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单细胞和批量 RNA 测序综合分析揭示结直肠癌杯状凋亡相关基因的预后模型和肿瘤微环境重塑机制
背景：最近，人们对铜凋亡（一种由铜介导的程序性细胞死亡形式）产生了浓厚的兴趣。铜凋亡相关基因影响结直肠癌 (CRC) 发展的具体机制尚不清楚。方法：在这里，我们将批量 RNA 测序与 scRNA 测序相结合，以研究 CRG 在 CRC 中的功能。选择了 61 个铜凋亡相关基因进行进一步研究。通过 Lasso-Cox 确定了 9 个预后 CRG。创建了风险评分，并将患者分为两个不同的组，即低风险评分组和高风险评分组。使用 CIBERSORT、ESTIMATE、MCP-counter、TIDE 和 IPS 对 TME 进行评分，并使用 GSVA 和 GSEA 评估两组中的通路。此外，我们使用细胞通讯分析探索基于 scRNA 测序的 COX17 和 DLAT 的肿瘤微环境重塑机制。最后，我们使用 IHC 和 qPCR 来验证 COX17 和 DLAT 的表达。结果：AOC3、CCS、CDKN2A、COX11、COX17、COX19、DLD、DLAT 和 PDHB 被认为是 CRC 中的预后 CRG。高危组预后最差，免疫缺陷表型，并且对 ICB 治疗更具抵抗力。此外，scRNA-seq 分析显示 CD4-CXCL13Tfh 中 COX17 表达升高可能导致免疫逃避，而 DLAT 具有相反的作用，逆转 T 细胞耗竭并诱导细胞焦亡以促进 CD8-GZMKT 浸润。结论：本研究利用杯状凋亡相关基因开发了一个预后框架，该框架可有效预测 CRC 患者的预后、TME 类型和对免疫治疗的反应。此外，我们的研究揭示了一个新发现，即 CRC 中 CD4- CXCL13 T 细胞内 COX17 表达水平升高会介导 T 细胞耗竭和 Treg 浸润，而 DLAT 则被发现通过逆转 T 细胞耗竭和诱导细胞焦亡来促进抗肿瘤免疫激活。
对跨解剖部位的头颈癌中免疫浸润的比较分析
抽象背景对靶向程序细胞死亡1（PD-1）受体的免疫检查点抑制剂的反应率为复发性或转移性头部和颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者的受体为13％–18％。对肿瘤免疫微环境（时间）的详细理解对于解释和提高该反应率至关重要。hnsccs出现在各种解剖学位置，包括口腔，咽部，喉和口咽。直接比较解剖部位之间免疫浸润的研究很少。由于不同的位置可能会驱动偏差的微环境，因此我们质疑免疫成分在这些HNSCC位点上是否有所不同。方法，我们使用流式细胞术表征了76个新鲜肿瘤标本的时间，并在9个头部和颈部肿瘤样品上进行了单细胞RNA的时间。结果，我们发现患者之间时间的组成有主要差异。比较解剖部位时：源自口腔的肿瘤的T细胞浸润高于其他解剖部位的肿瘤。患者之间的免疫检查点PD-1的肿瘤浸润T-淋巴细胞的百分比呈阳性，而在喉鳞状细胞癌（SCC）中发现的PD-1+ T细胞的最高分数。虽然我们假设肿瘤起源的解剖位点会驱动样品聚类，但我们的数据表明，时间类型更为主导，特别受PD-1的T细胞的比例驱动。此外，与改善总体生存率相关的PD-1+ CD8+ T细胞的高比例很高。使用单细胞RNA - 测序，我们观察到PD-1表达在CD8-ENTPD1组织驻留记忆T细胞/耗尽的T细胞和CD4-CXCL13中最高的PD-1表达和CD4-CXCL13 1型T辅助细胞簇。结论我们发现口腔SCC的T细胞频率最高。我们还观察到PD-1在T细胞上的大量室内异质性，喉SCC中PD-1+ CD4+ T辅助细胞的频率明显更高。在整个队列中，PD-1阳性的CD8+ T细胞的较高比例与改善的总生存期有关。时间内PD-1+ T细胞的分数是否能够为患有头颈癌患者的免疫检查点抑制剂反应预测。
RT² Profiler PCR 阵列（96 孔格式和 384 ... - GeneGlobe
A01 Mm.235137 NM_007926 Aimp1 氨酰 tRNA 合成酶复合物相互作用多功能蛋白 1 A02 Mm.103205 NM_007553 Bmp2 骨形态发生蛋白 2 A03 Mm.1283 NM_011329 Ccl1 趋化因子（CC 基序）配体 1 A04 Mm.4686 NM_011330 Ccl11 趋化因子（CC 基序）配体 11 A05 Mm.867 NM_011331 Ccl12 趋化因子（CC 基序）配体 12 A06 Mm.41988 NM_011332 Ccl17 趋化因子（CC 基序）配体 17 A07 Mm.424740 NM_011888 Ccl19 趋化因子（CC 基序）配体 19 A08 Mm.290320 NM_011333 Ccl2 趋化因子（CC 基序）配体 2 A09 Mm.116739 NM_016960 Ccl20 趋化因子（CC 基序）配体 20 A10 Mm.12895 NM_009137 Ccl22 趋化因子（CC 基序）配体 22 A11 Mm.31505 NM_019577 Ccl24 趋化因子（CC 基序）配体 24 A12 Mm.1282 NM_011337 Ccl3 趋化因子（CC 基序）配体 3 B01 Mm.244263 NM_013652 Ccl4 趋化因子（CC 基序）配体 4 B02 Mm.284248 NM_013653 Ccl5 趋化因子（CC 基序）配体 5 B03 Mm.137 NM_009139 Ccl6 趋化因子（CC 基序）配体 6 B04 Mm.341574 NM_013654 Ccl7 趋化因子（CC 基序）配体 7 B05 Mm.42029 NM_021443 Ccl8 趋化因子（CC 基序）配体 8 B06 Mm.416125 NM_011338 Ccl9 趋化因子（CC 基序）配体 9 B07 Mm.274927 NM_009912 Ccr1 趋化因子(CC 基序) 受体 1 B08 Mm.8021 NM_007721 Ccr10 趋化因子 (CC 基序) 受体 10 B09 Mm.6272 NM_009915 Ccr2 趋化因子 (CC 基序) 受体 2 B10 Mm.57050 NM_009914 Ccr3 趋化因子 (CC 基序) 受体 3 B11 Mm.1337 NM_009916 Ccr4 趋化因子 (CC 基序) 受体 4 B12 Mm.14302 NM_009917 Ccr5 趋化因子 (CC 基序) 受体 5 C01 Mm.8007 NM_009835 Ccr6 趋化因子 (CC 基序) 受体 6 C02 Mm.442098 NM_007720 Ccr8 趋化因子（CC 基序）受体 8 C03 Mm.4861 NM_011616 Cd40lg CD40 配体 C04 Mm.795 NM_007778 Csf1 集落刺激因子 1（巨噬细胞） C05 Mm.4922 NM_009969 Csf2 集落刺激因子 2（粒细胞-巨噬细胞） C06 Mm.1238 NM_009971 Csf3 集落刺激因子 3（粒细胞） C07 Mm.103711 NM_009142 Cx3cl1 趋化因子（C-X3-C 基序）配体 1 C08 Mm.21013 NM_008176 Cxcl1 趋化因子（CXC 基序）配体 1 C09 Mm.877 NM_021274 Cxcl10 趋化因子（CXC 基序）配体 10 C10 Mm.131723 NM_019494 Cxcl11 趋化因子（CXC 基序）配体 11 C11 Mm.303231 NM_021704 Cxcl12 趋化因子（CXC 基序）配体 12 C12 Mm.10116 NM_018866 Cxcl13 趋化因子（CXC 基序）配体 13 D01 Mm.64326 NM_011339 Cxcl15 趋化因子（CXC 基序）配体 15 D02 Mm.4660 NM_009141 Cxcl5 趋化因子（CXC 基序）配体 5 D03 Mm.766 NM_008599 Cxcl9 趋化因子（CXC 基序）配体 9 D04 Mm.234466 NM_009909 Cxcr2 趋化因子（CXC 基序）受体 2 D05 Mm.12876 NM_009910 Cxcr3 趋化因子（CXC 基序）受体 3 D06 Mm.6246 NM_007551 Cxcr5 趋化因子（CXC 基序）受体 5 D07 Mm.3355 NM_010177 Fasl Fas 配体（TNF 超家族，成员 6） D08 Mm.240327 NM_008337 Ifng 干扰素伽马 D09 Mm.379327 NM_008348 Il10ra 白细胞介素10 受体，α