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从澳大利亚野生动植物的壁虱中揭开微生物的多样性
摘要：tick虫和tick虫病原体对人类和动物的健康和福利构成了显着威胁。我们对澳大利亚野生动植物壁虱携带的病原体的了解是有限的。这项研究旨在表征来自澳大利亚维多利亚州六个地点的各种野生动植物物种的壁虱和壁虱传播微生物。在形态和分子表征（靶向16S rRNA和细胞色素C氧化酶I）之后，对基于微流体的实时PCR筛选进行了tick DNA提取物（n = 140），以检测微生物和立克斯群 - 体现 - 体积实时QPCRS。鉴定了五种ixodid tick虫，包括aponomma auruginans，ixodes（i。）Antechini，I。Kohlsi，I。Tasmani和I. Trichosuri。塔斯马尼二的16S rRNA序列的系统发育分析揭示了两个子映射，表明潜在的隐性物种。微流体实时PCR检测到七种不同的微生物作为单个（13/45个壁虱）或多种感染（27/45）。检测到的最常见的微生物是Apicomplexa（84.4％，38/45），其次是立克sp。（55.6％，25/45），Theileria sp。（22.2％10/45），Bartonella sp。（17.8％，8/45），coxiella -like sp。（6.7％，3/45），hepatozoon sp。（2.2％，1/45）和Ehrlichia sp。（2.2％，1/45）。对四个立克基因座的系统发育分析表明，本文检测到的立克氏菌分离株可能属于一种新型的立克氏症。这项研究表明，澳大利亚野生动植物的壁虱具有多种微生物。鉴于直接和间接的人类 - 野生动物 - 生物互动，需要采用一种健康方法来连续监视与tick相关的病原体/微生物，以最大程度地减少对动物和人类健康的相关威胁。
粪便中的物种：DNA metabarcoding以检测潜力...
摘要：由于宿主之间观察到接触的困难，我们对野生动植物多层病原体传播系统的理解通常是不完整的。了解这些相互作用对于防止疾病引起的野生动植物的下降至关重要。高通量测序技术的扩散为更好地探索这些隐秘相互作用提供了新的机会。多层寄生虫Parelaphaphoptrongylus tenuis是一些驼鹿（Alces Alces）人口的主要死亡原因，受到中西部和加拿大东北部和东北地区局部灭绝的威胁。驼鹿合同P. tenuis通过食用受感染的腹足动物中间体宿主，但对哪种腹足动物的驼鹿消耗量知之甚少。为了获得更多的见解，我们在258种地理参与和时间分层的驼鹿粪便样本上使用了一种遗传元法编码方法，该方法是从美国中北部人口下降的2017年5月至2017年10月收集的。我们在五个阳性样品中检测到了三种腹足动物的驼鹿消耗。其中两个（点细分和螺旋瘤SP。）已对托管假单胞菌的能力进行了最小的研究，而一位（Zonitoides arboreus）是一位有记录良好的宿主。驼鹿消耗本文记录的腹足动物发生在6月和9月。我们的发现证明，驼鹿消耗了已知被P. tenuis感染的腹足动物物种，并证明粪便metabarcoding可以为多种病原体传播系统的宿主之间的相互作用提供新的见解。确定和提高了测试敏感性后，这些方法也可以扩展以记录其他多次疾病系统中的重要相互作用。关键词：脑虫，腹足动物，脑膜蠕虫，明尼苏达州，分子流行病学，驼鹿，溢出传播。
铁吸收系统在固有的 -
大肠疾病属由几种物种和神秘的进化枝组成，包括e。大肠杆菌，表现为脊椎动物的肠道共生，也是腹泻和肠外疾病的机会性病原体。为了表征该属内肠外毒力的遗传确定者，我们对代表Escherichia Genus Genus Genologenogencementic多样性的370个共生，致病性和环境菌株进行了一项无偏的基因组研究（GWAS）研究（GWAS）。albertii（n = 7），e。fergusonii（n = 5），大肠杆菌（n = 32）和e。大肠杆菌（n = 326），在败血症的小鼠模型中进行了测试。我们发现，编码Yersiniabactin siderophore的A高致病岛（HPI）的存在与小鼠的死亡高度相关，与其他相关遗传因素相关，也超过了与铁的摄取相关的其他相关遗传因素，例如Aerobactin和Sitabcd operons。我们通过删除e中HPI的关键基因来确认体内关联。大肠杆菌菌株在两个系统发育背景下。然后，我们在E的一部分中搜索了毒力，铁捕获系统和体外生长之间的相关性。大肠杆菌菌株（n = 186）先前在生长条件下表型，包括抗生素以及其他化学和物理胁迫。我们发现，在存在大量抗生素的情况下，毒力和铁捕获系统与生长呈正相关，这可能是由于毒力和耐药性的共选择。我们还发现在存在特定抗生素的情况下毒力，铁摄取系统与生长之间的负相关性（i。e。头孢霉素和毒素），这暗示了与内在毒力相关的潜在“侧支敏感性”。这项研究表明铁捕获系统在大肠疾病的肠外毒力中的主要作用。
基于机器学习的替代模型近似于最佳建筑改造解决方案
大肠疾病属由几种物种和神秘的进化枝组成，包括e。大肠杆菌，表现为脊椎动物的肠道共生，也是腹泻和肠外疾病的机会性病原体。为了表征该属内肠外毒力的遗传确定者，我们对代表Escherichia Genus Genus Genologenogencementic多样性的370个共生，致病性和环境菌株进行了一项无偏的基因组研究（GWAS）研究（GWAS）。albertii（n = 7），e。fergusonii（n = 5），大肠杆菌（n = 32）和e。大肠杆菌（n = 326），在败血症的小鼠模型中进行了测试。我们发现，编码Yersiniabactin siderophore的A高致病岛（HPI）的存在与小鼠的死亡高度相关，与其他相关遗传因素相关，也超过了与铁的摄取相关的其他相关遗传因素，例如Aerobactin和Sitabcd operons。我们通过删除e中HPI的关键基因来确认体内关联。大肠杆菌菌株在两个系统发育背景下。然后，我们在E的一部分中搜索了毒力，铁捕获系统和体外生长之间的相关性。大肠杆菌菌株（n = 186）先前在生长条件下表型，包括抗生素以及其他化学和物理胁迫。我们发现，在存在大量抗生素的情况下，毒力和铁捕获系统与生长呈正相关，这可能是由于毒力和耐药性的共选择。我们还发现在存在特定抗生素的情况下毒力，铁摄取系统与生长之间的负相关性（i。e。头孢霉素和毒素），这暗示了与内在毒力相关的潜在“侧支敏感性”。这项研究表明铁捕获系统在大肠疾病的肠外毒力中的主要作用。
sungeidines来自非规范的Enediyne Biosynthetic ...
摘要：我们报告了Sungeidines的基因组引导的发现，Sungeidines是一类具有独特结构特征的微生物二级代谢产物。尽管与天代型的进化关系，但士ggidines是由生物合成基因簇（BGC）产生的，这些基因簇（BGC）与已知的Enediyne BGC表现出明显的差异。我们的研究表明，从两个术链组装出的sungeidines是与分流型型式链型链条不同的。生物合成还会引入促进脱水反应的独特激活硫代转移酶。基因的丧失，包括推定的环氧酶基因，可能是降亚途径与其他规范的eNe-diyne途径的分歧的主要原因。这些发现揭示了Enediyne途径的令人惊讶的演变能力，并为在Sungeidine Biosynthe-sis中引人入胜的酶促步骤奠定了基础。天然存在的endiynes是一个微生物二级代谢产物家族，其中包含一个高度不同的1，5-diyne-3-ene核心，这些核心嵌入了十或九元的骨骨架中。1-6在过去的三十年中，Enediyne天然产品因其未经原理的分子体系结构和有效的DNA损害生物活性而受到了极大的关注。在存在化学触发的情况下，1，5-diyne-3-Ene核心通过Bergman或Myers-Saito环化机制重新排列为反应性的Diradical。7-9，活性的Diradical可以从DNA的Deox- yribose主链中抽象氢原子，从而导致铬som-somal DNA的裂解。10-13基因组开采显示了多种神秘的Enediyne BGC，14-16表明，Enediyne天然产物的结构性含量仍然是充分的。在这里，我们报告了Sungeidines的发现，Sungeidines是由生物合成途径进化产生的一系列代谢产物，与产生二代型的途径相关。大太蛋白的特征是融合到蒽醌moi-ety的十个元素核心。5,15,17-19 Sungeidines和Dynemicins之间的显着结构差异信号的分歧5,15,17-19 Sungeidines和Dynemicins之间的显着结构差异信号
控制高度保守的植物干细胞调节剂的顺式调控区域的极端重组
一个引人注目的悖论是，具有长期保守的蛋白质序列、功能和表达模式的基因通常表现出极为不同的顺式调控序列。目前仍不清楚如此剧烈的跨物种顺式调控进化如何使基因功能得以保存，以及这些差异在多大程度上影响物种内出现的顺式调控变异如何影响表型变化。在这里，我们使用一种在表达模式和功能上保守了约 1.25 亿年的植物干细胞调节剂来研究这些问题。通过在两个远亲模型拟南芥 (Arabidopsis thaliana) 和番茄 (Solanum lycopersicum) 中进行体内基因组编辑，我们在干细胞抑制基因 CLAVATA3 (CLV3) 的上游和下游区域生成了 70 多个缺失等位基因，并比较了它们对共同表型（即结出果实的心皮数量）的单独和综合影响。我们发现，与下游区域相比，番茄 CLV3 上游序列对哪怕是微小的扰动都高度敏感。相比之下，拟南芥 CLV3 功能对编码序列上游和下游的严重破坏具有耐受性。上游和下游缺失的组合也揭示了不同的调控结果。在番茄中，添加下游突变带来的表型增强主要是微弱的和附加的，而对拟南芥 CLV3 的两个区域进行突变则产生了显著的协同效应，显示出功能性顺式调控序列的不同分布和冗余。我们的研究结果证明了高度保守的植物干细胞调节器的顺式调控结构组织具有显著的可塑性，并表明顺式调控序列空间的重大重构是一种常见但又隐蔽的进化力量，它改变了保守基因调控变异的基因型与表型关系。最后，我们的研究结果强调了需要对顺式调控的空间结构进行谱系特异性解剖，以便有效地设计作物中保守的生产力基因的性状变异。
Quralis ADPD 2024 UNC13A海报发布批准022824
Preclinical data to be featured in a poster presentation at AD/PD™ 2024 CAMBRIDGE, Mass., March 4, 2024 – QurAlis Corporation , a clinical-stage biotechnology company driving scientific breakthroughs into powerful precision medicines that will alter the trajectory of amyotrophic lateral sclerosis (ALS), frontotemporal dementia (FTD), and other neurodegenerative疾病今天宣布了临床前数据，该数据显示了该公司的UNC13A剪接开关反义寡核苷酸（ASOS）调节UNC13A剪接并恢复ALS和FTD中的正常突触活动。Quralis的ASOS防止了在UNC13A转录本中包含的神秘外显子包含，UNC13A蛋白水平升高，并在突触中将UNC13A蛋白的定位归一化。肌萎缩性侧索硬化症是一种进行性神经退行性疾病，其特征是脊髓，脑干和大脑中神经元的丧失。散发性和家族疾病的定义特征是TAR DNA结合蛋白-43（TDP-43）的细胞质错误定位。TDP-43病理学与95％的ALS病例和50％的FTD病例有关。unc13a是突触中神经递质释放的必不可少的调节剂，并且是许多因疾病中核TDP-43损失而被删除的许多前MRNA之一。在UNC13A基因或显示TDP-43病理学中，多达63％的ALS患者和多达三分之一的FTD患者携带单个核苷酸多态性，这极大地加剧了UNC13A的误导性，导致UNC13A蛋白质功能丧失。“ Quralis已经确定了调节UNC13A剪接并恢复正常突触活动的ASO。“目前尚无ALS或FTD的治疗方法，对于迫切需要有效治疗的ALS和FTD患者，可以使用有限的治疗选择。” Quralis首席科学官Dan Elbaum博士说。我们认为，校正UNC13A剪接可以在相关患者人群中提供治疗益处。”这些数据将在AD/PD™2024国际阿尔茨海默氏症和帕金森氏症疾病和相关神经疾病的海报演示中进行介绍演示文稿的详细信息如下：标题：UNC13A靶向剪接切换ASOS的TDP-43依赖性误差的表型在FTD和ALS
对头足类动物的观点模仿和生物启发的技术，用于本体感受自主软机器人
科学界。[1-7]无论如何，每次活着都会揭示出新颖的适应性和动态反应性的模仿行为，它都会激发并促进未来派和不受欢迎的技术成果。[8-12]在生物学水平上，视觉crypsis是物种通过与栖息地的颜色和几何图案相匹配而与周围环境相似的能力。从这个意义上讲，生物可以通过色素沉着或散发性元素在介观尺度上的布置和优化结构进行光学控制（这可以在体内表现出身体上的皱纹和质地以逃避检测或观察）。[13–18]这两种机制的特征在于时间响应，范围从毫秒到数百秒。在自然界中，几个物种都利用了隐性能力，例如，在头足类动物中，[7] crustaceans，[19]爬行动物，[1,20,21]昆虫，[22,23]鸟类，[24,25]贝壳，[26,27]植物，[26,27]植物，[28,29]。生物色彩变化和身体模式与生殖，交流，防御和/或掠夺性策略有关。不幸的是，在动物和植物中引导这些行为的神经或中央控制链系统仍然以某种方式引起了科学家的雾。[7,30–32]关于其中央信息过程系统的完整知识，可以对许多科学分支的惊人开发，从神经生物学[33,34]到量子生物学。更重要的是，章鱼是一种杰出的智能物种，例如，可以按照部分的顺序打开罐子或避免掠食者。[35]毫无疑问，自然世界中最讨论的研究案例是头足类动物，不仅可以高度进化和专门从事快速自适应色彩更改的显示器，而且还可以在暴露于特定的机械，热，光学，光学或化学刺激的情况下会使他们的皮肤生成3D模式。软肌肉排列，[36–38]空间分布和可扩展的吸收成分（即染色体），[39,40]虹彩元素（即虹膜phores）[41,42]，[41,42]和亮白色散射剂（即亮白色散射器（即负责）[43] [43]是负责的。[44]因此，由于其身体的力学和形态之间的共生以及分离的感觉神经运动控制系统，头足类通常被视为体现智力的完美例子[45]。他们的“学习”，“机械”和“物质智力”将是我们的评论，从而使我们的lodestars成为
对四种glossina
微卫星基因座仍然代表着研究非模型或Ganism的人口生物学的宝贵资源。发现或适应感兴趣的物种中的新合适的微卫星标记仍然是一项有用的任务，尤其是对于非模型生物作为采集果蝇（Glossina属），这仍然是对撒哈拉以南非洲人类和动物健康的严重威胁。在本文中，我们介绍了四种Glossina种类的新微卫星基因座的开发：来自摩西丹组的两个，来自津巴布韦的G. Morsitans Morsitans（GMM），G。Pallidipes（Gpalli），来自坦桑尼亚；还有来自帕尔帕里斯集团的其他两个，来自乍得的G. fuscipes fuscipes（GFF），以及几内亚的G. palpalis gambiensis（gpg）。我们发现频繁的短等位基因优势和无效等位基因。也可以在可能的情况下找到并修改。神秘的物种似乎在所有分类单元中都发生了频率。这解释了为什么很难找到普遍的引物，因此需要根据每个分类学和地理环境进行适应。放大问题在已发表的旧标记中更常见，而GMM和GPG受到影响最大（杂合差较强）。三核苷酸标记在某些情况下显示选择签名（GMM）。最后，迄今为止研究的采集蝇的非Y DNA量和染色体结构来解释了X连锁标记的高比例（约30％）。将旧基因座组合起来，对于GMM，可以安全地使用八个基因座（对无效等位基因进行校正）；五个似乎特别有希望。对于GPALLI，只有五到三个基因座效果很好，具体取决于进化枝，这意味着使用其他物种的基因座（四个Morsitans loci似乎效果很好），或者需要使用其他新的引物；对于GFF来说，14个基因座表现良好，但是有无效的等位基因，其中7个效果很好。对于G. palpalis SL来说，只有四个基因座，需要无效的等位基因和口吃校正，似乎需要效果很好，因此需要其他文献中的其他基因座，包括X连锁标记，其中五个似乎效果很好（仅在女性中），但是新标记可能需要新的标记。
使用DNA条形码识别侵入性外星物种
针对政策关注的生物和组织（BOPCO）的条形码设施（BOPCO）提供了一个专业知识论坛，以促进比利时和欧洲识别政策关注的生物学样本。Bopco由比利时科学政策办公室（BELSPO）资助。被引入欧洲的非本地物种，无论是偶然的还是故意的，都可能引起政策关注，因为其中一些可以在新的领土上迅速繁殖和散布，建立可行的人群，甚至是胜过本地物种。由于它们的存在，自然和托管的生态系统可能会受到破坏，庄稼和牲畜影响，并且可能引入媒介传播的疾病或寄生虫，从而影响人类健康和社会经济活动。引起这种不良反应的非本地物种称为侵入性外星物种（IAS）。为了保护本地生物多样性和生态系统，并减轻对人类健康和社会经济活动的潜在影响，欧盟第1143/2014/2014号欧洲议会和理事会解决了IAS问题。IAS法规规定了在所有成员国中采取的一系列措施。定期更新工会关注的侵入性外星物种清单。但是，要实施拟议的动作，遇到可疑的生物材料时需要进行准确的物种识别方法。因为基于形态的物种鉴定并不总是可能的（例如结果将结果显示为使用公开可用的DNA序列数据和从各种来源汇总的信息编制的情况表（一个）。[1]。隐秘的物种，痕量物质，早期生命阶段），本工作的目的是调查和评估DNA序列数据的有用性，以识别欧盟调节中包含的每一个IAS。每个事实表都由两个主要部分组成：（i）对特定IAS的简短介绍，并提供有关其分类法和当前发生/分布在欧洲的信息，（ii）对公开可用的DNA序列的有用性进行调查，以确定该IAS的实用性，以确定DNA barcods在EUU列表中列出的分类级别。有关应用方法背后的推理以及有关材料和方法的详细信息的更多信息，请参见下文和Smitz等。有关Bopco的更多信息，请访问https://bopco.be或通过bopco@naturalsciences.be与我们联系。有关http://ec.europa.eu/environment/nature/invasivealien/index_en.htm的欧盟法规的更多信息。