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PD-（L）1轴抑制的生物标志物开发
使用无细胞循环肿瘤DNA（CTDNA）的抽象液体活检在研究和临床环境中经常使用。ctDNA可用于鉴定可起作用的突变，以个性化全身疗法，检测治疗后最小残留疾病（MRD）并预测对免疫疗法的反应。ctDNA也可以从一系列不同的生物流体中分离出来，如果比血浆更近端采样，则可能检测到局部MRD并增加敏感性。然而，在早期和处理后的MRD环境中，ctDNA检测仍然具有挑战性，因为ctDNA水平微小，带来了较高的假阴性结果的风险，这与克隆造血的假阳性结果的风险保持平衡。为了应对这些挑战，研究人员已经开发出了越来越高的优雅方法，以降低CTDNA测定的检测极限（LOD），通过降低低水平技术和生物学噪声的来源，以及通过降低CTDNA的特定基因组和表观质量特征来降低低水平技术和生物学噪声的来源，并通过降低低级技术和生物噪声的来源来降低检测极限（LOD）。在这篇综述中，我们重点介绍了一系列用于CTDNA分析的现代测定，包括提高信噪比的进步。我们进一步强调了检测到超稀有肿瘤相关的变体的挑战，这将提高治疗后MRD检测的敏感性，并打开个性化辅助治疗决策的新领域。
用免疫检查点抑制剂治疗的实体肿瘤循环肿瘤DNA的变化：系统评价
循环肿瘤DNA（CTDNA）水平的抽象背景定量是几种恶性肿瘤中可靠的预后工具。响应治疗的CTDNA水平的动态变化也可能提供预后信息。在这里，我们探讨了针对免疫检查点抑制剂（ICIS）的CTDNA水平变化的价值。我们搜索了MEDLINE（主机：PubMed），以根据ctDNA水平的变化报告了晚期实体瘤中ICI的试验。ctDNA还原定义为单个试验中的报道。通常，这要么是降低> 50％，要么降低到无法检测到的水平。我们提取了HRS和相关的95％顺式和/或P值，比较了CTDNA还原的降低与无进展生存率（PFS）和/或总生存期（OS）的降低。然后将数据汇总在荟萃分析中。使用亚组分析检查了生效大小的变化。结果将18个试验包括在元分析中。ctDNA水平。开始治疗后6-16周的CtDNA降低与PFS明显更好（HR 0.20; 95％CI，0.14至0.28; P <0.001）。同样，CTDNA水平降低的患者（HR 0.18; 95％CI，0.12至0.26; P <0.001）的OS也出色。结果在所有疾病部位，治疗线，变化的幅度（不可发现的降低> 50％）以及治疗暴露是否包括单一或组合ICIS的结果一致。在晚期实体瘤的结论中，响应于ICI的ctDNA水平的降低与结果的实质改善有关。ctDNA变化是一种早期反应生物标志物，可以在接受ICIS或支持治疗降级策略的患者中脱位横断面成像。
脑损伤的婴儿和幼儿的纵向发育结果 - PMC
循环肿瘤DNA（CTDNA）分析对于中枢神经系统（CNS）和非CNS实体瘤的儿童进行实时“液体活检”的潜力仍有旨在完全阐明。我们进行了一项研究，以研究CTDNA测序在参加机构临床基因组学试验的儿科患者中的可行性和潜在临床实用性。在研究期间，共有240名患者进行了肿瘤DNA分析。血浆样品，然后从一部分患者的纵向收集。成功的无细胞DNA提取和定量发生在这些初始样品中的217个（99.5％）中的216个。鉴定出二十四名患者，其肿瘤具有30种独特的变体，这些变体可能在商业上可用的CTDNA面板上可检测到。在这30个突变中，有20个突变（67％）通过至少一个血浆样品中的ctDNA中的下一代测序成功地检测到。与患有CNS肿瘤的患者相比，非CNS实体瘤患者（7/9，78％）的CTDNA突变检测率更高（9/15，60％）。与非转移性疾病相比，在转移性疾病（9/10，90％）的患者中，在转移性疾病患者中也观察到更高的CTDNA突变检测率（7/14，50％），尽管在没有放射线遗迹证据的情况下，在少数患者中检测到肿瘤特异性变异。这项研究说明了将纵向CTDNA分析纳入儿童中枢神经系统或非CNS实体瘤的复发或难治性患者的管理的可行性。
敏感的循环肿瘤DNA的残留疾病...
上皮卵巢癌（EOC）是全球女性与癌症相关死亡的主要原因之一，其特征是手术和化学疗法后的复发率很高。我们试图实施循环的肿瘤DNA（CTDNA） - 基于血液检查，以对该疾病进行更准确的术后监测。我们分析了2016年6月至2021年9月在63名EOC患者之间收集的264个血浆样品，使用肿瘤引导的无血浆细胞DNA分析，以检测治疗后的残留疾病。分析进行了验证。ctDNA，在进展中检测到18个（100％）样品中的18个（100％）。在最后进行处理样本中的阳性ctDNA与快速进展（中位数1.02对3.38年，HR = 5.63，p <0.001）和降低的总生存率（中位2.31对NR YR，HR，HR = 8.22，P <0.001）患者在高级别浆液癌的患者中。对于12例患者，ctDNA测定法比标准监视早得多，中间时间为5.9 mo。要接近ctDNA检测的物理极限，使用超敏感的测定法对五名患者进行了询问479 - 1,856肿瘤突变，能够跟踪CtDNA馏分降至0.0004％。我们的结果表明，CTDNA测定在检测EOC中术后残留疾病时具有高灵敏度和特异性。
复发/难治性套细胞淋巴瘤的循环肿瘤 DNA 反应和结果决定因素
用于指导复发和难治性套细胞淋巴瘤 (R/R MCL) 治疗决策的临床工具有限，而循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的转化潜力在很大程度上仍未得到证实。我们设计并应用了基于面板的双重测序，以揭示接受维奈克拉、来那度胺和利妥昔单抗 (Ven-R2) 治疗的 R/R MCL 患者 ctDNA 中反应和结果的分子决定因素。基因分析揭示了反应和结果的分子预测因子，这些预测因子与临床预后因素无关，SMARCA4 突变的 R/R MCL 对治疗有反应，而 TP53 突变则产生耐药性。治疗前 ctDNA 捕获了空间异质性，其浓度与临床病理疾病特征和生存期相关，与分子预测因子无关。根据当代实时定量 PCR 检测，对微小残留病的动态 ctDNA 评估补充了临床反应评估，并揭示了部分分子缓解患者的难治性。基线时克隆性造血 (CH) 的特征与治疗期间的血液学毒性和不良结果相关。治疗期间对 TP53 相关 CH 的阳性选择不会损害 ctDNA 反应分析的特异性，并且碎片特征可以区分 MCL ctDNA 和 CH。总之，我们报告了 MCL ctDNA 中的新特征，这些特征解锁了新的微创工具，有可能改变 R/R MCL 的临床决策。
使用无细胞或循环肿瘤DNA的液体活检在肝细胞癌的管理中
血浆循环肿瘤DNA（CTDNA）提供了一种无创手段，用于检测和临床管理肝癌。近年来已经对等离子体ctDNA的不同方面进行了深入探索。这些包括突变景观，例如单核苷酸变化，拷贝数变化，甲基化景观，末端基序/坐标偏好，乙型肝炎病毒整合和线粒体DNA突变。ctDNA的临床实用性取决于肝细胞癌（HCC）血浆和肿瘤组织之间的遗传信息的一致性。在HCC的检测和诊断，预后，药物治疗指导和疾病监测HCC方面，讨论了CTDNA在HCC的临床管理中的使用。还讨论了针对无细胞DNA促进的液体活检和通过标准化相关程序的应对策略的障碍。
对循环肿瘤DNA的动态监测揭示了接受CAR T细胞疗法的复发或难治性大B细胞淋巴瘤患者的结果和基因组改变
在接受CD19靶标的嵌合抗原受体（CAR19）T-Cell治疗的复发或难治性大B细胞淋巴瘤（R/R LBCL）患者中，超过50％的抽象背景无法实现持久的缓解。 早期鉴定复发或进展仍然是一个重大挑战。 在这项研究中，我们在未进行的CAR19 T细胞疗法的R/R患者中，这是第一次，前瞻性地研究了动态循环肿瘤DNA（CTDNA）和遗传进化的预后价值。 方法在淋巴结序列前和在CAR19 T细胞输注后的多个时间点之前，纵向等离子体样品均被前瞻性收集。 使用基于捕获的下一代测序检测 ctDNA，该测序已在未处理的LBCL中验证。 结果该研究招募了23例R/R LBCL患者，并收集了101个CTDNA样品。 较高的预处理ctDNA水平与不较低的无进展生存率（PFS）（P = 0.031）和总生存期（OS）（P = 0.023）有关。 在第14天（D14）（D14）患有无法检测到的CTDNA阴性（CTDNA –）的患者的3个月完全缓解率为77.8％的3个月完全缓解率为77.8％，而可检测的CTDNA阳性（CTDNA+）患者的患者相似，d28的结果相似。 ctDNA– D28预测的1年PFS明显更长（90.9％vs 27.3％; P = 0.004）和OS（90.9％vs 49.1％; P = 0.003），而剩下的患者则为CtDNA+。 多个突变基因在进行性疾病的患者中表现出升高的患病率，包括TP53，IGLL5，PIM1，BTG1，CD79B，GNA13和P2RY8。抽象背景无法实现持久的缓解。早期鉴定复发或进展仍然是一个重大挑战。在这项研究中，我们在未进行的CAR19 T细胞疗法的R/R患者中，这是第一次，前瞻性地研究了动态循环肿瘤DNA（CTDNA）和遗传进化的预后价值。方法在淋巴结序列前和在CAR19 T细胞输注后的多个时间点之前，纵向等离子体样品均被前瞻性收集。ctDNA，该测序已在未处理的LBCL中验证。结果该研究招募了23例R/R LBCL患者，并收集了101个CTDNA样品。较高的预处理ctDNA水平与不较低的无进展生存率（PFS）（P = 0.031）和总生存期（OS）（P = 0.023）有关。在第14天（D14）（D14）患有无法检测到的CTDNA阴性（CTDNA –）的患者的3个月完全缓解率为77.8％的3个月完全缓解率为77.8％，而可检测的CTDNA阳性（CTDNA+）患者的患者相似，d28的结果相似。ctDNA– D28预测的1年PFS明显更长（90.9％vs 27.3％; P = 0.004）和OS（90.9％vs 49.1％; P = 0.003），而剩下的患者则为CtDNA+。多个突变基因在进行性疾病的患者中表现出升高的患病率，包括TP53，IGLL5，PIM1，BTG1，CD79B，GNA13和P2RY8。值得注意的是，这是第一次报告较短的ctDNA片段（<170个碱基对）与较差的PFS显着相关（D14的P = 0.031； D28的P = 0.002）和OS（D14的P = 0.013; D14; D14; D28; p = 0.008; p = 0.008 d28）在LBCL CARIVIVITIVED CAR PAIPET t t-CELL CAR PAIPE患者中。值得注意的是，我们观察到Igll5突变与下PFS（P = 0.008）和OS（P = 0.014）之间存在显着相关性。
血浆比其他体液的好处用于循环...
在非肌肉侵入性膀胱癌中，据报道，血浆中的ctDNA可以预测疾病复发，并且具有较高的体细胞变异与肿瘤DNA的一致性[7]。使用尿液和血液对前列腺癌进行分子分析表明，血浆中突变等位基因频率与转移性前列腺癌患者之间存在显着关联[8]。加法，尽管与血液相比，尿液表现出更多的突变，但突变的数量与前列腺癌患者的临床特征无关。然而，研究表明，尿液CFDNA可能是早期检测和预测膀胱癌治疗反应的血浆更好的来源[9-11]。与血浆CTDNA相比，在膀胱癌患者中，尿ctDNA与肿瘤DNA表现出很高的一致性[12]，强调了尿液作为尿液的替代ctDNA的重要性，用于诊断，疾病监测和个性化药物。
血浆衍生的无细胞DNA作为早期检测，预后和个性化治疗尿路上皮癌的生物标志物
摘要：膀胱癌（BC）是美国最常见的恶性肿瘤之一，每年有80,000例新病例和16,000例死亡。尿路上皮癌（UC）是最常见的组织学，占病例的90％。BC的管理均复杂。因此，美国泌尿外科协会（AUA）建议患者在治疗期间和治疗后接受密切监测。此监视以膀胱镜检查或成像测试的形式，这可能是侵入性且昂贵的测试。考虑到这一点，最近有很多努力寻求膀胱癌监测的补充。无细胞DNA（CFDNA）或从垂死细胞释放的DNA，循环肿瘤DNA（CTDNA）或从肿瘤细胞释放的突变DNA，可以分析以检测和表征肿瘤的分子特征。研究表明，在BC Care领域中使用CTDNA的结果有希望的结果。进行了一项PubMed文献综述，研究了在BC检测，预测和监测复发中讨论CFDNA和CTDNA的研究。使用的关键词包括膀胱癌，无细胞DNA，循环肿瘤DNA，尿路上皮癌和液体活检。研究表明，CTDNA可以作为早期和晚期晚期的预后指标，有助于大手术前的风险分层，有助于检测疾病进展和转移性复发，并可以评估可能对免疫疗法反应的患者。需要进一步的前瞻性，随机试验，以阐明BC护理进步方面的真正潜在ctDNA。ctDNA的好处不仅限于卑诗省，因为研究还表明了其作为上累uctut trup trains Neoadjuvant化学疗法的生物标志物的希望。但是，CTDNA存在一些局限性，需要改善CTDNA特异性检测方法和BC特异性突变，然后才能实现广泛利用。
从发现到乳腺癌的临床应用
乳腺癌（BC）脱颖而出，是全球女性发病率和死亡率最高的癌症，其发病率目前正在上升。提高乳腺癌诊断和治疗的效率至关重要，因为它可以有效地减轻疾病负担。循环肿瘤DNA（CTDNA）源自肿瘤细胞的释放，在乳腺癌的发生，发育和转移中起关键作用。近年来，高通量分析技术的广泛应用使CTDNA成为早期癌症检测，监测最小残留疾病，早期复发监测以及预测治疗结果的有前途的生物标志物。基于CTDNA的方法可以有效地弥补传统筛查和监测方法的缺点，这些方法无法为乳腺癌诊断和治疗提供实时信息和前瞻性指导。本综述总结了ctDNA在乳腺癌各个方面的应用，包括筛查，诊断，预后，治疗和随访。它突出了该领域的当前研究状态，并强调了基于CTDNA的方法的未来大规模临床应用的潜力。