商标:QIAGEN®,样本到Insight®,QIAPREP®,QIAWAVE®AllPREP®,dneasy®,rneasy®(Qiagen Group)。注册名称,商标等。在本文档中使用的,即使没有明确标记,法律也不被认为不受保护。01/2025 QPRO-8595©2024 Qiagen,保留所有权利。
JúlioCézarRosade Souza Junior 1,Karine Terra de Souza 1,Glauber Monteiro Dias 1。脱氧核糖核酸(DNA)酸是用于遗传研究的原材料,因此,开发了实验室技术以获得足够的浓度和完整性。从不同方法中进行DNA的评估对于选择要执行的分析的最合适的选项很重要。 分子分析中使用的技术需要质量高的核酸,即未质量,具有良好的纯度(没有污染物,例如糖,蛋白质和苯酚),并且以适当的浓度浓度。 商业套件寻求以处理时间和较小样品的输入提供此类特征,但是高成本是一个限制。 因此,这项工作的目的是比较与样品的浓度和完整性有关的两种DNA提取方法。 从参与研究项目的44个人的外周血样本中提取 DNA。 将血液放在带有EDTA的收集管中。 所评估的提取方法是盐盐法和“ Dneasy血液与组织”试剂盒(Cat 69504,Qiagen)。 通过分光光度计测量纳米型1000。 “ Dneasy血液与组织”试剂盒提取的样品的平均浓度为20.38±8.03 ng/µl(260/280 = 1.78±0.09和260/230 = 3.72±5.4),产率为15 ng/l llood。 两种方法都产生了具有OD260/280〜1.8的高纯度DNA样品。从不同方法中进行DNA的评估对于选择要执行的分析的最合适的选项很重要。分子分析中使用的技术需要质量高的核酸,即未质量,具有良好的纯度(没有污染物,例如糖,蛋白质和苯酚),并且以适当的浓度浓度。商业套件寻求以处理时间和较小样品的输入提供此类特征,但是高成本是一个限制。因此,这项工作的目的是比较与样品的浓度和完整性有关的两种DNA提取方法。DNA。将血液放在带有EDTA的收集管中。所评估的提取方法是盐盐法和“ Dneasy血液与组织”试剂盒(Cat 69504,Qiagen)。通过分光光度计测量纳米型1000。“ Dneasy血液与组织”试剂盒提取的样品的平均浓度为20.38±8.03 ng/µl(260/280 = 1.78±0.09和260/230 = 3.72±5.4),产率为15 ng/l llood。两种方法都产生了具有OD260/280〜1.8的高纯度DNA样品。通过人类方法提取的样品(盐盐)的平均浓度为246.9±222.6 ng/µl(260/280 = 1.82±0.050和260/230 = 2.01±0.43),产率为24 ng血液DNA/l。正如预期的那样,内部方法的产量高于套件,成本较短,时间较长(约24h)。商业套件的优点是快速处理时间和减少样品输入数量。由于一些血液样本显示了收集管中的凝块,因此与内部提取的标准偏差很高,这影响了提取性能。因此,可以得出结论,腌制技术简单,高效且成本较低,用于人类血液样本DNA提取,而通过“ Dneasy Blood&Tissue“ kit”执行的方法,在较短的时间执行了更长的成本。
图 2. 使用 MolYsis Complete5 试剂盒(A、B)和 DNeasy PowerSoil Pro 试剂盒(C、D)提取之前在 LOD 处加标的细菌和真菌样品的 C t 值。AB:巴西 A. ;CA:白色念珠菌;BS:枯草芽孢杆菌;CS:芽孢杆菌;PA:铜绿假单胞菌;SA:金黄色葡萄球菌。物种名称缩写后的数字表示在样品制备之前加标的滴度(以 CFU 为单位)。标有“+D”的样品包含含有 10 6 个 Jurkat 细胞的基质,这些细胞保存在冷冻保存介质中。
可用于分离DNA(例如Qiagen dneasy套件)。研究人员应选择满足其特定需求的协议。有机提取方法(例如苯酚或Trizol)不应用于纯化总DNA,因为它们可以抑制文库制备过程中使用的酶,因此增加了文库制备失败的风险。如果使用基于苯酚或Trizol的方法是不可避免的(例如,要获得高分子DNA),应保证这些化合物的总去除(这意味着需要在提取后需要额外的清理步骤)。•为了获得最佳结果,请使用已快速冷冻的新鲜样品或样品
Reagent/Material Vendor Stock Number Molecular grade H20 Sigma-Aldrich W4502 * GoTaq® G2 Colorless Master Mix Promega M7833 DNeasy® Tissue Kit Qiagen 69506 Agarose Sigma-Aldrich A9414 1kb+ DNA ladder Life Technologies 10787-018 SYBR SAFE DNA stain Life Technologies S33102 100% ETOH Gold Shield Chemicals DSP-CA-151 *GOTAQ®G2无色主混合混合物是一种预混合的现成溶液,其中含有GOTAQ®G2DNA聚合酶,DNTP,MGCL2和反应缓冲液,可在最佳浓度下以PCR有效地放大DNA模板。GOTAQ®G2DNA聚合酶表现出5´→3´外切核酸酶活性。gotaq®G2无色主混合物,2x:GoTaq®G2DNA聚合酶在2x无色GOTAQ®G2反应缓冲液(pH 8.5),400μMDATP,400μMDGTP,400μMDCTP,400μMDCTP,400μMDTTP和3MM DTTP和3MM MGCL2中提供。
此处介绍的菌株先前是在2016年从ADE土壤和两个不同的普通豆品种的实验中分离出来的,表现出对土壤传播病原体的抗氧体的抗性水平。该实验是在圣保罗大学农业核能中心进行的(22°42'27.60“ S,47°38'41.17” W)(4)。植物,并摇动根以去除松散的粘附土壤。用无菌刷子收集牢固的土壤,并被认为是根际土壤。用于微生物分离,将1 g根际土壤与9 ml盐水溶液(8.5 g L-1 NaCl)混合。串行稀释液(10 -1至10 -6),然后转移到国王中板上(5)。在25°C孵育48小时后,使用条纹板法分离了菌落。从分离株中提取总DNA。
基于自旋柱的DNA纯化试剂盒(例如Qiagen dneasy血液和组织试剂盒)一直是从包括腹足动物在内的各种生物体中提取基因组DNA的最爱。如前所述,这些套件的缺点是从某些样本类型(例如存储在乙醇中的样本类型)中可以实现的GDNA的数量和质量较低,但是在许多其他情况下,从其他样本类型中提取的GDNA可以很好地工作。可用的商业自旋柱套件的优点(例如Qiagen和Zymo品牌产品)是此过程中速度,易用性和缺乏有害化学物质的速度。蜗牛矢量工作组建议可以有效地使用几种基于自旋的柱子的试剂盒和方法,其中可以从新鲜组织中取出少量组织(例如部分头部脚),以避免过载和阻断旋转柱,并避免大量抑制物质的含量(请参阅Adema 2021)。此外,对于基于PCR的应用程序(甚至是扩增子面板),DNA质量和数量较低的DNA仍然适合使用,这些提供了一个不错的选择。注意,但是,使用Qiagen B&T旋转柱套件提取的生物胶质蜗牛的基因组DNA产生了具有出色读取长度的PACBIO组件(Bollmann,OSU)。
套件,例如Qiagen的Dneasy血液和组织套件,如《环境DNA社会手册》中列出。⚫多合一包:该套件包括所有必要的试剂和设备,使您可以立即开始采样而无需组装。QuickConc™QuickConc™的好处有望显着提高EDNA分析的效率,从而带来以下好处:⚫更有效的生物多样性监测:可以在更少的时间内分析更多样本。⚫促进保护工作:快速数据采集可以实施更及时的保护措施。⚫促进EDNA分析:预计用户友好的操作将鼓励更多的研究人员和机构进行环境DNA分析。如果您对产品还有其他任何疑问或需要更多信息,请随时与我们联系以详细说明。(https://advansentinel.com/en/contact)销售细节您可以在以下网站上购买QuickConc™(每1盒20次测试):https://www.amazon.co.co.jp/dp/dp/dp/dp/dp/dp/b0d91vymk3 this产品目前仅在日本出售,但在日本上可用,但我们可以在日本出售。您可以使用套件中包含的QR码访问的免费示例管理应用程序来轻松管理采样位置和元数据。该应用程序支持CSV导出和离线操作。如果您有兴趣使用它,请随时与我们联系。(请注意,此新闻稿基于具有(https://advansentinel.com/en/contact)附加信息与该产品的开发有关的论文是与科比大学人类发展与环境研究生院合作编写的,目前可作为预先打印。
G2 DNA/RNA增强子可以方便地使用,尤其是尤其是粘土中需要最佳的DNA和/或RNA提取产率时。G2 DNA/RNA增强子的主要功能是减轻抑制性DNA-粘土颗粒的形成。G2 DNA/RNA增强子增加了粘土的微生物DNA和RNA产量 - 至少2-10倍。G2 DNA/RNA增强剂应与标准化提取方法或用于从土壤和粘土中提取DNA和RNA的商业试剂盒结合使用。建议在-20至25°C处进行存储和稳定性存储。保持干燥。质量控制G2 DNA/RNA增强子进行污染活性,没有核酸内核酸酶活性,缺口活性,外切核酸酶活性或RNase活性的痕迹。此外,在难以提取的矩阵中,对G2 DNA/RNA增强子进行了功能测试。套件组件Ampliqon G2 DNA/RNA增强子冻结干燥的G2 DNA/RNA增强剂和2 mL管中的1.4 mM珠。协议使用G2 DNA/RNA增强子时,该方案是DNA和RNA提取的指南。G2 DNA/RNA增强子必须使用提取套件施加。程序:将0.25克土壤样品添加到G2 DNA/RNA增强器管中。应用您的DNA或RNA隔离套件。例如Dneasy Powersoil Pro Kit。o如果套件的珠珠管中包含裂解缓冲液,请将此裂解缓冲液转移到G2管上,并丢弃现在空的套件的珠珠管。