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DNA拓扑异构酶I充当大肠杆菌中转录伸长的超螺旋传感器
DNA topoisomerase I acts as supercoiling sensor for transcription elongation in E. coli Authors: Vita Vidmar 1,2,3,4,# , Céline Borde 5,# , Lisa Bruno 5 , Maria Takacs 1,2,3,4 , Claire Batisse 1,2,3,4 , Charlotte Saint-André 1,2,3,4 , Chengjin Zhu 1,2,3,4，OlivierEspéli5，ValérieLamour1,2,3,4，*和Albert Weixlbaumer 1,2,3,4，*摘要：当DNA转录为RNA时，DNA Double Helix会不断解开，并为RNA Polymerase（RNAP）提供访问权限（RNAP）。由于RNAP的下游和上游的DNA过度和扭转，这将诱导DNA超螺旋作为转录长度的函数。使用单粒子冷冻EM和体内测定法，我们研究了细菌RNAP和DNA拓扑异构酶I（topoi）之间的关系，该酶消除了RNAP上游积累的负超高。topoi与RNAP的放松DNA上游结合，表明具有感官作用，等待负超级锅的形成，并涉及托皮伊（Topoi）功能域中的构象转换。在DNA底物上模仿了否定超螺旋的DNA，topoi螺纹将一条线束进入活跃位点进行裂解，同时将互补链与辅助结构域结合。，我们在转录RNAP的背景下提出了一个用于DNA松弛的综合模型。1综合结构生物学系，Institut degénétiqueet de BiologieMoléculaireet Cellulaire（IGBMC）2UniversitédeStrasbourg
使用块---推动---拉动进近
无细胞的系统可以通过绕过与使用活细胞使用相关的麻烦需求来加快生物制造过程的设计和实施。尤其是，缺乏生存目标和无细胞反应的开放性质提供了工程方法，可以有目的的代谢通量方向。与基于细胞的对应物相比，使用基于裂解物的系统生产所需的小分子可能会导致竞争性滴度和生产力。但是，内源裂解物代谢中的路径串扰可以通过将碳流从所需的产物中转移而损害转化率。在这里，“基础 - 灌注 - 刷子”的常规代谢工程概念适应了一种无细胞的方法，可有效地将碳流从葡萄糖和内源性乙醇合成中引导。该方法很容易适应，相对较快，可以操纵细胞提取物中的中央代谢。在实施这种方法时，首先优化了块策略，从而使选择性酶从裂解物中去除到消除副产物形成活性的点，同时通过目标途径引导通量。这与无细胞的代谢工程方法相辅相成，这些方法可以操纵裂解物蛋白质组和反应环境，从而穿过瓶颈并向乙醇拉动通量。纳入这些块，推动和拉动策略的方法最大程度地提高了葡萄糖到乙醇的转化率，而大肠杆菌裂解物的乙醇裂解液则具有低乙醇的潜力。显示出10倍的提高百分比。据我们所知，这是成功重新布线溶液碳通量而没有源应变优化的第一份报告，并将消耗的输入底物完全转化为基于裂解物的无单元格系统中所需的输出产品。
大肠杆菌中的全基因组 CRISPR-Cas9 筛选确定了有效靶向的设计规则
图 1. 全基因组 Cas9 杀灭筛选揭示了大规模消耗模式。a) 在携带受 Ptet 启动子控制的 cas9 的大肠杆菌菌株 LC-E19 中引入全基因组的向导 RNA 文库。细胞在 1nM aTc 存在下生长，并在诱导前和诱导后几小时对向导 RNA 文库进行测序。b) 散点图显示基因组周围向导的 log2FC。黑线表示窗口大小为 6kb 的移动平均值（圆外线：log2F=2，圆心：log2F=-6）。c) aTc 诱导 2H、4H 和 6H 后基因组周围向导 RNA 消耗的移动平均值。d) 在不同向导 RNA 存在下进行 Cas9 诱导后的延时显微镜检查。e) qPCR 测量的质粒拷贝数倍数变化，以非靶向对照为标准。点表示独立的生物学重复，黑条表示中位数。
HCl和HNO3对纯和银的合成的影响...
。Orlando Marques de Paiva博士，87，Paulo 05508-270，SP，巴西； andrepegororo21@gmail.p。 ）; luzanolli@gmail。 ）; Mattheus。 ）; 。 ）; M.C.D. ）; silva2006@yahoo.br（abr.S。 ）; vsotulio@yahoo.br（v.t.g。 ）; vanochin@us（i.s ..... ）; kaimarajo@gmail.com（K.A。） SANTIAS 13635-900，SP，巴西； av。 Paul 345教授，Sâ或Paulo 05459-900，SP，巴西； treanam@br。 br;电话。 ： +55-011-3091-1377Orlando Marques de Paiva博士，87，Paulo 05508-270，SP，巴西； andrepegororo21@gmail.p。）; luzanolli@gmail。）; Mattheus。）; 。）; M.C.D.）; silva2006@yahoo.br（abr.S。）; vsotulio@yahoo.br（v.t.g。）; vanochin@us（i.s .....）; kaimarajo@gmail.com（K.A。）SANTIAS 13635-900，SP，巴西； av。Paul 345教授，Sâ或Paulo 05459-900，SP，巴西； treanam@br。 br;电话。 ： +55-011-3091-1377Paul 345教授，Sâ或Paulo 05459-900，SP，巴西； treanam@br。 br;电话。： +55-011-3091-1377
秘鲁吸血蝙蝠携带并与牲畜共享的耐多药大肠杆菌长期维持
生态与生物多样性系，生命科学学院，安德烈斯·贝洛大学，圣地亚哥，智利B生物多样性研究所，动物健康与比较医学，格拉斯哥大学医学兽医和生命科学学院Iologie，蒙彼利埃，法国和Mivegec的Iologie，IRD，CNRS，CNRS，MONTPELLIER，法国蒙彼利埃大学，劳动力Mixte International，Drisa，IRD，IRD用于细菌耐药性合作研究的千年核，Microb-R，Santiago，智利和实验室服务HôpitaldelaMère等人，N'djaména，N'djaména，Chad J A，Lima，Lima，Peru K MRC，秘鲁K MRC - 格拉斯哥大学病毒研究中心，英国格拉斯哥大学，格拉斯哥大学，英国，格拉斯哥大学
大肠杆菌和其他从巴格马蒂河分离的大肠菌菌中的抗菌抗性
pipericilin tazobactam（pit，100/10μg），Ce Fimime（CPM，30μg），CE固定（CFM，5μg），Ceotaxime（CTX，30μg），Ceftazidime（CazIme）（CAZ，30μg，30μg），ImipeNem（ImipeNem（ImipeNem（ImipeNem），ImipeNem（ImipeNem（ImipeNem））（imipnem（ipm，10μg）四环素（TE，3μg），cipro floproxatin（CIP，5μg），Nalidixic Acid（Na，30μg），氯霉素（C，30μg），红霉素（E，15μg），硝基氟烷素（Nitrofurantoin（Nit，300μG） （COT，25μg，1.25/23.75μg）。用于质量控制，使用了ATCC 25922培养。在正常盐水中制备了对生物体的接种，并与0.5 MAC FARLAND标准相比。接种物被擦在MHA板上，并在放置抗生素盘之前干燥5分钟。对于90毫米板，接种了五种不同的抗生素。将板孵育18小时，并用尺度测量抑制区。将抑制区与标准值进行比较。根据临床实验室标准指南（CLSI 2020）测试了抗生素。
CRISPR/Cas9 重组工程介导大肠杆菌必需基因的深度突变扫描
深度突变扫描可为细菌必需基因的功能提供重要见解。在这里，我们开发了一种高通量方法，用于在大肠杆菌的天然遗传背景下突变其必需基因。我们使用 Cas 9 介导的重组将由易错 PCR 创建的突变文库引入基因组上的一个基因片段内，使用经过预先验证高效的单个 gRNA。通过深度测序跟踪突变频率揭示了引入突变的位置和数量的偏差。我们通过增加同源臂长度和阻止错配修复来克服这些偏差，使非必需基因的突变效率达到 85%，必需基因的突变效率达到 55%。这些实验还加深了我们对使用具有单核苷酸变化的 dsDNA 供体的未充分表征的重组过程的理解。最后，我们将我们的技术应用于 RNA 聚合酶的 β 亚基 rpoB，以研究对利福平的耐药性。在一次实验中，我们验证了过去几十年进行的多项生化和临床观察结果，并通过双突变体的研究提供了对抗性补偿的见解。
牛轮状病毒冠状病毒疫苗、灭活病毒、产气荚膜梭菌 C 和 D-大肠杆菌菌苗-类毒素
腹泻疫苗提供全面保护。GUARDIAN® 是一种完整的新生儿腹泻（腹泻）疫苗，具有广泛的抗原，与断奶前奶牛腹泻的四种主要细菌和病毒病因有关，包括：• 轮状病毒 G6 型和 G10 型 • 冠状病毒 1 型和 3 型 • 产气荚膜梭菌 C 型和 D 型 • 大肠杆菌 K99 型 给干奶牛和妊娠后期小母牛接种 GUARDIAN 可提高其初乳中的抗体浓度，结合初乳管理可减少或消除给单个小牛接种疫苗的需要。
新闻发布有关肠外致病性大肠杆菌疫苗3期临床研究的更新
•对E.Mbrace 3期研究的独立临时分析发现，疫苗候选者在预防侵入性大肠杆菌疾病方面没有表现出足够的功效•2025年2月13日，未发现与疫苗候选者有关的安全信号。由独立数据监测委员会（IDMC）进行的E.Mbrace第三阶段研究（临床试验标识符：NCT04899336）的综述确定，Sanofi和Johnson＆Johnson＆Johnson的疫苗候选候选疫苗候选遗传性大肠杆菌的候选者没有足够有效地预防侵入性大肠杆菌疾病（与Incosive E. coli Seplia Sepliation Clace spalt相比）。尚未确定与疫苗候选者有关的安全信号，并且在整个研究中，调查人员确保开发IED的参与者获得了及时的治疗和护理。由于IDMC的确定，E.Mrace研究正在停止。