我们描述了一种分析复杂微生物种群遗传多样性的新型分子方法。该技术基于通过变性梯度凝胶电泳 (DGGE) 分离编码 16S rRNA 的聚合酶链式反应扩增基因片段,这些片段的长度相同。对不同微生物群落的 DGGE 分析表明,分离模式中存在多达 10 个可区分的条带,这些条带很可能来自构成这些种群的许多不同物种,从而生成了种群的 DGGE 图谱。我们表明,可以识别仅占总种群 1% 的成分。使用针对硫酸盐还原菌 16S rRNA 的 V3 区特异性的寡核苷酸探针,可以通过杂交分析识别某些微生物种群的特定 DNA 片段。对在有氧条件下生长的细菌生物膜的基因组 DNA 进行分析表明,尽管硫酸盐还原菌具有厌氧性,但它们仍存在于这种环境中。我们获得的结果表明,该技术将有助于我们了解未知微生物种群的遗传多样性。
发展中国家粮食不安全的主要原因是全球人口增长、气候变化和可耕地面积减少。因此,植物遗传多样性作为研究课题的重要性被普遍认为是重要的。分子遗传学领域的一个重大进步包括利用分子标记来探索和鉴定植物遗传多样性。分子标记现在经常用于植物育种研究,从鉴定决定所需性状的基因到管理不同的回交育种策略。它们为解决农业基因组学中提到的挑战提供了实用的解决方案。在这篇综述文章中,我们全面回顾了植物遗传多样性的来源。本综述还描述并强调了 DNA 标记 AFLP、ASAP、ASO、CAPS、CAS、细胞质基因组衍生 DNA 标记、DGGE、EST、ISSR、SSR、RAPD、RBIP 和 SNP 的应用,这些标记可用作鉴定植物遗传多样性的可靠而有效的工具。关键词:遗传多样性、植物、DNA、分子标记
摘要 一个年轻的垃圾填埋场渗滤液含有高浓度的总氨,通常高达 2,700 mg/l,在两个不同的实验室规模厌氧反应器中进行了 1,015 天的厌氧处理,这两个反应器配置为污泥床和混合床。本文介绍了这项长期厌氧可处理性研究的最后 265 天。通过使用 FISH(荧光原位杂交)、克隆、DGGE(变性梯度凝胶电泳)和形态分析来识别优势微生物,将高氨浓度对反应器性能的影响与微生物多样性的变化相关联。结果表明,如果在氨浓度高时对反应器进水进行临时 pH 调节,则可以使用 UASB 或混合床反应器成功处理高氨垃圾填埋场渗滤液。因此,COD 去除效率与微生物多样性和反应器配置无关,而是取决于渗滤液的可生物降解部分。在这种情况下,低乙酸盐水平的反应器的稳定性由甲烷菌群的丰富性支持。在这两个反应器中,还检测到了一些甲烷杆菌科种群,而其他产甲烷菌种几乎不存在。然而,在第 860 天终止 pH 调节之后,由于游离氨浓度突然增加到 400 毫克/升,反应器立即变得不稳定。混合床的 COD 去除效率下降到 42%,UASB 反应器的 COD 去除效率下降到 48%。抑制持续时间不足以严重损害大量的甲烷菌细胞;因此,在两次游离氨抑制之后,许多甲烷菌细胞才再次被鉴定出来。然而,随后,甲烷菌细胞的长丝状形态转变为较短的丝状,并失去了聚集特性。关键词克隆;DGGE;FISH;游离氨;垃圾渗滤液;产甲烷菌
第1节:研究方法显微镜技术:光,相比,荧光,共聚焦,扫描和传播电子显微镜,细胞测量法和流式细胞仪,固定和染色,荧光内杂交(FISH),GISH(GISH(GISH),基因组中的基因组合杂交)。使用分子方法访问微生物多样性,例如剥落梯度凝胶电泳(DGGE),温度梯度凝胶电泳(TGGE),扩增的RRNA限制分析,终末限制性片段长度多态性(T-RFLP),16S rdna测序,Metagenomics to BiioInmics and Intermins(Ww Ww Ww Ww) HTML, URLs, Netscape, Explorer, Google, PUBMED), database management system, database browsing, data retrieval, sequence and genome database, databases such as GenBank, EMBL, DDBJ, Swissprot, PIR, TIGR, TAIR, Searching for sequence database like FASTA and BLAST algorithm, multiple sequence alignment, phylogenetic analysis and detection of open reading帧(ORF)。
缩写:Alt,丙氨酸氨基转移酶;猿,苹果多酚提取物; apoe /,载脂蛋白E; AST,天冬氨酸氨基转移酶; BMI,体重指数; BW,体重; CD,克罗恩病; CRC,结直肠癌; CRP,C反应蛋白; CTR,控制; DGGE,变性梯度凝胶电泳; DP,聚合程度; DSS,硫酸葡萄糖钠; EGCG,epigallocatechin Gallate; EGCG3-ME,Epigallocatechin 3- O-(3- O-甲基)透足; f,分数; f/b,企业/杀菌剂; GMCSF,粒细胞巨噬细胞群刺激因子; GRO,生长调节的癌基因; GSPE,葡萄种子原腺苷提取物; GTE,绿茶提取物; HBA1C,血红蛋白A1C; HFD,高脂饮食; HFHSD,高脂高蔗糖折叠; HTS,高通量测序; IBD,炎症性肠病;国际益生菌和益生元科学协会Isapp; LDLR /,LDL受体缺陷; LFD,低脂饮食; LPS,脂多糖; MCD,蛋氨酸 - 胆碱缺乏;大都会,代谢综合征; NAFLD,非酒精性脂肪肝病;纳什,非酒精性脂肪性肝炎; PACS,低聚蛋白酶蛋白; PCR-DGGE,聚合酶链反应构成梯度凝胶电泳; PFE,pyracantha fortuneana果实提取物; PPEP,果皮桃萃取的多酚; SASP,磺胺丙嗪; SCFA,短链脂肪酸; TLR4,像受体4一样收费; TMAO,三甲胺-N-氧化物; TNB,2,4,6-三硝基苯磺酸; TPC,总多酚的含量; UC,溃疡性结肠炎; w/v,重量/体积。