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结构质谱法探测了抑制剂诱导的CDK12/CDK13-CYCLIN K解离的变构激活
摘要：对于细胞周期蛋白依赖性激酶12和13（CDK12和CDK13）的有效抑制剂的合理设计和开发在很大程度上取决于对动态抑制构象的理解，但很难通过常规特征工具来实现。在此，我们整合了赖氨酸反应性分析（LRP）和天然MS（NMS）的结构质谱法（MS）方法，以系统地询问动态分子相互作用和CDK12/CDK13-CYCLIN K（cyck）的整体蛋白质组装，而小型分解物的调节构成。基本结构见解，包括抑制剂结合袋，结合强度，界面分子细节和动态构象变化，可以从LRP和NMS的互补结果中得出。我们发现抑制剂SR-4835结合可以极大地破坏CDK12/CDK13-CYCK相互作用，以异常的变构激活方式，从而为激酶活性抑制提供了一种新颖的替代方法。我们的结果强调了LRP与NMS的巨大潜力，用于评估和合理设计分子水平的有效激酶抑制剂。
细胞周期蛋白A-CDK1抑制CDK1激活剂CDC25A的表达
细胞周期蛋白A和Cdc25a都是依赖细胞周期蛋白激酶（CDKS）的激活剂：Cyclin A充当Cdks和Cdc25a的激活子单位，A cdks抑制性磷酸化位点的磷酸酶。在这项研究中，我们发现了两个CDK激活剂之间的反比关系。作为细胞周期蛋白A是必不可少的基因，我们使用CRISPR-CAS9和DEGRON标记的细胞周期蛋白A的组合产生了有条件的沉默细胞系A. Cyclin A的破坏促进了CDC25A的急性积累。细胞周期蛋白A后Cdc25a的增加发生了整个细胞周期，并且独立于细胞周期延迟由细胞周期蛋白A缺乏效率引起的细胞周期延迟。此外，我们确定与Cyclin A的反相关关系是CDC25A的特异性，而不是其他调节CDK中相同位点的CDC25家庭成员或激酶。出乎意料的是，Cdc25a的上调主要是由于转录活性的增加而不是蛋白质稳定性的变化引起的。逆转Cyclin a耗尽细胞中Cdc25a的累积严重延迟G 2 - M。综上所述，这些数据提供了涉及CDC25A的补偿机制的证据，该机制可确保在不同级别的细胞周期蛋白A中及时进入A.
在人类癌症中靶向过表达的细胞周期蛋白依赖性激酶1（CDK1）：kamalachalcone A在硅docking研究中作为CDK1激酶的潜在抑制剂出现为潜在的抑制剂
受体分子的位点，然后生成对接参数文件（DPF）。这些文件用作网格映射和对接的输入文件。使用受体和配体的PDB文件用于生成PDBQT文件，以使用AutoDdock Tools 1.5.7执行对接研究。对每个配体进行了独立的运行，每个表观构象体以随机顺序对接到CDK1激酶的结合袋中。在扩展坞研究中，分配了遗传算法和lamarckian通用算法进行配体构象搜索。分析了从每个对接受体配体配合物的Autodock4对数文件（DLG）获得的数据[26]。随后，使用Ligplot+ V.4.5.3软件来计算结合位点中配体和CDK1激酶之间疏水和氢键的数量。通过Ligplot + 4.5.3软件鉴定了结合位点中存在的氨基酸的类型和数量[27]。
对 CDK12 抑制的反应和抵抗......
尽管在弥漫性大 B 细胞淋巴瘤 (DLBCL) 和套细胞淋巴瘤 (MCL) 患者的治疗方面取得了重大进展，但由于耐药性的出现和随后的疾病进展，复发患者的预后仍然很差。迫切需要寻找这些疾病的新靶点和治疗策略。在这里，我们报告 MCL 和 DLBCL 都对转录靶向药物极其敏感，特别是 THZ531，一种细胞周期蛋白依赖性激酶 12 (CDK12) 的共价抑制剂。通过实施药物基因组学和基于细胞的药物筛选，我们发现 THZ531 可抑制致癌转录程序，尤其是 DNA 损伤反应通路、MYC 靶基因和 mTOR-4EBP1-MCL-1 轴，从而有助于体外显著抑制淋巴瘤。我们还从头鉴定和建立了获得性 THZ531 耐药淋巴瘤细胞，这些细胞是由 MEK-ERK 和 PI3K-AKT-mTOR 通路过度激活以及多药耐药性-1 (MDR1) 蛋白上调所致。值得注意的是，EZH2 抑制剂通过竞争性抑制 MDR1 逆转了对 THZ531 的耐药性，并与 THZ531 联合使用，在体外协同抑制了 MCL 和 DLBCL 的生长。我们的研究表明，CDK12 抑制剂单独使用或与 EZH2 抑制剂联合使用，有望成为难治性 DLBCL 和 MCL 的新型有效治疗方法。
2021; 12(8): 2206-2215. doi: 10.7150/jca.51139 研究论文 CDK1 作为子宫内膜样子宫内膜癌的新型治疗靶点
背景：子宫内膜癌是全球最常见的妇科恶性肿瘤之一。本研究的目的是寻找子宫内膜样子宫内膜癌的新治疗靶点。材料和方法：进行生物信息学分析，筛选出CDK1作为EC发病机制中的关键基因之一。免疫组织化学方法验证子宫内膜癌组织中CDK1的表达。通过细胞活力和集落形成实验研究CDK1对体外子宫内膜癌细胞增殖和集落形成的影响。通过细胞凋亡和细胞周期实验阐明CDK1影响细胞增殖的机制。进行肿瘤异种移植试验以显示CDK1对体内子宫内膜癌细胞生长的影响。结果：CDK1在子宫内膜样子宫内膜癌中过表达，细胞质CDK1的积累与EC的组织学分级有关。 CDK1在体外促进子宫内膜癌细胞生长和克隆形成。抑制CDK1活性可诱导细胞凋亡，使子宫内膜癌细胞细胞周期停滞于G2/M期。抑制CDK1活性也可抑制异种移植模型中的子宫内膜癌生长。结论：CDK1参与了子宫内膜样子宫内膜癌的发病机制，为子宫内膜样子宫内膜癌的治疗提供了新的靶点。