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crispr – cas9/长阅读测序方法以识别...
突变发现的抽象当前临床方法基于外显子和侧翼剪接位点的简短序列读取（100-300 bp）。短阅读测序对于检测单核苷酸变体，小插入和简单的拷贝数差异非常准确，但用于识别复杂插入和缺失以及其他结构重排的使用有限。我们使用CRISPR-CAS9从乳腺癌患者的淋巴细胞细胞中切除完整的BRCA1和BRCA2基因组区域，然后用长读数（> 10 000 bp）对这些区域进行测序，以完全表征所有非编码区域的结构变化。在受基因面板和外显子组测序中受到早发双侧乳腺癌的严重影响，并以阴性（正常）结果影响的家庭中，我们确定了一个内含子的正弦vntr-alu逆转录子插入插入，导致BRCA1消息中伪exon的构成并引入了置换。CRISPR – CAS9切除和长阅读测序的这种组合揭示了一类复杂，有害和其他隐性突变，这些突变可能在肿瘤抑制基因中特别频繁，并带有内含子重复序列。
原代人间充质干细胞的扩展Invitro培养物下调BRCA1相关的基因并损害DNA双链断裂识别
间充质干细胞（MSC）是多素的成年干细胞，对基于细胞的再生疗法有很大潜力。体外扩展改变其表观遗传和细胞特性，对DNA损伤反应（DDR）和基因组稳定性的影响很差。我们在这里报告了基于转录组的基于转录组的途径分析的结果，该途径分析了体外 - 脱落的人骨骨髓衍生的间充质干细胞（HBM-MSC），并补充了针对DNA双链断裂（DSB）修复的细胞测定。使用基因，KEGG和GSEA映射受体外衰老影响的基因途径，并被发现涉及DNA修复，同源重组（HR），细胞周期控制和染色体复制。在HBM-MSC中对X射线诱导的X射线诱导的DNA DSB的识别（C-H2AX + 53BP1焦点）的测定表明，在8周的体外衰减期间（即10个双倍的时间），细胞表现出较高的DDRADNA ddra。此外，观察到对DNA DSB识别受损的细胞的明显亚群。通过HR（例如Rad51，Rad54，BRCA1）参与DNA修复中的几个基因显示2.3至四倍降低了QRT-PCR的mRNA表达。我们得出的结论是，HMSC的体外扩张会导致与DNA断裂的识别和修复的衰老相关损害。
原代人间充质干细胞的扩展Invitro培养物下调BRCA1相关的基因并损害DNA双链断裂识别
间充质干细胞（MSC）是多素的成年干细胞，对基于细胞的再生疗法有很大潜力。体外扩展改变其表观遗传和细胞特性，对DNA损伤反应（DDR）和基因组稳定性的影响很差。我们在这里报告了基于转录组的基于转录组的途径分析的结果，该途径分析了体外 - 脱落的人骨骨髓衍生的间充质干细胞（HBM-MSC），并补充了针对DNA双链断裂（DSB）修复的细胞测定。使用基因，KEGG和GSEA映射受体外衰老影响的基因途径，并被发现涉及DNA修复，同源重组（HR），细胞周期控制和染色体复制。在HBM-MSC中对X射线诱导的X射线诱导的DNA DSB的识别（C-H2AX + 53BP1焦点）的测定表明，在8周的体外衰减期间（即10个双倍的时间），细胞表现出较高的DDRADNA ddra。此外，观察到对DNA DSB识别受损的细胞的明显亚群。通过HR（例如Rad51，Rad54，BRCA1）参与DNA修复中的几个基因显示2.3至四倍降低了QRT-PCR的mRNA表达。我们得出的结论是，HMSC的体外扩张会导致与DNA断裂的识别和修复的衰老相关损害。
除了BRCA1和BRCA2以外，DNA损伤反应（DDR）基因的同源重组缺陷和突变是PARP抑制剂的乳腺癌生物标志物，以及其他DDR靶向疗法
摘要。背景/目标：肝X受体（LXR）是具有各种功能的核受体，包括调节胆固醇代谢，葡萄糖稳态和炎症。我们先前报道了LXR激活通过诱导细胞胆固醇外排抑制口腔癌细胞的生长，而LXRβ主要在小细胞肺癌（SCLC）组织中表达。SCLC是最具侵略性的癌症之一，并且需要识别有效的治疗靶标分子。因此，我们研究了LXRβ是否可以通过体外实验成为SCLC治疗的有效靶标分子。材料和方法：我们使用细胞活力，BRDU-ELISA，FACS和Western印迹分析评估了LXR激动剂T0901317治疗对SCLC细胞系细胞增殖和凋亡的影响。此外，使用QRT-PCR，Western blot，胆固醇定量测定法和基因组编辑技术阐明了T0901317抑制SCLC细胞增殖的机制。结果：我们表明培养的SCLC细胞表达LXRβ，LXR激动剂抑制了SCLC细胞的增殖，而没有对正常细胞的毒性。此外，LXR激动剂对SCLC细胞的抗肿瘤作用归因于通过LXRβ激活诱导ABCA1，从而导致通过ABCA1的细胞胆固醇外排的增加。结论：LXRβ的激活上调ABCA1的表达，导致癌细胞中的胆固醇消耗。这种机制可能是SCLC的新型目标策略。
POLB敲除具有合成的致死性，并抑制了PARP，从而导致BRCA-突变肿瘤异种移植物的完整耐用反应
尽管PARP1/2抑制剂（PARPI）的临床益处是FDA批准用于治疗某些BRCA-突变癌的临床益处，但许多患者可以实现不完全的疾病控制和发展性疾病。是出于这种临床需求的激励，我们利用了CRISPR目标发现筛选平台来确定与PARP抑制剂治疗协同作用的新目标。通过在BRCA-突变剂和野生型细胞中进行平行筛选，我们将DNA聚合酶β（POLB）鉴定为一个新靶标，当与PARPI结合使用时，可以选择地杀死BRCA突变线，同时放大正常细胞。POLB敲除和使用BRCA1和BRCA2突变的同基因细胞系的cDNA救援实验进一步证明，PORB的催化活性对于与PARPI合成的致死性是必需的。最引人注目的是，POLB敲除与亚治疗剂量的PARPI结合，导致了深层肿瘤的消退，并阻止了体内肿瘤再生，即使停止药物治疗。从机械上讲，polb敲除与单链DNA断裂增加，多-ADP-核糖聚合物的积累，细胞周期停滞和凋亡有关。在一起，这些结果表明，POLB抑制剂与PARPI结合使用，有可能推动深层耐用的反应，为BRCA1/2突变的癌症患者提供了一种新型的治疗选择。
Rucaparib 在前列腺癌治疗中的作用
摘要：前列腺癌是全球最常见的癌症类型之一，具有很强的遗传相关性。这对于开发该疾病的治疗方法非常重要，因为转移性去势抵抗性前列腺癌 (mCRPC) 对标准雄激素剥夺疗法 (ADT) 具有抵抗性，并且预后相对较差。我们对 rucaparib 进行了文献综述，rucaparib 是一种聚（腺苷二磷酸核糖）聚合酶 (PARP) 抑制剂，目前用于治疗携带 BRCA1/2（同源重组修复 [HRR] 基因）突变且已经尝试过雄激素受体轴靶向疗法 (ARAT) 和紫杉烷化疗的 mCRPC 患者。我们描述了 FDA 对 Rucaparib 的批准，该批准基于单组、开放标签 II 期 TRITON2 临床试验的结果，该试验发现客观缓解率 (ORR) 为 43.5%，缓解持续时间 (DOR) 超过六个月，且安全性可接受。我们还讨论了 Rucaparib 的剂量和临床使用注意事项。我们还将 Rucaparib 的使用和安全性与奥拉帕尼、尼拉帕尼和他拉佐帕尼进行了比较，这三种 PARP 抑制剂是用于治疗 mCRPC 的。总体而言，初步结果显示这四种药物在 mCRPC 中的安全性相对相似，目前需要对这四种药物进行进一步测试。然而，它们代谢的差异也值得进一步研究。Rucaparib 的临床有效性将通过后续的 TRITON3 临床试验进行测试，该试验将 Rucaparib 与标准疗法对携带 BRCA1/2 或 ATM 突变的 mCRPC 的效果进行比较。除了 TRITON3 之外，其他临床试验正在测试 rucaparib 对具有 HRR 突变的其他癌症（前列腺癌或其他癌症）的能力，以及涉及 rucaparib 的联合疗法的疗效。最后，需要进行更多研究来阐明 rucaparib 对 BRCA1/2 以外的 HRR 突变的影响。对 mCRPC 基因图谱的了解进展也将有助于了解 rucaparib 的全部治疗潜力。关键词：转移性去势抵抗性前列腺癌、同源重组修复、PARP 抑制剂、文献综述
安全性和有效性数据摘要（SSED）
I.一般信息设备通用名称：下一代测序肿瘤学面板，躯体或种系变体检测系统设备商品名称名称：FoundationOne®Liquid®液体CDX（F1液体CDX）设备设备Procode：PQP申请人的姓名和地址：Foundation Medicine，Inc。150 Second Street Cambridge，MA 02141 PANES offection of Speeption in Nosepright（NONES opply）applays intepration：002141 applays inters applyes iplessive intression：000年次数：PMA批准（S） FDA批准通知：2021年7月15日，FoundationOne®液体CDX于2020年8月26日获得批准，作为BRCA1的同伴诊断和BRCA2的转移性抗性前列腺癌（MCRPC）患者的诊断，这些患者可能会受益于用Rubraca®（Rucaparib）和EGFR Actistitation Mutination Intration Intration Intration Intration Intry Intry Intry Intry Intry Intry Intry Intry Intry ins in and intry ins intry ins intry ins in and insut in-e untuc sut suty 5及，高级和转移性非小细胞肺癌（NSCLC）可能会从IRESSA®（Gefitinib），Tagrisso®（Osimertinib）和Tarceva®（Erlotinib）中受益。On October 26, 2020 the FoundationOne ® Liquid CDx test was approved as a companion diagnostic for BRCA1 and BRCA2 alterations in epithelial ovarian cancer for patients who may benefit from treatment with RUBRACA ® (rucaparib), ALK rearrangements in non-small cell lung cancer for patients who may benefit from treatment with ALECENSA® (alectinib), and PIK3CA mutations patients with breast cancer who may benefit从Piqray®（Alpelisib）处理。在2020年11月6日，TheFoundationOne®液体CDX测试被批准为MCRPC患者的BRCA1，BRCA2和ATM改变的同伴诊断，这些患者可能会因使用Lynparza®（Olaparib）治疗而受益匪浅。支持先前批准的指示的SSED可以在CDRH网站上找到。当前的补充剂被提交以扩展FoundationNone®LiquidCDX测试的指示，作为下表中列出的指示的伴侣诊断。在此PMA补充提交中寻求新的指示。肿瘤型生物标志物检测到的治疗非小细胞肺癌（NSCLC）符合单核苷酸变体（SNV）和导致EXON 14 SKEING EXON SKEINGTABRECTA®（CAPMATINIB）
前列腺癌中的聚（ADP-核糖）聚合酶抑制剂
摘要 基因组不稳定性是癌症的标志之一。在癌症进展过程中，同源重组修复基因的遗传变异发生率增加，20% 的前列腺癌 (PCas) 存在 DNA 修复基因缺陷。几种体细胞和种系基因变异驱动前列腺癌肿瘤发生，其中最重要的是 BRCA2、BRCA1、ATM 和 CHEK2。有一组 BRCAness 肿瘤与经典 BRCA 突变肿瘤具有相同的表型和基因型特性。聚（ADP-核糖）聚合酶抑制剂 (PARPis) 在同源重组基因受损的癌细胞中表现出合成致死性，具有这些变异的患者是 PARPi 治疗的候选人。雄激素剥夺疗法是 PCa 治疗的主要手段。PARPis 通过与雄激素核复合物的分子机制相互作用来降低雄激素信号传导。 PROFOUND III 期试验比较了奥拉帕尼和恩杂鲁胺/阿比特龙疗法，结果显示，在携带 BRCA1、BRCA2 或 ATM 突变的转移性去势抵抗性前列腺癌 (mCRPC) 患者中，放射学无进展生存期 (rPFS) 和总生存期 (OS) 均有所增加。PARPis 的临床疗效已在卵巢癌、乳腺癌、胰腺癌以及最近在前列腺癌亚组中得到证实。越来越多的证据表明，分子肿瘤委员会是前列腺癌肿瘤治疗方法的未来。在这篇综述中，我们总结了有关 PARPis 在前列腺癌中的分子机制以及临床前和临床数据。
深入探索鲜为人知的基因
关于鲜为人知或中等风险基因、低等位基因和 VUS TMC 癌症遗传学部门拥有 10,000 多例病例的精选种系基因型和表型数据 - 不仅包括 BRCA1/2、MLH1、MSH2、TP53、PALB2 等特征明确的基因，还包括鲜为人知的基因（CHEK2、BRIP1、RAD51、CDH1、MSH6、PMS2、SDH 等）。我们已将数百个 ClinVar VUS 重新归类为可能良性，并将一些重新归类为可能致病性
分析植物 - 牛仔群 - 癌症 -
卵巢癌发生是一个多步过程，涉及癌细胞及其周围微环境之间的基因突变，表观遗传变化和相互作用。大多数卵巢癌源自上皮，特别是来自输卵管上皮和卵巢表面上皮。高级浆液性癌（HGSC）是最常见和最具侵略性的亚型，通常与铅肿瘤抑制基因（如TP53和BRCA1/2）的突变有关。然而，不同患者和肿瘤内部卵巢癌的异质性本身使得很难从传统的细胞系或动物模型概括到真正的患者结局。