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设计基于细胞内适体的荧光生物传感器，以跟踪大肠杆菌的负担
细胞负担会影响工程合成系统的性能。出于这个原因，人们对开发跟踪负担和改善生物技术应用的工具有很大的兴趣。荧光RNA适体是实时监测负担的极好候选者，因为他们的产量有望在转录资源上施加可忽略的负载。在这里，我们表征了从大肠杆菌中不同启动子表达的适体库的性能。我们发现适体相对性能取决于启动子和菌株，与期望相反，适体的表达会影响宿主的适应性。通过选择具有更明亮的输出且影响较低的两个适体，我们设计了一个细胞内生物传感器，能够报告工程细胞中负担响应的激活。此处开发的传感器增加了可用于减轻负担的工具的收集，并可能支持寻求改善主机性能的生物处理应用程序。
大肠杆菌DNA回旋酶DNA交叉捕获的结构基础
对于大多数生物体，DNA采用了负超螺旋的状态[（ - ）SC]，该状态已知促进DNA螺旋的疾病，从而促进与关键细胞过程有关的分子机械获得遗传信息的获取（1）。相比之下，在DNA复制和转录机械之前生成正涂层[（+）SC]（2）。在没有放松（+）SC的拓扑异构酶的情况下，这些基本过程受到阻碍（3）。IIA型DNA拓扑异构酶（topoiia）是进化保守的大分子，通过通过短暂的双链断裂，使DNA弛豫，衰减和脱节来调节DNA拓扑，从而调节DNA拓扑。拓扑素酶是用于传染病和癌症治疗的治疗剂的主要靶标（5，6）。
在大肠杆菌支架基因组中重建鼠疫耶尔森菌脂质 A
Access Microbiology 是一个开放的研究平台。预印本、同行评审报告和编辑决定可在本文的在线版本中找到。收到日期：2023 年 10 月 11 日；接受日期：2024 年 6 月 26 日；发布日期：2024 年 7 月 17 日作者隶属关系：1 美国陆军作战能力发展司令部化学生物中心，8908 Guard St. E3831，Gunpowder，MD 21010，美国；2 Excet Inc. 6225 Brandon Ave #360，Springfield，VA 22150，美国。*通信：Nathan D. McDonald，Nathan.d.mcdonald5.civ@army.mil 关键词：CRISPR-Cas9；基因组工程；脂质 A；脂多糖。缩写：KDO，3-脱氧-d-甘露-辛-2-乌洛索；LOS，脂寡糖；LPS，脂多糖；PAM，原间隔区相邻基序。本文的在线版本提供了两个补充图。000723.v3
从大肠杆菌中紫罗兰菌的紫罗兰生物合成途径重建
简介：紫皮蛋白是一种由各种细菌产生的双座，众所周知，可以显示出广泛的药物特性。不幸的是，天然紫饼蛋白生产商的生产力低，导致了不一致的紫cile蛋白供应，从而限制了其作为未来治疗剂的应用。异源表达系统，例如大肠杆菌和Pichia Pastoris，提供了一种产生这些高价值的次级代谢物的替代方法。这项工作描述了大肠杆菌中紫质蛋白异源生产的遗传体系的发展。方法：紫c。violaceum，mth01的生产者是从马来西亚马来西亚大学的林理学基础上分离出来的。使用基因特异性底漆，整个7.3 Kb紫out基因簇从C. volaceum mth01 DNA成功扩增，克隆到PUC19矢量（PVIO19）中，然后分别为PET-3A和PET-3A和PET-11B，分为PVIO3A和PVIO3A和PVIO11B，分别为PET-3A和PET-11B。为异源表达，优化了碳源，温度，诱导剂（IPTG）和L-色氨酸的参数。使用TLC和FTIR分析了从紫色的大肠杆菌转化体中提取的violacein。结果：几天后，含有PVIO3A或PVIO11B的大肠杆菌转化体开发了紫色菌落，表明紫co菌菌素在大肠杆菌中成功表达。TLC分析显示，RF值可与脱氧维奥莱辛（紫氧化紫葡萄丝（Deoxyviolacein）（一种中介代谢物）中的脱氧葡萄蛋白相媲美，而FTIR光谱揭示了胺和羰基的存在，这两个都是吲哚的特征。结论：此处描述的大肠杆菌异源系统可以利用葡萄糖或甘油作为碳源。将L-色氨酸添加到生长培养基中对于成功表达紫col途径是必要的。
DNAA和DNA在大肠杆菌细胞中的相对分布是其表型变异性的一个因素
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本于2024年10月7日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.08.06.606784 doi：Biorxiv Preprint
大肠杆菌 K12 长时间暴露于模拟微重力后的表型变化
在过去的几十年中，人们对太空环境在微生物遗传和表型变化中的作用的研究兴趣日益浓厚。更具体地说，人们担心宇航员在执行月球及更远太空任务期间的健康会因许多条件的变化而受到损害。这些变化包括细菌生理学变化，这些变化会导致与人类健康直接相关的变化，例如毒性和抗生素耐药性，或生命支持系统的功能变化，例如供水或处理组件中生物膜形成的增加。十多年来，人们一直在研究太空条件对微生物的影响；然而，仍然需要确定微重力的生理效应不仅对细菌生长的影响，而且对可能有助于表型可塑性和微生物适应的不同毒力相关表型的影响。本研究重点是利用 2D 微重力模拟物来解释共生菌大肠杆菌 K12 在模拟微重力条件下生长后的表型变化。利用 2D 回转器，大肠杆菌生长长达 22 天，并用于测量通常与毒力相关的表型变化。测量的表型包括细胞群生长、生物膜发育以及对酸性 pH 和氧化应激的反应。我们的研究结果表明，在酸性条件下，生物膜形成有增强趋势，对氧化应激的抵抗力下降，并且更容易生长。这些结果表明，微重力调节大肠杆菌的适应性和表型可塑性，从而导致毒力发生变化。
全球传播远期谱的头孢菌素耐药性在大肠杆菌中由流行质粒驱动的大肠杆菌
a quadram institute bioscience, Norwich Research Park, Norwich NR4 7UQ, United Kingdom B Department of Pathobiology, University of Guelph, Guelph N1G 2W1, Canada C Microbiology Laboratory, Public Health Agency of Canada, Winnipeg, Manitoba R3E 3R2, Antibioresistance and bacterial virulence, ANSES- University of Lyon, Lyon 69007, France e Intestin microbes In fl ammation and susceptibility of the host (M2ISH), Faculty of Medicine, Clermont Auvergne University, Clermont- Ferrand 63001, France F National Reference Center for Antibiotics, Center Hospitalier universitaire-Ferrand, Clermont- Ferrand 63000, France G Institute of Microbiology and Epizootics, School of Veterinary Medicine, Freie柏林大学，柏林大学，14163年，德国H兽医阻力研究中心（TZR），柏林弗里大学兽医医学院，柏林，柏林，柏林14163医学微生物学和传染病，Max Rady医学院，Rady Health Secunty of Manitoba，Manitizization of Manitizistion of Manitizization of Winnipeg，Manitoba Rytoba，Manitoba Rynipeba，Manitoba Rybar3e999999999。抗生素单元监测抗生素的抵抗力，联邦保护和食品安全，柏林12277，德国K东安格利亚大学，诺里奇NR4 NR4 7TJ，英国
建立合成的正交复制系统可以在大肠杆菌中加速进化
生物中新功能的发展是人群中连续基因组突变和选择的结果。这个过程很慢，进化速率从根本上受到临界突变率（1）的限制。divienced的进化通常通过体外产生遗传多样性来避开体内突变率的限制（2），但这并不能使生物体内基因的持续演变。细胞的突变率可以瞬时增加，但是高水平的未靶向突变会导致基因组上的灾难性突变负荷，并且是不可持续的。插入病毒基因组中的基因可以通过迭代感染新的诱变细胞来突变（3-6）。这种方法避免了增加细胞基因突变速率的挑战，并且可以扩展以选择某些表型（7）。然而，该策略仅限于不断发展的基因，这些基因足够小，可以包装到病毒中，并选择可以与感染性偶联的表型。此外，在复制应激条件下的细胞中进行选择，这可能会进一步限制可以探索的细胞表型。将突变直接引导到细胞内特定的，有针对性的DNA序列而没有实质上增加基因组突变率的策略提供了驱动靶序列加速，可持续，连续，连续的细胞演化的可能性（8-17）。通过将靶基因重组到酵母中现有的线性质粒系统开创性的工作利用了现有的天然线性质粒，该质粒在酵母菌溶胶中起作用，并由专用的，蛋白质的DNA聚合酶复制，该聚合酶不将酵母基因组复制为天然正交复制系统（12，13）。
选定的非抗生素药物对大肠杆菌抗生素耐药性基因转移的影响
1 埃及索哈杰大学药学院微生物学与免疫学系，2 埃及米尼亚大学药学院微生物学与免疫学系，3 埃及米尼亚德拉亚大学药学院微生物学与免疫学系，4 埃及埃尔法塔赫艾斯尤特大学医学院医学微生物学与免疫学系，5 黎巴嫩贝鲁特黎巴嫩美国大学吉尔伯特与罗斯玛丽查古里医学院，6 埃及索哈杰大学药学院药理学与毒理学系，7 沙特阿拉伯麦加乌姆古拉大学药学院药物化学系，8 沙特阿拉伯麦加乌姆古拉大学药学院药剂学系
改造大肠杆菌 Nissle 1917，用于递送生物活性 IL-2，用于癌症免疫治疗
在本研究中，我们对具有生物活性的 IL-2 进行了分步优化，以便使用大肠杆菌 Nissle 1917 进行递送。菌株工程与体外细胞测定相结合，以测量微生物产生的 IL-2 (mi-IL2) 的生物活性。接下来，我们使用 3D 肿瘤球体模型评估了 mi-IL2 的免疫调节潜力，该模型显示 mi-IL2 对免疫细胞活化具有很强的影响。最后，我们在小鼠 CT26 肿瘤模型中评估了工程菌株的抗癌特性。将工程菌株静脉注射并选择性地定植于肿瘤中。治疗耐受性良好，接受治疗的小鼠的肿瘤生长率略有降低，肿瘤中的 IL-2 水平显着升高。这项工作为有兴趣将大肠杆菌 Nissle 工程化为一种新型抗癌微生物疗法的研究人员展示了一种工作流程。