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纬度系统发育和多样性梯度由热带温度过渡区
整个空间的生态和进化力的分布带来了大约2个生物多样性的模式。在大型地理区域中，这会导致生物多样性的区域化3进入被称为生物区域的结构化单元。为了了解4种此类模式如何出现，需要清楚地描述生物区域。我们将树种用作5型模型分类单元，以分析生物多样性的全球分布，并了解如何形成6种生物多样性的纬度梯度，特别是纬度系统发育和发散7梯度。通过编译树种分布8及其系统发育关系的广泛数据集，我们使用数据驱动的方法来描述全局9个类似的进化历史的生物区域，称为Thyloregions。我们的分析揭示了热带区域和温带区域之间的10个区域，即“桥”对象 - 11 gion，具有独特的进化组成，并且与气候和环境参数的尤为较弱的缔合12。通过模拟，我们表明，纬度系统发育和多样性梯度的13个率在14中更有可能出现在热带和温带区域之间的独立生态区域，15表明，其作为阶梯式岩石在阶梯式结构中的作用，在独特的16个气候动物之间的物种中的阶梯式结构中，可以塑造latientapitalinalinalinalital梯度。这项研究强调，生物多样性的进化结构的准确局限性可以揭示先前神秘的区域18在生物驱动模式的形成中具有基本进化作用。19
综合分类学和系统发育学
生物多样性在维持生态平衡、提供食物和支持全球生计方面发挥着至关重要的作用。印度是生物多样性极其丰富的国家之一，拥有大量特有物种。水生生物多样性，尤其是渔业资源，至关重要，因为它提供富含蛋白质的食物、维持生计并产生外汇。然而，由于人为因素导致的生物多样性下降令人担忧。综合分类学结合了传统方法和分子方法，彻底改变了分类学领域。基于形态特征的传统分类学历来支撑着我们对物种多样性的理解。然而，它有时会遇到表型可塑性等问题，即生物体的外观在不同环境条件下差异很大。过去三十年发展起来的 DNA 条形码等分子技术弥补了传统方法的不足，解决了分类模糊性问题，揭示了隐秘物种，揭示了形态学方法可能遗漏的进化关系。尽管印度拥有多样化的农业气候区，并且是一个生物多样性大国，但其生物多样性中只有不到一半得到了分子水平的表征。新一代测序等先进方法现在可以直接从环境样本中识别物种，增强了我们全面监测生物多样性的能力。培训计划“综合分类学和系统发育学”专门为让研究人员了解传统和基于 DNA 序列的物种划界技术的强大组合而设计。这种综合方法对于准确编目印度丰富的生物多样性和实施有效的保护战略至关重要。
环境DNA（EDNA）检测地下和水生侵入性物种的应用：对Edna metabarcoding
世界正在努力解决毁灭性的生物多样性丧失，这不仅影响着珍贵的物种的灭绝和不可替代的遗传变异，而且危害了人们的粮食生产，健康和安全。所有旨在保护生物多样性的举措在很大程度上依赖于对物种和人群的监测，以获得准确的空间模式和整体人口评估。传统的监测技术，例如视觉调查和计数个体，由于识别隐性物种或不成熟的生命阶段的挑战，这是有问题的。环境DNA（EDNA）是一项相对较新的技术，具有更快，无创和具有成本效益的工具，以监视生物多样性，保护和管理实践。edna是从古老和现在的材料中提取的，其应用范围从单个物种到整个生态系统的研究。在过去的几年中，Edna在与生态保护和保护有关的研究中的使用情况大大增加。但是，仍然需要解决一些技术问题。为了减少当前Edna技术产生的假阳性和/或假阴性的数量，有必要在过程的每个阶段改进和优化校准和验证。非常需要更多关于EDNA使用的物理和生态限制及其合成，当前状态，预期寿命和潜在运动模式的信息。由于EDNA研究的广泛使用，评估这些研究的程度和广度也至关重要。在本文中，我们严格审查了埃德娜在地下和水生入侵物种中的主要应用。通过此评论，读者可以更好地了解Edna Metabarcoding的挑战和局限性。
综合分类学和系统发育学...
生物多样性在维持生态平衡、提供食物和支持全球生计方面发挥着至关重要的作用。印度是生物多样性极其丰富的国家之一，拥有大量特有物种。水生生物多样性，尤其是渔业资源，至关重要，因为它提供富含蛋白质的食物、维持生计并产生外汇。然而，由于人为因素导致的生物多样性下降令人担忧。综合分类学结合了传统方法和分子方法，彻底改变了分类学领域。基于形态特征的传统分类学历来支撑着我们对物种多样性的理解。然而，它有时会遇到表型可塑性等问题，即生物体的外观在不同环境条件下差异很大。过去三十年发展起来的 DNA 条形码等分子技术弥补了传统方法的不足，解决了分类模糊性问题，揭示了隐秘物种，揭示了形态学方法可能遗漏的进化关系。尽管印度拥有多样化的农业气候区，并且是一个生物多样性大国，但其生物多样性中只有不到一半得到了分子水平的表征。新一代测序等先进方法现在可以直接从环境样本中识别物种，增强了我们全面监测生物多样性的能力。培训计划“综合分类学和系统发育学”专门为让研究人员了解传统和基于 DNA 序列的物种划界技术的强大组合而设计。这种综合方法对于准确编目印度丰富的生物多样性和实施有效的保护战略至关重要。
解密遗传密码：探索 DNA 条形码在生物多样性评估中的潜力
摘要：在全球生物多样性面临的威胁不断升级的情况下，DNA 条形码是评估和监测物种多样性的重要方法。我探索了 DNA 条形码作为一种强大而可靠的生物多样性评估工具的潜力。首先全面回顾现有文献，深入研究 DNA 条形码的理论基础、方法和应用。广泛研究了各种 DNA 区域（如 COI 基因）作为通用条形码的适用性。此外，在 DNA 条形码的背景下评估了不同 DNA 测序技术和生物信息学工具的优势和局限性。为了评估 DNA 条形码的有效性，对包括陆地、淡水和海洋栖息地在内的各种生态系统进行了采样。从收集的样本中提取的 DNA 经过目标条形码区域的扩增和测序。将获得的 DNA 序列与参考数据库进行比较，可以对采样的生物进行识别和分类。研究结果表明，即使在形态鉴定具有挑战性的情况下，DNA 条形码也能准确识别物种。此外，它还揭示了隐蔽和濒危物种，有助于保护工作。我还通过分析遗传数据来研究遗传多样性模式和不同分类群之间的进化关系。这项研究有助于加深对 DNA 条形码及其在生物多样性评估中的适用性的了解。这种方法的优势（例如速度、准确性和成本效益）以及有待改进的领域被强调。通过解开遗传密码，DNA 条形码增强了我们对生物多样性的了解，支持保护计划并为生态系统的可持续管理提供基于证据的决策。
删除吗啉结合位点 (DeMOBS) 来评估变体表型的特异性
两种互补方法被广泛用于研究斑马鱼的基因功能：诱导基因突变（通常使用靶向核酸酶，例如 CRISPR/Cas9）和抑制基因表达（通常使用吗啉寡聚体）。这两种方法都不完美。吗啉 (MO) 有时会产生脱靶或毒性相关效应，这些效应可能会被误认为是真正的表型。相反，基因突变体可能会受到补偿，或者由于泄漏（例如使用隐蔽剪接位点或下游 AUG）而无法产生无效表型。当观察到突变体和吗啉诱导的（变形）表型之间的差异时，对此类表型的实验验证将变得非常耗费人力。我们已经开发出一种简单的遗传方法来区分真正的变形表型和由于脱靶效应而产生的表型。我们推测 5′ 非翻译区内的插入/缺失不太可能对基因表达产生显着的负面影响。在 MO 靶位点内诱发的突变将产生吗啉代折射等位基因，从而抑制真正的 MO 表型，同时保留非特异性表型。我们在具有独有合子功能的基因 tbx5a 和具有强烈母体效应的基因 ctnnb2 上测试了这一假设。我们发现吗啉代结合位点内的插入/缺失确实能够抑制合子和母体形态表型。我们还观察到，此类插入/缺失抑制吗啉代表型的能力确实取决于缺失的大小和位置。尽管如此，使母体和合子基因中的吗啉代结合位点发生突变可以确定形态表型的特异性。
metschnikowia host-parasite syst
编辑：Daniel Wunderlin农药是对淡水生态系统生物多样性的主要人为威胁，有可能影响非目标水生生物并破坏其干预过程。重要的知识差距已被认识到合成杀真菌剂对非目标共生水生真菌的生态影响以及它们干预的生态过程。这项工作的目的是评估三种常用的fum-葡萄霉（myclobutanil，Metalaxyl和cymoxanil）的影响，它们的作用方式不同，它们对宿主（甲壳类动物Magna）×寄生虫（Yeast Metschnikowia bicususpidata）的影响。使用一组生命史实验，我们评估了每种杀菌剂对这种关系结果（疾病）以及宿主和寄生虫的效果的影响。对比的结果：（i）cymoxanil和金属烷基在测试浓度下总体上无害宿主和寄生虫，尽管宿主的繁殖偶尔在同时存在寄生虫和杀菌剂的同时降低； （ii）相反，myclobutanil表现出明显的抗真菌作用，降低寄生虫患病率并减轻宿主中的感染迹象。通过操纵杀菌剂的应用时间的后续实验进一步研究了这种反寄生的作用，以了解寄生虫发育的哪个阶段最容易受到影响：虽然myclobutanil并未在感染的早期阶段干扰这种抗真菌活动的早期，但它的抗真菌活性显然是在这种阶段的阶段（通过这种疾病的阶段）（否则）的疾病（pars）的疾病（均未出现）的疾病（pars）的生产（不存在）。需要进行更多的研究来了解这种寄生虫清除效应的更广泛的后果，尤其是面对越来越多的证据表明寄生虫在生态学上比其神秘性更重要。
开发新泽西州cnidarian社区环境DNA检测的管道
cnidarians是新泽西州沿海生态系统的关键部分，是海洋食品网络中的关键捕食者和猎物（例如，Carman等人2017，Zarnoch等。 2020）。 几个分类单元，例如水母，因为它们对富营营养的疾病的耐受性，它们的数量正在增加，对与气候变化相关的水温升高，利用人为栖息地结构的水温有利，并且很容易被转移到新颖的生态系统中，作为侵入性物种（Gaynor等人。 2016，Richardson等。 2009）。 根据他们支持的cnidarians以及物种组成与人为结构和压力之间的关系越来越需要表征沿海栖息地（例如，docks bulkheads的存在；水温和营养含量； Dibattista等人 2020）。 还需要评估管理抑制数量侵入性和过多的cnidarians的功效，以及本地物种对这些恢复作用的反应（Liu等人。 2020，Duarte等。 2021）。 在新泽西州沿海水域中存在的 cnidarians通常具有双重的生命周期，包括底栖和浮游阶段，使分类学对物种的分类识别变得困难（Duarte等人。 2021）。 此外，鉴于存在的物种及其多样化的栖息地协会，常规调查相对耗时，越来越昂贵（Darling 2015，Lopez-Escardo等人。 2018）。 2020a）。2017，Zarnoch等。2020）。几个分类单元，例如水母，因为它们对富营营养的疾病的耐受性，它们的数量正在增加，对与气候变化相关的水温升高，利用人为栖息地结构的水温有利，并且很容易被转移到新颖的生态系统中，作为侵入性物种（Gaynor等人。2016，Richardson等。 2009）。 根据他们支持的cnidarians以及物种组成与人为结构和压力之间的关系越来越需要表征沿海栖息地（例如，docks bulkheads的存在；水温和营养含量； Dibattista等人 2020）。 还需要评估管理抑制数量侵入性和过多的cnidarians的功效，以及本地物种对这些恢复作用的反应（Liu等人。 2020，Duarte等。 2021）。 在新泽西州沿海水域中存在的 cnidarians通常具有双重的生命周期，包括底栖和浮游阶段，使分类学对物种的分类识别变得困难（Duarte等人。 2021）。 此外，鉴于存在的物种及其多样化的栖息地协会，常规调查相对耗时，越来越昂贵（Darling 2015，Lopez-Escardo等人。 2018）。 2020a）。2016，Richardson等。2009）。 根据他们支持的cnidarians以及物种组成与人为结构和压力之间的关系越来越需要表征沿海栖息地（例如，docks bulkheads的存在；水温和营养含量； Dibattista等人2009）。根据他们支持的cnidarians以及物种组成与人为结构和压力之间的关系越来越需要表征沿海栖息地（例如，docks bulkheads的存在；水温和营养含量； Dibattista等人2020）。还需要评估管理抑制数量侵入性和过多的cnidarians的功效，以及本地物种对这些恢复作用的反应（Liu等人。2020，Duarte等。 2021）。 在新泽西州沿海水域中存在的 cnidarians通常具有双重的生命周期，包括底栖和浮游阶段，使分类学对物种的分类识别变得困难（Duarte等人。 2021）。 此外，鉴于存在的物种及其多样化的栖息地协会，常规调查相对耗时，越来越昂贵（Darling 2015，Lopez-Escardo等人。 2018）。 2020a）。2020，Duarte等。2021）。cnidarians通常具有双重的生命周期，包括底栖和浮游阶段，使分类学对物种的分类识别变得困难（Duarte等人。2021）。此外，鉴于存在的物种及其多样化的栖息地协会，常规调查相对耗时，越来越昂贵（Darling 2015，Lopez-Escardo等人。2018）。2020a）。这些问题对在大型空间尺度上且经常随着时间的流逝进行采样的能力构成了真正的限制，尤其是在渴望捕获占据任何特定地点的非常神秘和稀有物种的愿望时（Darling等人
鉴定针对 GTPase 的潜在抑制剂——...
背景：K-Ras 基因突变是各种癌症中最常见的基因变异之一，抑制 RAS 信号传导在治疗实体瘤方面显示出良好的效果。然而，寻找能与 RAS 蛋白结合的有效药物仍然具有挑战性。这促使我们探索可以抑制肿瘤生长的新化合物，特别是对于携带 K-Ras 突变的癌症。方法：我们的研究使用生物信息学技术，如 E-药效团虚拟筛选、分子模拟、主成分分析 (PCA)、超精度 (XP) 对接和 ADMET 分析，以确定 K-Ras 突变体 G12C 和 G12D 的潜在抑制剂。结果：在我们的研究中，我们发现阿法替尼、奥希替尼和羟氯喹等抑制剂对 G12C 突变体有强烈的抑制作用。同样，羟嗪、珠氯噻嗪、氟奋乃静和多沙普仑是 G12D 突变体的有效抑制剂。值得注意的是，这六种分子都对突变结构中存在的 H95 隐蔽沟表现出高结合亲和力。这些分子在分子水平上表现出独特的亲和机制，疏水相互作用进一步增强了这种亲和机制。分子模拟和 PCA 揭示了在开关区域 I 和 II 内形成了稳定的复合物。这在三种复合物中尤为明显：G12C-奥希替尼、G12D-氟奋乃静和 G12D-珠氯哌噻吨。尽管 K-Ras 中的开关 I 和 II 具有动态特性，但抑制剂的相互作用保持稳定。根据 QikProp 结果，与 sotorasib 相比，所选分子的性质和描述符在可接受范围内。结论：我们成功地鉴定了 K-Ras 蛋白的潜在抑制剂，为开发针对 K-Ras 突变驱动的癌症的靶向疗法奠定了基础。
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