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离子通道调节肠道免疫 无尿细胞的DNA多仪检测MRD并预测膀胱癌患者的存活 1型糖尿病儿童糖尿病性酮症酸中毒后的认知功能 通过美国食品和药物管理局美国医学毒理学学院COVID-19毒物药物毒理学项目 数字共享@贝克尔 - 华盛顿大学 NRAS突变物黑色素瘤中对免疫检查点抑制剂治疗的客观反应：系统评价和荟萃分析 神经网络预测用体外膜氧合治疗的小儿患者的射线照相脑损伤 针对AML和ALL -Digital Commons@Becker 以CXCR4为目标 tert，CNS恶性肿瘤的启动子
循环肿瘤DNA（CTDNA）敏感性仍然是膀胱癌患者分子残留疾病（MRD）检测的敏感性。为了解决这个问题，我们专注于最靠近该疾病，尿液和分析的尿液肿瘤DNA的生物流体。我们通过深层测序（UCAPP-SEQ）将超低通的整个基因组测序（ULP-WGS）与尿癌个性化的亲填充（ULP-WGS）整合在一起，以实现敏感的MRD检测并预测总体存活。变体等位基因频率，推断的肿瘤突变负担和无尿细胞DNA（CFDNA）的拷贝数衍生肿瘤分数水平的明显预测的病理完全反应状态，远胜于血浆CTDNA的能力。将这些尿液CFDNA衍生的因子具有带有一口输出的交叉验证的随机森林模型，对于预测有关金标准手术病理学的残留疾病的敏感性为87％。Kaplan - Meier分析该模型的患者具有MRD，这是通过COX回归分析证实的。对肌肉侵入性，新辅助化疗和持有验证亚组进行的其他生存分析证实了这些发现。总而言之，我们促进了来自74例局部膀胱癌患者的尿液样本，并使用尿液CFDNA多词敏感地检测MRD并准确预测生存率。
比较宏基因组的下一代测序和血液培养以诊断血液感染
结果：使用血液作为MNGS测试样品，宿主DNA的比例为99.9％，只有三种细菌，未检测到真菌。在MNG中使用血浆时，宿主DNA的比例约为97％，检测到84个细菌和两种真菌。值得注意的是，分别在43对血液和血浆样品中检测到16S rRNA NGS。血液培养物检测到49种细菌（23个革兰氏阴茎和26克阳性球菌）和4种真菌，其中14种细菌被临床微生物学家视为污染物。对于所有血液培养物，血浆CFDNA MNG检测到78.26％（19/23）革兰氏阴性杆，17％（2/12）革兰氏阳性球菌，没有真菌。与血液培养物相比，血浆CFDNA MNG的敏感性和特异性检测细菌和真菌分别为62.07％和57.14％。
系统评价和荟萃分析
近 10 年中，OPSCC 的发病率越来越高，流行病学数据显示 HPV + OPSCC 的增加速度更快。10,11 2021 年，全球 HPV + HNSCC 的比例为 33%，其中 85% – 96% 与 HPV-16 相关。10 美国国家综合癌症网络 (NCCN) 指南建议使用组织活检检测 p16 IHC（HR HPV 感染的替代标志物）以诊断 HPV + OPSCC。目前的诊断程序具有侵入性、成本高且依赖于用户。12 此外，细针抽吸 (FNA-C) 是一种常见的诊断方法，由于细胞采样不足，失败率高达 20% – 30%。13 – 17 此外，FNA-C 标本上的 p16 IHC 几乎无法检测到，病理学家和机构之间缺乏共识。因此，通常需要在手术室进行组织活检以证明 HPV + OPSCC 的诊断，从而导致额外的侵入性操作、诊断延迟和成本增加。18 尽管无细胞 DNA（cfDNA）是一种有前途的生物标志物，可用于诊断和监测癌症治疗以及检测残留疾病和复发，19 - 21 但其使用受到与敏感性（在正常 DNA 背景下检测体细胞 cfDNA 改变）和特异性（cfDNA 改变对特定类型的癌症并没有内在特异性）相关的挑战日益增加的限制。22,23
解锁无细胞DNA生物标志物的功能
无细胞的DNA（CFDNA）生物标志物已成为革命性肿瘤学精确医学的有效工具。这些生物标志物源自各种细胞来源，为肿瘤的遗传景观提供了宝贵的见解，促进了癌症患者的早期发现，诊断，治疗选择和监测。CFDNA生物标志物的一种突出类型是循环肿瘤DNA（CTDNA），其中包括由肿瘤细胞脱落到血液中的DNA片段。ctDNA具有肿瘤特异性突变和遗传改变，反映了肿瘤的遗传异质性。对CTDNA的检测和分析允许对肿瘤动力学，治疗反应评估以及抗电阻机制的侵入性监测。此外，CTDNA分析可以在治疗后发现最小残留疾病（MRD），帮助预后和个性化的治疗决定。
珠子Xtract：无细胞DNA提取试剂盒
图1：使用一系列不同的基于珠子和自旋柱的提取试剂盒从1 mL血浆重复中提取的平均DNA产量（Ng）。cfDNA，并洗脱50 µL洗脱缓冲液。DNA浓度。
使用母体浆细胞的DNA概况和临床风险因素
方法：我们回顾性地收集和分析了2,727名24-45岁孕妇的NIPT数据，该数据从中国的四家医院接受了24-45岁的孕妇，此前曾在妊娠12 + 0〜22 + 6周时用来筛查胎儿非整倍性。根据PE的诊断标准和诊断时间（妊娠34周），总共包括143个早期，580个晚期PE样品和2,004个健康对照。Wilcoxon秩和测试用于识别PE预测的CFDNA曲线。Fisher的精确测试和Mann-Whitney U检验用于比较PE样品和健康对照之间的临床风险因素的分类和连续变量。根据CFDNA概况和临床风险因素，进行了机器学习方法以开发和验证PE分类器。
转移性结直肠癌治疗治疗反应评估通过无细胞DNA的超深测序和匹配的白细胞
摘要◥目的：循环肿瘤DNA（CTDNA）具有指导疗法选择并监测转移性癌症患者的治疗反应。然而，种系和克隆造血 - 相关的改变可能会混淆无细胞DNA（CFDNA）中肿瘤突变的鉴定，通常需要对肿瘤组织进行其他测序。当前的研究评估了是否可以通过将CFDNA的超深靶向测序分析与患者匹配的白细胞（WBC）衍生的DNA相结合，从而以肿瘤组织进行基于CTDNA的治疗反应监测。实验设计：使用一项超深的靶向测序液体活检分析，分析了52例转移性结直肠癌患者的52例转移性结直肠癌患者，共有183cfDNA和49个WBC样品以及28个组织样品。
基于循环肿瘤 DNA 的成人实体肿瘤基因组分析检测在精准肿瘤学中的应用：最新进展与未来挑战
摘要：使用肿瘤活检进行基因组分析仍然是选择已获批准的分子靶向疗法的标准方法。然而，这种方法通常受到其侵入性、可行性和样本质量差的限制。液体活检提供了一种侵入性较小的方法，同时可以获取同时和全面的肿瘤基因组图谱。最近在检测血浆样本中的循环肿瘤 DNA (ctDNA) 方面取得了进展，其灵敏度、特异性和与肿瘤组织的检测一致性令人满意，这促进了基于 ctDNA 的基因组分析被批准纳入常规临床实践。最近批准了单基因和多基因检测方法，用于检测血浆游离 DNA (cfDNA) 中的遗传生物标志物作为分子靶向疗法的伴随诊断工具，这改变了晚期实体瘤的治疗决策程序。尽管基于 cfDNA 的分子分析的使用越来越多，但关于晚期实体恶性肿瘤的基因组检测是“血浆优先”还是“组织优先”方法仍存在争议。这两种方法都有可能存在优点和缺点，应仔细考虑这些因素，以个性化并选择最合适的基因组检测。本综述重点介绍了晚期实体肿瘤中基于 cfDNA 的基因组分析检测的最新进展，同时强调了制定循证指南以推荐“在正确的时间为正确的患者进行正确的检测”时应应对的主要挑战。
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