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解开和量化“念珠菌糖”
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2024年3月6日。 https://doi.org/10.1101/2024.03.06.583507 doi：Biorxiv Preprint
电缆细菌candidatus electronema
vereinigungfürallgemeine和Angewandte mikrobiologie（VAAM）：一般和应用微生物学协会（VAAM）将大约3500名来自德国和邻国的微生物学科科学家团结起来。VAAM促进其成员之间的科学信息交流与合作，以实施微生物学研究结果，以使社会和环境受益。VAAM成员还可以作为公众问题的有价值联系人。
tick虫细菌candidatus midichloria感染...
hromosomal neuploidy在大多数孕期妊娠损失中造成了大多数，但感染会导致≈15％的早期流产（1）。证明，支持tick骨的性感染与早期妊娠损失的关联很少，并且很大程度上仅限于病例报告和小病例系列。tick虫与妊娠疾病的轶事疾病包括莱姆病，巴贝斯病，立克疾病和埃里希病（2，3）。candidatus midichloriaceae代表了一家细胞内细菌生物家族，最初是在ixodes ricinus tick的卵巢中鉴定出来的，这是欧洲莱姆病的主要副作用。系统发育分析导致提出的念珠菌中氯酸盐的提议分为第三家族，该命令与立克西西亚和质子酸乳腺科不同，但可能更类似于anaplasmata-ceae（4）。该家庭的一些成员拥有独特的室内生命周期，展示了越来越多的非人类宿主（例如水生无脊椎动物，生物学家和各种农场）的端主主义
来自Ash Yellows Group
“ Cantidatus Phytoplasma Fraxini”的Ashy1菌株起源于伊萨卡（美国纽约，美国纽约），并于白灰（Fraxinus Americana），并被转移到Catharanthus Roseus（5）。使用Dneasy血液和组织试剂盒（Qiagen，Hilden，Germany）制备了由感染的玫瑰花芽芽孢杆菌和叶子材料制备的测序模板。使用SMRTBELL PREP KIT 3.0（美国加利福尼亚州PACBIO）的SMRTBELL PREP KIT 3.0（美国）而没有其他DNA片段化制备了用于单分子实时（SMRT）的高保真库。在Max Planck Genome-Centre（德国科隆）的续集IIE设备（PACBIO）上对片段文库进行了测序，其结合KIT 2.0（PACBIO）和续集II测序套件2.0（PACBIO）。通过使用BLAST+ v2.2.2.9，MetAgenome Analyze（Megan）和一个数据核定的数据，通过BLAST+ v2.2.2.9，MetAgenome Analyze（Megan）v.6.18.2（6.18.2（6.18.2）（6）（6）（6.6.18.2（6）的候选，分类构造分类为“ candidatus phyto plasma”属，其中11,518个读取（5834中的N 50）被分配给“念珠菌Phyto等离子体”属。 GenBank的Tus Phytoplasma”和Catharanthus Roseus（登记：2024年1月）。 使用PACBIO-HIFI选项和估计的基因组大小为600 kb，将其余的读数与CANU v2.2（7）组装在一起。 实现了一个连续的圆形序列，具有67.17倍的覆盖率。 通过爆炸分析确认了> 10 kb的序列重叠。 随后，使用Artemis V18.2.0（8）手动删除序列重叠。 在Rast V2.0（9）中进行了完整染色体的注释，然后在Artemis v18.2.0（8）中进行手动策划，DNAA将DNAA设置为染色体的第一个基因。 未发现质粒。通过BLAST+ v2.2.2.9，MetAgenome Analyze（Megan）v.6.18.2（6.18.2（6.18.2）（6）（6）（6.6.18.2（6）的候选，分类构造分类为“ candidatus phyto plasma”属，其中11,518个读取（5834中的N 50）被分配给“念珠菌Phyto等离子体”属。 GenBank的Tus Phytoplasma”和Catharanthus Roseus（登记：2024年1月）。使用PACBIO-HIFI选项和估计的基因组大小为600 kb，将其余的读数与CANU v2.2（7）组装在一起。实现了一个连续的圆形序列，具有67.17倍的覆盖率。通过爆炸分析确认了> 10 kb的序列重叠。随后，使用Artemis V18.2.0（8）手动删除序列重叠。在Rast V2.0（9）中进行了完整染色体的注释，然后在Artemis v18.2.0（8）中进行手动策划，DNAA将DNAA设置为染色体的第一个基因。未发现质粒。使用BUSCO的151个单拷贝直系同源物（94％）的比较支持了注释的完整性（10）。在染色体组装中未考虑的读数对额外的分类套筒进行了进一步的分类，并筛选了ASHY1的肉体外DNA。默认参数用于所有软件，除非另有说明。
混合轻型态在拓扑超导体中与空腔光子搭配的
细菌“ candidatus nardonella dyophthoridicola”是一种革兰氏阴性的gam- maproteotototototabterial tocyobterial tocytobiont（图。1）。特别是，它是与象鼻虫相关的细胞内义务共同主义者（1）。通过向其宿主供应酪氨酸，细菌在表皮中起着至关重要的作用（2）。与第二个象鼻虫相关的符号不同，“ candidatus sodalis pierantonius”，它在宿主的整个生命周期中保持在功能性细菌中（3-5）。我们使用长阅读测序来研究“ Ca.nardonella dryophthoridicola”菌株nardrf，与意大利人种群相关的Rhynchophorus ferrugineus。2017年，昆虫宿主是从卡塔尼亚地区的一棵棕榈树中取样的。p在25°C，黑暗的24小时内，直到分成人。剖析了十个新出现的成年人以提取其细菌。然后按照制造商的动物组织提取说明，使用Dneasy血液和组织试剂盒（意大利Qiagen，意大利）合并细菌以进行DNA提取。在90V时通过0.8％琼脂糖凝胶电泳对DNA完整性进行了1H的验证。用纳米体100分光光度计（意大利的Thermo Fisher Scienti）和Qubit双链DNA（DSDNA）高敏化测定试剂盒测量了DNA纯度和浓度。使用R9.5流单元在奴才MK1B设备上进行了长阅读测序。使用Minknow V18.03.1进行测序48小时。读取量超过500 bp进行后续分析。重点识别为“ Ca.用于图书馆制备，使用1D连接测序试剂盒（SQK-LSK 108）原始Col使用了2.5 m g的非大量和非大小选择的总基因组DNA。然后，将最终DNA的0.5 m g加载到流动细胞上。基本调用，具有高准确性算法，质量截止值为7。所有工具均使用默认参数运行，除非另有说明。使用min-iasm（7）组装了元基因组fastq读取（主机和共生体）。nardonella dyophthoridicola”，以ncbi非冗余（NR）数据库进行鉴定。提取这些概念并用于重新填充组件。重叠群用于映射和提取“ Ca.nardonella dryophthoridicola”使用minimap2 v2.17（8）。然后使用Flye v2.8.1（9）重新组装836,116读。使用Circlator v1.5.5（10）与选项进行了循环 - Merge_Min_ID 85和 - Merge_breaklen 1000，如牛津Nanopore读取。使用公开的Illumina简短读数（SRA登录
洞穴硫牛（Cave thiovulum Stygium）与海洋物种不同
硫牛属属。（弯曲杆菌）是在水生环境中形成类似面纱结构的大硫细菌。从大气中密封约500万年的硫磺Movile Cave（罗马尼亚）有几个水腔，有些水室有低大气O 2（〜7％）。洞穴的地表水微生物群落由我们识别为硫牛的细菌所主导。我们表明，这种菌株以及其他来自地下环境的菌株在系统发育上与海洋硫象相关。我们组装了Movile菌株的封闭基因组，并使用RNASEQ确认了其代谢。我们比较了该菌株的基因组，并从公共数据中从硫磺弗拉萨西洞穴（Frasassi Caves）到四个海洋基因组（包括thiovulum thiovulum karukerense and ca）组装了一个基因组。t。imeiosus，我们测序其基因组。尽管空间和时间分离很大，但Movile和Frasassi硫牛的基因组高度相似，与非常多样化的海洋菌株有很大不同。我们得出的结论是，洞穴硫代硫化物代表了一个新物种，在这里命名为thiovulum thiovulum stygium。基于它们的基因组，洞穴硫代卵形可以使用O 2和NO 3-作为电子受体在有氧和厌氧硫氧化之间切换，而后者可能是通过异化的硝酸盐减少对氨的氧化。因此，硫代硫代可能对硫洞中的S和N周期都很重要。电子显微镜分析表明，至少某些典型的硫代硫化典型的短腹结构是IV型Pili，在所有菌株中都发现了基因。这些pili可以通过连接相邻的细胞以及这些异常快速游泳者的运动性来在面纱形成中发挥作用。
Epicpcr指导的糖囊杆菌共生体揭示了IV型pili依赖性的表演生活方式
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2021年7月8日发布。 https://doi.org/10.1101/2021.07.08.451036 doi：Biorxiv Preprint
Rhynchophorus ferrugineus enerocytobiont的完整基因组序列``candidatus nardonella dyophthoridicola''
世界农业需要找到适当的平衡，以应对养活人口增长，减少其对生物多样性的影响和最小化温室气体（GHG）排放之间的三元素。在本文中，我们评估了各种场景，这些方案在农业，林业和其他土地使用（AFOLU）行业中实现了4.3 GTCO 2，EQ /年温室气体缓解。< /div>。场景包括三种温室气体缓解政策的各种混合：第二代生物燃料生产，饮食变化和牧场造林。我们发现，将缓解措施集中在单个政策上可以为粮食安全或生物多样性保护的单一指标带来积极的结果，但对他人产生了重大的负面影响。所有三种缓解政策的平衡投资组合虽然对任何单一标准都不是最佳的，但通过避免对粮食安全和生物多样性保护的严重负面影响来最大程度地减少权衡。在区域规模上，不同区域环境中的生物多样性和粮食安全之间在全球范围内看到的权衡是细微的。
批量RNASEQ数据分析简介
## kegg_code scientific_name ## 26 mmur microcebus murinus ## 30 mmu mus musculus ## 31 mcal mus caroli ## 32 mpah mus pahari ## 34 mcoc mastomys coucha ## 40 pleu peromyscus lemyscus leucopus ## 50 plopime pacime ## Myotis ## 188 CSTI Colius Striatus ## 5722 ASF Candidatus Arthromitus sp。SFB-Mouse-JEAPAN ## 5723 ASM Candidatus Arthromitus sp。SFB-MOUSE-YIT ## 5724 ASO CANDIDATUS ARMTHROMITUS sp。SFB-mouse-NL ## common_name ## 26 gray mouse lemur ## 30 house mouse ## 31 Ryukyu mouse ## 32 shrew mouse ## 34 southern multimammate mouse ## 40 white-footed mouse ## 50 Pacific pocket mouse ## 113 greater mouse-eared bat ## 188 speckled mousebird ## 5722 Candidatus Arthromitus sp.SFB-Mouse-JEAPAN ## 5723 Candidatus Arthromitus sp。sfb-Mouse-yit ## 5724 candidatus arthromthomitus sp。sfb-Mouse-nl
从塞内加尔的一个城市地区检测非洲大鼠（Cricetomys gambianus）和跳蚤的潜在人畜共患病
摘要：Bartonellae是与哺乳动物及其外寄生虫相关的细菌。啮齿动物经常容纳不同种类的Bartonella。这项研究的目的是研究Bartonella spp的存在。在非洲巨人袋中的大鼠（Cricetomys gambianus）及其在塞内加尔达喀尔的外托拉斯人。在2012年，捕获了20只老鼠，并识别出其水平。DNA从170个选定的QUES中提取，并进行qPCR以检测Bartonella spp。随后，对大鼠血液样本进行了巴顿菌培养，并分别对分离的菌株（16S rRNA，RPOB，FTSZ和ITS3）进行了基因分型。从19只大鼠中收集了总共1117峰，并鉴定为Xenopsylla Cheopis，Tropical Rat flea。Bartonella DNA。此外，从17只大鼠的血液中分离出Bartonella菌株（85％）。根据基于Bartonella基因定义的基因定义标准，将分离的菌株鉴定为b。 massiliensis（四个菌株）和两个与人畜共患病相关的潜在新物种。 伊丽莎白。 在本文中，这些潜在的新物种被临时称为Candidatus Bartonella Militaris（11菌株）和Candidatus Bartonella affien（两种菌株），直到其描述完成为止。 Cricetomys gambianus及其水平EA可能构成达卡尔的公共卫生风险，因为报告了巴尔托内拉感染的高流行。根据基于Bartonella基因定义的基因定义标准，将分离的菌株鉴定为b。massiliensis（四个菌株）和两个与人畜共患病相关的潜在新物种。伊丽莎白。在本文中，这些潜在的新物种被临时称为Candidatus Bartonella Militaris（11菌株）和Candidatus Bartonella affien（两种菌株），直到其描述完成为止。Cricetomys gambianus及其水平EA可能构成达卡尔的公共卫生风险，因为报告了巴尔托内拉感染的高流行。