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人类感染甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌CC398：评论
摘要：属于克隆综合体398（CC398）的金黄色葡萄球菌（SA），由于其在全球范围内传播，因此在该物种中占据了特殊的位置。SA CC398在两个亚群中广泛分开：与牲畜相关的甲氧西林SA（MRSA）和与人类相关的甲氧西林敏感SA（MSSA）。在这里，我们回顾了人类临床感染中SA CC398的全球流行病学，并侧重于MSSA CC398。SA CC398的最后一个共同祖先可能是人类适应的预言ϕ SA3阳性MSSA CC398菌株，但是人与动物之间的多次传播使其进化复合物。MSSA和MRSA CC398具有不同的地理发展。尽管MSSA出现在世界各地的几个国家，但在中国和法国的主要报道约为20％。MSSA CC398经常与严重的感染有关，例如血液感染，心内膜炎和骨关节感染，而MRSA CC398主要报道了皮肤和软组织。MSSA CC398克隆的传播是在全球范围内的，但具有异质流行。预言ϕ Sa3在适应人类生态裂和MSSA CC398的毒力中起着至关重要的作用。但是，允许该血统传播的生物学特征远未被充分理解。
克隆复合物398甲氧西林 - 耐药葡萄球菌...
meCA -MRSA通过PCR靶向SA-442物种特异性片段和MECA基因（6，7）。我们使用PCR（8，9），与LUKF/ LUKS-PV基因的隶属关系和存在。我们通过使用磁盘扩散方法对抗生素抗性进行了表型检测，并根据欧洲抗菌敏感性测试版本14.0（10）提供的指南来解释结果。我们使用核素体微生物DNA隔离试剂盒提取DNA（Machery-Nagel，https://www.mn-net.com）。图书馆的准备和全基因组排序被外包给Eurofins（德国体育馆），其中使用了Illumina Novaseq6000技术（https：// www.illumina.com）。读取质量质量并通过使用Shovill v1.0.4（https://github.com/tseemann/shovill）来从头组装，我们通过使用quard v5.0.2（https://quast.sourceforge.net）评估了组装质量。We performed typing by using MLSTFinder v2.0.9 and spaTyper (Genomic Epidemiology Cen- ter, http://www.genomicepidemiology.org) and identified resistance and virulence genes by using ResFinder 4.1 and VirulenceFinder v2.0.3 (Genomic Epidemiology Center) (identity >95%) and confirmed resistance genes通过使用卡3.2.9。（https：//card。mcmaster.ca）。我们通过使用bakta 1.9.1（https：//bakta.computational.bio）来表征转座TN 554的遗传环境。要比较主体，我们使用了国家生物技术信息中心（NCBI）BLASTN工具（https：// bast。ncbi.nlm.nih.gov）。，我们通过使用Roary以前出版的繁殖（6）（Roary v3.13.0，Gubbins v2.4.1和SNP-Dist v0.7.0; https：/https：//github.com）在所有CC398 PVL-Posistive rypseques tripseq：