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World File Search SystemCorynebacterium
物种：SPF鼠标
Bactérie et Champignons / Bacteria and Fung Bonchiseptica 6 WEEKS 11/02/2025 0 / 12 LDA Culture Rodentum 6 WEEKS 11/02/2025 0 / 12 lda Culture 0 / 156 Clostridium Pliforme (TyZZer) 02/01/2025 0 / 12 BD Light 0 / 72 Crynebacterium Bovis 6 WEEKS 11/02/2 / 12 LDA Culture 0 / 156 Corynebacterium Kutscheri 6 WEEKS 11/02/2025 0 / 12 LDA Culture 0 / 156 dermatophytes (if lesion) ENGLISH THANKS 08/10/2024 0 / 12 BD Light 0 / 12 Helicopter SPP 12 WEEKS 02/01/2025 0 / 2025 0 / 2025 02/01/2025 0 / 12 BD Light 0 / 72巴氏菌科6周11/02/2025 0 /12 LDA培养0/156 actinobacillus spp。 6周11/02/2025 0 /12 LDA文化0/156 Heamophilus spp。 6周11/02/2025 0/12 LDA培养0/156 Mannheimia hemoloselytica 6周11/02/2025 0/12 LDA培养0/156 Pasteurella spp。 6周11/02/2025 0/12 LDA培养0/156 Multocida的糊植物6周11/02/2025 0 /12 LDA培养12 LDA培养12 LDA培养0/156 Treehalosi 6周11/02/02/2025 0 /12 LDA培养0 /12 LDA培养0 /156 Salmonnella sp。Bactérie et Champignons / Bacteria and Fung Bonchiseptica 6 WEEKS 11/02/2025 0 / 12 LDA Culture Rodentum 6 WEEKS 11/02/2025 0 / 12 lda Culture 0 / 156 Clostridium Pliforme (TyZZer) 02/01/2025 0 / 12 BD Light 0 / 72 Crynebacterium Bovis 6 WEEKS 11/02/2 / 12 LDA Culture 0 / 156 Corynebacterium Kutscheri 6 WEEKS 11/02/2025 0 / 12 LDA Culture 0 / 156 dermatophytes (if lesion) ENGLISH THANKS 08/10/2024 0 / 12 BD Light 0 / 12 Helicopter SPP 12 WEEKS 02/01/2025 0 / 2025 0 / 2025 02/01/2025 0 / 12 BD Light 0 / 72巴氏菌科6周11/02/2025 0 /12 LDA培养0/156 actinobacillus spp。6周11/02/2025 0 /12 LDA文化0/156 Heamophilus spp。6周11/02/2025 0/12 LDA培养0/156 Mannheimia hemoloselytica 6周11/02/2025 0/12 LDA培养0/156 Pasteurella spp。6周11/02/2025 0/12 LDA培养0/156 Multocida的糊植物6周11/02/2025 0 /12 LDA培养12 LDA培养12 LDA培养0/156 Treehalosi 6周11/02/02/2025 0 /12 LDA培养0 /12 LDA培养0 /156 Salmonnella sp。6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA Culture 0 / 156 Streptobacillus moniliformis 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA Culture 0 / 156 Streptococci ß-hemolytic (not group D) 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA Culture 0 / 156 Streptococcus pneumoniae 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA Culture 0 / 156 ENDOPARASITES / ENDOPARASITES Protozoa 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA OD/M 0 / 156 Entamoeba spp 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA OD/M 0 / 156 Flagellates 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA OD/M 0 / 156 Coccidia 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA OD/M 0 / 156 Helminths 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA OD/M 0 / 156 Cestodes 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA OD/M 0 / 156 Nematodes 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA OD/M 0 / 156 ECTOPARASITES / ECTOPARASITES Acariens / Mites 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA OD/M 0 / 156 Acariens du pelage / Fur-dwelling mites 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA OD/M 0 / 156 Acariens d'environnement / Surface-dwelling mites 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA OD/M 0 / 156 Acariens folliculaires/ Follicle-dwelling mites 6第11/02/2025周0/12 LDA OD/M 0/M 0/156 POUX/LICE 6周11/02/2025 0/12 LDA OD/M 0/M 0/M 0/156 PUCES/FLEAS 6周11/02/2025 0/12 LDA OD/M 0/M 0/156 ISCROPSIQIE/NECROPSIQUE/NECROPSIQUE/NECOPIQIE QUESSOPICE/NECOPIQUES QUESSOPIQUE/NECOPIQUES POOSSOTICE STOVICE/NECROPSICE速度与历史悠久的病理学相关的6/6 / 12 LDA Ob/Hist 0 / 156 Microorganisms associated to lesions 6 weeks 11/02/2025 0 / 12 LDA Culture 0 / 156 VIRUS / VIRUSES Hantaviruses Annually 08/10/2024 0 / 12 BD IFA 0 / 12 K virus (Mouse pneumonitis virus) Annually 08/10/2024 0 / 12 BD ELISA 0 / 12 Lactate deshydrogenase elevating病毒（LDV）每年08/10/2024 0/12 BD酶。0 / 12 Lymphocitic choriomenigitis virus (LCMV) Annually 08/10/2024 0 / 12 BD IFA 0 / 12 Minute virus of mice (MVM) 6 weeks 12/02/2025 0 / 12 BD IFA 0 / 156 Mouse adenovirus (MAD) type 1 (FL) Annually 08/10/2024 0 / 12 BD IFA 0 / 12 Mouse adenovirus （MAD）类型2（K87）每年08/10/2024 0 /12 bd IFA 0/12鼠标巨细胞病毒（MCMV）每年08/10/2024 0 /12 bd ifa 0 /12鼠标肝炎病毒病毒（MHV）6周6周12/02/2025 0 /12 bd ifa 0 /15 /156 ifa hekney（MOK）6个月（MK） 02/01/2025 0 /12 BD ELISA 0/36鼠标parvovirus（MPV）6周12/02/2025 0 /12 BD IFA 0/156鼠标Polyomavirus每年08/10/10/2024 0/12 BD IFA 0 /12 IFA 0 /12 Mouse Rotavirus（Edim）6周Rotavirus（Edim）6周12/12鼠标12/02/202/202/202/202/202/202/202/202/205 0/12 bda (MTV) Annually 08/10/2024 0 / 12 BD IFA 0 / 12 Mousepox (Ectromelia) virus Annually 08/10/2024 0 / 12 BD IFA 0 / 12 Murine norovirus (MNV) 6 weeks 12/02/2025 0 / 12 BD IFA 0 / 156 Pneumonia virus of mice Annually 08/10/2024 0 / 12 BD IFA 0 /12 Reovirus类型3（REO 3）每年08/10/2024 0 /12 BD IFA 0/12仙台病毒每年08/10/2024 0 /12 BD IFA 0/12 Theiler的鼠脑膜炎病毒（TMEV）6周12/02/2025 0/2025 0 /12 BD IFA 0 / DIVA>
与糖尿病和糖尿病肾病相关的尿液微生物群：系统评价
人类体内的微生物群落包括病毒、细菌、古菌和小型真核生物，如真菌和原生生物 [1]。这些群落是共生的微生物网络，可以在宿主体内发挥重要功能，其代谢物或缺乏代谢物会对人类健康和疾病产生影响 [2-4]。这些微生物生态系统在其生态位内的复杂结构、分类和功能组成被称为微生物组 [5]。与我们的指纹类似，肠道、阴道、皮肤或泌尿道中的每个微生物组都是高度独特的，它们受环境、宿主遗传、生活方式的影响，可能还有其他影响微生物组的因素，而我们目前对这些因素还不甚了解 [4]。菌群失调是指微生物组被破坏或改变（或两者兼而有之）的状态，它会妨碍正常功能或引起低度炎症，可能在多种疾病的发生和/或发展中发挥作用 [5]。人类肠道微生物群被视为影响免疫、神经、内分泌或代谢途径的人类健康的“隐藏”代谢器官 [4,6]。肠道菌群失调与多种疾病有关，但它是否是这些疾病的因果关系仍不清楚 [4,7,8]。我们对肠道微生物群的理解在不断发展但有限，而对其他微生物群的了解则更加匮乏。泌尿道微生物群或尿路生物群尤其如此，直到十年前人们还认为它们是无菌的 [9,10]。尿路生物群的特点是生物量低于肠道微生物群，其组成成分仍未得到充分探索 [9,11]。有证据表明，男性和女性的泌尿系统生物群有所不同：女性与乳酸杆菌有关，而男性与棒状杆菌或葡萄球菌有关 [9, 11, 12]。糖尿病是一种以血糖升高为特征的疾病，是导致心血管疾病、失明或肾脏损害的主要原因 [13]。糖尿病，尤其是 2 型糖尿病 (T2DM)，已成为全球卫生紧急事件，其患病率几十年来一直在上升，2021 年全球受影响人数为 5.37 亿，包括 670 万相关死亡病例 [13, 14]。一些高收入国家成人糖尿病发病率正在趋于稳定，但儿童糖尿病发病率仍在增加 [15-18]。血糖受损会增加感染风险，这或许可以解释为什么糖尿病患者患泌尿道感染、肾盂肾炎和尿路脓毒症的风险更高[19]。糖尿病患者不仅尿液中葡萄糖、白蛋白和其他蛋白质含量较高，这可能会影响泌尿生物群的组成，促进某些物种的细菌生长，并可能影响泌尿生物群的多样性；而且他们的尿液中葡萄糖含量高，这会损害免疫反应和尿路上皮的完整性[19]。然而，我们对与糖尿病相关的泌尿系统生物群组成的信息有限。此外，由于糖尿病或其他原因导致肾脏血管受损，可能导致估算肾小球滤过率 (eGFR) 下降，从而影响泌尿功能，因为这些器官通过输尿管连接到膀胱 [ 20 ]。糖尿病肾病的发展可能进一步转变为慢性肾病 (CKD) 或终末期肾病 (ESRD)，前者与糖尿病有关，但也与其他合并症有关，而后者主要由糖尿病引起 [ 20 ]。
FDA的食源爆发响应改进计划
1。简介Merck Sharp and Dohme Corp.提交了生物制品申请申请（BLA）STN125741，以获得其肺炎球菌15价偶联物疫苗的许可。vaxNeuvance是预防由肺炎链球菌血清型1、3、4、5、6a，6a，6b，6b，6b，9v，9v，9v，9v，19a，19a，19a，19a，19a，19af，19a，19af，19af，22f，23f，23f，23f，23f，23f，23f，23f和33f。vaxNeuvance是15种不同的肺炎球菌囊囊多糖，该多糖单独缀合与源自白乳杆菌C7的无毒白喉CRM 197蛋白。vaxNeuvance以0.5 ml剂量提供1.5 ml单剂量预填充注射器，用于肌肉内注射。Each 0.5 mL dose contains 2.0 µg each of S. pneumoniae polysaccharides (except for serotype 6B, formulated at 4 µg/dose), 30 µg of CRM 197 carrier protein, 1.55 mg mM L-histidine, 1 mg of polysorbate 20, 4.50 mg sodium chloride, and 125 µg of aluminum as aluminum磷酸盐佐剂。vaxNeuvance不含防腐剂。最终药品的保质期从制造之日起18个月，当时2°C至8°C。为支持成人使用的临床发展计划包括一项2期研究和在美洲，欧洲和亚太地区进行的六项研究。超过5,600名成年人在这些研究中接受了vaxNeubance，包括有或没有先前的肺炎球菌疫苗接种的研究。2。1浸润性肺炎球菌疾病（IPD）是由于肺炎链球菌向正常无菌的身体部位（例如血液和脊髓液）的扩散而发生的。单个0.5 ml应用中提出的免疫原性和安全结果支持使用vaxNeurance进行主动免疫，以预防由18岁及以上的成年人中疫苗中包含的肺炎链球菌血清型引起的侵袭性疾病。背景S.肺炎是一种革兰氏阳性细菌，是中耳炎，社区获得性肺炎，败血症和脑膜炎的主要原因，导致了相当大的发病率和死亡率。婴儿，老年人和免疫功能低下的个体患IPD的风险增加。截至2017年，在美国（美国），成年人发生了31,000多例IPD（菌血症和脑膜炎）死亡的3,500多例死亡。2死亡率在成人的11％至30％之间，成年人≥65岁。在全球范围内，据估计，肺炎链球菌每年有15例IPD每年15例IPD，每年造成超过100万人死亡。3超过90个免疫学和结构上不同的胶囊多糖血清型的肺炎球菌，其中通常发现相对较小的子集引起运输和疾病。在此BLA提交时，可以预防美国的三种许可的肺炎球菌疫苗。肺炎23（PPV23）是一种23个价值的肺炎球菌多糖疫苗，被批准用于≥50岁的患者，并且≥2岁的人患有肺炎球菌疾病的风险增加。pPV23由23种血清型（1、2、3、4、5、6b，7f、8、8、9N，9N，9V，9V，11A，11A，11A，12F，12F，14、14、15B，15B，15B，17F，17F，18C，19A，19A，19A，19A，19A，20、20、20、20、20、20、20、20、20、20、20、20、20、20、20、20、22f，23f，233333333333333333333333333333333333333333333333的纯化的肺炎球菌囊多糖组成。
肠道微生物和酶活性的功能障碍是肾脏阳性缺乏综合征
腹泻是一个普遍的全球健康问题。2016年，腹泻的全球发病率超过44亿案，导致死亡人数超过160万，死亡率中排名第八。腹泻为患者造成巨大的医疗和医疗费用，并对社会产生巨大影响（Wang等，2021）。腹泻的诊断主要基于异常的粪便形态，而频繁的粪便形态的频繁排便称为伪diarrhea（Schiller等，2017）。严重的急性腹泻或慢性腹泻可以通过脱水，营养不良，免疫系统和社会经济负担对人类健康产生重大影响。越来越多的证据表明，肠道微生物群的失衡是一个重要因素，导致对各种病原体的敏感性增加以及随后的腹泻发作。肠道菌群与腹泻之间的关系很复杂，涉及多种调节机制。入侵病原体抑制了有益的肠道细菌的生长和破裂，导致失衡，使宿主更容易受到各种疾病和状况的影响，包括腹泻。另外，某些病原体会产生破坏正常肠功能的毒素，从而触发可导致腹泻的免疫反应（Li Y. X.等，2021）。几个因素导致肠道菌群失衡，其中一个因素是饮食习惯。高脂和高蛋白饮食已被观察到影响肠道微生物的组成。高脂和高蛋白饮食已被观察到影响肠道微生物的组成。这些饮食降低了有益的乳酸细菌的丰度，对于维持肠道健康至关重要。高脂饮食增加了小鼠肠含量中操作分类单元的数量，多样性和丰富性，从而导致肠道菌群中的结构和组成修饰。疲劳与高脂饮食结合使用，会扰乱微生物群，从而导致有害细菌的增加和有益细菌的减少。这种中断导致炎症因子升高，免疫因子降低以及最终发作腹泻。特别是某些细菌的存在，例如小杆菌，gemella和甲基杆菌，而有益细菌（如Pediococcus）会增加。gemella被发现与总胆固醇显着相关，突出了肠道微生物不平衡，失调的脂质代谢失调和高脂饮食在疲劳条件下引起的腹泻之间的联系（Li等，2022c; Zhou等，20222222223232323233232323232323232323232322222222222222222222. ）。肠道微生态的微环境的变化也会导致肠道菌群营养不良。高温和湿度对肠道菌群的影响有害，尤其是导致乳杆菌种群降低，这可能是炎热且潮湿的腹泻的重要原因（Qiao等，2023b）。有益细菌通过调节肠道菌群的组成，抑制有害细菌的过度生长并减少氧化应激，从而在肠内起着至关重要的保护作用。他们通过各种机制，例如金属离子螯合能力，抗氧化剂系统，信号通路的调节，ROS酶产生和肠道菌群的调节。乳酸杆菌和双杆菌是生产乳酸，乙酸和丙酸的益生菌，有助于维持平衡的肠道微生物群和
引用Costa S，Summa D，Radice M，Vertuani S，Manfredini S和Tamburini E（2024年），使用序列O
属性（Ruiz-Ruiz等，2017）。由于LA具有羧基和羟基官能团，因此也可以将其视为一个平台和中间体，用于转化为几种不同的有用和有价值的化学物质（Gao等，2011）。la是生物技术生产几乎完全通过石化途径盛行的大规模化合物之一，大约90％通过微生物发酵实现了当前生产的90％（Macedo等，2020）。使用广泛的微生物和不同类型的底物来优化产量和生产率（Tian等，2021），LA的发酵生产已被广泛研究了多年。最著名的野生型LA生产者是乳酸细菌（LAB），它们是非散发形式，革兰氏阳性，非有氧或气化剂，耐酸和严格发酵生物的（Fidan等，2022）。在实验室中，乳酸杆菌是具有最大商业兴趣的属，因为它具有同质性，并且主要通过将一个分子转换为LA分子的LA分子，主要是通过Embden -Meyerhoff - Parnas（EMP）途径产生的（Singhvi等，2018）。重组大肠杆菌的重组菌株，coagulans芽孢杆菌，谷氨酸杆菌，地衣芽孢杆菌和代谢酵母菌的生产也已评估（Awasthi等，2018）。尽管长期以来已经建立了工业规模的生物技术生产，但仍有进一步改进的空间（Abedin等，2023）。使用实验室的主要障碍是它们的复杂营养需求和中介体，分别导致成本和污染风险增加（Abedi和Hashemi，2020年）。关于碳底物，几种农业的低或无价废物，例如糖蜜，汁液废物和淀粉类生物量奶油浪费，传统上已被发酵成LA（Alexandri等人，2019年； Sakr等，2021年）。最近，还提出了农业和林业残留物作为碳源（Ajala等，2020； Yankov，2022）。但是，原材料和发酵的高成本 - 分离过程以及高度产生的LA生产微生物的选择严重限制了此类应用（Ren等，2022）。大量努力致力于制定发酵策略，例如合并生物处理（CBP），同时进行糖精和发酵（SSF），以及同时的糖精和共同发酵和共同发作（SSCF），作为希望的替代方案（Mazzoli，202211221）。为此，已经实施了两个主要概念，即基于共培养的合成微生物联盟的发展（Sun等，2021）和基因工程的微生物（Levit等，2022）。与纯培养物相比，微生物联盟已被证明不容易受到环境干扰和污染的影响，同时表现出较高的转化效率（Sun等，2019）。然而，由于微生物种群之间的复杂相互作用，共同培养，增长动态，监测和控制的可靠方法仍然具有挑战性（Mittermeier等人，2023年）。代谢工程旨在开发具有有效产物形成的单菌株，但对于微生物的主要遗传和代谢重新设计需要大量的努力（Hossain等，2023）。LA生产的第二个瓶颈是原料处理和灭菌的总体过程成本（Marchesan等，2021），除非使用嗜热菌株（Garita-Cambronero等，2021年），否则这是避免污染所必需的，否则
大鼠SPF
BACTERIA and FUNGI / BACTERIA and FUNGI Bordetella bronchiseptica 3 weeks 06/01/2025 0/6 LDA Culture 0/156 CAR bacillus Annually 29/04/2024 0/6 BD ELISA 0/6 Clostridium piliforme (tyzzer) 12 weeks 5 0/6 BD IFA 0/36 Corynebacterium kutscheri 3 weeks 06/01/2025 0/6 LDA Culture 0/156 Dermatophytes (if lesion) 3 weeks 0/01/2025 0/6 LDA Lesion/Culture 0/156 Encephalitozoon cuniculi 29/04/2025 Annually. 2024 0/6 BD IFA 0/6 Helicobacter spp 12 weeks 27/01/2025 Negative (pool) BD PCR 0/26 (pool) Klebsiella oxytoca/pneumoniae 3 weeks 0/01/2025 0/6 LDA Culture 0/156 Mycoplasma pulmonis 12 weeks. 01/2025 0/6 BD IFA 0/36 Pasteurellaceae 3 weeks 06/01/2025 0/6 LDA Culture 0/156 Actinobacillus spp. 3 周 2025 年 6 月 1 日 0/6 LDA 培养 0/156 嗜血杆菌属。 3 周 06/01/2025 0/6 LDA 培养 0/156 溶血曼海姆氏菌 3 周 06/01/2025 0/6 LDA 培养 0/156 巴氏杆菌属。 3 周 06/01/2025 0/6 LDA 培养 0/156 多杀性巴氏杆菌 3 周 0/01/2025 0/6 LDA 培养 0/156 嗜肺巴氏杆菌 3 周 0/01/2025 0/6 LDA 培养 0/156 海藻巴氏杆菌 周 06/01/2025 0/6 LDA 培养 0/156 肺孢子菌属。 3 周 2025 年 1 月 27 日 0/6 BD PCR 0/156 沙门氏菌属。3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA 培养 0 / 156 念珠状链杆菌 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA 培养 0 / 156 β-溶血性链球菌（非 D 组） 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA 培养 0 / 156 肺炎链球菌 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA 培养 0 / 156 体内寄生虫 / 体内寄生虫 原生动物 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 内阿米巴属 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 鞭毛虫3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 球虫 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 蠕虫 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 绦虫 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 线虫 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 体外寄生虫 / 体外寄生虫 螨虫 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 皮螨 / 毛螨 3 周06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 环境螨 / 表面螨虫 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 毛囊螨 / 毛囊螨 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 虱子/虱子 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 虱子/跳蚤 3 周 06/01/2025 0 / 6 LDA OD/M 0 / 156 检查 尸检/尸检 与观察到的组织病理学病变相关的病理学3周2025 年 1 月 6 日 0 / 6 LDA Ob/Hist 0 / 156 与病变相关的微生物 3 周 2025 年 1 月 6 日 0 / 6 LDA 培养 0 / 156 病毒 大鼠冠状病毒 (RCV/SDAV 涎腺腺炎) 6 周 2025 年 1 月 27 日 0 / 6 BD IFA 0 / 156 汉坦病毒 每年 2024 年 4 月 29 日 0 / 6 BD IFA 0 / 6 小鼠腺病毒 (MAD) 1 型 (FL) 每年 2024 年 4 月 29 日 0 / 6 BD IFA 0 / 6 小鼠腺病毒 (MAD) 2 型 (K87) 每年 2024 年 4 月 29 日 0 / 6 BD IFA 0 / 6 大鼠细小病毒 6 周2025/01/27 0 / 6 BD IFA 0 / 156 Kilham 大鼠细小病毒 (KRV) 6 周 2025/01/27 0 / 6 BD IFA 0 / 156 大鼠细小病毒 6 周 2025/01/27 0 / 6 BD IFA 0 / 156 大鼠细小病毒 (RPV) 6 周 2025/01/27 0 / 6 BD IFA 0 / 156 Toolan 的 H-1 病毒 6 周 2025/01/27 0 / 6 BD IFA 0 / 156 小鼠肺炎病毒 12 周 2025/01/08 0 / 6 BD IFA 0 / 36 呼肠孤病毒 3 型 (Reo 3) 每年 2024/04/29 0 / 6 BD IFA 0 / 6 仙台病毒 12 周 08/01/2025 0 / 6 BD IFA 0 / 36 类泰勒病毒 ('大鼠泰勒病毒') 6 周 27/01/2025 0 / 6 BD IFA 0 / 156
美联储发酵
在生物技术中，批处理培养物涉及在开始时将所有培养基组件放在反应堆中，除了大气气体和其他控制剂。这会随着时间的推移而创建一个不稳定的系统，而营养浓度不断变化。饲料批量文化通过无菌添加营养来修改这种修改，从而创建一个半开放的系统，其中液体培养体积随系统添加而增加。这种方法提高了生产率，产生更好的结果并允许更高的细胞密度。连续培养是一个连续的过程，在该过程中，添加营养并同时去除培养汤，由于平衡的进料和进料速率而保持恒定体积。比较这些方法揭示了关键差异：批处理文化使用封闭的系统，一开始就提供了所有营养，而Fed Batch则使用具有系统添加的半关闭系统。连续培养在开放系统中运行，并具有连续的营养添加和去除。过程的持续时间也有所不同，当产品形成时，批处理和批量停止，而连续文化通过不断删除产品来保持生产。微生物在每种方法中都经历不同的阶段：批处理和饲料批次经历滞后，原木，固定和死亡阶段，而连续培养物将微生物保持在滞后和对数阶段。这些方法之间的内部环境和养分量也有所不同，批处理具有不稳定的环境和恒定的营养量，饲料批量保持恒定的环境，养分量增加，并且连续培养保持环境和营养量稳定。4。•发酵过程在开始时将环境从外部转变为内部。•营养水平和条件会影响微生物的周转率，这在两者都保持良好时是最佳的。•控制微生物生长和所需产品在发酵过程中有所不同。•批处理培养物利用大型发酵罐，而饲料群则使用小型发酵罐，并且连续培养物使用小型发酵罐。•建立批处理文化很简单，而建立饲料批次或连续文化则需要更多的复杂性和精力。•产品的产量在发酵类型上有所不同，在某些过程中看到了高收率。•劳动需求根据发酵的类型而有所不同，其中一些人需要比其他人少的劳动力。•投资要求也有所不同，某些流程需要比其他流程更高的投资。•控制方法可以简单，快速或复杂，并且取决于所使用的发酵技术。•发酵主要用于生产二级产品，例如抗生素和重组蛋白。•最终产品是通过下游处理步骤获得的。综合生物技术（2017）Yang＆Sha，“生物处理模式的初学者指南，美联储批次和连续发酵” doi：10.1016/b978-08-08-0888504-9.00112-4。本文概述了Fed Batch反应堆培养物，这是一种生物技术过程，在培养过程中，将一种或多种营养素喂给生物反应器，从而可以控制底物浓度。这种现象称为分解代谢物抑制。在控制营养水平会影响产品产量或生产力的情况下，该技术很有用。饲喂群培养特别有效。这些酸的形成称为细菌crabtree效应。分解代谢物抑制在微生物中提供了易于代谢能源（如葡萄糖）时，ATP浓度的增加会导致抑制酶的生物合成，从而导致能源源代谢较慢。许多参与分解代谢途径的酶都受到这种调节的约束。一种克服分解代谢物抑制的方法是饲喂群培养物，在该培养物中，葡萄糖浓度保持较低并受到生长的限制，从而使酶生物合成消除。青霉子素的青霉素发酵就是一个例子。5。使用需要特定养分的可营养性突变体在微生物过程中的，多余的养分供应会促进细胞的生长，但由于反馈抑制和终产产物抑制而抑制了代谢物的积累。 所需养分的饥饿减缓了细胞的生长和产生。 通过在有限的养分量上种植突变体，可以最大化所需的代谢物积累。 该技术用于工业氨基酸的生产，例如赖氨酸生产羟基氨基或苏氨酸/蛋氨酸/蛋氨酸的谷胱甘肽谷氨酰胺突变体。 6。 指定的化合物在培养液体中的存在形成共抑制剂，当其浓度保持较低时，允许持续的基因表达。 7。，多余的养分供应会促进细胞的生长，但由于反馈抑制和终产产物抑制而抑制了代谢物的积累。所需养分的饥饿减缓了细胞的生长和产生。 通过在有限的养分量上种植突变体，可以最大化所需的代谢物积累。 该技术用于工业氨基酸的生产，例如赖氨酸生产羟基氨基或苏氨酸/蛋氨酸/蛋氨酸的谷胱甘肽谷氨酰胺突变体。 6。 指定的化合物在培养液体中的存在形成共抑制剂，当其浓度保持较低时，允许持续的基因表达。 7。所需养分的饥饿减缓了细胞的生长和产生。通过在有限的养分量上种植突变体，可以最大化所需的代谢物积累。该技术用于工业氨基酸的生产，例如赖氨酸生产羟基氨基或苏氨酸/蛋氨酸/蛋氨酸的谷胱甘肽谷氨酰胺突变体。6。指定的化合物在培养液体中的存在形成共抑制剂，当其浓度保持较低时，允许持续的基因表达。7。用抑制启动子对基因的表达控制抑制启动子的基因的转录被DNA上的全抑制剂和操作员区域的组合抑制。美联储文化允许这样做。示例包括TRP启动子和Phoa启动子。延长运营时间，补充水分流失和降低培养汤粘度粘度的饲料批次策略用于工业生物过程中，以达到高细胞密度。通常，饲料溶液高度浓缩以避免生物反应器稀释。蛋白质已广泛研究其生长模式和局限性。该方法涉及以精确的速度将营养直接添加到培养物中，这有助于防止形成不良的副产品和氧气稀缺。该技术对于维持微生物繁殖的稳定环境至关重要。一种类型的Fed批次培养物，称为不断喂养的批量培养（CFBC），涉及在整个过程中以恒定的速率喂养限制生长的底物。该方法在数学上和实验上都得到了良好的建立，并且可以适用于固定容量或可变体积系统。在理想的情况下，细胞成倍地生长，通过按照这种生长成比例调整进料速率，可以维持细胞的特定生长速度，同时保持底物浓度恒定。这种方法允许对反应速率进行更多控制，并防止技术局限性，例如反应堆或氧转移困难中的冷却问题。指数填充的批量培养（EFBC）是另一种变化，涉及随着时间的时间呈指数增长的饲料率，以匹配细胞的指数生长速率。此外，它提供了代谢控制，以防止渗透作用，分解代谢产物抑制和形成不良的副产品。可以采用不同的策略来控制喂养过程中的生长，包括控制参数，例如氧气水平，葡萄糖浓度，pH，氨水水平和温度。这些方法对于维持微生物产生所需蛋白质的最佳条件至关重要，同时最大程度地减少了不需要的副产品的产生。大肠杆菌高细胞密度的生物层化方法
微生物学中的属是什么
nlm提供了对科学文献的访问，而无需暗示与内容的认可或一致。分类法涉及根据特征对微生物进行分类，细菌通过革兰氏染色反应分为两个主要组，并表现出各种形状和大小。在临床实践中，细菌是通过形态学，氧的需求和生化测试对细菌进行分类的。基因探针和基于PCR的技术等诊断测试系统检测特定细菌。细菌物种通常根据基因重组频率表现出不同的种群结构。键入分离株对于流行病学研究和监视至关重要。微生物可以分为七个大型生物群：藻类，原生动物，粘液霉菌，真菌，细菌，古细菌和病毒。藻类，原生动物，粘液霉菌和真菌是真核微生物，具有类似于动植物的细胞结构。细菌，包括支原体，立克群和衣原体组，具有原核组织。古细菌是一群独特的原核生物，与其他生物没有密切的祖先关系。只有细菌和病毒在医学或兽医上被认为是重要的。病毒是具有简单结构和不同繁殖模式的最小传染剂。病毒，无蛋白质的RNA片段，引起植物的疾病，而prion是动物和人类致命神经退行性疾病的病因。传染性同工型中发生构成变化（第60章）。系统学也称为系统发育学。分类法包括三个组成部分：分类，命名和识别。分类以有序的方式群体群体，而命名法则涉及命名这些生物，要求国际协议以持续使用。命名法的更改可能会引起混乱，并受到国际商定的规则。在临床实践中，微生物学家主要专注于根据商定的分类系统识别分离株。这些组成部分以及分类法构成了与进化，遗传学和物种有关的系统学的总体学科。原生动物，真菌和蠕虫是根据卡尔·冯·林纳（Carl vonLinné）开创性工作后的标准规则分类和命名的。大类（阶级，秩序，家庭）进一步分为由拉丁二项式指定的单个物种。细菌表现出比所有其他细胞寿命的多样性更大，这使刚性分类具有挑战性。识别主要是通过基于密钥的系统来实现的，该系统基于生化性能测试系统的生长或活动来组织细菌性状。有些测试明确鉴定了属或物种，例如葡萄球菌属的过氧化氢酶产生。和细胞色素c由铜绿假单胞菌C。其他特征可能是单个物种独有的，将它们与具有相似生化谱的人区分开来。某些细菌在实验室中不生长（麻风细菌，treponemes），需要遗传学方法鉴定。如图它们可能构成一个属。随着遗传分析技术变得越来越容易获得，它们和其他快速分析方法正在取代传统的生化方法以识别。细菌分类中使用的分类等级包括王国（原核），分区（Gracilicutes），阶级（Betaproteobacteria），订单（Burkholderiales），家庭（Burkholderiaceae），属（Burkholderia）（Burkholderia）和物种（Burkholderia cepacacia）。通过DNA同源性分析将一些属（例如动杆菌）细分为基因组物种。细菌和病毒的分类构成了挑战，这是由于表型测试在区分某些基因组物种时的局限性。当前方法识别物种复合物，这些物种复合物使用多重分类学方法分为基因组群。例如，头囊菌络合物包括从植物病原体到人类病原体的各种生物。尽管没有普遍接受的分类系统，但Bergey的手册被广泛用作权威来源。国际系统细菌学委员会控制细菌命名法，并在《国际系统和进化微生物学杂志》中发布批准的细菌名称清单。病毒由国际病毒分类学委员会（ICTV）归类，并在病毒学档案中发表。在细菌分类中，主要组以基本特征（例如细胞形状，革兰氏染色反应和孢子形成）区分。属和物种通常通过发酵反应，营养需求和致病性等性质进行区分。不同字符的相对重要性通常是任意的，而Adansonian系统则使用考虑广泛字符的统计系数来确定菌株之间的关系程度。此方法可用于分类共享主要字符的较大分组中的菌株。通过评分多个表型特征，可以估计相似性或匹配系数，这些系数可以在计算机上计算以确定生物体之间相似性的程度。3.1，可以使用相似性矩阵或树状图来构建层次分类树。这种方法允许根据相似性水平（用虚线x和y表示）将生物体分离为属和物种。DNA中鸟嘌呤 - 胞嘧啶（G-C）碱基对之间的氢键强度大于腺嘌呤 - 胸腺胺（A-T）碱基对之间的强度，从而影响DNA熔化的温度。DNA序列以确定G+C含量，该含量在细菌属之间差异很大，但在物种中仍然相对一致。另一种分类方法涉及基于其DNA碱基序列的同源性进行分组。此方法利用了在受控冷却过程中的重新形态，并在互补区域之间产生混合配对。可以通过信使RNA（mRNA）结合研究获得有关相关性的遗传证据。尽管具有不同G+C比的生物不太可能显示出明显的DNA同源性，但具有相似或相同的G+C比的生物可能不一定具有同源性。系统发育相关性。已经开发了一种实时PCR方法来估计G+C含量。核糖体RNA（rRNA）的结构似乎在进化过程中是保守的，反映了系统发育关系。核苷酸测序相对简单，并导致了许多在线医学上重要的细菌物种的DNA序列的可用性。注意：我应用了“添加拼写错误（SE）”方法，其中有10％的概率引入错误。如果您要我以不同的方式重塑它，请让我知道！在此处给定文章的分枝杆菌物种鉴定对于理解其系统发育关系至关重要。尽管rDNA序列中的高相似性（> 97％），但可以使用Microseq（Applied Biosystems）等商业系统来区分不同的物种。但是，核糖体基因可能无法提供足够的变化来区分紧密相关的物种。替代候选基因（例如RECA）已被探索，并且似乎有望用于系统发育分析。在系统发育研究中也使用了其他家政基因，包括RPOB，GROEL和GYRB。这些基因定义了与RRNA基因观察到的基因一致的进化树。分类法的主要目标是促进在临床和公共卫生环境中的个人和团体的有效管理。然而，由于基因组序列数据揭示了微生物之间的相互关系，因此对与基本理解保持一致性是必要的。表3.1根据共享特征概述了简化的分类方案。门A（属）是正确的。这些群体已与最近确定的系统发育命名法对服。可以通过补充测试，有时在物种水平上进一步识别生物。形态标准足以鉴定原生动物，蠕虫和真菌。The classification of cellular micro-organisms is as follows: Eukaryotes: Protozoa - Sporozoa Plasmodium, Isospora, Toxoplasma, Cryptosporidium Flagellates Giardia, Trichomonas, Trypanosoma, Leishmania Amoebae Entamoeba, Naegleria, Acanthamoeba Other: Babesia, Balantidium Fungi: Mould-like Epidermophyton, Trichophyton, Microsporum, Aspergillus Yeast-like Candida Dimorphic Histoplasma, Blastomyces, Coccidioides True yeast: Cryptococcus Prokaryotes: Bacteria: Actinobacteria (High G+C Gram positives) - Actinomyces, Streptomyces, Corynebacterium, Nocardia,分枝杆菌，微球菌（低g-c gram阳性） - 李斯特菌，芽孢杆菌，梭状芽孢杆菌*，乳酸杆菌*，Eubacterium*革兰氏阳性杆菌，杆菌，芽孢杆菌，芽孢杆菌* Enterococcus Gram-negative cocci: Veillonella*, Mycoplasma Proteobacteria (a very large group with 5 sub-divisions) - Neisseria, Moraxella Gram-negative bacilli: Enterobacteria – Escherichia, Klebsiella, Proteus, Salmonella, Shigella, Yersinia Pseudomonads – Pseudomonas, Burkholderia, Stenotrophomonas Haemophilus, Bordetella, Brucella, Pasteurella Rickettsia, Coxiella Gram-negative curved and spiral bacilli: Vibrio, Spirillum, Campylobacter, Helicobacter Bacteroidetes - Bacteroides*, Prevotella* Borrelia, Treponema, Brachyspira, Leptospira衣原体衣原体这些单细胞生物是非斑型生物的，具有独特的核和细胞质。它们的大小从直径2-100 µm变化，其表面膜的复杂性和刚度有所不同。有些物种在内部捕获食物颗粒，而另一些物种则以细菌为食。原生动物被认为是最低的动物生命形式，它通过二元裂变或多重裂变无性繁殖。某些鞭毛原生动物与光合藻类密切相关。最重要的医学原生动物组包括Sporozoa，Amoebae和鞭毛。这些生物具有相对刚性的细胞壁，可能是腐生的或寄生的。霉菌随着分支丝的生长而生长，称为菌丝，形成了称为菌丝体的网状作品。通过形成从营养或空中菌丝体发展的性和无性孢子来繁殖。酵母是卵形细胞，通过萌芽并形成性孢子无性繁殖。二态真菌在人造培养中产生营养菌丝体，但在感染病变中类似酵母。主要的细菌组通过微观观察到其形态和染色反应来区分。革兰氏阴性程序将细菌分为两个伟大的分区：革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌。然而，较旧的分类系统与较新的基于DNA序列的系统发育分类之间的关系是复杂的且仍在发展的。随着细菌组之间的系统发育关系开始解体，出现异常。文本描述了根据其形态学特征和染色反应对细菌和病毒进行分类的各种组。尽管如此，在临床实验室中采用的实际鉴定方案很大程度上取决于细菌的形状革兰氏阳性还是阴性，杆菌或球菌的形状，以及它们在有氧或厌氧上生长的能力。医学上有意义的细菌的主要系统发育组包括静脉细菌，其革兰氏阳性具有较高的G+C含量，具有丝状生长和菌丝体的产生； Firmicutes，一组低的G+C革兰氏阳性细菌，其中包括细菌，球菌和孢子形成器；蛋白质细菌，一大群革兰氏阴性细菌；细菌植物，革兰氏阴性厌食症；螺旋体，其特征是带有内部鞭毛的螺旋形细胞；衣原体，严格的细胞内寄生虫产生抗生素并具有非常重要的病原体。其他值得注意的组包括放线菌，链霉菌，分枝杆菌，诺卡氏菌，corynebacterium，链球菌，葡萄球菌，分枝杆菌，尿不质质，叶绿体，veillonella，veillonella，veillonella，gram阳性孢子形成的孢子形成杆菌和近亲，可能会变成gram- cortridium-new cortridiul cortridur cortriver cortridge cortridge cortridg corlam-infram-negam-inform-Gram-ne Gram-ne Gramne。例如，梭状芽胞杆菌的末端孢子具有独特的球形形状。革兰氏阳性的非孢子芽孢杆菌，包括甲ip骨和乳杆菌，倾向于在链或细丝中生长。相反，一些细菌具有使运动能力的鞭毛，例如李斯特菌。细菌可以根据其细胞壁组成，包括α-肾上腺细菌（包括人力赛组和布鲁氏菌），以及贝贝氏菌，包括静脉和伯克霍尔德里亚。尽管具有优势，但核酸测定并非没有局限性。此外，gamaproteobacteria包括大肠杆菌等肠杆菌，以及假单胞菌和军团菌。一些细菌的独特特性（例如弯曲的颤音，包括弧形霍乱）是值得注意的。divaproteobacteria群体在医学上并不显着，而Epsilonproteobacteria包括螺旋杆菌和弯曲杆菌，它们表现出螺旋形状。革兰氏阴性的非腐蚀性厌氧菌（如杆菌和prevotella）以其细长的柔性螺旋而区别。病毒，重点是它们对宿主细胞复制的依赖。某些病毒可能会包裹在脂蛋白中，而另一些病毒缺乏该外层。提出了一个分类系统，根据其遗传物质和衣壳结构对病毒进行分组。引起人类疾病的主要病毒类型包括RNA病毒，例如流感，paramyxoviruse和Flaviviviruses，以及picornaviruses和paciviruses。许多类型的病毒，包括艾滋病毒，HTLV和疱疹病毒会导致人类疾病。DNA病毒，例如痘病毒，轮状病毒和腺病毒，也感染了人。微生物学家在识别细菌时由于精确识别所需的耗时过程而面临挑战。通常，它们依赖于显微镜和培养物等简单方法，可以通过其他测试进行推定识别来支持。但是，这些方法通常至少需要24小时，因此在开始识别之前必须获得单个分离株的纯培养。与文化方法不同，非文化检测技术（例如抗原或基于核酸的检测）没有需要纯培养的缺点，但可能具有特异性的局限性。形态和染色反应可以作为将未知物种置于其适当的生物群中的初步标准。诸如革兰氏阴性，深色地面照明和阴性染色之类的技术可用于观察细菌形态，运动性和胶囊形成。在某些情况下，病理标本中某些生物体的微观特征可能足以进行假定的鉴定，例如痰液中的结节芽孢杆菌或渗出液中的T. pallidum T. pallidum。但是，许多细菌具有相似的形态特征，需要进一步测试以区分它们。固体培养基上殖民增长的出现还可以提供特征信息，包括菌落大小，形状，高程和透明度。微生物生长和特征的变化，包括透明度，不透明和颜色，可能会显着影响结果。生长所需的条件范围特定于某些生物，有些需要氧气，其他厌氧环境，而另一些则对二氧化碳水平或pH值敏感。为了区分相似的物种，可以采用评估代谢差异的测试，例如产生特定碳水化合物的酸性和气态终产物的能力。但是，现在许多实验室都使用了结合简单性和准确性的市售微磨合。此过程导致可见细菌生长的抑制作用。Some common tests used in identification include: - Production of indole or hydrogen sulphide - Presence of oxidase, catalase, urease, gelatinase, or lecithinase enzyme activities - Utilization of various carbon sources Traditionally, these tests have been performed individually according to standard guidelines.套件也可用于特定的生物组，例如肠杆菌和厌氧菌。在某些情况下，可以使用更先进的程序来分析代谢产物或全细胞脂肪酸。A fully automated system using high-resolution gas chromatography and pattern recognition software is widely used, allowing for the rapid identification of various bacterial species.Mass spectrometry also holds promise for rapid identification through matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry.由于细菌的多样性和复杂性，对细菌的检测和鉴定可能具有挑战性。Many organisms may not grow in culture, or they may require specialized nutrients, making traditional methods time-consuming and labor-intensive.然而，核酸技术的进步彻底改变了该领域，提供了更灵敏和快速的检测方法。Commercially available systems, including PCR, transcription-mediated amplification, and hybridization with specific probes, can identify a wide range of bacterial species with high accuracy.These technologies enable the detection of multiple species simultaneously, making them ideal for epidemiological investigations and antimicrobial susceptibility testing.此方法允许进行定量和形态评估。污染，操作员技能，底漆设计以及标本中抑制性化合物的存在都会影响结果。对这些结果的解释需要仔细考虑生物体的自然栖息地和共生主义的潜力。The development of new technologies, such as peptide nucleic acid (PNA) assays, holds promise for even more rapid and sensitive detection methods.These techniques use PNA molecules with DNA binding capacity to detect and identify bacterial species on microscope slides, and can be amplified using PCR to accelerate testing times.也已经开发出高密度寡核苷酸阵列，从而可以同时分析数千种不同的探针。This enables researchers to quickly identify specific genetic markers associated with antimicrobial resistance, paving the way for more targeted treatment strategies.Recent advancements include DNA sequencing, strain genotyping, and identifying gene functions, as well as locating resistance genes and changes in mRNA expression.一种创新的方法涉及在Eppendorf管中开发的选定基因靶标的阵列。The chip embedded in the tube contains optimized sets of oligonucleotide probes specific to certain organisms or antimicrobial resistance genes.这允许自定义单个细菌或组的芯片。从样品制备到检测的测定过程在单个管中在6-8小时内完成。实时PCR已广泛开发，使用荧光在单个反应管中结合了扩增和检测。该系统比常规PCR具有显着优势，包括速度，简单性和减少手动程序。基于荧光的方法可以检测DNA产物或通过与荧光标记的探针杂交提高特异性。对靶DNA的定量也是可能的，可以估计样品中的病毒或细菌数。 此外，针对16S核糖体RNA的荧光原位杂交（FISH）已用于直接在临床标本中检测细菌，而无需培养。 可以通过血清学反应来鉴定微生物的种类和类型，这些反应依赖于特有的特定物种或类型的抗体或类型的抗体，这些抗体以特征性的方式与微生物反应。 抗体在检测细菌产生的毒素和抗原以及鉴定特定病毒方面起着至关重要的作用。 基于乳胶的试剂盒广泛用于血清学组和毒素检测。 在ELISA中，特异性抗体附着在塑料孔上，并添加了测试抗原。 通过添加更特异性的抗体检测到抗原的存在，并用启动颜色反应的酶标记。 ELISA方法可以反向使用以定量检测抗体。 在Mac-Elisa中，纯化的抗原被吸附到井中，并添加了测试血清。 任何IgM与捕获试剂结合，并添加纯化的抗原以用标记的抗体检测。 某些病毒，例如流感，在红细胞上充当桥梁的受体，形成可见的团块。 但是，这种方法缺乏可重复性。对靶DNA的定量也是可能的，可以估计样品中的病毒或细菌数。此外，针对16S核糖体RNA的荧光原位杂交（FISH）已用于直接在临床标本中检测细菌，而无需培养。可以通过血清学反应来鉴定微生物的种类和类型，这些反应依赖于特有的特定物种或类型的抗体或类型的抗体，这些抗体以特征性的方式与微生物反应。抗体在检测细菌产生的毒素和抗原以及鉴定特定病毒方面起着至关重要的作用。基于乳胶的试剂盒广泛用于血清学组和毒素检测。在ELISA中，特异性抗体附着在塑料孔上，并添加了测试抗原。通过添加更特异性的抗体检测到抗原的存在，并用启动颜色反应的酶标记。ELISA方法可以反向使用以定量检测抗体。在Mac-Elisa中，纯化的抗原被吸附到井中，并添加了测试血清。任何IgM与捕获试剂结合，并添加纯化的抗原以用标记的抗体检测。某些病毒，例如流感，在红细胞上充当桥梁的受体，形成可见的团块。但是，这种方法缺乏可重复性。Haemagglutinins can be detected in tissue culture, and red cells can be coated with specific antibodies to agglutinate in the presence of homologous virus particles.荧光染料可用于染色组织或生物体，从而在紫外线下可视化。Antibody molecules can be labeled with fluorochrome dyes, enabling direct immunofluorescence procedures for highly sensitive antigen identification.该技术将抗体技术与PCR方法相结合，以增强抗原检测能力。分子生物学中的一种新方法涉及将DNA分子与抗原抗体复合物联系起来，从而产生特定的结合物。此附件允许通过PCR扩增，验证抗原的存在。免疫-PCR的增强灵敏度超过ELISA的105倍，因此检测到只有580个抗原分子。细菌种群表现出不同的结构，从高度多样化到非常相似。Recombination frequency is the primary determinant of population structure, with some species experiencing high recombination rates and others exhibiting rare recombination events.Species such as Neisseria gonorrhoeae are naturally transformable, displaying high recombination frequencies, while Salmonella enterica populations exhibit low recombination rates.细菌克隆可能显示出瞬态或持久特征。Panmictic与克隆人群的概念突出了这两种类型之间的繁殖，重组，等位基因排列和选择性压力的差异。In each family lie many genera of each type.键入分离株可以与参考标记，识别细菌物种中的菌株和分离株进行比较。区分类似菌株的能力在追踪社区或医院环境中感染的来源或传播方面具有重要意义。已经开发了各种键入方法来帮助这一过程，这可能涉及从相同起源菌株之间识别较小的差异。尽管单个打字方法可以证明相同的响应，但这不是两种菌株相同的结论性证据。但是，使用多种打字方法大大提高了相似性的置信度。键入技术可以在不同的流行病学水平上应用，包括微流行病学，宏观流行病学和种群结构分析。从键入中得出的数据可以通过识别共同或点源，区分混合应变感染以及识别再感染与复发与复发来帮助控制感染。一些方法还有助于识别与疾病相关的特定类型，例如大肠杆菌O157和溶血性尿毒症综合征。为了使方法被认为是可靠的，必须在实验室环境和临床上可以重现。在流行病学研究的背景下，首选多种键入方法，因为它们可以针对不同的特征。这些包括生物化学测试，这些测试定义了物种内的生物型，抗性分型检测对化学物质敏感性的变化以及基于营养需求的生长需求的辅助分型。可以使用此方法分析质粒和染色体DNA。此外，许多细菌的表面结构都是抗原性的，可以使用针对它们提出的抗体将分离株分为定义的血清型。物种可以根据其独特特征分为几种抗原类型。对于某些物种，血清分型是一种识别和区分不同菌株的高效方法。在其他情况下，抗原表位的保存使血清型对流行病学目的的有用程度降低。例如，沙门氏菌的物种可以通过其体细胞和鞭毛血清型来定义。研究表明，囊抗原可能在某些生物的致病性中起作用，许多疫苗通过刺激对这些抗原的抗体来起作用。噬菌体键入是一种用于识别和区分细菌菌株的方法。这涉及使用特定噬菌体的凝集或降水反应，如果适当地适应，这可能具有很高的歧视性。但是，某些噬菌体集缺乏稳定性会导致广泛的噬菌体组，而不是定义的类型。此外，控制噬菌体分型结果解释的关键因素是歧视和可重复性。噬菌体与细菌之间的相互作用是一个复杂的过程，涉及吸附，DNA注射以及裂解或复制。裂解或有毒的噬菌体可以在复制循环结束时裂解宿主细胞，从而释放可能感染相邻细胞的新噬菌体颗粒。但是，其有效性取决于噬菌体的适应和系统的稳定性。噬菌体键入已用于包括微生物学和流行病学在内的各个领域，以识别和跟踪细菌菌株。尽管存在这些局限性，但噬菌体打字仍然是理解不同细菌菌株及其特性之间关系的重要工具。只有在两个强烈的裂解反应表现出两种不同的菌株时，才能识别出两种不同的菌株。细菌素是大多数细菌物种产生的自然存在的抗菌物质，主要靶向与生产菌株同一属内的菌株。通过分析产生的细菌素的光谱或对标准面板细菌素的敏感性，细菌素键入可以定义不同类型的细菌。蛋白质组学分析，涉及具有强洗涤剂的丙烯酰胺凝胶中的凝胶电泳，也可以通过可视化数千种蛋白质并比较分离物之间的带模式来鉴定细菌物种。另外，研究人员已使用凝胶电泳来分析代谢酶，可以使用特定底物检测到该酶，用于物种内的克隆分析。限制性核酸内切酶是在特定序列识别位点切下DNA的酶。这些切割的频率取决于寡核苷酸序列，限制位点的频率以及所检查的物种的G+C含量的百分比。频繁切割的核酸内切酶产生许多小片段，可以通过琼脂糖凝胶中的常规电泳解决，并通过用染料染色检测。通过引入脉冲或在电场方向上变化，可以分开碎片至10 MB。相比之下，不经常的切割酶产生的大型DNA片段需要脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分离。该技术涉及将细菌包裹在琼脂糖塞中，用蛋白酶K酶消化细胞，然后用酶消化DNA。CORTOUR夹具均匀的电场（Chef）设备通常用于PFGE，并具有在六角形阵列中排列的24个电极。运行时间通常在30到40小时范围内，尽管已经描述了较短的协议。几个因素影响了这些分析的结果，包括正在检查的DNA类型，酶和反应条件的选择以及所使用的设备质量。DNA样品的质量和浓度，琼脂糖凝胶电压和脉冲时间，缓冲液强度和温度会影响脉冲场凝胶电泳（PFGE）的结果。虽然解释PFGE曲线可能是由于不同物种之间的带状模式的变化而具有挑战性的，但已通过Tenover确定了特定的标准以确定差异的重要性。通常，与显示剖面无差异的单个事件中的分离物被认为是无法区分的。一到三个频段差异的人密切相关。四到六个乐队可能表明可能的关系；七个或更多的差异表明不同的菌株。但是，该规则应谨慎应用，因为即使在同一克隆的成员之间，某些物种也会表现出显着差异。Pearson系数是另一种常用的方法，具有不需要定义特定带位置的优势。可以使用计算机辅助分析软件包来计算菌株之间相似性的系数，例如jaccard和骰子系数，这些系数使用配置文件中的一致频段来确定百分比相似性。经常使用85％相似性的截止点，但应通过实验相关且无关的应变集设置。DNA探针可以根据克隆的特异性，随机序列或通用序列检测靶DNA中的限制位点异质性。rubotyping检测rDNA基因基因座的变化，并已普遍应用于各种物种。其他常用的探针是可能定义种群克隆结构的插入序列。PCR（聚合酶链反应）是一种允许在受控条件下放大特定DNA序列的技术。可以通过使用PCR的重复放大循环来制作由特定寡核苷酸引物定义的基因组区域的多个副本。该方法已广泛用于DNA指纹和键入，利用DNA分子中的可变区域，例如串联重复区域的可变数量或具有限制性核酸内切酶识别序列的区域。两种方法都有局限性，这是由于错误启动，不同的带强度以及电泳迁移差异引起的可重复性问题。基于重复序列的PCR（REP-PCR）索引在整个基因组中多个重复序列中的变化，而自动化的REP-PCR系统对应变键入显示了有望，并且可以提供与PFGE相似的歧视。狼在can属中，而狐狸则处于喧嚣中。放大的片段长度多态性结合了限制性核酸内切酶消化与PCR，以优化基因组之间单碱基对差异的可重复性和分辨率。该技术使用核苷酸测序来分析管家基因，该基因慢慢多样化，不受选择性的作用。多焦点序列分型（MLST）可以视为确定的基因分型。但是，MLST可能对诸如结核分枝杆菌等高度均匀的物种没有效。为了增加歧视，由于环境变化，毒力相关的基因提供了较高的序列变化，因此已经针对了毒力相关的基因。通过PCR扩增基因间区域，并测序了500 bp的内部片段以识别等位基因多态性。多焦点限制输入引入了放大管家基因的限制消化，从而消除了对测序的需求。可变数字串联重复序（VNTR）是拷贝数变化的短核苷酸序列，可用于快速且可再现的键入。识别其他遗传基因座可以提供进一步的见解，但随着时间的流逝，它们的稳定性仍然存在争议。DNA测序技术的最新进展使得分析整个基因组序列成为可能，从而可以更精确的比较和细菌的键入。这种方法涉及生成可以组装并与先前分离株进行比较的短核苷酸序列读取。与这些高级分析相关的成本与传统方法变得越来越具竞争力。这样的分析可以在同期和历史分离株之间建立进化关系，从而对细菌进化有更明确的理解。此外，这项技术通过提供明确的流行病学信息并确定有助于抗生素耐药性和抗原选择压力来转化医学细菌学的重要潜力。资料来源：Barrow Gi，Feltham RKA，编辑；加里斯总经理，编辑； Kaufmann我； Murray PR，Baron EJ，Jorgensen JH，编辑；欧文·RJ； Schleifer KH; Spratt BG，Feil EJ，Smith NH； Tenover FC，Arbeit Rd，Goering RV； Van Regenmortel MHV，Fauquet CM，Bishop DHL，编辑； Woese Cr。分类类别是称为分类单元的层次组，其中包含一小部分物种，该物种来自一个相对较新的共同祖先。可以在下面可视化整体层次结构以供参考：尽管研究不同生物体的科学家在分类方案中有所不同，但属背后的一般概念是它代表物种祖先相关的物种，并且与其他属不同，不包括不必要的物种。确定这在于每个研究者，但是这些一般指南在属属方面保持分类相当狭窄。属属的分类单元通常包括群体之间可识别的身体形式。例如，Felidae和Canidae分别代表类似猫的生物和类似狗的生物。最后一步，物种定义了在连续单位中共同繁殖的人群和群体。在一起，这些名字告诉您有关生物体的很多信息。在大多数情况下，由于遗传，行为或形态学差异，不同的属将不会繁殖。Carl Linnaeus通过他的生物生物命名计划（二项式命名法）普及了“属”一词，尽管他对属的定义与我们的现代观点有所不同，但在二项式命名法中使用通用epithets在二项式术语中的使用仍在继续。通用称呼是二项式命名法中描述有机体所属属的动物名称的两个单词。第二个单词或特定的称呼描述了有机体所属的生物或物种更紧密相关的群体。通过了解一个人也知道家庭，秩序和所有其他分类分类。由于分层群体是由生物之间的相似性安排的，所以这些关系告诉了我们很多有关单个动物的信息。知道该物种可以告知我们动物与该属中其他动物的独特性。例如，Honey Badger具有科学名称Mellivora Capensis。有时，属可能包含数百种物种，尤其是在鱼类和无脊椎动物中。这种品种具有误导性，因为它应该反映进化。进化多样性决定了属内生物的数量。如果许多物种随着属的传播而出现，将会有许多物种。相反，如果只有一个物种幸存，则只有一个物种。分类分类是一个持续的过程，每天都描述了新的属。一些新发现的生物从未被命名，而另一些有机体则根据DNA分析重新分类。通过分析DNA，比较性状并提出系统发育，科学家假设最可能的进化进展。这将为命名惯例提供信息，并确定哪些物种可以成为独特的属。物种代表属内生殖分离并与其他群体独特的群体。家庭是分层分类中属的分类单元。分类单元是指具有相似特征的群体。两条鱼一起游泳可能不会繁殖，而是具有类似的特征，与其他任何海洋鱼不同。如果它们可以杂交，则将被视为物种。北极熊和棕熊在同一属中是不同的物种，但仍可以成功繁殖。这是因为它们占据了独特的生态位，很少彼此遇到繁殖。生态障碍可以阻止它们自然繁殖，即使它们的后代是可行的。随着气候变化耗尽冰盖，可以将北极熊推向较低的纬度，并可能与棕熊杂交。科学家辩论是否应基于进化连接和物理特征将新物种添加到属中。如果两组共有共同的血统，则它们应属于同一属，即使它们在细胞外基质产生等特征上有所不同。在Fakus细菌的情况下是一种具有相似DNA但缺乏定义该属的独特基质的新物种，分类学家必须权衡多个领域的证据。通过分析解剖学，行为和遗传数据，科学家可以重建生物体之间的关系，并就分类做出明智的决定。
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