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针对 SARS-CoV-2 主蛋白酶的药物耐药潜力的系统分析
针对 SARS-CoV-2 主要蛋白酶 (M pro ) 的药物是已进入临床使用的有效治疗方法。这些药物的大规模使用将对耐药突变的进化施加选择压力。为了了解 M pro 的耐药潜力，我们对可能导致酵母筛选对尼玛瑞韦 (包含在药物 Paxlovid 中) 和目前处于 III 期试验的恩西瑞韦 (Xocova) 产生耐药性的氨基酸变化进行了全面调查。最近在尼玛瑞韦的多项病毒传代研究中报告的最具影响力的耐药突变 (E166V) 对尼玛瑞韦显示出最高的耐药性评分，而 P168R 对恩西瑞韦显示出最高的耐药性评分。使用系统方法评估潜在的耐药性，我们发现了 142 种尼玛瑞韦耐药突变和 177 种恩西瑞韦耐药突变。在这些突变中，有 99 种对两种抑制剂都产生了明显的耐药性，这表明很有可能出现交叉耐药性。许多表现出抑制剂特异性耐药性的突变与每种抑制剂突出底物包膜的不同方式一致。此外，具有强耐药性评分的突变往往功能减弱。我们的结果表明，尼玛瑞韦或恩西特瑞韦的强大压力将选择多种不同的耐药谱系，这些谱系将包括削弱与药物相互作用同时降低酶功能的原发性耐药突变和增加酶活性的继发性突变。全面识别耐药突变使得能够设计出具有降低耐药性潜力的抑制剂，并有助于监测循环病毒群中的耐药性。
SARS-CoV-2 变体 B.1.640.1 的高度融合和细胞病变
摘要 在整个 COVID-19 大流行期间，特性不明的 SARS-CoV-2 变体时有出现。一些变体具有独特的表型和突变，可以进一步表征病毒的进化和 Spike 功能。在 Omicron 扩张之前，2021 年至 2022 年间，非洲和欧洲报告了约 1,100 例 B.1.640.1 变体病例。在这里，我们分析了 B.1.640.1 分离株及其 Spike 的生物学特性。与祖先 Spike 相比，B.1.640.1 携带了 14 个氨基酸替换和缺失。B.1.640.1 逃脱了一些抗 N 端结构域和抗受体结合结构域单克隆抗体的结合，以及来自恢复期和接种疫苗个体的血清的中和。在细胞系中，感染产生大量合胞体和高度细胞病变效应。在原发性气道细胞中，B.1.640.1 复制率低于 Omicron BA.1，并且比其他变体引发了更多的合胞体和细胞死亡。B.1.640.1 Spike 单独表达时具有高度融合性。这是由位于 Spike S2 域的两个特征不明显且不常见的突变 T859N 和 D936H 介导的。总之，我们的结果突出了超融合性 SARS-CoV-2 变体的细胞病变，该变体在 Omicron BA.1 出现后被取代。（本研究已在 ClinicalTrials.gov 注册，注册号为 NCT04750720。）
SARS-CoV-2、BIV1-CovIran 灭活病毒颗粒疫苗的有效性和安全性：随机、安慰剂对照、双盲、多中心、 3 期临床试验
结果 招募了 20 000 名参与者，并随机分配接受 BIV1-CovIran（n=13 335（66.7%））或安慰剂（n=6 665（33.3%））。参与者的平均年龄为 38.3 岁（标准差 11.2），其中 6 913 人（34.6%）为女性。在随访期间（中位数为 83 天）报告感染新冠肺炎的接种疫苗参与者中，758 人（5.9%）出现症状，144 人（1.1%）感染严重，7 人（0.1%）病情危急。在随访期间接受安慰剂的参与者中，688 人（10.7%）出现症状，221 人（3.4%）感染严重，19 人（0.3%）病情危急。对有症状的 covid-19 的总体有效率为 50.2%（95% 置信区间为 44.7% 至 55.0%），对重症疾病的总有效率为 70.5%（63.7% 至 76.1%），对危重病例的总有效率为 83.1%（61.2% 至 93.5%）。安慰剂组有效人群中报告有 2 例死亡，干预组无死亡病例。在随访期间，报告了 41 922 起不良事件：28 782 起（68.7%）为不良反应，其中 19 363 起（67.3%）发生在干预组。大多数不良反应为轻度或中度（1 级或 2 级）且可自行痊愈。没有与注射有关的严重不良事件。对于变体调查，在 119 名 SARS-CoV-2 变体呈阳性的参与者中，106 名（89.1%）对 delta 变体呈阳性。
SARS-COV-2 OMICRON XBB和BA的明显演变。 ...
SARS-COV-2的不断循环导致新型病毒sublineages的连续出现。在这里，我们隔离和表征xbb.1，xbb.1.5，xbb.1.9.1，xbb.1.16.1，eg.5.1.1，eg.5.1.1，eg.5.1.3，xbf，xbf，ba.2.86.1 and jn.1 and jn.1变体，repre- sept> 80％comprie-seding> 80％的循环变体1月2024.XBB子变量在尖峰中很少但复发突变，而BA.2.86.1和JN.1 Harbour> 30其他更改。这些变体在IGROV-1中复制，但在Vero E6中不再复制，并且不明显融合。他们有效地感染了鼻皮细胞，例如5.1.3表现出最高的功能。抗病毒药保持活跃。与BA.1相比，疫苗和BA.2感染个体的中和抗体（NAB）反应明显低，而变体之间没有重大差异。XBB突破性感染增强了针对XBB和BA.2.86变体的NAB反应。jn.1与BA.2.86.1相比，ACE2的较低属性和较高的免疫逃避特性。因此，尽管不同，但这些变体的进化轨迹结合了增加的效果和抗体逃避。
双向基因组CRISPR筛选揭示了调节SARS-COV-2，MERS-COV和季节性HCOV的宿主因素
ARS-COV-2是冠状病毒疾病2019（COVID-19）大流行的病因学药。SARS-COV-2是在2002 - 2003年SARS-COV-1之后的第21世纪越过物种障碍的第三个高度致病性冠状病毒（参考文献。1 - 3）和2012年的MERS-COV（参考4）。已知另外四个HCOV（HCOV-229E，HCOV-NL63，HCOV-OC43和HCOV-HKU1）在人类的季节性循环中循环，大约有三分之一的常见冷感染感染5。像SARS-COV-1和HCOV-NL63一样，SARS-COV-2进入靶细胞的进入是由血管紧张素转化酶2（ACE2）受体6-10介导的。SARS-COV-1和SARS-COV-2使用细胞丝氨酸蛋白酶跨膜蛋白酶丝氨酸2（TMPRSS2）用于质膜6，11的尖峰蛋白启动。组织蛋白酶还参与SARS-COV峰蛋白裂解和融合肽暴露于进入时（参考文献。12 - 15）。已经报道了几个用于鉴定冠状病毒调节剂的全基因组KO CRISPR屏幕16 - 21。这些屏幕使用肾脏起源的自然允许的Simian Vero E6细胞20；肝脏起源的人类HuH7细胞（或衍生物）（非定位表达ACE2和TMPRSS2）16、18、19;和A549肺部的细胞，异位表达ACE2 17，21。在这里，我们进行了全基因组，功能丧失的CRISPR KO屏幕和功能获得的CRISPRA屏幕，包括生理学上
在新生儿非人类灵长类动物模型中剖析对SARS-COV-2免疫的案例研究
大多数儿童比成年人对冠状病毒诱导的2019年疾病（COVID-19）的影响不大，因此更难逐步研究。在这里，我们对血液和粘膜组织中严重急性呼吸综合征2（SARS-COV-2）感染的早期免疫反应提供了新生儿非人类灵长类动物（NHP）的深度分析。此外，我们还提供了与SARS-COV-2感染的成人NHP的比较。与在大多数情况下发生中度肺部病变的成年NHP相比，新生儿的感染导致了轻度疾病。在与病毒RNA负荷增加的同时，我们观察到了血液中早期先天反应的发展，如RNA测序，流量细胞术和细胞因子纵向数据分析所证明。此反应包括存在抗病毒IFN基因特征，持续且持久的NKT细胞群，平衡的外周和粘膜IFN-G /IL-10细胞因子反应以及伴有抗SARS-COV-2抗体反应的B细胞的增加。病毒动力学和免疫反应与咽粘膜和直肠粘膜中微生物群体组成的变化一致。在母亲中，尽管与SARS-COV-2暴露的新生儿非常紧密接触，但病毒RNA载荷接近定量限制。这项试验研究表明，新生儿NHP是小儿SARS-COV-2感染的相关模型，可以洞悉婴儿抗SARS-COV-2免疫反应的早期步骤。
174 个 SARS-CoV-2 表位的预测与验证
最近爆发的 SARS-CoV-2 (2019-nCoV) 病毒凸显了快速有效疫苗开发的必要性。刺激导致保护的适当免疫反应高度依赖于通过 HLA 复合物向循环 T 细胞呈递表位。SARS-CoV-2 是一种大型 RNA 病毒，体外测试所有重叠肽以反卷积免疫反应是不可行的。因此，通常使用 HLA 结合预测工具来缩小要测试的肽的数量。我们测试了 19 种表位-HLA 结合预测工具，并使用体外肽 MHC 稳定性测定法，我们评估了 777 种预测为 11 种 MHC 同种异型良好结合剂的肽。在这项对潜在 SARS-CoV-2 表位的研究中，我们发现当前的预测工具在评估结合稳定性时的性能各不相同，并且它们高度依赖于所讨论的 MHC 同种异型。因此，设计一种仅包含少数表位靶标的 COVID-19 疫苗是一项非常具有挑战性的任务。在这里，我们展示了 174 个具有高预测结合分数的 SARS-CoV-2 表位，这些表位经验证可与 11 种 HLA 同种型稳定结合。我们的研究结果可能有助于设计一种有效的 COVID-19 疫苗。
174 个 SARS-CoV-2 表位的预测与验证
最近爆发的 SARS-CoV-2 (2019-nCoV) 病毒凸显了快速有效疫苗开发的必要性。刺激导致保护的适当免疫反应高度依赖于通过 HLA 复合物向循环 T 细胞呈递表位。SARS-CoV-2 是一种大型 RNA 病毒，体外测试所有重叠肽以反卷积免疫反应是不可行的。因此，通常使用 HLA 结合预测工具来缩小要测试的肽的数量。我们测试了 15 种表位-HLA 结合预测工具，并使用体外肽 MHC 稳定性测定法，我们评估了 777 种预测为 11 种 MHC 同种异型良好结合剂的肽。在这项对潜在 SARS-CoV-2 表位的研究中，我们发现当前的预测工具在评估结合稳定性时的性能各不相同，并且它们高度依赖于所讨论的 MHC 同种异型。因此，设计一种仅包含少数表位靶标的 COVID-19 疫苗是一项非常具有挑战性的任务。在这里，我们展示了 174 个具有高预测结合分数的 SARS-CoV-2 表位，这些表位经验证可与 11 种 HLA 同种型稳定结合。我们的研究结果可能有助于设计一种有效的 COVID-19 疫苗。
SARS-CoV-2 抗体对 CoronaVac 的反应动态以及随后的 BNT162b2 疫苗加强剂量
要长期保护自己免受 SARS-CoV-2 感染，需要疫苗抗体持续保持在保护阈值以上，或维持在随后的病毒暴露后能够重新激活的免疫记忆细胞，或两者兼而有之 ( 1 )。据报道，接种 CoronaVac（科兴生物，http://www.sinovac.com）的人体内的 SARS-CoV-2 抗体会随着时间的推移而衰减，这表明有必要接种第三针疫苗 ( 2 )。在巴西，第三剂疫苗最好与 BNT162b2 疫苗（辉瑞-BioNTech，https://www.pfizer.com）一起接种 ( 3 , 4 )。关于接种 CoronaVac 疫苗以及最近补充的 BNT162b2 加强针后的抗体动态的信息有限。因此，我们评估了一组医护人员 (HCW) 接种第二剂后长达 230 天内对 CoronaVac 抗体反应的纵向动态，并评估了 BNT162b2 加强剂量对抗体水平的影响。该研究已获得 Hospital Geral Dr. César Cals（巴西福塔莱萨；批准号 CAAE 39691420.7.0000.5049）伦理委员会的批准。我们获得了所有参与者的知情同意。
2 BNT162B2疫苗剂量后SARS-COV-2尖峰抗体的强衰变和对疗养院居民第三剂的高抗体反应
Hubert Blain，Edouard Tuaillon，Lucie Gamon，Amandine Pisoni，StéphanieMiot等。在2 BNT162B2疫苗剂量和高抗体反应后，SARS-COV-2尖峰抗体的强衰减很大。美国医疗董事协会期刊，2022，23（5），pp.750-753。10.1016/j.jamda.2022.02.006。hal-03760314