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b'Christopher De Bono 1、Yichi Xu 2,*、Samina Kausar 1,*、\xc2\xa3、Marine Herbane 1、Camille Humbert 1、Sevda Rafatov 1、Chantal Missirian 1,3、Mathias Moreno 1、Weiyang Shi 4、Yorick Gitton 5、Alberto Lombardini 6、Ivo Vanzetta 6、S\xc3\xa9verine Mazaud-Guittot 7、Alain Ch\xc3\xa9dotal 5、Ana\xc3\xafs Baudot 1、St\xc3\xa9phane Zaffran 1 和 Heather C. Etchevers 1,'
b'Christopher De Bono 1、Yichi Xu 2,*、Samina Kausar 1,*、\xc2\xa3、Marine Herbane 1、Camille Humbert 1、Sevda Rafatov 1、Chantal Missirian 1,3、Mathias Moreno 1、Weiyang Shi 4、Yorick Gitton 5、Alberto Lombardini 6、Ivo Vanzetta 6、S\xc3\xa9verine Mazaud-Guittot 7、Alain Ch\xc3\xa9dotal 5、Ana\xc3\xafs Baudot 1、St\xc3\xa9phane Zaffran 1 和 Heather C. Etchevers 1,'
最初发表于：Pauli, Chantal；De Boni, Lamberto；Pauwels, Jonathan E；Chen, Yanjiang；Planas-Paz, Lara；Shaw, Reid；Emerling, Brooke M；Gra
摘要 ◥ 在这个精准医疗时代，已经开发出许多针对常见肿瘤类型中高复发性突变的工作流程，让患有罕见疾病的患者几乎没有选择。在这里，我们实施了一种功能精准肿瘤学方法，利用全面的基因组分析与高通量药物筛选相结合，为患有粘液纤维肉瘤等罕见肿瘤类型的患者确定肿瘤特异性药物敏感性。从一位参加英格兰精准医学研究所 (EIPM) 项目的高级别粘液纤维肉瘤患者那里，我们建立了患者衍生的 3D 肉球和异种移植模型，用于功能测试。由于缺乏大量临床相似病例，因此对患者来源的细胞进行了高通量药物筛选，并与另外两种粘液纤维肉瘤系和一种良性成纤维细胞系进行了比较，以功能性地识别肿瘤特异性药物敏感性。
鉴定人类细胞中复制应力反应的关键因素Louise M.E. Janssen 1，Empar Baltasar Perez 1，Chantal Vaartin
方法在补充了10％FCS，1％谷歌补充剂（Gibco），100 U/ml青霉素和100μg/ml链霉菌素的IMDM（Gibco）中培养了衍生成近单倍型HAP1细胞的细胞培养。siRNA转染是根据制造商的指南使用Rnaimax（Invitrogen）进行的。在这项研究中使用了以下siRNA：Sinon-targetable（Dharmacon），Sipolg2（地平线，TargetPlus，SmartPool），SIMRPL23（Horizon，Targetplus，TargetPlus，Smartpool）。将所有药物（Aphidicolin，Hu，Olaparib，Rad51i（B02），DNA-PKI（NU74441）和寡霉素A）溶解在DMSO中，并以指示浓度使用。细胞使用具有137CS源的γ提取器（最佳疗法）进行γ辐射。生长测定HAP1细胞以1500个细胞/孔的密度将HAP1细胞铺在96孔板中，并被视为5天。5天后，使用100％甲醇固定细胞，并在室温下使用Crystal Violet染色2H。随后，将晶体紫溶解在10％乙酸中，并使用Biotek Epoch Epoch分光光度计在595 nm处测量强度。使用非线性拟合，sigmoidal，4pl，x是log（浓度），将这些测量值用于棱镜中的IC50计算。在9mm玻璃盖上生长免疫荧光细胞，并在室温下以4％甲醛和0.2％Triton X-100固定10分钟。使用了以下抗体：人类抗克雷斯特（Cortex Biochem，CS1058），兔抗PH3SER10（Campro，＃07-081），小鼠抗ERCC6L（PICH）（ABNOVA，ABNOVA，000548421-B01P）。所有初级抗体在4°C的夜间孵育。使用固定缓冲液I（BD生物科学）固定细胞。细胞。二级抗体（分子探针，Invitrogen）和DAPI在室温下孵育2小时。使用延长金（Invitrogen）安装盖玻片。使用具有60倍1.40 Na油目标的Deltavision Deonvolution显微镜（Applied Precision）获取图像。SoftWorx（应用精度），ImageJ，Adobe Photoshop和Illustrator CS6用于处理获得的图像。单倍体插入诱变筛选基因对用APH或HU处理的HAP1细胞的存活至关重要，如先前所述35，使用单倍体插入诱变筛查鉴定。诱变的HAP1细胞是从Brummelkamp实验室获得的。简短地，获得HAP1细胞的诱变如下：在HEK293T细胞中产生了基因陷阱逆转录病毒。每天两次收获逆转录病毒至少三天，并通过离心（使用SW28转子进行2小时，21,000 rpm，4°C，4°C）进行沉淀。在8μg/ml硫酸素硫酸素的存在下，在T175烧瓶中至少连续两天，在8μg/ml硫酸素的存在下，将大约4000万个HAP1细胞通过浓缩基因陷阱病毒的转导而被诱变。在包含10％DMSO和10％FCS的IMDM培养基中冷冻诱变细胞。解冻后，在存在27.5 nm adphidicolin或100μmHu的情况下，将诱变的HAP1细胞转移了10天。传递后，通过胰蛋白酶-EDTA收集细胞，然后进行沉淀。为了最大程度地减少潜在地含有杂合突变的二倍体细胞的混杂，用DAPI染色固定的细胞，以允许使用Astrios Moflo对G1单倍体DNA含量进行分类。将3000万个排序的细胞在56°C下裂解过夜，以使使用DNA迷你试剂盒（QIAGEN）进行基因组DNA分离。插入位点映射基因陷阱插入位点通过LAM-PCR放大，然后进行捕获，ssDNA接头连接和指数放大，并在测序之前使用含有Illumina适配器的引物，如前所述，如前所述35。映射和插入位点的分析以前描述了78。简短地，在对HISEQ 2000或HISEQ 2500（Illumina）进行测序之后，将插入位点映射到人类基因组（H19），允许一个不匹配，并与RefSeq坐标相交，以将插入位点分配给基因。基因区域在相对链上重叠的基因区域没有考虑进行分析，而对于在相同链基因名称上重叠的基因是串联的。对于每种复制和两种药物治疗（APH或HU）基因的必要性都是通过二项式检验确定的。合成致死性。一个基因通过所有Fisher的测试，其p值截止为0.05，效应大小至少为0.12（减法比率wt sense比率 - 复制应力条件感官比率）。
推荐引用 推荐引用 Bardis, Michelle D; Houshyar, Roozbeh; Chang, Peter D; Ushinsky, Alexander; Glavis-Bloom, Justin; Chahine, Chantal; Bui, Thanh-Lan; Rupasinghe, Mark; Filippi, Christopher G; 和 Chow, Daniel S，“人工智能在前列腺多参数 MRI (mpMRI) 中的应用：当前和新兴趋势。”《癌症》（巴塞尔）。12，5。1204 (2020)。https://digitalcommons.wustl.edu/open_access_pubs/9270
摘要：前列腺癌是全球最常见的癌症之一。多参数磁共振成像 (mpMRI) 是一种非侵入性工具，可以改善前列腺病变的检测、分类和体积量化。机器学习 (ML) 是人工智能的一个分支，可以快速准确地分析 mpMRI 图像。ML 可以提供更好的标准化和一致性来识别前列腺病变并增强前列腺癌管理。本综述总结了 ML 在前列腺 mpMRI 中的应用，并重点关注前列腺器官分割、病变检测和分割以及病变表征。进行了文献检索，以查找将 ML 方法应用于前列腺 mpMRI 的研究。迄今为止，前列腺器官分割和体积近似已经使用各种 ML 技术很好地执行。前列腺病变检测和分割对于 ML 来说是更具挑战性的任务，并在多项研究中进行了尝试。由于数据稀缺和当前 ML 算法的局限性，它们在很大程度上仍未解决。相比之下，由于数据可用性更高，前列腺病变表征已在多项研究中成功完成。总体而言，ML 完全有能力成为一种提高放射科医生准确性和速度的工具。
使用HPLC指纹和定量分析来开发组合方法，以评估Chantaleela制剂
chantaleela（CTL）是一种泰语传统药物，由8种药草和婆罗洲组成，用于治疗发烧。这项研究旨在通过使用高性能液相色谱法（HPLC）建立简单但全面的方法来控制CTL产品的质量。构建了CTL的HPLC指纹，用于评估定性参数的鉴定和化学分析。此方法在量化CTL识别标记的成分（包括Eurycomanone，Loureirin A，Imperatorin和Afteryolodin）方面是高度精确且准确的。使用此开发方法评估了泰国商业CTL产品的质量。色谱模式与已建立的参考指纹明显不同。在每种商业产品中都发现了替代Artemisia vulgaris替代Artemisia Annua。此外，标记化合物的低含量反映了商业产品的质量差。关键字：Chantaleela，HPLC指纹，质量控制，传统医学，组合性草药制剂1。简介
功能精准肿瘤学方法用于确定粘液纤维肉瘤患者的治疗策略 Chantal Pauli 1、Lamberto De Boni 2、Jonath
摘要 ◥ 在这个精准医疗时代，已经开发出许多针对常见肿瘤类型中高复发性突变的工作流程，让患有罕见疾病的患者几乎没有选择。在这里，我们实施了一种功能精准肿瘤学方法，利用全面的基因组分析与高通量药物筛选相结合，为患有粘液纤维肉瘤等罕见肿瘤类型的患者确定肿瘤特异性药物敏感性。从一位参加英格兰精准医学研究所 (EIPM) 项目的高级别粘液纤维肉瘤患者那里，我们建立了患者衍生的 3D 肉球和异种移植模型，用于功能测试。由于缺乏大量临床相似病例，因此对患者来源的细胞进行了高通量药物筛选，并与另外两种粘液纤维肉瘤系和一种良性成纤维细胞系进行了比较，以功能性地识别肿瘤特异性药物敏感性。