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染色体复制的起始需要动态核蛋白复合物。在大多数花纹中,原始oric包含多个DNAA框序列,无处不在的DNAA发起人结合了这些序列。在大肠杆菌oric中,DNAA盒子通过DNAA - DNAA相互作用构造了高阶复合物,从而促进了由于安装复制机械而引起的单链(SS),促进了Oric中的DNA放松元素(应得)的解放(应得)。尽管DNAA蛋白之间具有显着的序列同源性,但Oric序列还是高度多样的。本研究研究了来自进化上古老的菌群Thermotoga Maritima的Oric(TMA-Roric)设计。最小的TMA序列包括一个育种区域和一个包含五个DNAA盒的浮动区域,由Cognate DNAA(TMA DNAA)识别。此应归因于两个不同的功能模块,一个放松的模块和一个TMA DNAA结合模块。应有的三核苷酸标签的三个直接重复序列对于在DNAA盒子上构建的TMA DNAA复合物的放松和SSDUE结合至关重要。其圆形的富序序列仅刺激双链体。此外,无论DNAA盒子的方向如何,在TMA-Corior中构建了ATP结合的TMA DNAA的头到尾寡头。这种结合模式被认为是由DNAA域III和IV的可振奋性诱导的,分别负责DNAA - DNAA - DNAA相互作用和DNAA盒结合。在TMA-oricor中特定的TMA DNAA盒的分量也是造成放松的原因。这些发现表明,SSDUE募集机制负责放松,并将增强对进化差异细菌中存在的原点序列的基本分子的理解。
放松复制起源和DNA解旋酶的负载是染色体复制的启动。在大肠杆菌中,最小起源oric包含一个双链放松元素(欠款)区域和结合起始蛋白DNAA的三个(左,中和右)区域。左/右区域带有一组DNAA结合序列,构成了左/右DNAA子复合物,而中间区域具有一个单个DNAA结合位点,该位点刺激了左/右DNAA亚复合物的锻炼。此外,群集元素(tattaaaaagaa)位于最小oric区域外。左DNAA子复合物促进了由于暴露TT [A/G] T(T)序列的放松,然后结合到左DNAA亚复合物,稳定DNAB Helicase载荷所需的未能状态。然而,右DNAA亚复合物的作用在很大程度上不清楚。在这里,我们表明,左/右DNAA子复合物的应有的放松,而不是仅由左DNAA子复合物,这是由应有的末端次区域刺激的。一致地,我们发现了右DNAA子复合物 - 绑定的单链应育成区域和群集区域。此外,左/右DNAA子复合物独立地结合了DNAB解旋酶。仅对于左DNAA子复合物,我们表明该群集对于DNAB加载至关重要。体内数据进一步支持了右DNAA子复合物的Unwound DNA结合的作用。综上所述,我们提出了一个模型,其中右DNAA子复杂与UNWOUND应变动态相互作用,有助于适当的放松和有效的DNAB解旋酶负载,而在没有Right-DNAA子复杂性的情况下,在这些过程中没有在这些过程中进行群集的辅助,以支持重复的鲁棒性。
DNA复制已被研究了数十年。过去15年是对复制起始复合物结构的深入探索和复制起始蛋白的作用机理的时期。多种研究模型(细菌染色体,质粒和噬菌体)已用于研究DNA复制起始,并且获得的结果使我们更加接近将有关此过程机理的难题放在一起。简单的Oric结构,其中包含DNAA的五个规范结合位点(R-Type DNAA-Boxes)(Fuller等,1984),已通过确定的此复制引发剂的其他结合位点进行了扩展(Kawakami等,2005,2005; Miller等; Miller等,2009; Rozgajaja; Rozgaja e et al。,2011)。发现了新活动,例如通过细菌复制启动器(DNAA和RCTB)在DNA放松元件(欠款)区域内的单链DNA(ssDNA)结合(Ozaki et al。,2008; Duderstadt et al。,2011; Chatterjee等,Chatterjee等,2020; DNAA和RCTB)。还确定了质粒复制引发剂(REP蛋白)(Wegrzyn等,2014)的核蛋白复合物与SSDNA的形成,并发布了复制启动器的新结构(Orlova等,2017; Wegrzyn等,20211)。尽管这些年来使用了许多新方法,并且对DNA复制的知识得到了扩展,但仍在讨论DNA复制启动的详细机制,并且仍然有许多问题需要回答。
牙周疾病会诱导营养不良,这是微生物群中的组成和功能改变。牙周疾病引起的营养不良会引起全身性炎症,并可能影响移植免疫。在这里,我们使用了同种异性皮肤移植的小鼠模型,其中检查了与牙周疾病相关的肠道营养不良对移植免疫的影响,在该模型中,小鼠口服牙周病原体卟啉虫牙龈(PG)。持续6周,PG组口服PG,而对照组口服接受磷酸盐缓冲盐溶液。之后,两组都接受了同种异性皮肤移植。16 S rRNA分析表明,口服PG显着增加了产生属的三种短链脂肪酸(SCFA)。SCFA(乙酸盐和丙酸)水平在PG组中显着更高(P = 0.040和P = 0.005)。通过流动仪仪,PG组中外周血和脾脏中与SCFA呈正相关的调节T细胞与SCFA呈正相关的调节T细胞与总CFAS呈正相关(P = 0.002和P <0.001)。最后,口服PG显着延长了皮肤移植物的生存率(P <0.001),并减少了移植的皮肤移植物的病理炎症。总而言之,牙周病原体诱导的肠道营养不良可能通过增加的SCFA和调节性T细胞来影响移植免疫。(198个单词)。
“ Cantidatus Phytoplasma Fraxini”的Ashy1菌株起源于伊萨卡(美国纽约,美国纽约),并于白灰(Fraxinus Americana),并被转移到Catharanthus Roseus(5)。使用Dneasy血液和组织试剂盒(Qiagen,Hilden,Germany)制备了由感染的玫瑰花芽芽孢杆菌和叶子材料制备的测序模板。使用SMRTBELL PREP KIT 3.0(美国加利福尼亚州PACBIO)的SMRTBELL PREP KIT 3.0(美国)而没有其他DNA片段化制备了用于单分子实时(SMRT)的高保真库。在Max Planck Genome-Centre(德国科隆)的续集IIE设备(PACBIO)上对片段文库进行了测序,其结合KIT 2.0(PACBIO)和续集II测序套件2.0(PACBIO)。通过使用BLAST+ v2.2.2.9,MetAgenome Analyze(Megan)和一个数据核定的数据,通过BLAST+ v2.2.2.9,MetAgenome Analyze(Megan)v.6.18.2(6.18.2(6.18.2)(6)(6)(6.6.18.2(6)的候选,分类构造分类为“ candidatus phyto plasma”属,其中11,518个读取(5834中的N 50)被分配给“念珠菌Phyto等离子体”属。 GenBank的Tus Phytoplasma”和Catharanthus Roseus(登记:2024年1月)。 使用PACBIO-HIFI选项和估计的基因组大小为600 kb,将其余的读数与CANU v2.2(7)组装在一起。 实现了一个连续的圆形序列,具有67.17倍的覆盖率。 通过爆炸分析确认了> 10 kb的序列重叠。 随后,使用Artemis V18.2.0(8)手动删除序列重叠。 在Rast V2.0(9)中进行了完整染色体的注释,然后在Artemis v18.2.0(8)中进行手动策划,DNAA将DNAA设置为染色体的第一个基因。 未发现质粒。通过BLAST+ v2.2.2.9,MetAgenome Analyze(Megan)v.6.18.2(6.18.2(6.18.2)(6)(6)(6.6.18.2(6)的候选,分类构造分类为“ candidatus phyto plasma”属,其中11,518个读取(5834中的N 50)被分配给“念珠菌Phyto等离子体”属。 GenBank的Tus Phytoplasma”和Catharanthus Roseus(登记:2024年1月)。使用PACBIO-HIFI选项和估计的基因组大小为600 kb,将其余的读数与CANU v2.2(7)组装在一起。实现了一个连续的圆形序列,具有67.17倍的覆盖率。通过爆炸分析确认了> 10 kb的序列重叠。随后,使用Artemis V18.2.0(8)手动删除序列重叠。在Rast V2.0(9)中进行了完整染色体的注释,然后在Artemis v18.2.0(8)中进行手动策划,DNAA将DNAA设置为染色体的第一个基因。未发现质粒。使用BUSCO的151个单拷贝直系同源物(94%)的比较支持了注释的完整性(10)。在染色体组装中未考虑的读数对额外的分类套筒进行了进一步的分类,并筛选了ASHY1的肉体外DNA。默认参数用于所有软件,除非另有说明。
基因与复制的起源的接近性在细菌中的复制和转录相关过程中起关键作用。潜在来源位置的计算预测在起源发现中具有重要作用,从而严重降低了实验成本。我们将ORCA(复制评估的起源)作为可视化核苷酸差异的快速且轻巧的工具,并预测了复制起源的位置。orca使用核苷酸差异,DNAA盒区域和靶基因位置的分析来找到潜在的起源位点,并具有随机的森林分类器来预测这些位点可能是起源的。orca的预测和可视化功能使其成为有助于实验确定复制起源的有价值方法。orca用Python-3.11编写,以最少的精力处理任何操作系统,并且可以处理大型数据库。完整的实施详细信息在补充材料中提供,源代码可在GitHub上免费获得:https://github.com/zoyavanmeel/orca。
许多生物学实体在内,包括细菌,古细菌,质粒,噬菌体和其他病毒都可以具有圆形基因组。一旦组装,圆形基因组序列表示为线性字符串,并以某种方式标记,以表明其应为圆形。线性序列开始的点是随机的,这是由于从测序读取中组装基因组时使用的算法的性质。这种任意的起点会影响下游基因组注释和分析。它们可能发生在编码序列(CD)中,可能会破坏移动遗传因素(如预言)的预测潜力,并难以基于基因顺序进行pangenome分析。因此,通常需要将微生物序列重新定向,以从某些基因开始:细菌染色体的DNAA染色体复制引发剂基因,质粒的RepA质粒复制起始基因和TERL大型末端末端基因酶基因的细菌亚nunit基因的细菌属基因。在这里,我们提出了DNAAPLER,这是一种柔性微生物序列的重新定向工具,可快速,一致地取向圆形微生物基因组,例如细菌,质粒和噬菌体。Dnaapler在github上托管在github.com/gbouras13/dnaapler上。