Procise，Prometheus，Roche，Sandoz，Samsung Bioepis，Takeda，Topivert，Topivert，VH2，Vifor Pharma，Warner Chilcott。reports financial support for research from Abbvie, Amgen, Biogen, Janssen, Pfizer, and Takeda, consultancy fees from Abbvie, Boehringer-Ingelheim, Celltrion, Janssen, Lilly, Medtronic, MSD, Pfizer, Sandoz, Takeda and Thermo Fisher and speakers fees from Abbvie, Amgen, Biogen, Boehringer-ingelheim，Falk，Ferring，Janssen，Lamepro，MSD，Mylan，Pfizer，Sandoz，Takeda和Truvion Healthcare。D. D.曾担任MSD，Abbvie，Takeda，Pfizer，Janssen，Amgen，Biogen和Krka的发言人，顾问和顾问委员会成员。J.L received unrestricted grants from AbbVie, Almirall, Celgene, Eli Lilly, Janssen-Cilag, LEO Pharma, Novartis, UCB, speaker fees for AbbVie, Almirall, BMS, Janssen-Cilag, Pfizer, UCB and consultant fees for AbbVie, BMS, Celgene, Eli Lilly, Janssen-Cilag, LEO Pharma，Novartis和UCB。从Abbvie，Amgen，Arena Pharmaceuticals，Dynacare，Janssen，Merck，Novartis，Novartis，Pfizer，Sandoz，Takeda获得了咨询费。S.D.S.D.已从Prometheus Labs，Takeda，Arena Pharmaceuticals和Bristol Myers Squibb获得顾问/顾问委员会费用。曾担任Schering-plow，Abbvie，MSD，UCB Pharma，Ferring，Ferring，Cellerix，Cellerix，Takeda，Nycomed，Pharmacosmos，Actelion，Actelion，Actelion，Actelion，Actelion，Actelerman，Alphawasserman，Genentech，Genentech，Grunenthal，Pfizer，Pfizer，Pfizer and vocm andocm andocm andocm andocm and vocm，约翰逊（Johnson），尼克索（Nikkiso）欧洲Gmbh，Theravance。M.C.D. 从Janssen，Abbvie，Pfizer，Takeda，UCB，Celgene，BMS，Prometheus Biosciences，Arena，Lilly，Lilly和Abbvie，Abbvie，Pfizer，Janssen获得了顾问费。 L.P-B: grant support from AbbVie, MSD, Takeda, consulting fees from AbbVie, Janssen, Genentech, Ferring, Tillots, Pharmacosmos, Celltrion, Takeda, Boerhinger Ingelheim, Pfizer, Index Pharmaceuticals, Sandoz, Celgene, Biogen, Samsung Bioepis, Alma, Sterna, Nestle, Enterome, Allergan，MSD，Roche，Arena，Gilead，Hikma，Amga，Amgr，BMS，Vifor，Norgine； Mylan，Lilly，Fresenius，Oppilan Pharma，Sublimity Therapeutics，应用分子运输，OSE免疫治疗药，Enthera以及CTMA的股票或股票期权。 其余的作者没有什么可披露的。M.C.D.从Janssen，Abbvie，Pfizer，Takeda，UCB，Celgene，BMS，Prometheus Biosciences，Arena，Lilly，Lilly和Abbvie，Abbvie，Pfizer，Janssen获得了顾问费。L.P-B: grant support from AbbVie, MSD, Takeda, consulting fees from AbbVie, Janssen, Genentech, Ferring, Tillots, Pharmacosmos, Celltrion, Takeda, Boerhinger Ingelheim, Pfizer, Index Pharmaceuticals, Sandoz, Celgene, Biogen, Samsung Bioepis, Alma, Sterna, Nestle, Enterome, Allergan，MSD，Roche，Arena，Gilead，Hikma，Amga，Amgr，BMS，Vifor，Norgine； Mylan，Lilly，Fresenius，Oppilan Pharma，Sublimity Therapeutics，应用分子运输，OSE免疫治疗药，Enthera以及CTMA的股票或股票期权。其余的作者没有什么可披露的。
回顾探索肠道微生物组在炎症性肠病中的作用：洞察力和干预措施
摘要：炎症性肠病（IBD），包括克罗恩病（CD）和溃疡性结肠炎（UC），是肠道的长期且复发的炎症状况，严重损害了生活质量并在全球医疗系统上造成了沉重的负担。虽然IBD的确切病因尚不清楚，但它受遗传，环境，免疫学和微生物因子的影响。最近的进步突出了肠道微生物组在IBD发病机理中的关键作用。IBD的微生物营养不良特征，其有益细菌的下降和致病性微生物的增加，这表明微生物失衡与疾病机制之间存在密切的联系。本评论探讨了IBD的诊断方法，该方法将临床评估与先进的微生物学分析相结合，强调了微生物组分析作为一种非侵入性诊断工具的潜力。此外，它还评估了常规和新兴治疗方法，并讨论了涉及微生物组的干预前景，例如益生菌，共生和粪便菌群移植。强调了将来研究确定其功效和安全性的必要性。
炎症性肠病患者三剂 COVID-19 mRNA 疫苗的体液免疫原性
标题：炎症性肠病患者中三剂 COVID-19 mRNA 疫苗的体液免疫原性 作者：Trevor L. Schell，医学博士 、Keith L. Knutson，博士 、Sumona Saha，医学博士、理学硕士*、Arnold Wald，医学博士*、Hiep S Phan，医学博士 、Mazen Almasry，MBBS 、Kelly Chun，博士 、Ian Grimes，医学博士*、Megan Lutz，医学博士*、Mary S. Hayney，PharmD，MPH‡、Francis A. Farraye，医学博士、理学硕士 †、Freddy Caldera，DO，理学硕士* 机构附属机构：* 美国威斯康星州麦迪逊市威斯康星大学医学与公共卫生学院医学系、胃肠病学和肝病学分部 美国佛罗里达州杰克逊维尔市梅奥诊所免疫学系 威斯康星大学医学与公共卫生学院医学系，美国威斯康星州麦迪逊 LabCorp，研发和专科医学 ‡ 威斯康星大学麦迪逊分校药学院，美国威斯康星州麦迪逊 † 梅奥诊所胃肠病学和肝病学分部炎症性肠病中心，美国佛罗里达州杰克逊维尔 通讯作者：Freddy Caldera，DO，MS 1685 Highland Avenue Madison, WI, USA 53705-2281 电话 (608) 263-1995；传真：(608) 265-5677；电子邮件：fcaldera@medicine.wisc.edu 文章担保人：Freddy Caldera，DO，MS 具体作者贡献：TLS – 获取数据、分析和解释数据、起草手稿以及对手稿进行关键修改。 FC – 研究概念和设计、数据获取、数据分析和解释、手稿起草和手稿的批判性修订。KLK – 数据分析和解释以及手稿的批判性修订。SS – 批判性修订
肠易激综合征与小肠道TRPV通道表达
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炎症性肠病中的细胞免疫疗法和免疫细胞耗竭疗法：下一个灵丹妙药？
因素可能包括患者选择不当、治疗分层和反应监测不当，以及联合治疗的药物选择不当。3 4 此外，应当注意的是，目前批准的所有药物（生物制剂、小分子）均未直接针对促消退途径（如消退素、调节性 T 细胞活化、中性粒细胞凋亡），而这些途径可能是提高疗效和诱导 IBD 肠道炎症消退所必需的。5 6 越来越多的证据表明，IBD 患者从治疗中获得的有限益处与多种促炎免疫和非免疫细胞类型的存在或积累有关。7 这些侵袭性的促炎基质细胞（“愤怒细胞”）即使在使用生物疗法后仍可存活，甚至可以在生物疗法期间在治疗压力下被诱导和激活。 8 此类细胞可能包括巨噬细胞、成纤维细胞、粒细胞和淋巴细胞，它们通过多种炎症信号级联和介质（包括细胞因子）发生交叉反应并相互激活。9–12 迄今为止，我们的患者还没有针对这种现象的选择性疗法。尽管针对单一致病免疫机制的新型单一抗细胞因子药物和运输阻滞剂目前正在临床开发中，13–15 但这些分子似乎不太可能显著提高 IBD 的当前治疗上限。鉴于上述问题，需要同时针对多种信号通路的替代治疗方法，以实现更高的缓解率并保持持久。这类方法可能会改变 IBD 发病机制的免疫和非免疫成分。IBD 的一个新兴概念是结合两种或多种治疗药物/类别的先进疗法。例如，最近的一项开放标签 IV 期研究 (EXPLORER) 在患者中测试了抗肿瘤坏死因子 (anti-TNF) 抗体阿达木单抗、α4/β7 整合素抗体维多珠单抗和甲氨蝶呤的组合
肠菌群与肠易激综合征中的饮食和低FODMAP饮食和益生菌的作用
背景和目的：饮食既是胃肠道菌群的调节剂，又是肠易激综合征（IBS）的重要疗法。我们旨在全面（i）确定IBS成人习惯性饮食的成年人的饮食 - 微生物群体； （ii）评估两种营养干预措施对微生物群的影响； （iii）确定基线微生物群是否可以预测对饮食或益生菌干预的临床反应。方法：从95名IBS参与先前发表的4-周阶乘设计随机对照试验中分析了数据，该试验调查了低FODMAP饮食（LFD）的影响和益生菌的共同给药。在四个分层水平上评估饮食，部分16S rRNA基因测序用于培养微生物群。结果：尤其是在营养水平上，有许多饮食 - 微生物群的关联，包括蛋白质与双杆菌丰度之间存在负相关（RS¼0.358，p <0.001）。在校正多次测试后，该关联的意义（Q¼0.237）及其他所有其他测试都丢失了。与假饮食相比，低FODMAP饮食导致主要糖属属的丰度变化，包括较高的杀菌剂（LFD 34.1％（15.7％）vs Sham 23.3％（15.2％），Q¼0.01）和Bi -Fibacterium（0.9％（1.0％）vs 2.1％（2.1％）（2.5％）（2.5％）（2.5％）（2.5％）。与安慰剂相比，补充益生菌会导致更高的乳酸菌（益生菌0.08％（0.1％）与安慰剂0.03％（0.2％），Q <0.001）和丰度（2.0％（2.2％）vs 0.6％（1.2％），q¼0.001）。益生菌治疗缓冲了低FODMAP饮食对双杆菌的影响。基线微生物群未预测两种干预的临床反应。结论：尽管饮食修饰了肠道菌群，但双变量相关分析只能对IBS中复杂饮食相互作用的复杂饮食相互作用有限地解释。一些饮食饮食会改变IBS中的微生物群。试用注册表：ISRCTN（http://www.isrctn.com）在ISRCTN注册表标识下注册的ISRCTN 02275221。©2020 Elsevier Ltd和欧洲临床营养与代谢学会。保留所有权利。