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对伊马替尼耐药的 KIT/PDGFRA 野生型胃肠道间质瘤的 ctDNA 中发现的新型有害 TP53 体细胞突变的克隆选择
晚期胃肠道间质瘤 (GIST) 的一线治疗标准是伊马替尼，每日以标准剂量给药，直至肿瘤进展。伊马替尼耐药性通常是通过肿瘤 DNA 中基因突变的克隆选择而发生的，增加伊马替尼剂量已被证明可以有效克服伊马替尼耐药性。野生型 GIST 不显示 KIT 或血小板衍生生长因子受体 α (PDGFRA) 突变，通常对伊马替尼不敏感，并且在治疗过程中往往会迅速复发。我们在此报告一名 53 岁男性胃 GIST 患者的病例，该患者主要对伊马替尼没有反应，尽管增加了伊马替尼剂量，但仍导致患者死亡。通过使用深度下一代测序条形码感知方法，我们分析了患者 cfDNA 中一组可操作的癌症相关基因，以研究导致伊马替尼耐药的体细胞变化。我们在两个系列循环肿瘤 DNA (ctDNA) 样本中发现，位于剪接受体位点并导致蛋白质功能丧失的从未描述过的 TP53 突变 (c.560-7_560-2delCTCTTAinsT) 的等位基因频率急剧增加。通过数字液滴 PCR 在原发性肿瘤中以亚克隆频率 (0.1%) 回顾性地鉴定了相同的 TP53 突变。在转移性肝病变中检测到的突变等位基因频率非常高 (99%)，表明在肿瘤进展过程中突变的快速克隆选择。稳态下的伊马替尼血浆浓度高于文献报道的最低有效浓度阈值 760 ng/ml。计算机模拟预测新生 TP53 (c.560-7_560-2delCTCTTAinsT) 突变与异常 RNA 剪接和侵袭性表型有关，这可能导致尽管使用了
在Polarix研究中，患者（PTS）的循环肿瘤DNA（CTDNA）状态和临床结局（PTS）（PTS）（pts）
AFH: Consulting or advisory roles (Bristol-Myers Squibb, Seattle Genetics, Merck, Genentech, Inc./ F. Hoffmann-La Roche Ltd, AstraZeneca/Medimmune, ADC Therapeutics, Takeda, AstraZeneca/Medimmune, Karyopharm, ADC, Regeneron, Genmab, Tubulis GmbH, Pfizer, Adicet Bio，Caribou Biosciences，Abbvie）;旅行，住宿，费用（Bristol-Myers Squibb）；研究资金（Bristol-Myers Squibb，Merck，Genentech，Inc./f。Hoffmann-La Roche AG，风筝，Gilead Company，Astrazeneca，Seattle Genetics，Gilead Sciences，ADC）； ST：就业（Genentech，Inc。）；领导力（F. Hoffmann-La Roche）； LHS: Consulting or advisory role (Celgene, AbbVie, Seattle Genetics, TG Therapeutics, Janssen, Amgen, F. Hoffmann-La Roche/Genentech, Inc., Gilead Sciences, Lundbeck, Amgen, Apobiologix, Karyopharm Therapeutics, Kite, a Gilead Company, Merck, Takeda, Teva, TG Therapeutics,阿斯利康（Astrazeneca），Acerta Pharma，Morphosys，Incyte，Debiopharm群，Sandoz-Novartis，Genmab，Verastem）; Honoraria（Amgen，Apobiologix，Abbvie，Celgene，Gilead Sciences，Janssen-Ortho，Karyopharm Therapeutics，Lundbeck，Merck，F。Hoffmann-La Roche La Roche Ltd/Genentech Ltd/Genentech Ltd/Genentech，Inc. Debiopharm群，Sandoz-Novartis，Verastem，Genmab）；研究资金（F. Hoffmann- La Roche Ltd/Genentech，Inc。，Teva）； FJ：咨询或咨询角色（F. Hoffmann-La Roche Ltd）； Honoraria（F. Hoffmann-La Roche Ltd，Celgene，Janssen，Abbvie/Genentech，Inc。）; GL：咨询或咨询角色（Genentech，Inc./f。Hoffmann-La Roche Ltd, Janssen-Cilag, Bristol-Myers Squibb, Novartis, MorphoSys, AstraZeneca, Gilead Sciences, Genmab/Seattle Genetics, Incyte, ADC Therapeutics, AbbVie, Genase, Immagene, Hexal, Lilly, Sobi, PentixaPharm, Miltenyi Biomedicine, Karyopharm Therapeutics）；旅行，住宿，费用（Janssen-Cilag，Genentech，Inc./f。Hoffmann-La Roche Ltd，Abbvie，Gilead Sciences）;专家证词（F. Hoffmann-La Roche Ltd）； Honoraria（Janssen-Cilag，F。Hoffmann-La Roche Ltd/Genentech，Inc。），Astrazeneca，Bristol-Myers-Myers Squibb，Gilead Sciences，Novartis，Abbvie，Genmab/Genmab/Seattle Genetics，Constellation Genetics，Constellation Pharmaceuticals，adc Therapeuticals，adc Therapeutics，Incyte，Incyte，Sobi），Sobi）;研究资金（Janssen-Cilag，F。Hoffmann-La Roche Ltd/Genentech，Inc。，Astrazeneca，Aquinox，Aquinox，Aquinox，Bayer，Gilead Sciences，Morphosys，Morphosys，Verastem，Verastem，Agios）; MT：咨询或咨询角色（Takeda，Bristol-Myers Squibb，Incyte，Abbvie，Amgn，F。Hoffmann-La Roche Ltd，Gilead Sciences，Janssen，Morphosys，Morphosys，Novartis）;旅行，住宿，费用（Gilead Sciences，Takeda，Bristol-Myers Squibb，F。Hoffmann-La Roche Ltd，Janssen，Abbvie）； Honoraria（Janssen，Gilead Sciences，Takeda，Bristol-Myers Squibb，Amgen，Abbvie，F。Hoffmann-La Roche Ltd，Morphosys，Morphosys，Novartis）; GS：咨询或咨询角色
标题：免疫检查点抑制剂（ICI）治疗期间的早期循环肿瘤DNA（CTDNA）变化可能会预测晚期
方法：使用个性化的，肿瘤信息的CTDNA分析（NATERA）对前瞻性收集的血浆样品的PTS进行了不可切除的III/IV期黑色素瘤/皮肤癌的前瞻性收集的等离子体样品，并在Wisconsin（Madison）的基于抗PD-1治疗的抗PD-1治疗中接受了抗PD-1治疗。基线ctDNA水平在治疗开始之前和3-4周（即在第二次治疗剂量之前）。根据两个时间点之间的ctDNA水平的变化（降低VS的增加），使用了逻辑回归模型评估总体疾病控制的几率[完全反应 +部分反应 +稳定疾病]。COX比例危害模型用于研究CTDNA水平变化对无进展生存（PFS）和总生存期（OS）的影响。
安全性和有效性数据摘要（SSED）
ctDNA生物标志物与相应的治疗产品的安全有效使用相关，Guardant360 CDX已证明临床性能证明了临床性能支持治疗功效和强大的生物标志物分析性能。类别2：具有强烈ctDNA的CTDNA生物标志物具有临床意义的临床意义的证据，由其他FDA批准的生物标志物具有临床意义的生物标志物，并且有力证据否否否是，液体活检伴侣诊断症具有临床性的分析可靠性，但在临床表现中表现出了显着性，但在临床表现中具有重要意义。ctDNA类别3a：ctDNA生物标志物具有生物标志物的证据临床意义，该临床意义与基于组织的基于组织的FDA批准了临床伴侣诊断或在组织中的重要性，否是否是的是，否是专业指南，专业指南对哪些Guardant CDX证明了：通过：使用分析性验证的分析性分析性验证和分析性分析性验证的分析性验证和分析性分析性验证，并具有分析性分析性验证，并具有分析性的分析性验证，并具有分析性的分析性验证。生物标志物。类别3b：具有生物标志物证据的ctDNA生物标志物临床意义，由证据基于组织基于组织的FDA批准了临床伴侣诊断的诊断或否是否是否是的是，是的是，在以下情况下，组织支持的护动剂的专业指南已证明：分析性分析性能验证均具有包括分析性的分析性验证，包括使用包括分析性的分析性验证。ctDNA
在转移性胰腺导管中残留循环肿瘤DNA的预后价值
缩写：CA19-9，碳水化合物抗原19-9； ctDNA，循环肿瘤DNA； F，女； Folfirinox，叶酸，5-氟尿嘧啶，伊立曲霉和奥沙利铂的组合； M，男性； Mfolfirinox，改良的folfirinox； PFS，无进展的生存； OS，整体生存
循环肿瘤DNA动力学中的乳腺癌
•臂之间的基线时中位CTDNA水平没有显着差异：Giredestrant 0.100（95％CI = 0.044，0.160）； PCET 0.073（0.020，0.120）; Fulvestrant 0.085（0.016，0.140）。•58/89（65％）的CTDNA水平降低了经过Giredestrant治疗的患者，44/75（59％）PCET治疗的患者和34/56（61％）（61％）在基线时可检测到的可检测/可检测到的TF的患者。•a）与PCET（–29％）或Fulvestrant（–36％）相比，Giredestrant（–66％）的中位数从C1D1到C2D1更大。在EOT上，经PCET处理的患者相对于C1D1，CTDNA水平显着增加。Giredestrant没有看到这种效果，该作用仍显示出–47％CtDNA的中位数。•b）和c）PR或SD患者的CTDNA降低明显更高，与PD患者相比，基线CTDNA水平明显降低（最佳研究者反应），无论治疗组如何。
循环肿瘤DNA甲基化：一种有希望的癌症诊断和管理临床工具
摘要：癌症继续对医学界构成重大挑战。早期检测，准确的分子培养和对治疗反应的足够评估是改善癌症患者生活质量和表现的关键因素。积累的证据表明，肿瘤中循环肿瘤DNA（CTDNA）循环到周围血液中可以保留原发性肿瘤的遗传和表观遗传信息。值得注意的是，DNA甲基化是一种必不可少的和稳定的表观遗传改性，均表现出癌症和组织特异性模式。结果，ctDNA甲基化已成为癌症诊所无创测试的有希望的分子标记。在这篇综述中，我们总结了CTDNA甲基化检测的现有技术，描述了CTDNA甲基化的当前研究状态，并介绍了基于CTDNA的测定法在诊所中的潜在应用。本文中提供的见解可以作为ctDNA甲基化的未来研究和临床应用的路线图。
JCOG2203A1
DNA extraction → Whole genome sequencing RNA extraction → RNA sequencing Postoperative tumor tissue - Fresh frozen tissue ** 5 mm square x 1 HE stained preparation (for assessing tumor content ratio) DNA extraction → Whole genome sequencing RNA extraction → RNA sequencing Postoperative non-tumor tissue - Fresh frozen tissue ** 5 mm square x 1 HE stained preparation DNA提取→整个基因组测序RNA提取→RNA测序对体化学疗法血液 *20 mL/次血浆分离，DNA提取→CTDNA分析，整个基因组测序术前和术后血液** 20 mL/tims等离子体分离，DNA分离，DNA提取→CTDNA分析→CTDNA分析→CTDNA分析→CTDNA分析→CTDNA分析。协会Ariake医院・大阪大学医学院附属医院
优化肝内胆管癌围手术期循环肿瘤 DNA 的使用：诊断、筛查、微小残留病检测和治疗反应监测
摘要 在本综述中，我们介绍了使用循环肿瘤 DNA (ctDNA) 对接受手术的肝内胆管癌 (iCCA) 患者进行诊断、治疗和了解预后的当前证据和未来前景。液体活检或 ctDNA 可用于：(1) 确定肿瘤的分子谱，从而指导新辅助治疗中分子靶向治疗的选择，(2) 形成检测术后微小残留病或癌症复发的监测工具，以及 (3) 在高危人群中诊断和筛查早期 iCCA。根据 ctDNA 的使用目的，其潜力可以是知情的，也可以是非知情的。未来的研究将需要验证 ctDNA 提取技术，并对平台和 ctDNA 采集时间进行标准化。