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CRAGE-Duet 促进生物系统的模块化组装，用于研究植物-微生物相互作用
摘要：发展可持续农业实践需要增加我们对植物 - 微生物相互作用的了解。为了研究这些相互作用，需要用于操纵非模式微生物的新遗传工具。为了满足这一需求，我们最近报告了不依赖底盘的重组酶辅助基因组工程 (CRAGE) 的开发。CRAGE 依赖于两对互斥的 lox 位点之间的盒式交换，并允许将大型复杂基因构建体直接、单步染色体整合到不同的细菌物种中。然后，我们通过引入第三个互斥的 lox 位点扩展了 CRAGE，创建了 CRAGE-Duet，它允许两个构建体的模块化整合。CRAGE-Duet 比 CRAGE 更具优势，尤其是在需要繁琐的重新克隆步骤来构建单整合构建体时。为了证明 CRAGE-Duet 的实用性，我们从促进植物生长的根瘤菌 Pseudomonas simiae WCS417r 中创建了一组菌株，这些菌株表达了各种荧光标记基因。我们在共聚焦显微镜下同时可视化了这些菌株，证明了 CRAGE-Duet 在创建生物系统以研究植物 - 微生物相互作用方面的实用性。关键词：细菌菌株工程、基因组工程、基因组编辑、CRAGE、Cre-lox 重组、荧光蛋白
计划第七个评估周期 - ...
，一个非正式的小组涉及第七次评估周期工作计划（IG-POW）（决策BUR-LXVI-2），并授权准备书面文档，并提供一份书面文档，其中包括第七次评估周期的工作计划（包括产品类型和抗crage of Products of Products of Products of Cripitia of Criperia和Time scape）。本文档描述了对这些选项的分析，包括有关气候变化和城市的特别报告中可以涵盖的具体主题（以下几报告）（以下几个以下几报告）和关于短期气候障碍（SCLF）的TFI方法论报告，并确定从AR6相关的方法中，从而为工作提供了a an6 sepproy of the of the of the of the of the of工作的方法。本文的目的是提出少量选项，评估每个选项的利弊，并提出聚集主题以增强任何其他报告范围的方法（如果在第七个评估周期中包含此报告）。该文档不建议使用特定选项，而是为将在IPCC第60届会议（IPCC-60）会议上进行的讨论和决策提供了输入。
通过耦合Cre-lox和CRISPR的细菌基因组编辑...
过去十年是微生物学的黄金时代，其标志是发现新型细菌数量的前所未有的增加。却获得对这些生物的生物学知识并没有跟上测序努力的步伐。要解锁这种遗传潜力，迫切需要通用（即特定于非物种的）基因工具盒。最近，我们开发了一种方法，称为底盘独立的重组酶 - 介绍的基因组工程（CARGAGE），从而使大型复杂基因簇的整合和表达直接直接进入多种细菌的染色体中。在这里，我们通过合并CRISPR-CAS9来扩展这项技术，从而允许多种细菌物种进行精确的基因组编辑。为此，我们开发了一个载有一个野生型和两个突变的LOX位点的着陆板，以通过旋转重组酶介导的盒式盒式磁带（RMCE）在两个位置整合外源DNA。第一个RMCE事件是整合Cas9和DNA修复蛋白基因的恢复，第二个RMCE事件使定制的SGRNA和修复模板可以集成。在此工作流程之后，我们在四个不同的γ-细菌特征中获得了精确的基因组编辑。我们还表明，插入的着陆垫和整个编辑机器可以在编辑后无稀有地删除。我们在这里报告了单个降落垫转座子的构建，并证明了其在多种物种之间的功能。降落垫和附件向量的模块化设计允许以类似方式设计和组装其他生物体的基因组编辑平台。我们认为，这种方法将大大扩展可容纳遗传操作的细菌清单，并提供了提高我们对微生物世界的理解的手段。