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COVID-19 宿主遗传学研究的 DNA 提取方法比较
2019 冠状病毒病 (COVID-19) 大流行导致全球诊断检测用品短缺，尤其是在发展中国家。COVID-19 严重程度的危险因素包括既往合并症、高龄和男性，但其他变量也可能影响疾病结果。确实有越来越多的证据支持宿主遗传学在 COVID-19 结果的易感性中的作用。与 SARS-CoV-2 感染病程相关的遗传因素的识别依赖于 DNA 提取方法。本研究比较了使用患者鼻咽样本进行 COVID-19 宿主遗传研究的三种 DNA 提取方法（Chelex ® 100 树脂、苯酚-氯仿和 QIAamp DNA 提取试剂盒）。比较了这些方法的执行步骤数、样品处理时间、提取材料的质量和数量以及在遗传研究中的应用。我们发现 Chelex ® 100 方法最便宜（分别比商用试剂盒和苯酚-氯仿便宜 33 倍和 13 倍），DNA 产量最高（分别比商用试剂盒和苯酚-氯仿高 306 倍和 69 倍），处理步骤最少，同时为下游应用提供足够的 DNA 质量。总之，我们的结果表明 Chelex ® 100 树脂是一种廉价、安全、简单、快速且适合从 COVID-19 患者鼻咽样本中提取 DNA 以进行遗传学研究的方法。这在发展中国家尤其重要，因为成本和处理是材料加工的关键步骤。
储存血液 DNA 的数量和质量测试... - ETD UGM
DNA分析在遗传疾病诊断、法医鉴定、生物技术和分子生物学等研究中有多种用途。在这项生物分子研究中，使用储存的不同年份的血液样本进行 DNA 分析。本研究旨在确定血液样本保存时间与DNA数量和质量之间的相关性，并确定保存血液样本中的DNA是否可以作为模板进行进一步分析，即通过测量DNA的浓度和纯度来查看数量，通过扩增AMEL基因来查看DNA的质量。从储存的血液样本中提取 DNA 的方法对于生产高质量的 DNA 非常重要。两种常见的方法是使用 chelex 和商业试剂盒。 Chelex 方法使用树脂结合金属离子并去除蛋白质，而商业试剂盒则使用硅胶柱来纯化 DNA。试剂盒中存储了 9 个血液样本，商业试剂盒中存储了 9 个血液样本。该方法包括提取，然后用分光光度计测量 DNA 的浓度和纯度，基因组电泳，用 PCR 进行 DNA 扩增，以及 PCR 电泳。对DNA提取结果进行定量和定性分析。使用 IBM SPSS for Windows 版本 25 应用程序执行定量数据分析。定量测试采用分光光度法进行。使用重复测量方差分析检验 (Anova Test) 来处理浓度值，而使用 Krukal Wallis 检验 (Krukal Wallis Test) 来测试纯度值。根据琼脂糖凝胶电泳结果进行定性检测。使用 Chelex 方法发现 2022 个样本中的 DNA 含量最高，平均浓度值为 341.69 ng/µL。 2023个商业试剂盒样本的DNA质量最好，平均纯度值为1.797。所有样本均成功扩增并显示出雄性和雌性。关键词：牙釉蛋白，储存血液，DNA，提取。
kuta Kedonganan鱼市场的金枪鱼识别...
金枪鱼是属于Scombridae家族的物种。灰玉米棒，利胡玉米棒，科莫·科布斯和克雷·科布斯有几种类型的金枪鱼。在形态上，金枪鱼物种彼此相似。这可能会在确定金枪鱼物种的产生时在田间记录时会导致错误。这项研究的目的是使用COI基因（细胞色素C氧化酶亚基I）确定kedonganan鱼市场的金枪鱼物种。从巴厘岛Badung的Kedonganan鱼市场购买了两种汤哥鱼。DNA提取是使用CHELEX从鱼鳍中进行的，然后进行COI基因的扩增。然后将PCR产物进行电泳并分散。使用NCBI（国家生物技术信息中心）中包含的基本局部比对搜索工具（BLAST），将DNA续集与数据库匹配。提取产生浓度为5.91 ng/ l的DNA，样品1的A260/ A280 = 1.3比例，而对于样品2 DNA的浓度为6.27 ng/L，A260/ A280的比例为6.27 ng/L。最终的PCR产品约为700bp。COI基因序列的结果均为两种鱼类的682 bp基因产生。BLAST分析与Komo（Euthynnus affinis）和Lisong（Auxis Rochei）Cob产生了99.84-100％的身份百分比。
喀麦隆雅温得埃图格-埃贝浸信会医院接受二甲双胍治疗的 2 型糖尿病患者 OCT1 基因 (SLC22A1) 遗传多态性及其与胃肠道副作用发生的关联
糖尿病是一种代谢紊乱，其特征是因胰岛素分泌、胰岛素作用或两者兼有缺陷而导致的慢性高血糖。为了控制糖尿病，建议使用口服降糖药，其中二甲双胍是全球治疗 2 型糖尿病 (T2DM) 的一线药物。有证据表明，20-30% 接受二甲双胍治疗的患者可能会出现胃肠道 (GI) 副作用，这可能归因于编码负责二甲双胍转运的蛋白质（有机阳离子转运蛋白 1）的基因 (SLC22A1) 的遗传多态性。本研究旨在调查 OCT1 基因多态性 M420del (rs72552763) 与喀麦隆雅温得接受二甲双胍治疗的 2 型糖尿病患者胃肠道副作用发展之间的关联。对来自埃图格-埃贝浸信会医院的 210 名知情同意的参与者进行了病例对照研究。使用 Chelex 100 方法从 Whartman N 0 3 滤纸上的干血斑 (DBS) 中提取 DNA。使用 PCR-RFLP 对 OCT1 基因 (M420del) 进行基因分型。使用卡方检验 (X 2 ) 建立关联，p 值 <0.05 被认为具有统计学意义。最主要的基因型是纯合突变 aa 基因型 (85.71%，180/210)，相对于杂合 Aa 基因型 (14.29%，30/210)。在研究参与者中未观察到纯合野生型 (AA)。具有 aa 基因型的个体发生胃肠道副作用的可能性是正常人的 3 倍 (OR= 3.143, P=0.005)。总之，OCT1 基因多态性 M420del 与胃肠道副作用的发生之间存在关联。
使用...对混合样本进行 DNA 元条形码编码 - Aguirre Lab
牛津纳米孔 Flongle 简介：本方案描述了我们使用纳米孔 Flongle 进行 DNA 元条形码编码的方法。它涵盖了纳米孔测序和 DNA 元条形码编码的简要背景、我们为元条形码编码设计的引物、我们的 PCR 方法、纳米孔文库制备和样品加载以及使用 Ontbarcoder 应用程序进行的数据分析。牛津纳米孔测序：牛津纳米孔测序仪 1 是第三代实时长读测序仪，越来越受欢迎。它相对便宜（起价 1000 美元），小巧便携，可生成长读长（1000 个碱基对），并实时测序，这意味着您可以在测序反应进行时下载和分析序列数据。纳米孔测序的工作原理是检测 DNA 穿过纳米孔时流动池上纳米孔中电荷的变化。DNA 核苷酸（A、C、T、G）在穿过纳米孔时会以不同的方式改变电荷，因此机器可以根据孔电荷的变化确定 DNA 链的序列。 Flongle：纳米孔流动槽有两种类型，常规流动槽适用于大型项目（成本约为 1,000 美元），Flongle 2 流动槽适用于小型实验（每个流动槽成本约为 90 美元）。虽然 Flongle 流动槽成本不算太高，但对单个样本进行测序还是太贵了。常规 Sanger 测序每个样本的成本为 2-6 美元！因此，必须将样本汇集在一起进行测序，也就是说，将几个或多个样本一起装入单个 Flongle 流动槽中。为了稍后分离样本，需要用条形码标记样本，以便识别它们。DNA 宏条形码：DNA 条形码是使用参考序列来识别物种。对指定的条形码基因（传统上是线粒体 COI 基因）进行测序，然后将获得的序列与条形码序列数据库进行比较。DNA 宏条形码是指在单个测序反应中汇集许多个体，以使用 DNA 条形码识别物种。 Nanopore 测序仪可用于 DNA 宏条形码，并在一次测序运行中生成多个样本的序列。我们实验室中的 DNA 宏条形码：在我们的实验室中，我们使用带有 Flongle 流动槽的 Nanopore 测序仪进行 DNA 宏条形码。使用苯酚-氯仿 3 、Qiagen 4 甚至 Chelex 5（昆虫）方案提取 DNA。然后我们进行 PCR 以扩增 COI DNA 条形码基因（也可以使用其他基因，如 12S 和 16S 6 ），在琼脂糖凝胶上运行产物以查看如何