方法在补充了10%FCS,1%谷歌补充剂(Gibco),100 U/ml青霉素和100μg/ml链霉菌素的IMDM(Gibco)中培养了衍生成近单倍型HAP1细胞的细胞培养。siRNA转染是根据制造商的指南使用Rnaimax(Invitrogen)进行的。在这项研究中使用了以下siRNA:Sinon-targetable(Dharmacon),Sipolg2(地平线,TargetPlus,SmartPool),SIMRPL23(Horizon,Targetplus,TargetPlus,Smartpool)。将所有药物(Aphidicolin,Hu,Olaparib,Rad51i(B02),DNA-PKI(NU74441)和寡霉素A)溶解在DMSO中,并以指示浓度使用。细胞使用具有137CS源的γ提取器(最佳疗法)进行γ辐射。生长测定HAP1细胞以1500个细胞/孔的密度将HAP1细胞铺在96孔板中,并被视为5天。5天后,使用100%甲醇固定细胞,并在室温下使用Crystal Violet染色2H。随后,将晶体紫溶解在10%乙酸中,并使用Biotek Epoch Epoch分光光度计在595 nm处测量强度。使用非线性拟合,sigmoidal,4pl,x是log(浓度),将这些测量值用于棱镜中的IC50计算。在9mm玻璃盖上生长免疫荧光细胞,并在室温下以4%甲醛和0.2%Triton X-100固定10分钟。使用了以下抗体:人类抗克雷斯特(Cortex Biochem,CS1058),兔抗PH3SER10(Campro,#07-081),小鼠抗ERCC6L(PICH)(ABNOVA,ABNOVA,000548421-B01P)。所有初级抗体在4°C的夜间孵育。使用固定缓冲液I(BD生物科学)固定细胞。细胞。二级抗体(分子探针,Invitrogen)和DAPI在室温下孵育2小时。使用延长金(Invitrogen)安装盖玻片。使用具有60倍1.40 Na油目标的Deltavision Deonvolution显微镜(Applied Precision)获取图像。SoftWorx(应用精度),ImageJ,Adobe Photoshop和Illustrator CS6用于处理获得的图像。单倍体插入诱变筛选基因对用APH或HU处理的HAP1细胞的存活至关重要,如先前所述35,使用单倍体插入诱变筛查鉴定。诱变的HAP1细胞是从Brummelkamp实验室获得的。简短地,获得HAP1细胞的诱变如下:在HEK293T细胞中产生了基因陷阱逆转录病毒。每天两次收获逆转录病毒至少三天,并通过离心(使用SW28转子进行2小时,21,000 rpm,4°C,4°C)进行沉淀。在8μg/ml硫酸素硫酸素的存在下,在T175烧瓶中至少连续两天,在8μg/ml硫酸素的存在下,将大约4000万个HAP1细胞通过浓缩基因陷阱病毒的转导而被诱变。在包含10%DMSO和10%FCS的IMDM培养基中冷冻诱变细胞。解冻后,在存在27.5 nm adphidicolin或100μmHu的情况下,将诱变的HAP1细胞转移了10天。传递后,通过胰蛋白酶-EDTA收集细胞,然后进行沉淀。为了最大程度地减少潜在地含有杂合突变的二倍体细胞的混杂,用DAPI染色固定的细胞,以允许使用Astrios Moflo对G1单倍体DNA含量进行分类。将3000万个排序的细胞在56°C下裂解过夜,以使使用DNA迷你试剂盒(QIAGEN)进行基因组DNA分离。插入位点映射基因陷阱插入位点通过LAM-PCR放大,然后进行捕获,ssDNA接头连接和指数放大,并在测序之前使用含有Illumina适配器的引物,如前所述,如前所述35。映射和插入位点的分析以前描述了78。简短地,在对HISEQ 2000或HISEQ 2500(Illumina)进行测序之后,将插入位点映射到人类基因组(H19),允许一个不匹配,并与RefSeq坐标相交,以将插入位点分配给基因。基因区域在相对链上重叠的基因区域没有考虑进行分析,而对于在相同链基因名称上重叠的基因是串联的。对于每种复制和两种药物治疗(APH或HU)基因的必要性都是通过二项式检验确定的。合成致死性。一个基因通过所有Fisher的测试,其p值截止为0.05,效应大小至少为0.12(减法比率wt sense比率 - 复制应力条件感官比率)。
摘要 ◥ 在这个精准医疗时代,已经开发出许多针对常见肿瘤类型中高复发性突变的工作流程,让患有罕见疾病的患者几乎没有选择。在这里,我们实施了一种功能精准肿瘤学方法,利用全面的基因组分析与高通量药物筛选相结合,为患有粘液纤维肉瘤等罕见肿瘤类型的患者确定肿瘤特异性药物敏感性。从一位参加英格兰精准医学研究所 (EIPM) 项目的高级别粘液纤维肉瘤患者那里,我们建立了患者衍生的 3D 肉球和异种移植模型,用于功能测试。由于缺乏大量临床相似病例,因此对患者来源的细胞进行了高通量药物筛选,并与另外两种粘液纤维肉瘤系和一种良性成纤维细胞系进行了比较,以功能性地识别肿瘤特异性药物敏感性。
b'Christopher De Bono 1、Yichi Xu 2,*、Samina Kausar 1,*、\xc2\xa3、Marine Herbane 1、Camille Humbert 1、Sevda Rafatov 1、Chantal Missirian 1,3、Mathias Moreno 1、Weiyang Shi 4、Yorick Gitton 5、Alberto Lombardini 6、Ivo Vanzetta 6、S\xc3\xa9verine Mazaud-Guittot 7、Alain Ch\xc3\xa9dotal 5、Ana\xc3\xafs Baudot 1、St\xc3\xa9phane Zaffran 1 和 Heather C. Etchevers 1,'
摘要 ◥ 在这个精准医疗时代,已经开发出许多针对常见肿瘤类型中高复发性突变的工作流程,让患有罕见疾病的患者几乎没有选择。在这里,我们实施了一种功能精准肿瘤学方法,利用全面的基因组分析与高通量药物筛选相结合,为患有粘液纤维肉瘤等罕见肿瘤类型的患者确定肿瘤特异性药物敏感性。从一位参加英格兰精准医学研究所 (EIPM) 项目的高级别粘液纤维肉瘤患者那里,我们建立了患者衍生的 3D 肉球和异种移植模型,用于功能测试。由于缺乏大量临床相似病例,因此对患者来源的细胞进行了高通量药物筛选,并与另外两种粘液纤维肉瘤系和一种良性成纤维细胞系进行了比较,以功能性地识别肿瘤特异性药物敏感性。
致谢 本报告的概念化、开发和起草由主要作者 Philip Howard 和 IPES-Food 主任 Nick Jacobs 和 Chantal Clément 监督,Paul Uys 和 Francesco Ajena 也对报告的概念化做出了重要贡献。 本报告是在 IPES-Food 整个小组的支持下制定的,包括 Molly Anderson、Jennifer Clapp、Emile Frison、Melissa Leach、Lim Li Ching、Desmond McNeill、Maryam Rahmanian、Cecilia Rocha 和 Raj Patel 在工作组讨论和审查阶段所做的宝贵贡献。 研究得到了 Marina Yamaoka、Julia Laforge、Amber Clarke 和 Nicole Pita 的大力支持。Abby Bennett、Tara Garnett、Chris Gee、Richard Giles、Anne Mottet、Urvashi Rangan 以及欧盟食品政策联盟成员对报告材料提供了宝贵的外部评论和反馈。报告的设计和制作由 Chantal Clément 和 Robbie Blake 负责,平面设计由 Hearts & Minds 负责。感谢所有这些贡献者的远见和奉献。
Gabriel Bellocq 先生、Lionel Camblane 先生、Paul Carrère 先生、Dominique Coutière、Muriel Crozes 女士、Dominique Degas 女士、Catherine Delmon 女士(Paul Carrère 先生授权书)、Jean 先生-Luc Delpuech、Alain Dudon 先生、Rachel Durquety 女士、Marie-France Gauthier 女士、Xavier Fortinon 先生、Chantal Gonthier 女士、Odile Lafitte 女士(授权给 Luc Delpuech 先生) Xavier Fortinon)、Muriel Lagorce 女士、Yves Lahoun 先生、Pierre Mallet 先生(授权给 Muriel Crozes 女士)、Olivier Martinez 先生、Magali Valiorgue 女士。
如果没有许多人的巨大努力,如此规模的会议是不可能举办的。CE 主席 Benjamin M. Hampstead 和 CE 委员会值得称赞,他们今年组织了一系列平衡性极强、令人振奋的研讨会。我们还要向 2023 年计划委员会、学生联络委员会、学生和早期职业志愿者以及 INS 执行董事 Marc Norman 表示感谢。最后,但当然也是最不重要的,我们要感谢 INS 办公室的团队。他们既敬业又有条理,而且耐心且乐于助人。请感谢 Chantal Marcks、Marta Robinet、Davis Schoenfeld 和 Jamie Wilson 为使会议取得成果而付出的无数小时的工作。
该项目是由来自各种公司和化学工业协会的代表开发的。通过本出版物,我们要感谢所有参与其中的人的支持,他们的技术专业知识以及建设性的发展。In particular, we want to thank members of the Carbon Neutrality Task Force within ICCA's Energy and Climate Change Leadership Group: Atsumi Na- kata, Chantal Yiming Sun, Charles Frank- lin, Constantinos Bokis, Daisuke Kana- zawa, Elena Leonardi, Ignacio Hernandez Bonnett, Ibrahim Eryazici, James Brown, Katsuo Anzai, Nicola Rega,Pranav Tripathi,Tohru Yamamoto,Tomo Hasegawa和Nakamura Tomohiro。本出版物的结论和发现并不一定反映了细分的立场。这些发现的责任仅在于碳思想和ICIS。