DECIPHER 包 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 调整对齐. . . . . . . . . . . . . . . . 9 对齐数据库. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 对齐对. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 AlignProfiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 AlignSeqs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 AlignSynteny . . . . . . . . . . . ..................................................................................................................................................................................................................................24 对齐翻译.....................................................................................................................................................................................................................................................................26 放大DNA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................28 数组2矩阵..................................................................................................................................................................................28 ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................30 BLOSUM ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................31 BrowseDB .................. ... 32 浏览序列 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 计算效率 PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 53 创建嵌合体。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 56 个 DB2Seq。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 58 deltaGrules 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 60 deltaGrulesRNA 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 61 deltaH 规则。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 62 deltaHrulesRNA 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 63 增量规则。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 64 deltaSrulesRNA 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 65 设计阵列 . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .................. ... . 83 消除歧义. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 距离矩阵. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92 查找嵌合体 . . . . . . . . . . . . . . 93 查找基因 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96 查找非编码 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 寻找连锁群 . . . . . . . . . . . . . . . . . 99 形成组 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 基因 . . . . . . . . . . . . . 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 103
编译的核心原理之一是非破坏性工作流程的概念。这个概念围绕以下观点:原始序列信息绝不应更改。本质上,数据库中的序列信息被认为是原始序列文件的备份,并且没有函数能够直接更改序列数据。所有工作流程都只需在数据库中添加信息,这些信息可用于分析,组织和维护序列。是时候将所有或部分序列导出时将其保存在其原始状态而不会改变的情况下。与Decipher的相互作用代表与典型的生物信息学管道不同的范式。R中的数据通常在函数之间移动,而无需编写文件。 这避免了与大多数生物信息学管道相关的混乱。 使用R软件包(包括Decipher),可以从输入数据转到输出一系列命令,通常无需留下R或将中间结果写入文件。 这比传统管道保持整体工作流程更加平移,并支持可重复性和可重复性。R中的数据通常在函数之间移动,而无需编写文件。这避免了与大多数生物信息学管道相关的混乱。使用R软件包(包括Decipher),可以从输入数据转到输出一系列命令,通常无需留下R或将中间结果写入文件。这比传统管道保持整体工作流程更加平移,并支持可重复性和可重复性。
I.历史背景:我们的研究为密码分析的历史背景提供了宝贵的见解,并追踪了古典加密方法的起源,例如凯撒密码,vigenèreciphers和playfair ciphers。通过研究密码分析技术的演变,随着时间的流逝,我们对破译加密文本的挑战和机遇有了更深入的了解。II。 机器学习应用程序:我们研究的关键发现之一是机器学习算法在自动化密码分析中的重要性越来越重要。 我们已经确定了一系列机器学习技术,包括监督学习,无监督的学习和深度学习,这些技术已成功地应用于解密的加密消息。 iii。 实用应用:我们的调查揭示了自动化隐性分析技术,跨越网络安全,执法和历史研究的各种实际应用。 无法检测和防止网络威胁到在历史文本中发现隐藏的消息,自动解密工具已证明了它们在各个领域的实用性。II。机器学习应用程序:我们研究的关键发现之一是机器学习算法在自动化密码分析中的重要性越来越重要。我们已经确定了一系列机器学习技术,包括监督学习,无监督的学习和深度学习,这些技术已成功地应用于解密的加密消息。iii。实用应用:我们的调查揭示了自动化隐性分析技术,跨越网络安全,执法和历史研究的各种实际应用。无法检测和防止网络威胁到在历史文本中发现隐藏的消息,自动解密工具已证明了它们在各个领域的实用性。