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mimiviruses：带有新颖和有趣的巨型病毒...
摘要。Mimivivus是一种巨型病毒，可感染变形虫，长期以来由于其大小而被认为是细菌。病毒颗粒由直径约500 nm的蛋白质衣帽组成，该蛋白质的直径封闭在多糖层中，其中约有120-140 nm长的纤维嵌入，总直径为700 nm。该病毒的基因组大小为1.2 Mb DNA，令人惊讶的是，仅在不进入细胞核的情况下在感染细胞的细胞质中复制，这在DNA病毒中是独特的特征。他们的存在是不可否认的；然而，与任何新发现一样，仍然存在有关其致病性机制的不确定性，以及Mimivulus Virophage耐药性元件系统（Mimivire）的性质，该术语描述了Mimivirus的免疫网络，这些术语与CRISPR -CAS系统非常相似。本综述的范围是讨论源自对麦米病毒的独特特征进行的结构和功能研究的最新发展，以及有关其针对人类推定的临床相关性的研究。
斑节对虾白斑综合征杆状病毒（WSBV）的纯化及基因组分析
摘要。从患白斑综合症的病虾斑节对虾中纯化出病原病毒。负染制剂显示病毒是多形性的。它呈梭形或杆状。在负染制剂中，病毒体最宽处为 70 至 150 纳米，长 250 至 380 纳米。在某些病毒体中，尾状突起从一端延伸。衣壳显然是由堆叠的亚基环组成。这些环与衣壳的纵轴垂直排列。病毒基因组是双链 DNA 分子，可产生至少 22 个 Hind 111 片段。DNA 的全长估计长于 150 kbp。根据病毒的形态特征和基因组结构，我们确认白斑综合征相关病毒（MJSSV）属于杆状病毒科（Baculoviridae）裸杆状病毒亚科（Nudibaculovirinae）NOB属（非封闭型杆状病毒），并将本分离株命名为PmNOBIII，并建议使用WSBV（与白斑综合征相关的杆状病毒）来指示PmNOBIII相关病原体。
靶向cereaavtm基因的表征...
重组腺相关的病毒载体（AAVS）广泛用于研究和治疗中的基因递送。AAV9变体（例如AAV9-PHP.EB）经常用于基因递送到中枢神经系统（CNS），而AAV2变体对CNS有效转导的有效报告有限。为了克服AAV2的局限性，我们解决了基于AAV2血清型的新型脑靶向AAV矢量。迄今为止，我们已经证明了通过使用随机肽插入的AAV2库来获得的cereaav.o，可以通过全身注射有效地转导小鼠，而摩尔莫斯特脑有效地转导。此外，与CereAav.o相比，通过单个氨基酸取代，我们已经确定了一种新型的Cereaav.y突变体，其特异性和更高的转导效率。最近，Kawabata等人。已经证明，在AAV-BR1衣壳中，将单个氨基酸取代，将谷氨酰胺变为587（Q587N）的天冬酰胺，可能会增加BBB的渗透率，并重定向基因递送形成小囊囊内皮细胞对小鼠脑中神经元的囊泡内皮细胞。
etranacogene dezaparvovec（hemgenix）®RMP摘要
重组AAV载体序列是否可以转导男性精子干细胞并产生载体DNA阳性成熟的精子细胞（即垂直生殖线传播），并在科学文献中进行了广泛的研究和报道。Schuettrumpf等，2006，以及Jakob等，2005； Favaro等，2009； Arruda等，2001和Fonck等人，2022年未检测到在输注重组AAV后小鼠或兔子中数十个累积的精子发生循环中得出的精子中的载体序列。这表明雄性性腺组织的生物分布不会导致携带载体DNA的精子产生。以及上述女性生殖组织中载体信号的缺失，这表明用CSL222治疗的患者在etranacogene dezaparvovec的无意生殖系转移（水平或垂直）的可能性极低。在输注后几天以上后，没有人体流体脱落转导能力的载体颗粒（Schuettrumpf，2006; Favaro等，2009; Rangarajan et al，2017; Fonck等，2022）。在直接灌注后期的转导能力的病毒颗粒的细胞摄取后，将使剩余的衣壳轴承轴承颗粒变得无能力，并通过开发针对身体流体中AAV5 Capsid蛋白的有效NAB反应（在几天之内）来消除。CSL222临床试验中的所有受试者在载体输注后2-3周内产生了这种免疫反应。这种免疫反应持续持久，超过了在试验对象中可观察到的载体DNA的任何时期。因此，没有相关的暴露风险有能力的AAV颗粒，因此没有长时间的相关暴露风险被转导向接触。在直接灌注后期接触的风险通过建议在HEMGENIX SMPC中概述的Hemgenix给药后1年使用屏障避孕的建议进一步减轻。基于精液中的向量DNA的低水平，其在精液中的存在而不是精液的细胞分数，非复制RAAV矢量的低整合潜力，以及在过渡粒子中的屏障避孕液在精液中存在于精液中，在精液中存在的障碍避孕的建议。
HIV-1组装的“基础”
逆转录病毒颗粒组件是由结构蛋白GAG驱动的（有关综合综述，请参见[1]）。HIV-1 GAG合成为55 kDa前体的多蛋白PR55 GAG，包含矩阵（MA），CAPSID（CA），Nucleocapsid（NC）和P6结构域以及2个间隔剂（SP1和SP2）（图1A）。在病毒组装过程的早期，MA驱动GAG特异性与质膜的结合，其中Ca和NC促进了GAG的多中间化以形成不成熟的晶格[1]。未成熟晶格的生长在组装部位诱导膜曲率，最终导致未成熟病毒颗粒的萌芽。由P6结构域募集的宿主ESCRT蛋白促进了新生病毒颗粒从细胞表面释放[1]。在产生后代病毒期间，堵嘴经历了多种蛋白质 - 蛋白质相互作用，并与宿主蛋白（如ESCRT蛋白）经历了多种蛋白质 - 蛋白质相互作用。然而，GAG还通过MA，CA和NC域内的基本氨基酸簇与各种非蛋白质多酸分子相互作用（图1B）。下面，我们将重点关注有关这些插科打 - 聚硅互动的5个关键点，并讨论它们如何调节HIV-1组装。
卫星亚基因组颗粒是Adeno的关键调节剂...
摘要：从历史上看，腺相关病毒（AAV） - 缺陷干扰颗粒（DI）被称为异常病毒，由自然复制和封装误差引起。通过单个病毒粒子基因组分析，我们揭示了主要类别的DI颗粒在“快回背”配置中包含双链DNA基因组。5' - 反向基因组（SBG）包括P5启动子和部分REP基因序列。3'-sbgs包含衣壳区域。从理论上讲，5'-SBG的分子构构可能允许在其二聚体配置中双链RNA转录。我们的研究表明，5-SBG调节AAV REP表达并改善了AAV包装。相比之下，其二聚体配置处的3'-sbgs增加了帽蛋白的水平。5'-SBG和3'-SBG的产生和积累似乎是协调的，以平衡病毒基因表达水平。因此，5'-SBG和3'-SBG的功能可能有助于最大程度地提高AAV后代的产量。我们假设AAV病毒群体表现为菌落，并利用其亚基因组颗粒来克服病毒基因组的大小极限并编码其他基本功能。
噬菌体治疗和细菌感染的递送进展
噬菌体是一种细菌特异性病毒，外部蛋白衣壳包裹着噬菌体遗传物质，在某些情况下还有丝状尾巴。它们数量众多且变化多端，在影响微生物生态学方面发挥着重要作用。1 噬菌体与细菌共同进化了数亿年，选择性地结合并感染目标宿主，从而能够通过靶向裂解影响多菌株微生物种群的种群动态。此外，如果保存在非恶劣环境中，大多数噬菌体都具有长期高度稳定性，只有在紫外线下才会分解、物理磨损或暴露于某些化学物质时才会受损，只有少数例外。噬菌体基因组很小且相对简单，可以通过合成生物学方法进行工程改造，将小分子递送到入侵感染处，扩大或缩小噬菌体疗法的目标，或与生物材料结合用于伤口愈合技术。本综述旨在描述用于治疗感染（包括慢性和多重耐药性细菌群）的各种噬菌体疗法。特别关注噬菌体的递送方法以及所选策略的优缺点。
利用包膜递送载体进行体内人类 T 细胞工程
病毒和病毒衍生颗粒具有将分子递送至细胞的内在能力，但难以轻易改变细胞类型选择性，这阻碍了它们用于治疗递送。本文，我们展示了通过包裹 CRISPR-Cas9 蛋白和向导 RNA 的膜衍生颗粒上展示的抗体片段识别细胞表面标志物，可以将基因组编辑工具递送至特定细胞。与依赖进化的衣壳向性递送病毒编码货物的传统载体（如腺相关病毒）相比，这些 Cas9 包装包膜递送载体 (Cas9-EDV) 利用可预测的抗体-抗原相互作用将基因组编辑机制选择性地暂时递送至目标细胞。抗体靶向的 Cas9-EDV 优先在混合群体中的同源靶细胞中而不是旁观者细胞中进行基因组编辑，无论是体外还是体内。 Cas9-EDV 使用多重靶向分子直接递送至人类 T 细胞，能够在人源化小鼠中生成基因组编辑的嵌合抗原受体 T 细胞，从而建立一种可编程的递送方式，具有广泛治疗用途的潜力。
![arxiv：2501.13891v1 [physics.bio-ph] 2025年1月23日](/simg/6\66baa10c0c78562152f03c090cad6f4e96de25d0.webp)
arxiv：2501.13891v1 [physics.bio-ph] 2025年1月23日
无论是单链的RNA还是合成聚合物，多支着聚会的封装都是由病毒外套蛋白的正带，结构无序的RNA结合结构域之间的有吸引力的静电相互作用驱动的。从理论上讲，这种相互作用通常是通过将结合结构域的电荷分布进行的，要么是通过将电荷投射到蛋白质壳的内表面，要么通过将它们传播到代表结合结构域所在的衣壳中的区域。在实践中，正电荷并不均匀地分布在结合域中，它们本身位于壳表面上的离散的特定位置。在这里，我们使用分子动力学模拟来研究局部相互作用对封装聚合物最可能或最佳长度的影响，这表明沿结合域的电荷的特定位置与实验观察结果一致。将模拟与从文献中获得的简单均值理论的预测进行比较，我们发现，尽管一般趋势被合理地捕获，但两种方法之间会产生定量差异。
JRSEEK：人工智能符合病毒中的果冻roll折叠分类
jrseek：人工智能在病毒中遇到果冻卷折叠分类，杰森·E·桑切斯（Jason E. Sanchez）1，温汉·朱2（Wenhan Guo 2），丘奇安格李3，林李3 *，chuan xiao 2 * 1计算科学系，德克萨斯大学El Paso，El Paso，El Paso，El Paso，TX 2德克萨斯大学埃尔帕索分校的物理学，德克萨斯州埃尔帕索 *通信：电子邮件：lli5@utep.edu; cxiao@utep.edu关键字病毒；人工智能;机器学习；果冻卷；病毒结构摘要果冻卷（JR）折叠是病毒的衣壳和核蛋白质中发现的最常见的结构基序。其在许多不同病毒家族的动机中的普遍性开发了一种工具来预测其从序列中的存在。在当前的工作中，在六个不同的大语模型（LLM）嵌入训练的逻辑回归（LR）模型在将JR与非JR序列区分开时表现出超过95％的精度。用于训练和测试的数据集包括来自单个JR病毒，非JR病毒和非病毒免疫球蛋白样β-三明治（IGLBS）蛋白的序列，这些蛋白与JR结构上非常相似。鉴于病毒家族之间的低序列相似性和数据集的平衡性质，高精度尤其显着。同样，模型的准确性与LLM嵌入无关，这表明预测病毒JR折叠的峰精度更多地取决于数据质量和数量，而不是使用所使用的特定数学模型。鉴于许多病毒式衣壳和核素结构尚未解决，因此使用基于序列的LLMS是一种有前途的策略，可以轻松地应用于可用数据。Bert-U100嵌入的主成分分析表明，大多数IGLBS序列和JR和非JR序列的一个子集甚至在应用LR模型之前也可以区分，但是LR模型对于区分更歧义序列的子集是必要的。应用于双JR折叠时，BERT-U100模型能够为某些病毒家族分配JR图案，从而提供了该模型可推广性的证据。对于其他家庭而言，没有观察到这种概括性，激发了未来开发以双JR折叠告知的其他模型的需求。最后，BERT-U100模型还能够预测未分类病毒数据集中的序列是否产生JR倍数。给出了两个示例，JR预测由AlphaFold3证实。总的来说，这项工作表明JR折叠可以从其序列中预测。