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同时与DNA和回旋酶同时结合对膀胱菌的抗菌活性很重要？
本质上，芳香族寡酰胺的行为就像分子变色龙一样，它们可以符合蛋白质和DNA中存在的α-螺旋，并介入蛋白质蛋白质和蛋白质核酸复合物。自然也以膀胱二胺和阿昔霉素的形式出现在这种类型的特权结构[15]中，但也可以在此处列出Netropsin。cystobactamids首先由Müller和同事[16]描述，他们将它们与囊肿属的粘菌病分离出来。CBV34。后来，它们也被发现在囊肿，粘膜球菌和冠状球菌的菌株中。囊肿 - 二酰胺4 - 8 [17]可以分为两个子类，这些子类携带同甲氧蛋白酶或β-甲氧基 - 帕拉金部分连接到寡酰亚胺的子类（图3）。在已知的自然存在的膀胱胺中，861-2（8）是最活跃的成员，它抑制了几种临床相关的革兰氏阳性和革兰氏阴性菌株（baumannii：mic =0.5μg/ ml，cintrobacter freundii：mic = 0.06μg/ ml，mic =0.5μg/ ml WT-III marR Δ 74bp: MIC = 0.5 μ g/mL, carbapenem-resistant P. aeruginosa CRE: MIC = 1.0 μ g/mL, and Proteus vulgaris : MIC = 0.25 μ g/mL) [17] whereby the activity of bacterial type IIa topoisomerases is inhibited.已经报道了膀胱菌的几种总合成[17,18]以及衍生物的文库，作为药物化学计划的一部分。[19]
解释囊性肾脏疾病中的基因检测
常染色体显性多囊性肾脏疾病（ADPKD）是最常见的遗传性肾脏疾病，成像是诊断其最常见的方法。然而，由于ADPKD的遗传性异构性质高，遗传变异可能对疾病进展产生的影响，遗传检测越来越成为诊断并为怀疑患有ADPKD的患者提供适当护理的组成部分。尽管并非所有患者都需要基因检测，但如果没有PKD的家族史，是否存在非典型成像，或者疾病病程在世代之间有所不同，建议使用基因检测。
改变了蛋白质动力学和与神经变性相关的UCHL1突变体中的更具反应性催化性半胱氨酸
在早期发作神经退行性患者中检测到的泛素C末端水解酶L1（UCHL1）的突变体UCHL1 R178Q显示出比野生型UCHL1（UCHL1 WT）更高的催化活性。位于活动地点袋中，精氨酸是相互作用网络的一部分，该网络将催化组氨酸保持在不活动的排列中。然而，尚不清楚glutamine取代时酶促激活的结构基础和机制。我们将X射线晶体学，蛋白质核磁共振（NMR）分析，酶动力学，共价抑制分析和生物物理测量结果结合在一起，以描述突变体中的激活因子。虽然UCHL1 R178Q的晶体结构显示出催化残基和活性位点的相同排列，但该突变在化学环境中引起了广泛的变化和30多个残基的动态，有些是距突变部位的15 a远。在HSQC光谱中的主链酰胺谐振的显着拓宽表明，几种残基的主链动力学变化与溶液小角度X-射线散射（SAXS）分析一致，这表明蛋白质动力的总体增加。酶动力学表明，尽管底物的底物略有弱，但激活是由于k猫的效应所致。与此相一致，与野生型酶相比，突变体与底物衍生的不抑制剂UB-VME的反应中显示了更高的二阶速率常数（K INACT /K I），与野生型酶相比，这是一种观察到的，表明在突变剂中具有更复发性的催化性催化性。2024 Elsevier Ltd.保留所有权利。一起，观察结果强调了结构可塑性是促进酶动力学行为的因素，可以通过突变效应调节。
囊性纤维化信任年度报告2022-23
涉及CF社区在2016年塑造我们的研究，该信托基金是QuestionCF项目的合作伙伴，确定了CF及其家人，护理人员和CF团队的研究优先事项。该项目的其他合作伙伴包括CF社区和诺丁汉大学的研究人员。在国家卫生与护理研究所（NIHR）的詹姆斯·林德联盟（JLA）团队促进的优先级设定合作伙伴（PSP）中确定了优先级。研究优先事项于2017年1月发布。从那以后，这些优先事项帮助我们决定了我们资助的研究；这项研究的大部分都是正在进行的，您可以在2021年12月的评论文章中阅读一些令人兴奋的工作的例子。
机器学习模型用于研究针对半胱氨酸的蛋白质组共价配体能力
摘要：机器学习 (ML) 识别共价配位位点可能会加速靶向共价抑制剂的设计，并有助于扩大可用药的蛋白质组空间。本文我们报告了基于树的模型和卷积神经网络 (CNN) 的严格开发和验证，这些模型和神经网络是在新近整理的数据库 (LigCys3D) 上训练的，该数据库包含近 800 种蛋白质中的 1,000 多个配位半胱氨酸，由蛋白质数据库中的 10,000 多个三维结构代表。树模型和 CNN 的未见测试分别产生了 94% 和 93% 的 AUC（受试者工作特征曲线下面积）。基于 AlphaFold2 预测的结构，ML 模型以超过 90% 的召回率重现了 PDB 中新配位的半胱氨酸。为了协助共价药物发现社区，我们报告了 392 种人类激酶中预测的可配体半胱氨酸及其在序列比对激酶结构（包括 PH 和 SH2 结构域）中的位置。此外，我们还发布了可搜索的在线数据库 LigCys3D（https://ligcys.computchem.org/）和网络预测服务器 DeepCys（https://deepcys.computchem.org/），这两个数据库都将通过包含新发布的实验数据不断更新和改进。本研究代表了迈向由机器学习主导的大型基因组数据和结构模型集成的第一步，旨在为下一代共价药物发现注释人类蛋白质组空间。
基准对囊性纤维化变体的字母固定致病性预测
对囊性纤维化变体的字母敏感性致病性预测Eli Fritz McDonald 1,2，Kathryn E. Oliver 3,4，Jonathan P. Schlebach 5，Jens Meiler 1,2,6,7**生物学，范德比尔特大学，纳什维尔，田纳西州37240，美国3美国埃默里大学医学院儿科学系，亚特兰大，佐治亚州30322，美国4囊性纤维化和航空疾病中心，亚特兰大和埃默里大学的儿童医疗保健，亚特兰大大学，亚特兰大，亚特兰大，加利福尼亚州30322，美国5个部门。范德比尔特大学药理学，纳什维尔，田纳西州纳什维尔37240，美国7莱比锡大学药物发现研究所，莱比锡大学，莱比锡，萨克斯04103，德国8号，8 8日，纳什维尔大学生物科学系，纳什维尔，田纳西州37235，美国37235作者：JM（jens@meilerlab.org），lp（lars.plate@vanderbilt.edu）囊性纤维化跨膜电导调节剂基因（CFTR）中的摘要变体导致囊性纤维化 - 一种致死性自身骨膜衰减障碍。在CFTR蛋白中改变单个氨基酸的错义变体是最常见的囊性纤维化变体之一，但是迄今为止，用于准确预测错义变体的分子后果的工具已限制为迄今为止。字母启示（AM）是一项新技术，可预测基于双重学识料蛋白质结构和进化特征的错义变体的致病性。在这里，我们评估了AM预测CFTR错义变种的致病性的能力。AM预测总体CFTR残基的致病性很高，从而在CFTR2.org数据库的CF变体上产生了高的假阳性率和公平分类性能。AM致病性评分与CF患者的致病性指标适度相关，包括汗液氯化物水平，胰腺功能不全率和铜绿假单胞菌感染率。相关性也与CFTR运输和体外折叠能力相关。相比之下，AM分数与CFTR通道功能在体外良好相关 - 尽管在训练过程中缺乏此类数据，但表明双重结构和进化训练方法学习了重要的功能信息。跨指标表明AM的不同性能可能会确定CFTR中的多态性是否是隐性CF变体，但无法区分机理效应或病理生理学的性质。最后，AM预测提供了有限的实用性，以告知CF变体的药理响应，即Theratype。开发新方法以区分CFTR变体的生化和药理学特性，仍然需要完善新兴精度CF治疗剂的靶向。
囊性纤维化糖尿病
此factsheet由皇家布罗姆普顿医院的囊性纤维化专家营养师Sarah Collins博士撰写；克莱尔·罗登（Claire Roden），囊性纤维化糖尿病营养师，大学医院伯明翰NHS基金会信托基金； Harbinder Sunsoa，囊性纤维化糖尿病专家护士，大学医院伯明翰NHS基金会信托基金；凯蒂·迪克（Katie Dick），儿童囊性纤维化临床护士专家，皇家布罗姆普顿医院和伙计们和圣托马斯；基金会信托；克莱尔·贝里（Claire Berry），高级儿科CF营养师，Alder Hey儿童NHS基金会信托基金会；切尔西和威斯敏斯特医院的小儿内分泌学家顾问Nicola Bridges博士；利兹大学成人囊性纤维化中心呼吸医学教授丹尼尔·佩克汉姆（Daniel Peckham）教授。
建立长期人类 - 肉体关系囊性纤维化中体育活动识别的机器学习方法
摘要这项研究旨在开发和验证机器学习模型，以预测不同加速度计量的品牌和位置范围内囊性纤维化（CF）的儿童和青少年的强度。患有CF（11.6±2.8岁； 15个女孩）和28名健康青年（12.2±2.7岁； 16岁的女孩）的三十五名儿童和青少年进行了六项活动，而佩戴了基因作用（手腕）和Actigraphs GT9X（手腕和腰围）。使用三个监督的学习分类器（K-Nearest邻居，随机森林和极端梯度增强的决策树）来识别每种PA类型和强度的输入信号模式，并使用10倍的交叉验证来评估分类器的性能。Actigraph GT9X在主要手腕上，腰部和遗传性手腕上的遗传性无法预测剧烈的强度PA活性。所有其他用于活动类型和强度的模型都超过97％的精度，敏感性和特异性大于95％，而不论加速度计品牌，位置或健康状况如何。
吸入的mRNA疗法用于治疗囊性纤维化 beta的作用-IU Indianapolis Scholarworks 血液生物标志物的性别差异和常染色体显性阿尔茨海默氏病的个体的认知表现 阿尔茨海默氏病的基于血液的生物标志物 巧妙的试验：药物遗传学测试对务实临床试验中不良事件的影响 美国创伤中心急诊科的小儿准备就绪：与生存相关的组件的机器学习分析 等离子体标志物预测非痴呆受试者淀粉样蛋白，tau，萎缩和认知的变化
竞争利益声明作者已经完成了ICMJE披露利息表。MJ，JL，KDM和SZN没有报告任何竞争利益。JBZ，CB，JCC，DD，NL，SL，SMR，KAM，KSM和MSS报告了从Translate Beio到其机构进行这项研究的临床试验资金。 MSS，EBM，KAM和JCC报告支持Emily的随行人员当前手稿。 dd报告与Insmed，Inc。，Aridis Pharmaceuticals，Armata Pharmaceuticals和4D分子治疗剂的研究合同以及CFF的4D分子治疗剂以及他在数据安全监测委员会（DSMB）中的作用。 dd是宾夕法尼亚大学DSMB的成员。 KSM与4D分子疗法，Abbvie，Aridis Pharmaceuticals，Armata Pharmaceuticals，Booeringer-Intelheim，Corbus，insmed，Insmed，Laurent Pharmaceuticals，Laurent Pharmaceuticals，Novartis，Eloxx，Eloxx，Veroxx，verecrated savara savara savara和savara savara和savara consect， ksm报告。 SMR与诺华，加拉帕戈斯/abbvie，synedgen/synspira，eloxx，eloxx，vertex pharmaceuticals，ionis和astra zenica合作，向他的机构报告了研究。 SMR报告了诺华，Galapagos/abbvie，Synedgen/Synspira，Vertex Pharmaceuticals，Renovion，Ionis，Ionis，Cystetic Medicines和Arcturus的临床试验设计和行为咨询费。 jbz报告了CFF的费用，以与Laurent Pharmaceuticals，Savara，Azurerx Biopharma，Aridis Pharmaceuticals和Vertex Pharmaceuticals合作，从而获得了CFF和CFF的研究赠款，但无关研究，但没有个人支付。 MVI报告了CFF和CFFTDN的研究赠款。JBZ，CB，JCC，DD，NL，SL，SMR，KAM，KSM和MSS报告了从Translate Beio到其机构进行这项研究的临床试验资金。MSS，EBM，KAM和JCC报告支持Emily的随行人员当前手稿。dd报告与Insmed，Inc。，Aridis Pharmaceuticals，Armata Pharmaceuticals和4D分子治疗剂的研究合同以及CFF的4D分子治疗剂以及他在数据安全监测委员会（DSMB）中的作用。dd是宾夕法尼亚大学DSMB的成员。KSM与4D分子疗法，Abbvie，Aridis Pharmaceuticals，Armata Pharmaceuticals，Booeringer-Intelheim，Corbus，insmed，Insmed，Laurent Pharmaceuticals，Laurent Pharmaceuticals，Novartis，Eloxx，Eloxx，Veroxx，verecrated savara savara savara和savara savara和savara consect， ksm报告。 SMR与诺华，加拉帕戈斯/abbvie，synedgen/synspira，eloxx，eloxx，vertex pharmaceuticals，ionis和astra zenica合作，向他的机构报告了研究。 SMR报告了诺华，Galapagos/abbvie，Synedgen/Synspira，Vertex Pharmaceuticals，Renovion，Ionis，Ionis，Cystetic Medicines和Arcturus的临床试验设计和行为咨询费。 jbz报告了CFF的费用，以与Laurent Pharmaceuticals，Savara，Azurerx Biopharma，Aridis Pharmaceuticals和Vertex Pharmaceuticals合作，从而获得了CFF和CFF的研究赠款，但无关研究，但没有个人支付。 MVI报告了CFF和CFFTDN的研究赠款。ksm报告。SMR与诺华，加拉帕戈斯/abbvie，synedgen/synspira，eloxx，eloxx，vertex pharmaceuticals，ionis和astra zenica合作，向他的机构报告了研究。SMR报告了诺华，Galapagos/abbvie，Synedgen/Synspira，Vertex Pharmaceuticals，Renovion，Ionis，Ionis，Cystetic Medicines和Arcturus的临床试验设计和行为咨询费。jbz报告了CFF的费用，以与Laurent Pharmaceuticals，Savara，Azurerx Biopharma，Aridis Pharmaceuticals和Vertex Pharmaceuticals合作，从而获得了CFF和CFF的研究赠款，但无关研究，但没有个人支付。MVI报告了CFF和CFFTDN的研究赠款。AB，EBM和MV是研究期间翻译生物的全职员工。MV是Rho，Inc。的雇员，目前是Krystal Biotech的雇员。MV报告向Translate Bio和Krystal Biotech的员工提供的股票期权。MV是CFF中央卡罗来纳州分会的前董事会成员。AB目前是Pieris Pharmaceuticals的董事会成员。CB报告与CFF和CFF治疗开发网络（CFFTDN）的研究赠款与Vertex Pharmaceuticals合作进行无关的研究，但没有个人付款。MSS与CFF的机构报告了与Vertex Pharmaceuticals合作和Vertex Pharmaceuticals的咨询费用的研究赠款。为了提高药物开发并寻求治疗，CFF与几家公司签订了合同，以帮助资助CF的潜在治疗和/或治疗方法的发展。根据这些合同，CFF可能会获得基于里程碑的付款，股权，净销售净销售额和/或其他审议形式的特许权使用费。使用CFF收到的收入用于支持其任务。