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通过靶向的无细胞DNA甲基化对神经内分泌前列腺癌的无创检测 先天性心脏病的力学 - UCL发现 通过单个... 评估心脏非编码转录组 社会参与和发展痴呆症的风险 进行测量：量化生命科学中显微镜数据的简介 提议的机会病原体的分类系统改善了医疗保健 阴极Zn底电位沉积-UCL Discovery 推进金属电池的金属阳极的生产 “不是火箭科学”和“不是脑外科手术” - “ 主动贝叶斯大脑和Rorschach任务 社论概述：学习和可塑性的神经生物学 淀粉样蛋白-β阳性在认知无损的klotho kl-vs杂合子中较少普遍 抑制ALKB核酸脱甲基酶-UCL发现
通过谱系可塑性和发散的克隆进化（3，5-7）。CRPC-NE患者通常通过类似于小细胞肺癌（SCLC）的化学疗法方案进行积极治疗，并且还在进行几项CRPC-NE指导的临床试验。当前CRPC-NE的诊断仍然存在，因为需要转移活检以及室内肿瘤异质性。浆细胞-FRE-FREDNA（CFDNA）的DNA测序是一种无创的工具，可检测CER中的体细胞改变（8）。但是，与CRPC-Adeno相比，癌症特异性突变或拷贝数的变化仅在CRPC-NE中适度富集（3，9）。相反，我们和其他人观察到与CRPC-NE相关的广泛的DNA甲基化变化（3，10），并且可以在CFDNA中检测到这种变化（11，12）。DNA甲基化主要是在CpG二核苷酸上进行的，并且与广泛的生物学过程有关，包括调节基因的表达，细胞命运和基因组稳定性（13）。此外，DNA甲基化是高度组织特异性的，并提供了强大的信号来对原始组织进行反v，从而允许增强循环中低癌部分的检测（16、17），并已成功地应用于早期检测和监测（18，19）。如前所述，可以用甲硫酸盐测序来测量基础分辨率下的DNA甲基化，该测序为每种覆盖的CpG提供了一小部分甲基化的胞质的β值的形式，范围为0（无甲基化）至1（完全甲基化）。低通序测序遭受低粒度，并以粗分辨率捕获所有区域。原则上，诸如全基因组Bisulfite CFDNA测序（WGB）之类的方法可以很好地了解患者的疾病状况，并具有最佳的甲基化含量信息。实际上，鉴于高深度全基因组测序的成本，WGB的低通型变种适用于大规模的临床研究。鉴于此上下文中的大多数CPG站点可能是非信息或高度冗余的，我们旨在将测序空间减少到最小设置
通过靶向的无细胞DNA甲基化对神经内分泌前列腺癌的无创检测 多发性骨髓瘤患者的心脏手术后因kleblebsiella eermogenes引起的胸骨骨髓炎的多学科管理：病例报告和文献讨论
通过谱系可塑性和发散的克隆进化（3，5-7）。CRPC-NE患者通常通过类似于小细胞肺癌（SCLC）的化学疗法方案进行积极治疗，并且还在进行几项CRPC-NE指导的临床试验。当前CRPC-NE的诊断仍然存在，因为需要转移活检以及室内肿瘤异质性。浆细胞-FRE-FREDNA（CFDNA）的DNA测序是一种无创的工具，可检测CER中的体细胞改变（8）。但是，与CRPC-Adeno相比，癌症特异性突变或拷贝数的变化仅在CRPC-NE中适度富集（3，9）。相反，我们和其他人观察到与CRPC-NE相关的广泛的DNA甲基化变化（3，10），并且可以在CFDNA中检测到这种变化（11，12）。DNA甲基化主要是在CpG二核苷酸上进行的，并且与广泛的生物学过程有关，包括调节基因的表达，细胞命运和基因组稳定性（13）。此外，DNA甲基化是高度组织特异性的，并提供了强大的信号来对原始组织进行反v，从而允许增强循环中低癌部分的检测（16、17），并已成功地应用于早期检测和监测（18，19）。如前所述，可以用甲硫酸盐测序来测量基础分辨率下的DNA甲基化，该测序为每种覆盖的CpG提供了一小部分甲基化的胞质的β值的形式，范围为0（无甲基化）至1（完全甲基化）。低通序测序遭受低粒度，并以粗分辨率捕获所有区域。原则上，诸如全基因组Bisulfite CFDNA测序（WGB）之类的方法可以很好地了解患者的疾病状况，并具有最佳的甲基化含量信息。实际上，鉴于高深度全基因组测序的成本，WGB的低通型变种适用于大规模的临床研究。鉴于此上下文中的大多数CPG站点可能是非信息或高度冗余的，我们旨在将测序空间减少到最小设置
通过对细胞学阴性脑脊液进行纳米孔测序快速诊断脑淋巴瘤
影响中枢神经系统的血液系统肿瘤，最突出的是侵袭性 B 细胞淋巴瘤，需要快速诊断（通常通过立体定向活检）以启动治疗，从而促使采用非侵入性方式 [6]。在具有挑战性的病例中，脑脊液 (CSF) 的 DNA 甲基化 (DNAmeth) 和拷贝数变异 (CNV) 分析可能满足这一需求。健康和肿瘤细胞，包括中枢神经系统淋巴瘤 [11]，可能会将 DNA 片段脱落到血液和脑脊液中作为无细胞 DNA (cfDNA)。此外，细胞碎片可以形成沉淀 DNA (seDNA)。在几例儿童高级别脑肿瘤中，CSF 含有足够量的肿瘤衍生 cfDNA (cf-tDNA)，可通过基于连接的纳米孔测序进行基于甲基化和 CNV 的肿瘤分类 [ 1 ]，并通过各种方法进行疾病监测 [ 15 ]。目前，这些方法需要费力的样品处理和昂贵的基础设施。在这里，我们已经将我们的快速无监督机器学习 (ML) 方法 [ 9 ] 改编为 CSF，用于对淋巴瘤和其他恶性脑肿瘤（包括转移瘤）进行鉴别诊断的病例。我们在两例 CNS 淋巴瘤病例中展示了它的临床应用。允许第二天将纳米孔测序衍生的甲基化模式与泛癌表观基因组和 CNV 数据进行比较
省PCOS初级保健临床途径
•截至2024年7月22日，BRCA1，BRCA2，BRCA2和ATM测试在无细胞DNA（CFDNA）中的血液标本中可用于转移性和castatration耐药性前列腺癌患者，但仅当肿瘤组织测试失败或无法使用临床肿瘤组织。目前提供的前列腺肿瘤组织测试（癌症生物标志物综合DNA面板）仍然是档案肿瘤组织时的标准分子测试。•测试将转介到CALGARY的CFDNA面板中的CALGARY的ONCOHELIX/血液转化实验室（HTL）作为临时解决方案，直到可以启动内部APL测试为止。结果将通过Cohelix发送给订购提供商，并将通过收据上将医疗记录上传到病历。•将不会处理未经适当的COHELIX/HTL申请收集的样品。•该测试仅适用于具有PARP抑制剂处方特权的泌尿生殖器肿瘤学家（GU）。患者只能由授权的GU肿瘤学家转介给指定的门诊收集实验室。•仅在Grande Prairie，Edmonton，Red Deer，Calgary，Lethbridge和Medicine Hat的区域癌症中心可访问血液标本。每个站点上的详细收集信息可以在下面找到。•在法定假期不会发生收集。背景
Cell3™Xtract：无细胞DNA提取试剂盒
cell3 Xtract具有非常简单且灵活的工作Flo，它允许在90分钟内使用大约45分钟的动手操作，在90分钟内处理1-10 mL的生物样品。柔性输入体积允许增加CFDNA的恢复和浓度，同时避免了多个1 mL提取的必要性。不需要专业设备，例如磁铁或真空歧管，只有一个微量离心机，一个能够容纳50毫升管的摆动桶离心机以及热块或水浴（55°C）。
通过浅的全基因组测序评估的循环肿瘤DNA的动态变化与NSCLC中检查点抑制剂的临床功效相关
针对PD-1/PD-L1轴的免疫检查点抑制剂（ICIS）是晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者的主要治疗选择，而无需吸毒致癌性改变。尽管如此，只有一部分患者受益于这种治疗。在这里，我们评估了浅层全基因组测序（SWG）对等离子体样品的值，以监测ICI的好处。我们将SWG应用于从45例用ICIS治疗的转移性NSCLC患者的血浆样品中提取的无细胞DNA（CFDNA）。在ICI治疗开始之前，在整个治疗过程中获得了150多个样品。从SWGS数据中，我们计算了肿瘤分数（TFX）和体拷贝数变化（SCNA）负担，并将其与ICI的有益和临床特征相关联。TFX与骨骼和肝脏的转移性病变相关，与ICI有益相关的高TFX（≥10％）相关。此外，无论基线时TFX水平如何，其在治疗样品中的评估能够更好地预先临床效率。最后，对于可以计算出SCNA负担的患者的一部分，负担增加与ICI治疗后的好处减少相关。因此，我们的数据表明，SWG对CFDNA的分析可以以具有成本效益的方式对ICI的两种潜在生物标志物（TFX和SCNA负担）进行构成，从而促进了多个串行样本分析。将需要较大的队列来确定其临床潜力。
通过浅的全基因组测序评估的循环肿瘤DNA的动态变化与NSCLC中检查点抑制剂的临床功效相关
针对PD-1/PD-L1轴的免疫检查点抑制剂（ICIS）是晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者的主要治疗选择，而无需吸毒致癌性改变。尽管如此，只有一部分患者受益于这种治疗。在这里，我们评估了浅层全基因组测序（SWG）对等离子体样品的值，以监测ICI的好处。我们将SWG应用于从45例用ICIS治疗的转移性NSCLC患者的血浆样品中提取的无细胞DNA（CFDNA）。在ICI治疗开始之前，在整个治疗过程中获得了150多个样品。从SWGS数据中，我们计算了肿瘤分数（TFX）和体拷贝数变化（SCNA）负担，并将其与ICI的有益和临床特征相关联。TFX与骨骼和肝脏的转移性病变相关，与ICI有益相关的高TFX（≥10％）相关。此外，无论基线时TFX水平如何，其在治疗样品中的评估能够更好地预先临床效率。最后，对于可以计算出SCNA负担的患者的一部分，负担增加与ICI治疗后的好处减少相关。因此，我们的数据表明，SWG对CFDNA的分析可以以具有成本效益的方式对ICI的两种潜在生物标志物（TFX和SCNA负担）进行构成，从而促进了多个串行样本分析。将需要较大的队列来确定其临床潜力。
比较固体器官移植受者的血浆中供体衍生的无细胞DNA定量的方法
在同种异体器官移植受体的同种异体移植监测中，使用供体衍生的无细胞无细胞DNA（DD-CFDNA）在等离子体中的液体活检已成为一种新型方法。尽管对技术进行了早期临床实施和分析验证，但仍缺乏对DD-CFDNA定量方法的直接比较。此外，关于尿液中DD-CFDNA的数据是稀缺的，到目前为止，基于高通量测序的方法尚未利用独特的分子识别剂（UMIS）来实现绝对DDDNNA量化。在肾脏和肝脏受体的尿液和血浆中比较了不同的DD-CFDNA定量方法：a）使用等位基因特异性检测的液滴数字PCR（DDPCR），可检测七个常见的HLA-DRB1等位基因和Y染色体； b）使用定制的QIASEQ DNA面板的高通量测序（HTS），该面板的靶向121个常见多态性； c）商业DD-CFDNA定量方法（Alloseq®CFDNA，Caredx）。dd-cfDNA定量为％dd-cfDNA，用于DDPCR和HTS，并使用UMIS作为供体副本。此外，在临床稳定的受体中比较了尿液和血浆中的相对和绝对DD-CFDNA水平。此处介绍的HTS方法表明，％dd-cfDNA与ddpcr（r 2 = 0.98）和Alloseq®CfDNA（R 2 = 0.99）之间的相关性很强，仅显示最小的比例偏见。绝对DD-CFDNA拷贝也与UMI和DDPCR之间的HTS之间也有很强的相关性（τ= 0.78），尽管具有相当比例的偏置（斜率：0.25; 95％-CI：0.19 - 0.26）。在30个稳定的肾脏移植受者中，尿液中的中值％dd-cfDNA为39.5％（四分位数，IQR：21.8 - 58.5％），含36.6份/μmol尿肌氨酸（IQR：18.4 - 109）和0.19％（IQR：0.01 - 0.01 - 0.01 - 0.01 - 0.01 - 0.01 - 0.01-01）： 12.9）在体液之间没有任何相关性的等离子体中。来自八个稳定肝脏受体的血浆中的中位数％DD-CFDNA为2.2％（IQR：0.72 - 4.1％），使用120份/ml（IQR：85.0 - 138），中位DDDNNA拷贝/ml低于0.1，尿液中低于0.1。尿液和等离子体中DD-CFDNA绝对和相对定量的方法的第一个正面比较，支持与方法无关的％DD-CFDNA截止
医疗政策 - 循环肿瘤 DNA 和循环肿瘤细胞用于选择晚期实体癌的靶向治疗（液体活检）
选择晚期实体癌的靶向治疗方法（液体活检）描述/背景液体活检液体活检是指通过分析循环肿瘤DNA（ctDNA）或循环肿瘤细胞（CTC）来无创地表征外周血中的肿瘤和肿瘤基因组的方法。循环肿瘤DNA正常细胞和肿瘤细胞会向血液中释放小片段的 DNA，这被称为无细胞 DNA (cfDNA)。非恶性细胞的 cfDNA 是由细胞凋亡释放的。大多数无细胞肿瘤 DNA 来自凋亡和/或坏死的肿瘤细胞，无论是来自原发性肿瘤、转移瘤还是 CTC。(1) 与细胞凋亡不同，坏死被认为是一种病理过程，由于基因组 DNA 的不完全和随机消化，会产生更大的 DNA 片段。循环 DNA 的长度或完整性可以潜在地区分凋亡和坏死的来源。循环肿瘤 DNA 可用于肿瘤的基因组表征。循环肿瘤细胞完整的 CTC 从原发性肿瘤和/或转移部位释放到血液中。CTC 在血液中的半衰期很短（1-2 小时），CTC 通过渗出到次级器官而被清除。（1）大多数检测通过使用表面上皮标记物（如上皮细胞粘附分子 (EpCAM) 和细胞角蛋白）来检测 CTC。检测 CTC 的主要原因是通过量化循环水平来进行预后。检测 CTDNA 和 CTC