deoxyribonicleclease I(DNase I)来自牛胰腺是一种核酸内切酶(糖蛋白),它优先裂解嘧啶核苷酸后面DNA的磷酸二酯键。这会导致具有5'-磷酸盐的多核苷酸,并且在3'位置为自由OH组。dnase I切割单链和双链DNA以及染色质。酶反应的特异性(单链 - “昵称”与双链断裂)由可用的离子确定。在存在MG2+单链迹线的情况下,会产生MN2+双链断裂。DNase I的pH- ph-最高为7.8,并且被二价阳离子激活。最大激活需要MG2+和其他Ca2+。钙离子(5mm)保护DNase I免受蛋白水解消化的影响。抑制作用,但如果锰是激活剂,则不能。此外,它也受到EDTA和SDS或ß-甲醇等螯合剂的抑制。
DNase测试琼脂用于检测细菌和真菌的脱氧核糖核酸酶活性,尤其是用于鉴定致病性葡萄球菌(1)。dnase生产生物在绿色背景周围的生长周围表现出清晰的区域。不需要试剂添加(2)。该媒介基于根据Smith,Hanoch和Rhoden(3)和Jefferies,Holtman and Guse(4)的修改,用于检测史密斯,Hanoch和Rhoden(3)的过程的方法。培养基支持革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的生长。色氨酸是生物体的氮源。dNase将DNA底物解散在培养基中。甲基绿色褪色成无色的化合物,在原本绿色的培养基中产生周围菌落(或带/斑点接种物)周围不同的透明区域。甲基绿色需要高度聚合的DNA底物(5),并与聚合DNA结合,形成pH 7.5(6,7,8)的稳定的绿色复合物。随着水解的进展,甲基绿色被释放,并且在此pH下不混合时,它会逐渐消失并成为无色化合物。因此,观察到透明区域(7,9)。
。CC-BY 4.0 国际许可下可用(未经同行评审认证)是作者/资助者,他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2021 年 12 月 6 日发布。;https://doi.org/10.1101/2021.12.06.471469 doi:bioRxiv 预印本
z-DNA和G-四链体DNA在生物膜基质中很丰富,并且使用与鼠植入物相关的骨髓炎模型在体外和体内生长的生物膜中通常存在于网络类似结构中。在体外,在生物膜生长期间没有NaCl或机械摇动的情况下,或在EDNA或外多糖产生的细菌菌株中没有形成结构。因此,我们推断出EDNA和多糖相互作用,当通过盐稳定时,在机械应力下导致非典型的DNA结构,我们证实了来自感染植入物的生物膜中的G-四链体DNA和Z-DNA也存在。哺乳动物DNase I缺乏针对Z-DNA和G-四链体DNA的活性,而微球菌核酸酶可能会降解G-四链体DNA,而S1 Aspergillus核酸酶可能会降解Z-DNA。因此,源自金黄色葡萄球菌的微球菌核酸酶可能是分散生物膜在葡萄球菌中的关键。除了其结构作用外,我们首次表明,生物膜中的埃德纳在Hemin存在下形成具有过氧化物酶样活性的DNAZyme。虽然过氧化物酶是针对病原体防御的一部分,但我们现在表明生物膜可以在细胞外基质中具有内在的过氧化物酶活性。
颜色变化或气体生产P-SOP 0187半定量视觉评估对接种液体介质DNase DNase活性P-SOP的外观变化P-SOP 0181使用盐酸在DNase琼脂(或不带补充剂)上使用盐酸进行半定量性评估P-SOP 0149使用Stab Technique的半定量视觉评估用于乳糖链球菌的乳糖明胶溶质反应颜色变化或气体生产P-SOP 0187半定量视觉评估对接种液体介质DNase DNase活性P-SOP的外观变化P-SOP 0181使用盐酸在DNase琼脂(或不带补充剂)上使用盐酸进行半定量性评估P-SOP 0149使用Stab Technique的半定量视觉评估用于乳糖链球菌的乳糖明胶溶质反应
RNA 样本要求:RNA 样本应不含盐(例如 Mg 2+ 或胍盐、二价阳离子螯合剂(例如 EDTA 或 EGTA)或有机物(例如苯酚或乙醇)。RNA 必须不含 DNA。gDNA 是 RNA 制备中的常见污染物。它可能来自有机提取的中间相,或者当固相 RNA 纯化方法的二氧化硅基质超载时。如果总 RNA 样本可能含有 gDNA 污染,则用 DNase I 处理样本以去除所有痕迹的 DNA(此试剂盒中不提供 DNase)。用 DNase I 处理后,应从样本中去除酶。DNase I 的任何残留活性都可能降解富集所需的寡核苷酸。可以使用苯酚/氯仿提取和乙醇沉淀从提取物中去除 DNase I。
图1。有效的宿主基因组DNA去除,而无需降低噬菌体DNA产量。 使用Norgen的噬菌体DNA分离试剂盒从四个富集的噬菌体培养物中分离总DNA。 在添加提供的裂解之前,进行了DNase I预处理。 布里液,将20单位的DNase I添加到1 ml富集的噬菌体培养物中,并将混合物在室温下孵育20分钟。 DNAase I处理后,遵循该过程。 作为对照,使用Norgen的噬菌体DNA分离试剂盒从相同4个培养物的等分试样中分离DNA,而无需进行DNase I处理。 进行DNA分析,将10 µL的每50 µL洗脱加载到1x TAE琼脂糖凝胶上。 可以看出,噬菌体DNA被其外套蛋白安全地保护了DNase I治疗,而宿主基因组DNA则被DNase I有效降解。 因此,DNase I预处理导致最终噬菌体洗脱中的宿主GDNA污染较少,而不会影响总噬菌体DNA产量。 车道M是Norgen的Highranger 1 Kb DNA梯子(Cat。 11900)。有效的宿主基因组DNA去除,而无需降低噬菌体DNA产量。使用Norgen的噬菌体DNA分离试剂盒从四个富集的噬菌体培养物中分离总DNA。在添加提供的裂解之前,进行了DNase I预处理。布里液,将20单位的DNase I添加到1 ml富集的噬菌体培养物中,并将混合物在室温下孵育20分钟。DNAase I处理后,遵循该过程。作为对照,使用Norgen的噬菌体DNA分离试剂盒从相同4个培养物的等分试样中分离DNA,而无需进行DNase I处理。进行DNA分析,将10 µL的每50 µL洗脱加载到1x TAE琼脂糖凝胶上。可以看出,噬菌体DNA被其外套蛋白安全地保护了DNase I治疗,而宿主基因组DNA则被DNase I有效降解。因此,DNase I预处理导致最终噬菌体洗脱中的宿主GDNA污染较少,而不会影响总噬菌体DNA产量。车道M是Norgen的Highranger 1 Kb DNA梯子(Cat。11900)。